Cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) is a protein complex that plays a crucial role in the post-transcriptional regulation of eukaryotic gene expression. The CPSF complex is responsible for recognizing and cleaving the pre-mRNA at the poly(A) site, followed by the addition of a string of adenine residues (polyadenylation) to the 3' end of the newly formed mRNA. This process is essential for the stability, transport, and translation of the mature mRNA.

The CPSF complex consists of several subunits, including CPSF1, CPSF2, CPSF3, CPSF4, and CPSF7. Each subunit has a specific function in the cleavage and polyadenylation process. For example, CPSF1 recognizes and binds to the poly(A) signal sequence in the pre-mRNA, while CPSF3 is responsible for endonucleolytic cleavage of the pre-mRNA at the poly(A) site.

The proper functioning of the CPSF complex is critical for accurate gene expression and regulation. Mutations or dysregulation of CPSF components have been implicated in various human diseases, including cancer and neurological disorders. Therefore, understanding the structure, function, and regulation of the CPSF complex is an important area of research in molecular biology and genetics.

MRNA-splitsning (eng. mRNA splicing) är ett posttranskriptionellt modifieringssteg där icke-kodande intronsekvenser exciderar och kodande exonssekvenser ligomeriseras till att forma ett mature, translationskompetent mRNA. Detta process sker i splisosomen, en komplex ribonukleoprotein (RNP) struktur som innehåller flera olika typer av RNA- och proteinmolekyler, inklusive snRNP:er (small nuclear ribonucleoproteins), SR-proteiner och hjälpproteiner. Många av dessa proteiner har en roll i att katalysera eller reglera splisningsprocessen.

Polyadenylering är ett separat posttranskriptionellt modifieringssteg där en polyA-svans läggs till 3'-slutet av mRNA:t. Detta hjälper till att stabilisera mRNA:t, underlätta exporten från cellkärnan och initiera translationen. Polyadenyleringsprocessen innefattar flera olika enzymatiska steg, inklusive 3'-slutet klippning, adenylylation och metylering.

MRNA-splitsnings- och polyadenyleringsfaktorer (mRNA processing factors) är proteiner som deltar i dessa processer. De kan vara direkt involverade i katalysen av splisning eller polyadenylering, eller de kan ha en regulatorisk roll genom att interagera med andra faktorer eller substrat. Exempel på mRNA-splitsningsfaktorer inkluderar snRNP:er (U1, U2, U4, U5 och U6), SR-proteiner och hjälpproteiner som SF3a, SF3b och PRP8. Exempel på polyadenyleringsfaktorer inkluderar CPSF, CstF, CFIm och CFIIm. Dessa faktorer bildar ofta stora komplex med varandra för att koordinera och underlätta mRNA-bearbetningen.

Polyadenylering er en biokemisk proces, hvor et poly(A)-haler (en sekvens af adeneinheder) tilføjes 3'-slutningen af mRNA-molekyler under transskriptionen i eukaryote celler. Denne proces er vigtig for stabilitet, transport og translationsinitiering af eukaryotisk mRNA. Polyadenyleringen kataliseres af enzymer kaldet poly(A)-polymeraser, der tilføjer adeninhederne i en 5'-til-3'-retning. Den resulterende poly(A)-hale er typisk mellem 50 og 250 nukleotider lang.

CstF ( Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor) er ein proteinkompleks som spiller en viktig rolle i prosessen med RNA-forarbeiding, mer precist under prosessen med RNA-polymerase II-leddde polyadening. CstF består av fire underenheter, inkludert CstF-50, CstF-64, CstF-77 og CstF-90. Disse underenhetene interagerer med andre proteiner for å identifisere en bestemt sekvens i RNA-molekylet som skal klippes av og ha et polyA-svans tillegget. Dette er viktig for stabiliteten og transporten av mRNA-molekylet.

CstF-proteinet jeg tenker du refererer til er sannsynligvis CstF-64, som er en underenhet i CstF-komplekset. Denne underenheten inneholder et RRM (RNA Recognition Motif)-domene som binder seg til en specifik sekvens i 3'-slutten av pre-mRNA-molekylet for å regulere prosessen med polyadenyling. Mutasjoner i CstF-64-genen kan føre til ulike sykdommer relatert til RNA-forarbeiding og proteinsyntese.

