Cyclophilins are a family of proteins that are found in many organisms, including humans. They are named after their ability to bind to the immunosuppressive drug cyclosporine A. In humans, cyclophilins are involved in various cellular processes, such as protein folding and trafficking, signal transduction, and immune response regulation.

One of the most well-known cyclophilins is cyclophilin A (also known as peptidylprolyl isomerase A or PPIA), which is a cytosolic protein that plays a role in protein folding and trafficking. Cyclophilin A has been studied extensively because of its ability to bind to cyclosporine A, which inhibits its activity and leads to immunosuppression.

Cyclophilins have also been implicated in various diseases, including viral infections, neurodegenerative disorders, and cancer. For example, cyclophilin A has been shown to interact with the human immunodeficiency virus (HIV) protein HIV-1 Tat, which is important for viral replication. In addition, cyclophilins have been found to be upregulated in certain types of cancer, suggesting that they may play a role in tumor growth and progression.

Overall, cyclophilins are important proteins with diverse functions in cellular physiology and pathophysiology.

Peptidylprolyl isomerase (PPIase) är ett enzym som katalyserar rotationen runt peptidbindningen mellan prolin och föregående aminosyrares α-kolon. Denna rotation, eller isomerisering, är en relativt långsam process på grund av den extra ringstruktur som prolin har, vilket gör att det kan vara ett flaskhalsstepp i proteinveckningen. PPIaser katalyserar därför denna reaktion och accelererar proteinfoldning. Ett exempel på ett PPIase är Cyclophilin.

Cyclophilin A (CyPA) er en cyklisk peptidisomerase som forekommer naturlig i mange levende organismer, inkludert mennesker. Det er en liten proteinmolekyl som hører til en klasse av proteiner kalt immunofilinene, som binder specifikt til immunsuppressive t medicine som ciclosporin A. Cyclophilin A har en viktig rolle i den reguleringen av proteinfoldning og -endringer i cellen, og det er involvert i flere intracellulære prosesser som transkripsjon, signaloverføring og apoptose. Cyclophilin A kan også friset fra celler under forskjellige fysiologiske tilstande og patofysiske tilstander, og det har vært vist å ha en betydning i flere ulike sykdommer, inkludert infeksjoner, autoimmune lidelser og kraftig kreft.

Aminosyrasyreaser (eller aminotransferas) er ein type enzym som hjelper med å overføre aminosyre-grupper mellom forskjellige molekyler i kroppen. Disse enzymer spiller en viktig rolle i metabolismen av aminosyrer og andre organiske sirkulasjoner i kroppen. Aminosyrasyreasene er vitale for livet og forekommer i alle levende celler hos planter, dyr og bakterier. De er også viktige markører i diagnostisk medicin.

Ciclosporin er en immunsuppressiv steroidfri droge som brukes etter transplantasjon for å forhindre avstøtning og i behandlingen av visse autoimmune sykdommer, like som eksempelvis psoriasis og revnebusk. Ciclosporin virker ved å hæmme aktiviteten til T-celler, en type hvite blodlegemer som spiller en viktig rolle i immunforsvaret. På denne måten reduserer ciclosporin sannsynligheten for at kroppen vil angripe og avvisje transplantatet eller uønskede celler i kroppen ved autoimmune sykdommer.

"Immunfilament" är inte en etablerad medicinsk term. Det kan dock vara ett begrepp som används för att beskriva strukturella proteiner i immunsystemet, särskilt inom komplementsystemet och det adaptiva immunsvaret. Dessa proteiner är viktiga för uppbyggnaden av immunkomplex och aktivering av immunförsvarsmekanismer.

I komplementsystemet finns det flera immunfilamentproteiner, till exempel C1, C4 och C2, som tillsammans bildar C1-komplexet och är viktiga för den initiala aktiveringen av komplementkaskaden. Dessa proteiner har en strukturell organisation i form av filament och utgör därför möjliga kandidater för vad "immunfilament" kan syfta på inom detta sammanhang.

I det adaptiva immunsvaret finns det också strukturella proteiner som bildar en sorts nätverk eller filament, till exempel MHC-komplexet (major histocompatibility complex) och T-cell receptorer. Dessa proteiner är viktiga för att presentera antigen till T-celler och initiera den adaptiva immunresponsen.

Sammanfattningsvis kan "immunfilament" syfta på strukturella proteiner inom både det adaptiva och det oadaptiva immunsvaret som bildar en sorts nätverk eller filament och är viktiga för aktiveringen av immunförsvarsmekanismer.

