trans-Golginätverk
Trans-Golgi network (TGN) refers to a cellular organelle that is a part of the Golgi apparatus in eukaryotic cells. It is the final sorting station where proteins and lipids are sorted and packaged into vesicles for transport to their respective destinations, such as endosomes, lysosomes, plasma membrane, or the extracellular space. The TGN also plays a crucial role in modifying and processing proteins and lipids before they are transported.
Golgiapparat
En packe tillplattade, små blåsor som medverkar i posttranslationsproduktionen och sorteringen av proteiner, genom att ta emot dem från det endoplasmatiska nätverket och vidarebefordra dem till sekretoriska mikrokärl, lysosomer eller cellmembranet. Proteiner förflyttas med hjälp av transportblåsor som knoppas av från det endoplasmatiska nätverket eller Golgiapparaten och smälter samman med Golgi, lysosomer eller cellmembranet.
Endosomer
Blåsor som bildas i cytoplasman när höljeförsedda blåsor ömsar sitt klatrinhölje. Endosomer innesluter makromolekyler som binds av receptorer på cellytan.
Brefeldin A
Proteintransport
Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner bliver transporteret gennem cellemembraner for at nå deres destination indenfor eller udenfor cellen. Dette sker ved hjælp af specielle transportproteiner, som kender vej og kan genkende de forskellige typer proteiner. Proteintransport er en nødvendig proces for at sikre, at cellen fungerer korrekt og at proteinerne kan udføre deres biologiske funktioner på det rigtige sted i organismen.
Adaptoproteinkomplex 1
I en enkel medicinsk definition kan Adaptoproteinkomplex 1 (AMPK) definieras som ett intracellulärt enzymkomplex som fungerar som en energisensor och spelar en central roll i cellens energihushållning. AMPK aktiveras under förhållanden av energetisk stress, såsom när celldatorsnack orsakas av syrebrist eller näringsbrist, och hjälper till att ställa in cellens metabolism för att bevara energi och främja överlevnad. Det gör detta genom att aktivera katabola processer som frigör energirik föreningar, samtidigt som det inhibiterar anabola processer som kräver energi. AMPK har också visat sig ha potential som ett terapeutiskt mål för behandling av en rad sjukdomstillstånd, inklusive diabetes, fetma, cancer och neurodegenerativa sjukdomar.
Furin
Adaptorproteinkomplex gammaunderenheter
An adaptor protein complex gamma subunit refers to a specific type of protein that is a component of the heterotetrameric adaptor protein complexes, known as AP-1, AP-2, AP-3, and AP4. These complexes play a crucial role in the formation of vesicles involved in intracellular trafficking by recognizing specific motifs on membrane proteins and recruiting other proteins required for vesicle formation and transport. The gamma subunit is one of the four subunits that make up each complex, and it helps to bind the complex to the membrane and regulate its activity.
Receptor, IGF typ 2
IGF-2 (Insulin-like Growth Factor 2) Receptor är ett tyrosinkinaspringprotein som binder till och internaliserar IGF-2 ligander. Det uttrycks främst i fetal vävnad, men även i vuxna lever-, muskel- och hjärnvävnader. IGF-2 Receptorn deltar i cellcykeln, celldelning och differentiering, samt kan ha en roll i tumörsuppression genom att fungera som en negativ regulator av IGF-1-signaleringsvägen.
Klatrin
Det viktigaste strukturella höljeproteinet i höljeklädda blåsor. Det har en nyckelroll i den intracellulära transporten mellan membranbärande organeller. Klatrin samverkar också med cytoskelettproteiner.
Adaptorproteiner, vesikulär transport
'Adaptorproteiner, vesikulär transport' refererer til proteiner som faciliterer formationen og direksjonen av vesikler under intracellulær transport, ved å fungere som bro mellom vesiklar og deres målkompartmenter i cellen.
ADP-ribosyleringsfaktorer
Monomeriska GTP-bindande proteiner som ursprungligen påvisades som allosteriska aktivatorämnen för NAD(P)(+)-argenin-ADP-ribosyltransferas i den katalytiska subenheten av koleratoxin. De är engagerade i kärltransport och aktivering av fosfolipas D. EC 3.6.1.-.
Vesicular Transport Proteins
'Vesicular Transport Proteins' refererar till specifika proteiner som fungerar som transportörer under cellens membrantransport via vesiklar. Dessa proteiner hjälper till att transportera olika substanser, såsom näringsämnen, hormoner och neurotransmittorer, mellan olika kompartment inom cellen eller mellan celler genom att forma små blåsor (vesiklar) som avgränsas av ett lipidbilaga. Genom att binda specifikt till vesikelmembranet och/eller transportbanans membran, underlättar vesikulära transportproteiner frakt, fusion och innehållsutbytet mellan olika kompartment i cellen. Exempel på vesikulära transportproteiner inkluderar SNARE-proteiner, coatomer och kinesin.
