Kalretikulin (CALR) är ett protein som finns i endoplasmatiskt retikulum hos eukaryota celler. Det spelar en viktig roll i kvalitetskontrollen av proteiner genom att hjälpa till med att vecka och transportera dem korrekt. CALR är också involverat i cellytiska processer som signaltransduktion, apoptos och autofagi. Mutationer i CALR-genet har visats vara associerade med myeloproliferativa neoplasi (MPN), en grupp blodcancerformer.

Kalnexin är ett protein som deltar i den initiala fasen av kvalitetskontrollen av nyss syntetiserade proteiner i endoplasmatiska retiklet (ER). Det fungerar som en chaperon och hjälper till att skapa korrekt foldad konformation hos nyst syntetiserade proteiner i ER. Kalnexin binder specifikt till monoglykosylerade oligosackarider på proteinernas yta, vilket gör att det kan känna igen och binda till missfoldade proteiner. Genom att hjälpa till att korrekt folda proteiner eller markera de som inte har kunnat foldas korrekt, spelar Kalnexin en viktig roll i att säkerställa att endast korrekt foldade proteiner transporteras vidare från ER till Golgiapparaten.

Ribonukleoproteiner (RNP) är komplexa molekyler som består av RNA-molekyler som är associerade med proteiner. De har en central roll i cellens biologiska processer, såsom RNA-syntes, transport, lagrande och nedbrytning.

Det finns olika typer av RNP:er, inklusive ribosomer, spliceosomer, snRNP:er (små jämna nucleära RNP:er) och hnRNP:er (heterogena kärnära RNP:er). Varje typ av RNP har en specifik uppsättning proteiner som interagerar med RNA-molekylen för att utföra dess funktion.

Ribosomer är exempel på RNP:er som hjälper till att syntetisera proteinerna i cellen. De består av två subenheter, varav den stora subenheten innehåller tre RNA-molekyler och cirka 50 proteiner, medan den lilla subenheten innehåller en RNA-molekyl och cirka 30 proteiner.

Spliceosomer är andra exempel på RNP:er som hjälper till att bearbeta RNA-molekyler genom att klippa bort icke-kodande sekvenser (introner) och klistra samman de kvarvarande kodande sekvenserna (exonerna). De består av fem snRNP:er, var och en med en unik RNA-molekyl och ett antal proteiner.

I allmänhet är Ribonukleoproteiner viktiga molekyler som hjälper till att reglera genuttryck och underlätta olika cellulära processer i både pro- och eukaryota celler.

Kalciumbindande proteiner är proteiner som har förmågan att binda sig till joner av calcium (Ca2+). Detta kan ske genom negativt laddade aminosyror, särskilt glutaminsyra och aspartsyra, i proteinet som attraherar de positivt laddade calciumjonerna. Kalciumbindande proteiner finns naturligt i många levande organismer och har en rad olika funktioner. I vissa fall kan de hjälpa till att reglera intracellulärt kalcium, medan de i andra fall kan vara involverade i processer som koaguleringsfaktorer, hormontransporter och benvävnadsmineralisering. Exempel på kalciumbindande proteiner inkluderar kasein, albumin, parvalbumin och calmodulin.

Ett endoplasmatiskt nätverk (ER) är en sammanlänkad serie membrankanaler i eukaryota celler. Det utgör ett komplext intracellulärt membransystem som deltar i syntesen, modifieringen och transporten av proteiner och lipider. ER kan delas in i två typer: det grova ER (RER) och det glatt ER (SER). RER har ribosomer fäst på ytan och är involverat i proteintranslering och -foldning, medan SER saknar ribosomer och deltar i lipidsyntesen och metabolismen. ER kommunicerar också med andra organeller som golgiapparaten, mitokondrier och nucleus genom membrankontinuitet och vesikulär transport.

Molekylära chaperoner är proteiner som hjälper till att folda andra proteiner korrekt i cellen. De gör detta genom att binda till de nyss syntetiserade, ofullständigt foldeda proteinerna och hjälper dem att följa den naturliga foldningsvägen så att de kan bilda sin tredimensionella struktur korrekt.

Molekylära chaperoner finns i alla levande celler och är speciellt viktiga under stressförhållanden, då cellen utsätts för högre temperaturer eller andra faktor som kan störa proteinernas foldning. Chaperonerna skyddar också proteiner från att aggregera eller klumpa ihop sig till icke-funktionella aggregerat strukturer.

Exempel på molekylära chaperoner inkluderar Hsp70, Hsp90 och GroEL/GroES i bakterier. Dessa proteiner har olika mekanismer för att hjälpa till med proteinfoldning, men de arbetar alla tillsammans för att säkerställa att cellens proteiner är korrekt foldeda och funktionella.

Kalsiumsekvestrin (også kendt som Calcium-binding protein C) er et intracellulært protein, der binder calciumioner og hjælper med at regulere intracellulær koncentration af calcium. Det findes i mange forskellige celler i kroppen, herunder muskelceller, hjerteceller og hjerneceller. Kalsiumsekvestrin spiller en vigtig rolle i calciumhomøostase og er involveret i reguleringen af intracellulære signalveje, der kontrollerer cellers vækst, differentiering og apoptose (cellet død).