CD147, også kjent som extracellular matrix metalloproteinase inducer (EMMPRIN), er ein transmemmbranøs protein som tilhører immunoglobulin-superfamilien. Det er uttrykt på flere typer av celler, inkludert hvite blodceller og endotelceller. CD147 spiller en viktig rolle i reguleringen av akselerasjonen av cellegrovens vekst, invasivitet og metastase i mange typer av cancersjukdommer. Det gjør dette ved å stimulere produksjonen av metalloproteinaser (MMPs), som er en type enzymer som bryter ned extracellulaert matrix. CD147-antigenet er derfor en viktig biomarker for kreftutvikling og prosessen til metastase.

Takrolimus är ett immunsupressivt läkemedel som används efter transplantationer för att förhindra avstötning. Takrolimus fungerar genom att hämta ned aktivering av T-celler, en typ av vita blodkroppar som är involverade i immunförsvaret.

Takrolimusbindande proteiner (TBP) är proteiner som binder till takrolimus och hjälper till att transportera det in i celler, där det kan utöva sitt verkan. De två viktigaste typerna av TBP är FKBP12 och FKBP1A. När takrolimus binder till dessa proteiner bildar de en komplex struktur som hämmer ned kalmodulin-beroende aktivering av kinasen Calcineurin, vilket i sin tur förhindrar transkriptionen av cytokiner och andra proteiner som är involverade i T-cellsaktivering.

I medicinska sammanhang kan man diskutera effekten av TBP på hur mycket aktivt takrolimus verkar, eftersom mängden tillgängligt fria takrolimus kan påverkas av mängden TBP.

Cyklosporin A (Cyclosporine) är ett immunsuppressivt läkemedel som används för att förhindra organavstötningsreaktioner efter transplantation. Det fungerar genom att hämma aktiviteten hos T-celler, en typ av vita blodkroppar som är involverade i immunförsvaret.

Cyklosporin A agerar genom att binda till och inhibera kalciumberoende fosfatas 28 (Calcineurin), ett enzym som aktiverar transkriptionsfaktorer som är involverade i produktionen av cytokiner, vilket är signalmolekyler som reglerar immunresponsen. Genom att hämma denna process hämmas aktiveringen och multiplikationen av T-celler, vilket reducerar risken för organavstötningsreaktioner efter transplantation.

Cyklosporin A används också i behandlingen av vissa autoimmuna sjukdomar, såsom psoriasis och eksem, där det hjälper att reducera inflammation och skadan på huden.

'Streptomyces antibioticus' er en art av bakterier som tilhører slægten Streptomyces. Denne art er kjent for sin evne til å producere et antall forskjellige antibiotika, inkludert streptomycin og neomycin. 'Streptomyces antibioticus' er en grampositiv bakterie som lever i jord og vann, og den er ofte brukt i bioteknologien for produksjon av antibiotika og andre sekundære metabolitter.

Virusfysiologi är ett område inom virologi och cellbiologi som handlar om studiet av virus’ interaktion med värddjurets celler på molekylär nivå. Det inkluderar förståelsen för hur virus infekterar, replikerar sig och modifierar värdcellens funktioner för att möjliggöra sin egen överlevnad och reproduktion.

Virusfysiologin undersöker också de mekanismer som styr virus’ patogenicitet, dvs deras förmåga att orsaka sjukdom, samt hur värdcellens immunförsvar reagerar på infektionen. Genom att förstå dessa processer kan forskare utveckla effektiva strategier för att behandla och förebygga virusinfektioner.

"Bärarproteiner", eller "transportproteiner", är proteiner som binder till och transporterar specifika molekyler, såsom hormoner, vitaminer, lipider och joner, genom cellmembranet eller inom cellen. De hjälper till att reglera cellytans homeostas och kommunikation mellan olika celler. Exempel på bärarproteiner inkluderar hemoglobin, som transporterar syre i blodet, och LDL-cholesterol, som transporterar kolesterol i blodet.

Kalcineurin är ett enzym som finns naturligt i celler och spelar en viktig roll inom cellers signaltransduktion. Det består av två underenheter, A och B, där A-underenheten tillhör den familj av serin/treoninkinaser som kallas calcineuriner. Kalcineurin aktiveras av ökade intracellulära jonkalciumnivåer och är involverat i flera cellulära processer, bland annat transkriptionell regulering och aktivering av vissa transkriptionsfaktorer.