Regulatoriska gennätverk
Subtilisiner
Subtilisiner är ett enzym som bryter ned proteiner genom att klippa sönder specifika peptidbindningar, vilket resulterar i kortare peptider och enskilda aminosyror som slutprodukter. Detta enzym uttrycks av bakterien Bacillus subtilis och har potentialen att användas inom medicinska tillämpningar, såsom behandling av proteinaggregationssjukdomar som Alzheimers sjukdom och Parkinsonism.
Cellmembran
Biologisk transport
Förflyttning av ämnen, inkl. biokemiska substanser och läkemedel, genom cellmembran och epitellager, vanligen med passiv diffusion.
Membranproteiner
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
Täckta vesiklar
Blåsor som bildas när täckta cellmembrangropar växer inåt och knoppas av. Blåsornas ytterskikt utgörs av ett fackverksliknande täcke av höljeproteiner, som t ex klatrin, höljeproteinkomplexproteiner e ller kaveoliner.
Cellavdelning
Uppdelning av en cells inre pga de selektivt genomsläppliga membran som omger cellens olika beståndsdelar, som t ex mitokondrier, lysosomer osv.
Endocytos
rab GTP-bindande proteiner
Rab GTP-bindande proteiner är en familj av små GTPas-proteiner som regulerar intracellulär trafficking av vesiklar och organeller inom eukaryota celler. De fungerar som molekylära switche genom att cycliskt binda och hydrolysera GTP, vilket aktiverar och inaktiverar deras funktioner respektive. Varje Rab-protein har en specifik subcellulär lokalisation och är involverat i olika steg av membrantrafiken, såsom budbudning, transport, fusion och klyvning. De spelar därför en viktig roll i celldelning, signaltransduktion, endocytos och exocytos, samt i homeostasen hos celler.
Klatrinhöljda blåsor
Transportblåsor
Qa-SNARE Proteins
Qa-SNARE proteins, also known as R-SNAREs, are a subtype of SNARE (Soluble N-ethylmaleimide sensitive factor Attachment protein REceptor) proteins that play a crucial role in intracellular membrane fusion events. They are called Qa-SNAREs because they contain a glutamine (Q) residue in their SNARE motif and are anchored to the target membrane. During membrane fusion, Qa-SNARE proteins interact with other SNARE proteins containing complementary motifs, forming a stable four-helix bundle known as a SNARE complex. This interaction brings the two membranes into close proximity, allowing for their fusion and the transport of molecules between them. Qa-SNAREs are involved in various cellular processes, including vesicle trafficking, neurotransmitter release, and autophagy.
ADP-ribosyleringsfaktor 1
En substans som deltar i regleringen av den intracellulära transporten genom att modulera samverkan mellan höljeproteiner och organellmembran på ett tidigt stadium i det sekretoriska förloppet. Den in går i höljeproteinkomplex I.
Intracellulära membran
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Hela-celler
Molekylsekvensdata
Sekretoriska blåsor
"Sekretoriska blåsor" refererar till intraepiteliala vesiklar innehållande sekreterade proteiner och andra molekyler, som bildas genom reglerad exocytos i epitelceller, vanligtvis i samband med specifik cellulär aktivering eller stimulans, för att underlätta specifika fysiologiska processer, såsom näringsupptag eller immunförsvar.
Lysosomer
En klass morfologiskt heterogena cytoplasmapartiklar i djur- och växtvävnader som kännetecknas av sitt innehåll av hydrolytiska enzym och dessas strukturbundna latens. Lysosomernas intracellulära funktioner beror på deras lytiska potential. Lysosomens enkla membran verkar som barriär mellan de inneslutna enzymen och substratet utanför. Lysosomenzymens verkan är begränsad eller ingen alls så länge blåsan de är inneslutna i inte brister.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Aminosyrasekvens
Adaptorproteinkomplex alfaunderenheter
I en enkel mening kan adaptorproteinkomplex alfaunderenheter (Alpha Adaptin) definieras som en viktig del av kluster av proteiner som hjälper till att sortera och transportera cargo (last) i celler, särskilt inom endocytosprocessen. Alpha Adaptin är en underenhet i det större adaptorproteinkomplexet AP-2, vilket spelar en central roll i att initiera klumpbildningen av membran och cargo infångande under clathrin-medierad endocytos. Proteinet hjälper också till att koppla transportvesiklar till membranen och reglerar processer relaterade till cellyttrafik och signaltransduktion.
Membranglykoproteiner
Glykoproteiner i cellmembran eller på cellytor.
Vakuoler
I en enkel medicinsk definition kan vakuoler beskrivas som membranomskydda kompartment innehållande vätska och/eller olika organellmaterial, som förekommer inne i celler hos levande organismer. Vakuoler är vanligen associerade med specifika funktioner såsom intracellulär lagring, nedbrytning av material eller homeostasis.
Endoplasmatiskt nätverk
Immunelektronmikroskopi
Syntaxin 16
Katepsin D
Metabola nätverk och banor
Sekretoriska banor
"Sekretoriska banor refererar till specifika transportproteiner i cellytans membran som transporterar vesiklar med syntetiserade sekretoriska proteiners innehåll till cellmembranet för exocytos och sen release utanför cellen."
