Toxicóforos
... software para generar los descriptores moleculares; herramientas de simulación de sistemas biológicos y dinámica molecular; ... La habilidad de predecir en qué evento molecular iniciador va a participar la molécula de un fármaco es algo vital a la hora de ... El objetivo de limitar la visión de las rutas toxicológicas a procesos moleculares es una manera de hacer un intento de ... Ellison C, Enoch S, Cronin M, A review of the use of in silicomethods to predict thechemistryof molecular initiating ...
Folding@home
Estos programas realizan simulaciones de dinámica molecular y química computacional. Los participantes en folding@home pueden ... Dinámica molecular Química computacional Química cuántica Pande lab. «Folding@home Distributed Computing Client». Stanford ... personales para realizar simulaciones de plegamiento proteico relevantes a enfermedades y otras dinámicas moleculares, y para ... El cliente folding@home utiliza versiones modificadas de cuatro programas de simulación molecular: Tinker, Gromacs, AMBER, y ...
Termostato Nosé-Hoover
En dinámica molecular, las simulaciones son hechas en el ensamble micro canónico. En aplicaciones reales, se controla la ... El termóstato Nosé-Hoover es un método determinista para mantener la temperatura alrededor de un promedio en dinámica molecular ... Debido a la naturaleza de la simulación, no es posible cambiar del ensamble microcanónico al canónico. Por lo que se han ... Nose, S (1984). «A unified formulation of the constant temperature molecular-dynamics methods». Journal of chemical physics 81 ...
GROMACS
Dinámica molecular CHARMM NAMD AMBER Simulación en GROMACS (Guía Práctica) Datos: Q905302 (Software de química computacional). ... multiplataforma utilizado para realizar la simulación de la dinámica molecular de sistemas con cientos de millones de ...
Modelado molecular
Una simulación de Dinámica molecular, por otro lado, calcula el comportamiento de un sistema en función del tiempo. Esto ... El modelado molecular o simulación molecular es un término general que engloba métodos teóricos y técnicas computacionales para ... mientras que la dinámica molecular provee información sobre los procesos dinámicos con el agregado intrínseco de los efectos de ... La simulación de sistemas molecular puede realizarse mediante métodos clásicos o cuánticos. Los métodos de modelado molecular ...
Proyectos que usan BOINC
GPUGRID.net - realiza simulaciones de biología molecular a átomo-entero, diseñado para GPUs con CUDA. Rosetta@home - orientado ... Biología Folding@home* - simula el plegamiento proteico usando dinámica molecular. *Nota: Hasta el momento no ocupa BOINC como ... PS3GRID - simulaciones de biología molecular optimizado para los procesadores Cell en la PlayStation 3. RALPH@home - la versión ... DENIS@home - Simulación de modelos de electrofisiología cardiaca para el estudio del comportamiento eléctrico del corazón. ...
Agua superiónica
Materiales monocapa
Con este fin, muchas propiedades mecánicas se calculan mediante simulaciones de dinámica molecular o de mecánica molecular. La ... y las simulaciones de dinámica molecular por mecánica cuántica mostraron que el grafino y sus análogos de nitruro de boro son ... Las simulaciones MD, así como las simulaciones de mecánica molecular, también se han utilizado para calcular la resistencia a ... o se ejecuta un cálculo por dinámica molecular (MD por sus siglas en inglés). Se ha descubierto que las estructuras únicas que ...
Campo de fuerza (química)
La constante k i j {\displaystyle k_{ij}} determina la frecuencia vibracional en simulaciones de dinámica molecular. Mientras ... un paquete de simulación de dinámica molecular para propósitos generales y para el estudio sistemas biomoleculares. IFF ( ... átomos o de partículas granuladas mediante mecánica molecular, dinámica molecular o el método de Montecarlo. Los parámetros ... Los parámetros para simulaciones moleculares de macromoléculas biológicas como proteínas, ADN y ARN usualmente se obtienen de ...
Electrostática de macromoléculas
Las simulaciones dinámicas moleculares requieren de las contribuciones electrostáticas para la fuerza de los átomos o grupos. ... Simulaciones detalladas no son lo suficientemente amplias para ser significativo el efecto de la superficie o no incluyen los ... generados por cálculos de FDPB como bases para el cálculo de fuerzas usados en los procesos de simulación de la Dinámica ... La respuesta de los iones móviles es representada a través de la ecuación de Poisson-Boltzman o simulación de Monte-Carlo. ...