Polynucleotide adenylyltransferase (PNAT) er ein klasse enzyme som kan katalyse den reaksjonen av overføring av AMP-grupper fra ATP til 3'-OH-ende av en RNA-molekyl. Denne typen enzyma inkluderer bl.a. de well-knowne enzymer som poly(A)-polymerase og T4 polynucleotide kinase. Disse enzymer spiller en viktig rolle i regulering av genuttrykk og reparasjon av DNA-skader.

"RNA 3' End Processing" refererer til den biokjemiske proces, hvor der tilføjes eller fjernes nukleotider fra det 3' end (det sidste nukleotid) af et RNA-molekyle. Dette sker ofte for at aktivere eller deaktivere genekspressionen, og kan involvere en række forskellige enzymatiske reaktioner som tilføjelse af en poly(A)-hale (polyadenylering), fjernelse af introner (splicing) eller trimning af de overstående nukleotider. Disse ændringer kan have vigtige konsekvenser for den genetiske information, der transskriberes fra DNA til RNA og senere oversættes til protein.

RNA-prekursorer, eller RNA-precursor molekyler, refererar till initiala transkriptionsprodukter som består av en längre sekvens än den mognaste, funktionella RNA-molekylen. Dessa prekursorer innehåller ofta intronsekvenser som behöver tas bort genom ett process som kallas splicing innan den funktionella RNA-molekylen kan bildas. RNA-prekursorer kan vara antingen protein kodande, såsom pre-mRNA (prekursor-messenger RNA), eller icke-proteinkodande, som inkluderar pre-rRNA (prekursor-ribosomalt RNA) och pre-tRNA (prekursor-transfer RNA).

Post-transcriptional RNA processing refers to the series of modifications and regulatory processes that occur on an RNA molecule after it has been transcribed from DNA. These processes include:

1. 5' capping: The addition of a 7-methylguanosine cap to the 5' end of the RNA, which protects the RNA from degradation and helps in its transport and translation.
2. 3' polyadenylation: The addition of a string of adenine nucleotides (poly(A) tail) to the 3' end of the RNA, which also protects the RNA from degradation and plays a role in its stability and translation.
3. Splicing: The removal of non-coding sequences (introns) from within the RNA transcript and the joining together of the remaining coding sequences (exons) to form a continuous mRNA sequence. This process is critical for generating mature, functional mRNAs.
4. RNA editing: The modification of specific nucleotides within the RNA transcript, which can alter the meaning of the genetic code and lead to the production of different proteins.
5. Chemical modifications: The addition of various chemical groups (e.g., methyl groups) to specific nucleotides within the RNA transcript, which can affect its stability, localization, and function.

These post-transcriptional processing events play a crucial role in regulating gene expression, controlling the quality and fate of RNA molecules, and ensuring the accurate translation of genetic information into functional proteins.

'Poly A' är ett vanligt förekommande begrepp inom molekylärbiologi och refererar till en sekvens av adenin-baserade nukleotider som får en RNA-molekyl att bli "polyA-taggad". Detta är en posttranskriptionell modifikation där ett antal adenin-nukleotider (ofta 50–250) fogas till 3'-slutet av en mRNA-molekyl. PolyA-svansen hjälper till att stabilisera mRNA, underlättar transporten av mRNA från cellkärnan till cytoplasman och bidrar till translationsinitieringen.

RNA-bindande proteiner (RBPs) är proteiner som binder till RNA-molekyler och spelar en viktig roll i regleringen av RNA-processering, transport, lokalisation och traduction. Dessa proteiner har olika strukturella domäner som möjliggör deras bindning till specifika sekvenser eller strukturer hos RNA. Genom att interagera med RNA kan RBPs påverka dess stabilitet, sönderdelning, och dess förmåga att interagera med andra proteiner och ribonukleoproteinpartikel (RNP) komplex. RBPs är involverade i en rad cellulära processer såsom splicing, transport, lokalisation, stabilitet och översättning av mRNA, samt i regleringen av miRNA-funktioner.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