I medicinskt hänseende kan kalcineurin vara av intresse inom områden som immunologi och neurologi. Inhibitorer av kalcineurin används till exempel i vissa immunsuppressiva läkemedel, såsom ciklosporin och tacrolimus, för att förhindra aktivering av T-celler efter transplantationer. Dessa läkemedel minskar risken för avstötningsreaktioner men kan också öka risken för vissa biverkningar, till exempel njurskador och höjd blodtryck.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

Takrolimus är ett immunsupressivt läkemedel som används för att förhindra avstötningsreaktioner efter transplantationer och behandla vissa autoimmuna sjukdomar. Det verkar genom att hämta ned aktiviteten i T-celler, en typ av vita blodkroppar som är inblandade i immunförsvaret.

Läkemedlet tillverkas från en stam av aktinobakterien Streptomyces tsukubaensis och marknadsförs under varumärkena Prograf, Advagraf och Envarsus XR. Takrolimus är ett kalcineurinhämmare som verkar genom att binda till en cytoplasmatisk protein, FKBP12, vilket resulterar i inhibition av kalcineurinfosfatasverksamheten och därmed förhindrar transkriptionen av cytokiner, såsom IL-2, som är nödvändiga för T-cellers aktivering och proliferation.

Takrolimus används ofta i kombination med andra immunosuppressiva läkemedel efter transplantationer av organ som lever, njure, hjärta eller lungor. Det kan också användas för att behandla autoimmuna sjukdomar som svår psoriasis och atopisk dermatit.

Sekvenshomologi, eller sekvenstillhörighet, inom biokemi och genetik refererar till den grad av likhet mellan två eller flera molekylära sekvenser, som kan vara DNA-sekvenser, RNA-sekvenser eller proteinsekvenser. När det gäller aminosyrasekvenser, handlar det om den ordningsföljd av specifika aminosyror som bildar en proteinmolekyl.

Aminosyrasekvenshomologi mellan två proteiner används ofta för att undersöka deras evolutionära släktskap och funktionella likheter. Hög sekvenshomologi kan indikera närbesläktade proteiner med möjligen liknande funktioner, medan låg homologi kan tyda på mindre närstående eller icke-relaterade proteinsekvenser.

Det är värt att notera att även om två proteiner har en hög sekvenshomologi kan deras struktur och funktion skilja sig ifrån varandra, eftersom aminosyrasekvenser inte alltid korrelerar perfekt med proteiners tredimensionella struktur eller biokemiska aktivitet.

Rekombinanta proteiner är proteiner som har skapats genom tekniker för genetisk rekombination, där man kombinerar DNA-sekvenser från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskvärda egenskaper. Denna teknik möjliggör produktionen av stora mängder specifika proteiner med konstant och predikterbar struktur och funktion. Rekombinanta proteiner används inom flera områden, till exempel inom medicinen för framställning av läkemedel som insulin, vaccin och enzymer.

'Värd-patogenförhållanden' är ett begrepp inom medicinen och epidemiologin som refererar till det komplexa samspelet mellan en värdkropp (en människa eller djur) och en patogen (en bakterie, virus, svamp eller parasit) som orsakar sjukdom. Detta förhållande kan variera mycket beroende på flera faktorer, inklusive arten av patogenen, individens immunförsvar, miljöfaktorer och genetiska faktorer hos både värden och patogenen.

Förhållandet mellan värd och patogen kan vara dynamiskt och förändras över tid. Ibland kan en patogen orsaka allvarlig sjukdom i en viss individ, medan samma patogen kan vara asymptomatisk eller orsaka en mildare infektion hos en annan individ. Detta beror ofta på individens immunförsvar och andra faktorer som påverkar deras sårbarhet för sjukdom.

Värd-patogenförhållanden kan också variera beroende på patogena egenskaper, inklusive deras förmåga att infektera värden, replikera sig och sprida sig till andra individer. Vissa patogener har utvecklat mekanismer för att undvika eller undertrycka värdens immunförsvar, vilket kan leda till mer allvarliga infektioner.

Sammanfattningsvis refererar 'värd-patogenförhållanden' till det komplexa samspelet mellan en patogen och deras värdkropp, inklusive de faktorer som påverkar sjukdomsutbrott, allvarlighetsgrad och spridning.

'Sequencing' är ett begrepp inom genetiken som refererar till metoder för bestämandet av raka rader (sekvenser) av nukleotider, de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA. 'Sequencing' används ofta för att undersöka gener och andra delar av DNA för att få information om deras struktur, funktion och evolutionära utveckling.

'Sekvensinpassning' (engelska: sequence alignment) är en metod inom bioinformatiken som används för att jämföra två eller flera DNA- eller proteinsekvenser för att hitta likheter och skillnader mellan dem. Genom att jämföra sekvenser kan forskare identifiera konserverade regioner, mutationer, evolutionära relationer och möjliga funktionella roller.