Química medicinal
... la Dinámica Molecular (MD) y simulaciones de Monte Carlo (MC)); Adsorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad ( ... Esta disciplina ha tenido un marcado desarrollo sobre la base de establecer descriptores moleculares y cabezas de serie o ... Gracias a los avances en enzimología, la biología molecular, la farmacocinética y la farmacodinámica; por mencionar sólo ... la biología molecular, la estadística y la química física. Se encarga de estudiar y aplicar todos aquellos conceptos de la ...
Anton (computadora)
Es un sistema de propósito específico para simulaciones de Dinámica molecular (DM) de proteínas y otras macromoléculas ... home ha logrado escalas de tiempo de simulación comparables al tiempo total de una solo simulación continua en Anton, ... Cada ASIC tiene adjunto su propio banco DRAM, permiendo simulaciones grandes.[4] El desempeño de una máquina Anton de 512 ... 1 de julio de 2008). «Anton, a special-purpose machine for molecular dynamics simulation». Communications of the ACM (en inglés ...
RIKEN
... anunció la finalización de un sistema informático de un petaflops diseñado especialmente para la simulación dinámica molecular ... Center for Molecular Imaging Science Quantitative Biology Center Advanced Institute for Computational Science (emplazamiento K ...
Condiciones de frontera periódicas
Un ejemplo en dinámica molecular, donde las condiciones de frontera periódicas son comúnmente aplicadas para simular ... Durante la simulación solo las propiedades de la celda unitaria deben ser guardadas. La convención de imágenes mínimas es una ... Más aún, en simulaciones de superficies planas, es muy común simular dos dimensiones con condiciones periódicas y dejando la ... En modelos matemáticos y simulaciones computacionales, las condiciones de frontera periódicas o PBC por sus siglas en inglés ...
Molécula
La dinámica molecular es un método de simulación por computadora que utiliza estas fuerzas para tratar de explicar las ... La estructura molecular puede ser descrita de diferentes formas. La fórmula molecular es útil para moléculas sencillas, como ... La ciencia de las moléculas se denomina química molecular o física molecular, dependiendo de si se centra en la química o en la ... La bioquímica está íntimamente relacionada con la biología molecular, ya que ambas estudian a los seres vivos a nivel molecular ...
Martin Karplus
... para realizar y analizar simulaciones de dinámica molecular.[5][6] El Nobel de Química 2013 premia las bases para entender y ... Además de las utilidades prácticas, la simulación de procesos químicos ayudaría, entre otros, a estudiar cómo crear nuevos ... Karplus contribuyó en la aplicación de cálculos dinámicos clásicos para las reacciones químicas en fase gaseosa y la llamada ...
Jesús Santamaría Antonio
... sobre dinámica molecular por simulación computacional. Profesor Agregado y catedrático en la Universidad de Sevilla y realizó ... Fue desde 1977 el introductor en las Facultades de Química de España de los métodos de simulación con ordenador, aplicados al ... ha dirigido sus trabajos hacia el estudio de reacciones químicas en fase condensada y a las técnicas de una verdadera dinámica ... estudio tanto de la dinámica de reacciones químicas como del comportamiento de los líquidos poliatómicos. Recientemente ...
Multifísica
... mecánica de fluidos y combinación de elementos finitos con dinámica molecular. La multifísica típicamente implica solucionar ... Muchos de las simulaciones físicas implican sistemas acoplados, como por ejemplo los campos eléctricos y magnéticos para el ... La Multifísica (del inglés Multiphysics) es una disciplina computacional la cual involucra simulaciones que implican múltiples ...
Optimización global
El punto de partida de numerosas simulaciones dinámicas moleculares que consisten en una optimización inicial de la energía del ... Parallel tempering es método de simulación dirigido a mejorar las propiedades dinámicas del método de Monte Carlo de simulación ... En este método, simulaciones aleatorias son utilizadas para utilizar soluciones aproximadas Ejemplo: El problema del viajante ... Como resultado para determinar este nuevo camino optimal querríamos usar simulación-optimización para entender el rango de ...
Computación paralela
... un ejemplo es el peta-flop RIKEN MDGRAPE-3 de la máquina que utiliza ASICs para la simulación de dinámica molecular. Un ... Programación dinámica Métodos de Ramificación y poda Modelos en grafos (tales como la detección de modelos ocultos de Markov y ... tales como la simulación Barnes-Hut) Problemas de grids estructurados (métodos de Lattice Boltzmann) Problemas de grids no ... han añadido la capacidad para razonar acerca de las topologías dinámicas. Lógicas tales como la TLA+ de Lamport, y modelos ...