RNA (Ribonucleic acid) är ett samlingsnamn för en grupp molekyler som spelar en central roll i cellens proteinsyntes och genuttryck. Det finns olika typer av RNA, men en specifik typ kallas just budbärarrNA (mRNA, messenger RNA). BudbärarrNA har till uppgift att transportera genetisk information från cellkärnan till ribosomen i cytoplasman, där den används för att bygga upp proteiner enligt instruktionerna i genomet. På så sätt fungerar budbärarrNA som ett slags "budbärare" av genetisk information mellan cellkärnan och ribosomen.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

RNA 3' polyadenylation signals are sequences in messenger RNA (mRNA) that indicate the site where the process of polyadenylation should occur. Polyadenylation is the addition of a string of adenine nucleotides, known as a poly(A) tail, to the 3' end of an mRNA molecule. This process is important for the stability, transport, and translation of mRNA.

The canonical polyadenylation signal in eukaryotic cells is the sequence AAUAAA, which is typically located about 10-30 nucleotides upstream of the poly(A) site. However, there can be variations in this sequence, with the consensus sequence being defined as YUYAAY, where Y represents a pyrimidine (C or U) and R represents a purine (A or G).

In addition to the hexameric signal, there are other elements that contribute to the recognition of the polyadenylation site, including a downstream element (DSE) and a weak upstream element (USE). The DSE is typically located 10-40 nucleotides downstream of the poly(A) site and has a purine-rich sequence. The USE is located upstream of the hexameric signal and has a weak consensus sequence.

Together, these elements form the RNA 3' polyadenylation signals that are recognized by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) complex, which cleaves the mRNA at the poly(A) site and adds the poly(A) tail.

"Bassekvens" er en medisinsk betegnelse for en abnorm, gentagen sekvens eller mønster i et individ's DNA-sekvens. Disse baseparsekvenser består typisk av fire nukleotider: adenin (A), timin (T), guanin (G) og cytosin (C). En bassekvens kan være arvelig eller opstå som en mutation under individets liv.

En abnormal bassekvens kan føre til genetiske sygdomme, fejlutviklinger eller forhøjet risiko for bestemte sykdommer. For eksempel kan en bassekvens, der koder for en defekt protein, føre til en arvelig sykdom som cystisk fibrose eller muskeldystrofi.

Det er viktig å understreke at en abnormal bassekvens ikke alltid vil resultere i en sykdom eller fejlutvikling. I mange tilfeller kan individet være asymptomatisk og leve et normalt liv.

Substratspecificitet betegner i farmakologi og enzyms biokemi, hvilken type af substrat (den molekyle, der binder til enzymet) et specifikt enzym er i stand til at binde sig til og katalyse en reaktion med. Enzymer er biologiske katalysatorer, der accelererer kemiske reaktioner inden for levende organismer, og hver enzym har typisk en specifik substratspecificitet, der bestemmer, hvilken type af molekyler, den kan arbejde på.

Substratspecificiteten for et enzym kan være meget snæver, så det kun kan binde sig til én specifik molekyletype, eller den kan være bredere, så det kan binde sig til flere relaterede molekyler. Substratspecificiteten af et enzym kan blive fastlagt ved at undersøge, hvilke substrater det kan binde sig til og katalysere en reaktion med under specifikke betingelser.

Det er vigtigt at notere, at substratspecificiteten for et enzym ikke altid er absolut. I nogle tilfælde kan et enzym have en vis grad af fleksibilitet og være i stand til at binde sig til og katalysere reaktioner med substrater, der ikke er helt identiske med dets normale substrat. Dette kaldes undertiden for "promiskuitet" eller "krydsreaktivitet".

Ribulose-1,5-bisfosfatkarboxylas (RuBisCO) er et enzym som spiller en viktig rolle i fotosyntesen hos planter, alger og visse bakterier. Det katalyserer den karboxylasereaksjonen der kARBONDIOXID blir fiksert til ribulose-1,5-bisfosfat for å starte bildet av en ny organisk carbonforbindelse i Calvin-cykelen. RuBisCO er et av de mest abundante enzymer i naturen og er viktig for livet på jorda som vi kjenner det, siden det er involvert i assimilationen av kultveksleringsgasen kARBONDIOXID til organisk carbon.