Protein disulfide isomerases (PDI) är ett slags enzym som hjälper till att folda proteiner korrekt inne i celler. Specifikt hjälper PDI till att bilda, bryta och omstrukturera disulfidbindningar mellan cysteinresterna i proteinerna. Disulfidbindningar är en typ av kemisk bindning som stabiliserar proteins tridimensionella struktur och hjälper till att ge proteinerna deras funktionella form. PDI-enzymen finns främst i endoplasmatiska retiklet (ER), ett membranomslutet kompartment inne i eukaryota celler, där proteinfaltning och modifiering sker.

Indoliziner är en typ av organisk förening som innehåller ett indolizin-skelett, vilket består av två fusionsringar med sex atomer vardera, där en av kolatomerna i den ena ringen är delad med en fematomig ring. Indoliziner har potentialen att användas inom medicinen som läkemedel, eftersom de kan interagera med olika biologiska mål och påverka olika cellulära processer. Exempel på indoliziner med medicinsk relevans är vissa typer av muskarinreceptorantagonister och serotoninmodulerande läkemedel.

Isomeraser är en typ av enzym som katalyserar omvandlingen av en molekyl till en annan molekyl med samma atomkomposition, men med en annorlunda struktur eller konformation. Detta kallas också för en isomerisering. Isomeraser kan vara specialiserade att katalysera omvandlingar mellan specifika isomerer, eller de kan ha bredare substratspecificitet och kunna katalysera flera olika isomeriseringar. De kan hitta användning inom biokemi, medicin och industriella processer.

Proteinveckning, eller proteinföldning, är ett biokemiskt fenomen där en proteinmolekyl får en naturlig, tresidig struktur genom att vecka sig i en specifik konformation. Detta sker genom att de olika delarna av proteinmolekylen, som består av aminosyror, interagerar med varandra och bildar sekundär-, terciär- och kvartärstruktur. Proteinveckning är en nödvändig process för att proteiner ska kunna utföra sina funktioner korrekt inuti eller utanför cellen. Felet i proteinveckningsprocessen kan leda till sjukdomar som exempelvis Alzheimers, Parkinsons och kreft.

Lektiner är proteiner eller glykoproteiner som förekommer naturligt i många levande organismer, inklusive växter, djur och mikroorganismer. De har förmågan att binda specifikt till kolhydrater på cellytan hos andra celler. Lektinernas funktion kan variera beroende på vilket organism de kommer ifrån, men de kan exempelvis spela en roll i immunförsvaret, blodkoaguleringen och celldelningen.

I vissa fall kan lektiner också ha toxiska effekter på människor och djur. När vi ätter vissa typer av växter eller frön som innehåller höga nivåer av lektiner, kan det leda till symptom som magkramper, diarré och i värsta fall även andningssvårigheter. Därför rekommenderas det att tillaga vissa sorters frön och bönor noggrant innan de ätas, för att neutralisera lektinerna och minska risken för biverkningar.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Calbindin 2, även känt som Calbindin-D9k, är ett protein som binder calciumjoner och hjälper till att reglera cellers calciumhomöostas. Det förekommer naturligt i djurceller, särskilt i nerv- och muskelceller. Proteinet har en vikt av ungefär 9 kilodalton och innehåller sex calciumbindande EF-hand-domäner. Calbindin-D9k deltar i flera cellulära processer, till exempel signaltransduktion, neurotransmission och apoptos. Vidare har forskning visat att calbindin-D9k kan ha en neuroprotektiv effekt och skydda nervceller mot skador orsakade av excitotoxicitet, ischemisk skada och neurodegenerativa sjukdomar som Parkinson och Alzheimer.

Proteinbindning (ibland även kallat proteininteraktion) refererar till den process där ett protein binder sig till ett annat molekylärt ämne, exempelvis en liten organisk molekyl, ett metalljon, ett DNA- eller RNA-molekyl, eller till ett annat protein. Proteinbindningar är mycket viktiga inom cellbiologi och medicinen, eftersom de ligger till grund för många olika biokemiska processer i kroppen.

Exempel på olika typer av proteinbindningar inkluderar:

* Enzym-substratbindningar, där ett enzym binder till sitt substrat för att katalysera en kemisk reaktion.
* Receptor-ligandbindningar, där en receptor binder till en ligand (exempelvis ett hormon eller en neurotransmittor) för att aktiveras och utlösa en cellsignal.
* Protein-DNA/RNA-bindningar, där proteiner binder till DNA eller RNA-molekyler för att reglera genuttrycket eller för att delta i DNA-replikation eller -reparation.
* Protein-proteinbindningar, där två eller fler proteiner interagerar med varandra för att bilda komplexa eller för att reglera varandras aktivitet.

Proteinbindningar kan styras av en mängd olika faktorer, inklusive den tresdimensionella strukturen hos de involverade molekylerna, deras elektriska laddningar och hydrofila/hydrofoba egenskaper. Många proteinbindningar kan också moduleras av läkemedel eller andra exogena ämnen, vilket gör att de är viktiga mål för farmakologisk intervention.