Lysine carboxypeptidases are a group of enzymes that belong to the peptidase family. They catalyze the cleavage of peptide bonds specifically at the carboxyl-terminal side of lysine residues in proteins and peptides. These enzymes play important roles in various biological processes, including protein degradation, processing, and regulation.

Lysine carboxypeptidases are classified as metallocarboxypeptidases, meaning that they contain a metal ion, typically zinc, at their active site, which is essential for their catalytic activity. They require the presence of chloride or other anions to function optimally.

These enzymes have been found in various organisms, including bacteria, fungi, plants, and animals. In humans, lysine carboxypeptidases are involved in several physiological processes, such as blood pressure regulation, inflammation response, and protein turnover. Dysregulation of these enzymes has been implicated in various diseases, including hypertension, cancer, and neurodegenerative disorders.

It's worth noting that there are different types of lysine carboxypeptidases with distinct properties and functions. For example, some lysine carboxypeptidases are secreted enzymes, while others are intracellular. Additionally, some lysine carboxypeptidases have broad substrate specificity, while others are highly selective for certain peptide sequences.

Overall, lysine carboxypeptidases are important regulators of protein function and homeostasis in various organisms and play a critical role in maintaining physiological balance.

Karboxypeptidaser är en grupp enzymer som bryter ned proteiner genom att katalysera hydrolys av peptidbindningar och klippa av specifika aminosyror från karboxyländen (C-terminalen) av peptider eller proteinmolekyler. Dessa enzymer är exoenzym, vilket betyder att de agerar utanför cellen och bryter ner proteiner till små peptider eller enskilda aminosyror som kan tas upp av cellen.

Det finns två huvudtyper av karboxypeptidaser: serin-karboxypeptidaser (till exempel karboxypeptidase A och B) och metallkarboxypeptidaser (till exempel karboxypeptidase M, N och S). Serin-karboxypeptidaserna innehåller en serinresidue i den aktiva platsen, medan metallkarboxypeptidaserna innehåller en eller två metalljoner (till exempel zink, kobolt) som är involverade i katalysen.

Karboxypeptidaser har en viktig roll i olika fysiologiska processer, såsom proteinmetabolism, blodkoagulering och blodtrycksreglering. Dysfunktion eller överaktivitet av karboxypeptidaser kan leda till patologiska tillstånd som exempelvis cancer, neurodegenerativa sjukdomar och kardiovaskulära sjukdomar.

Karboksipeptidase H, även känd som dipeptidylpeptidas 3 (DPP-3), är ett enzym som finns i kroppen hos många djur, inklusive människor. Det tillhör en grupp enzymer som kallas karboxypeptidaser och har förmågan att bryta ned specifika peptidbindningar i proteiner och peptider.

Mer specifikt så klipper karboksipeptidase H av den sista aminosyran från en peptid, om denna aminosyra innehåller en hydrofil sidokedja. Detta gör att karboksipeptidase H kan spela en viktig roll i regleringen av olika fysiologiska processer som involverar peptider och proteiner, såsom blodkoagulering, immunförsvar och neurotransmission.

Det är värt att notera att karboksipeptidase H inte ska förväxlas med en annan karboxypeptidashuvudgrupp som kallas DPP-4 (dipeptidylpeptidas 4), som också har förmåga att bryta ned specifika peptider och är ett viktigt mål för behandling av typ 2 diabetes.

'Lysin' er en type aminosyre som er essensiell for mennesker, det betyr at kroppen ikke kan produsere den selv og den må derfor tilføres gjennom kosten. Lysin spiller en viktig rolle i produksjonen av kollagen, en strukturell proteinskjemakke som er viktig for styrken og integriteten til huden, knoklene, blodkarrene og andre bindivisjevev. Det er også involvert i absorbsjonen av calcium, noe som er viktig for helse og styrke i knoklene. Lysin er en polar, alifatisk aminosyre med en lengre hydrokarbonkjede og en positivt ladet amino-gruppe. Den finnes naturligvis i mange matvarer som kjøtt, fisk, egg, bærtanter, ost og visse grønnsaker.

Karboksipeptidase B, även känd som carboxypeptidat B eller CPB, är ett enzym som bryter ned proteiner genom att katalysera avskiljandet av hydrolysen av den karboxylterminala aminosyran från ett polypeptidsubstrat, när denna aminosyra är aromatisk (t.ex. fenylalanin eller tyrosin) eller har en stor sidokedja (t.ex. leucin eller tryptofan).