Sekvensinpassning kan användas för att undersöka olika aspekter av DNA- eller proteinsekvenser, till exempel struktur, funktion, evolutionärt ursprung och släktskap. Det är en viktig metod inom komparativ genetik, molekylär evolution och strukturell biologi.

I sekvensinpassning jämförs två eller flera sekvenser med varandra genom att lägga till luckor (gaps) i sekvenserna för att matcha upp dem så bra som möjligt. Det finns två huvudtyper av sekvensinpassning: global och lokal. Global inpassning jämför hela sekvenserna med varandra, medan lokal inpassning endast jämför delar av sekvenserna där likheter finns.

Sekvensinpassning kan användas för att hitta homologa sekvenser (sekvenser som har gemensam evolutionärt ursprung), identifiera mutationer och andra variationer, och studera evolutionära relationer mellan olika arter eller populationer. Det kan även användas för att förutsäga struktur och funktion hos okända sekvenser genom att jämföra dem med kända sekvenser med liknande egenskaper.

Molekylära chaperoner är proteiner som hjälper till att folda andra proteiner korrekt i cellen. De gör detta genom att binda till de nyss syntetiserade, ofullständigt foldeda proteinerna och hjälper dem att följa den naturliga foldningsvägen så att de kan bilda sin tredimensionella struktur korrekt.

Molekylära chaperoner finns i alla levande celler och är speciellt viktiga under stressförhållanden, då cellen utsätts för högre temperaturer eller andra faktor som kan störa proteinernas foldning. Chaperonerna skyddar också proteiner från att aggregera eller klumpa ihop sig till icke-funktionella aggregerat strukturer.

Exempel på molekylära chaperoner inkluderar Hsp70, Hsp90 och GroEL/GroES i bakterier. Dessa proteiner har olika mekanismer för att hjälpa till med proteinfoldning, men de arbetar alla tillsammans för att säkerställa att cellens proteiner är korrekt foldeda och funktionella.

En stressreaktion är ett svar på en stressor, vilket kan vara en fysisk, emotionell eller mentalt krävande händelse eller situation. Reaktionen aktiverar kroppens autonoma nervsystem och hormonsystem för att möjliggöra en snabb reaktion på fara eller utmaning.

Denna process involverar frisättning av stresshormoner som adrenalin och cortisol, vilket leder till fysiologiska förändringar i kroppen såsom ökat hjärtrytm, högre blodtryck, snabbare andning och bättre blodtillförsel till musklerna. Dessa förändringar förbereder kroppen att hantera en stressfull situation genom att öka dess alertness, koncentration och fysiska förmåga.

Stressreaktionen kan vara antingen akut eller kronisk beroende på om den är tillfällig eller varar över en längre tidsperiod. Akut stress kan vara nyttigt eftersom den hjälper oss att hantera faror och utmaningar, medan kronisk stress kan ha negativa effekter på vår fysiska och mentala hälsa.

Molekylär kloning är en biologisk teknik där man skapar exakta kopior av specifika gener eller andra stycken av DNA. Detta görs genom att skapa en rekombinant DNA-molekyl, vilken består av DNA från två olika källor. Denna rekombinanta DNA-molekyl innehåller oftast en önskad gen som är flankerad av kontrollsekvenser, så kallade promotor- och terminatorkärnor, som styr när och hur mycket av genen ska exprimera sig.

Den rekombinanta DNA-molekylen införs sedan i en värdcell, ofta en bakteriecell eller en eukaryot cell, där den kan replikera sig tillsammans med cellens egna gener. På det viset produceras stora mängder av den önskade genen eller DNA-sekvensen.

Molekylär kloning används inom forskning för att studera geners funktion och interaktion, för att producera proteiner i stor skala för medicinska tillämpningar och för att skapa genetiskt modifierade organismer som används inom jordbruk och bioteknik.

Immunhämmande medel, även kända som immunosuppressiva medel, är läkemedel som minskar eller undertrycker funktionen hos det immunsystemet. De används ofta för att förhindra avstötning av transplanterade organ och behandla autoimmuna sjukdomar, där det immunsystemet attackerar kroppens egna celler eller vävnader. Immunhämmande medel fungerar genom att hämta någon aspekt av den immunologiska responsen, till exempel produktionen av antikroppar eller aktiveringen av vita blodkroppar som T-celler och B-celler. Det är viktigt att notera att användning av dessa medel kan öka risken för infektioner och onkologiska sjukdomar, eftersom de undertrycker den immunologiska responsen.