David E. Shaw
... más específicamente simulaciones de dinámica molecular de proteínas.[3] Shaw se crio en Los Ángeles, California.[4] Su padre ...
Lámina alfa
Las simulaciones de dinámica molecular de la proteína mutante revelan que la región alrededor de la mutación posee una ... es una forma estable accesible a las proteínas amiloidogénicas en simulaciones de dinámica molecular.[5] Las láminas alfa ... Este proceso también se ha observado en las simulaciones de transtiretina[16] e implicado en determinadas familias de ...
Materia activa
... haciendo uso de técnicas basadas en agentes y de algoritmos de dinámica molecular. Los experimentos en los sistemas biológicos ... implícito en los autores, Mecánica estadística, Simulación, Vida artificial). ... simulaciones numéricas y los experimentos. Notable enfoques analíticos incluyen la hidrodinámica,[4] la teoría cinética, y la ... de las redes de actina-miosina y filamentos impulsados por motores moleculares[10]). Experimentos en sistemas sintéticos ...
Reconocimiento molecular
El reconocimiento molecular puede ser subdividido en reconocimiento molecular estático y reconocimiento molecular dinámico. El ... Un estudio reciente basado en simulaciones moleculares y constantes de conformidad describen el reconocimiento molecular como ... En el caso del reconocimiento molecular dinámico, el enlace de un primer huésped a un sitio de unión afecta la constante de ... El huésped y el anfitrión involucrados en el reconocimiento molecular exhiben complementariedad molecular. Algunas excepciones ...
NAMD
... es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Se ... Dinámica molecular CHARMM GROMACS AMBER «Flexibility and Interoperability in a Parallel Molecular Dynamics Code» (postscript ... NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecular VMD para configurar la simulación y analizar las trayectorias, ... NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program)[1] ...
Agregación limitada por difusión
... o la simulación puede ser llevada a cabo a lo largo de una línea de simulación dinámica molecular, patrón donde las partículas ... Simulaciones pueden ser hechas en una región cerrada de cualquier geometría encajante. De hecho, se ha conseguido más de 8 ... Simulación computacional de DLA es uno de los dos principales medios para estudiar este modelo. Diversos métodos se encuentran ... entretanto simulación computacional de una región restringida, irá a alterar la dimensión fractal levemente para un DLA en la ...
Simulación
Ejemplos importantes son la dinámica molecular y la química computacional, ambas utilizadas ampliamente para estudiar el ... dinámica de sistemas emulador metodología en las ciencias sociales modelo científico realidad virtual simulación numérica ... Modelado de sistemas complejos mediante simulación basada en agentes y mediante dinámica de sistemas 16. pp. 85-112. Shannon, ... Las simulaciones por computadora son a menudo consideradas seres humanos fuera de un loop de simulación. Tradicionalmente, el ...
Endurecimiento del borde de grano
8 nm para realizar una compresión uniaxial mediante simulaciones de dinámica molecular. Todas las simulaciones de compresión se ... En el trabajo de Han,[12] se realizó una serie de simulaciones de dinámica molecular para investigar el efecto del tamaño de ... La simulación se realizó con tamaños de grano de nm y a temperatura ambiente. Se encontró que en el tamaño de grano del rango ...
Física computacional
... dinámica molecular, cambios de fase, etc.), física no-lineal, dinámica de fluidos, astrofísica (simulaciones del Sistema Solar ... Otras simulaciones se basan en que la evolución de una "partícula" en el sistema depende, exclusivamente, del estado de las ... Las simulaciones se hacen resolviendo ecuaciones que gobiernan el sistema. Por lo general, son grandes sistemas de ecuaciones ... A menudo, la dinámica simplificada de las "partículas" tiene cierto grado de aleatoriedad. En general, esta vertiente se ...
Arieh Warshel
... que fue quien realizó la primera simulación dinámica molecular de un proceso biológico, fue la elaboración de los modelos ... Además de las utilidades prácticas, la simulación de procesos químicos ayudaría, entre otros, a estudiar cómo crear nuevos ...
Movimiento (física)
La dinámica molecular (DM) es una técnica de simulación en la que se permite que átomos y moléculas interactúen por un período ... El resultado de una simulación de dinámica molecular son las posiciones X {\displaystyle X} y velocidades V {\displaystyle V} ... La dinámica molecular es un campo multidisciplinario. Sus leyes y teorías provienen de las Matemáticas, Física y Química. ... Una de las contribuciones más importantes de la dinámica molecular es crear conciencia de que el DNA y las proteínas son ...