CPB är en exopeptidas och tillhör serinproteasklassen av proteaser, vilket innebär att det använder en serinrest som en del av den aktiva platsen för sin katalytiska verksamhet. Det uttrycks huvudsakligen i bukspottkörteln och pankreas och spelar en viktig roll i proteinmetabolismen, särskilt vid digestionen av proteiner i mag-tarmkanalen.

Dess specifika aktivitet hjälper till att frisätta biologiskt aktiva peptider från sina prekursorer och påverkar också smaken av proteinrika livsmedel genom sin roll i nedbrytningen av proteiner.

Karboksipeptidas A är ett enzym som bryter ned proteiner eller peptider genom att katalysera avskiljandet av en karboxylgrupp från den terminala aminosyran i en polypeptidkedja. Det är specifikt aktivt mot peptider och proteiner med hydrofoba, aromatiska eller biogena aminosyror som sin sista C-terminala aminosyra, såsom fenylalanin, tryptofan och tyrosin. Karboksipeptidas A är kliniskt relevant eftersom det finns i människors tarmsaft och hjälper till att bryta ned proteiner i maten till små peptider och enskilda aminosyror som kan absorberas i tarmen. Dessutom har abnorma nivåer av karboksipeptidas A påvisats i vissa patologiska tillstånd, såsom cancer och inflammatorisk tarmsjukdom.

Cathepsin A, även känt som CTSA eller serosa, är ett enzym som tillhör klassen av cysteinproteaser. Det är huvudsakligen beläget i lysosomer och laterala vesiklar och spelar en viktig roll i intracellulär proteinprocessering och degradation. Cathepsin A har också visat sig ha en funktion i aktiveringen av andra proteaser, samt i neutraliseringen av proteaser som annars skulle vara skadliga för cellen. Dessutom är cathepsin A involverat i några immunologiska processer, såsom presentation av antigen och inflammation. Genom att katalysera hydrolysen av peptidbindningar hjälper cathepsin A till att bryta ner och recyla proteiner inuti cellen. Defekter i CTSA-genen har associerats med vissa sjukdomar, såsom galaktosialidos, som kännetecknas av neurologiska symptom och missbildningar.

Glutamatkarboxypeptidase II, även känt som gyromonocytärt peptidase eller glutamylaminopeptidase, är ett enzym som finns i både djur- och växtceller. Det spelar en viktig roll i nedbrytningen av proteiner genom att klyva peptidbindningar efter glutaminsyra eller asparaginsyra residyer.

Specifikt katalyserar glutamatkarboxypeptidase II följande reaktion:

Protein + H2O → Protein-fragment + aminosyra (glutaminsyra eller asparaginsyra)

Detta enzym är involverat i olika biologiska processer, inklusive proteinmetabolism och signaltransduktion. Dysfunktion i glutamatkarboxypeptidas II-aktivitet har associerats med flera sjukdomar, såsom neurodegenerativa sjukdomar och cancer.

Carboxypeptidase U, även känt som thimet oligopeptidase, är ett enzym som finns i celler och bryter ner proteiner till små peptider och enskilda aminosyror. Det är specifikt ett metalloproteinas, vilket betyder att det innehåller en metallkoordinerad aktivitet. I synnerhet har carboxypeptidase U zink som en del av sin aktiva plats och bryter ned proteiner genom att klippa bort den sista aminosyran i en peptidkedja, så länge den är en hydrofoba eller aromatiska aminosyra. Detta enzym spelar en viktig roll i regleringen av olika fysiologiska processer, inklusive blodkoagulering och immunförsvaret.

Gammaglutamylhydrolas, även känt som gamma-glutamyltransferas (GGT), är ett enzym som katalyserar nedbrytningen av peptider med gammaglutamylbindningar. Detta enzym hittas i höga koncentrationer i lever, gallblåsa och bukspottskörtel och spelar en viktig roll i aminosyrornas metabolism och det antioxidativa systemet. GGT är också använt som ett kliniskt laboratoriemärke för att undersöka skada på lever och gallgångar, eftersom ökade nivåer av GGT kan indikera lever- eller gallgångssjukdom.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.