Lysosomassocierade membranglykoproteiner
Fluorescensmikroskopi
Kromograniner
I en enkel medicinsk definition är kromograniner proteiner som finns naturligt i vissa celler, särskilt i de neuroendokrina och endokrina cellerna. Dessa celler har förmågan att utsöndra hormoner eller signalsubstanser för att kommunicera med andra celler i kroppen. Kromograniner fungerar som strukturella proteiner inne i vesiklar, de membranbundna organellerna där signalsubstanser lagras och prepareras för utsöndring. De kan också vara involverade i cellers tillväxt, differentiering och överlevnad. Kromogranin A är ett av de viktigaste kromograninproteinerna och används som markör för att identifiera neuroendokrina celler och diagnostisera neuroendokrina tumörer.
Multivesicular Bodies
Multivesicular bodies (MVBs) are membrane-bound organelles found within eukaryotic cells, including human cells. They are formed from the intraluminal vesicles (ILVs) that bud inward from the limiting membrane of late endosomes. These ILVs enclose portions of the cell's inner membrane and extracellular cargo, such as proteins and lipids, which are destined for degradation or recycling. MVBs can fuse with lysosomes, where their contents are broken down by hydrolytic enzymes. Additionally, MVBs play a role in the biogenesis of exosomes, which are small extracellular vesicles released from cells and contain various molecular constituents derived from the ILVs of MVBs.
Modeller, biologiska
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Cercopithecus aethiops
Adaptorproteinkomplex betaunderenheter
I en enkel mening kan adaptorproteinkomplexet beta-unterenheter definieras som en typ av proteinkomplex som hjälper till att sammanfoga och koordinera olika cellulära signaltransduktionsvägar. Dessa proteinkomplex består av flera underenheter, inklusive beta-underenheterna, som tillsammans fungerar för att koppla receptorer till intracellulära signalproteiner och på så sätt överföra signalsubstanser in i cellen. Adaptorproteinkomplexet beta-unterenheter är viktiga för en rad cellulära processer, såsom cellytiska signaltransduktion, cellkommunikation och celldelning.
COS-celler
Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.
Proteinstruktur, tertiär
Exocytos
Qb-SNARE Proteins
Qb-SNARE proteins are a subclass of SNARE (Soluble N-ethylmaleimide sensitive factor Attachment protein REceptor) proteins that play a crucial role in intracellular membrane fusion events, particularly in synaptic vesicle exocytosis. They are called Qb-SNAREs because they contain a conserved SNARE motif that is characterized by the presence of glutamine (Q) and bulky hydrophobic residues. Specifically, Qb-SNAREs contribute to the formation of the core SNARE complex along with Qc- and R-SNAREs, which brings two opposing membranes into close proximity, allowing for fusion and subsequent release of neurotransmitters or other vesicle contents. A well-known example of a Qb-SNARE protein is syntaxin 1B, which is abundantly expressed in neurons and interacts with synaptotagmin on the synaptic vesicle membrane to regulate calcium-dependent neurotransmitter release.
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Cytoplasmatiska blåsor
Membranförsedda strukturer som uppkommer ur plasmamembranet eller olika intracellulära membran och som har betydelse för lagring, transport eller ämnesomsättning.
Virushöljets proteiner
"Virushöljet proteiner är de proteinmolekyler som bildar den yttre kapseln eller membranen runt ett virus, vilka kan vara involverade i dess bindning till värddelarna och infektionsprocessen."
Grönfluorescerande proteiner
Proproteinkonvertaser
En Proproteinkonvertas (PPK) är ett enzym som aktiverar proteiner genom att klippa bort en propeptidsekvens och på så sätt konverterar proproteinet till dess aktiva form.
Coatomerprotein
Ett 700 kD cytosolproteinkomplex, bestående av sju ekvimolara underenheter (alfa, beta, beta', gamma, delta, epsilon och zeta). Coatomerprotein och ADP-ribosyleringsfaktor 1 utgör huvuddelen av höljep roteinkomplex I och deltar i vesikeltransporten mellan det endoplasmatiska nätverket och golgiapparaten.
Proteinsynteshämmare
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Mutation
Immunfluorescensteknik
Subcellulära fraktioner
Subcellular fractions refer to the distinct components or particles that are isolated from a cell by various fractionation techniques, each containing different types of cellular structures and molecules. These fractions can include organelles such as the nucleus, mitochondria, endoplasmic reticulum, Golgi apparatus, lysosomes, peroxisomes, and plasma membrane, as well as cytoskeletal elements, ribosomes, and soluble proteins. The isolation of these subcellular fractions allows for the independent study of their unique functions, compositions, and interactions in cellular processes and diseases.
Adaptorproteinkomplex muunderenheter
'Adaptor protein complexes of the mu subunit' refers to a group of proteins known as the AP-μ (AP-mu) complex, which plays a crucial role in intracellular trafficking and membrane transport. These complexes are composed of several different subunits, including the mu subunit, that work together to facilitate the recognition and binding of specific cargo proteins to vesicles during transport between different cellular compartments. The AP-μ complex is involved in various cellular processes, such as clathrin-mediated endocytosis and exocytosis, and helps ensure the accurate sorting and delivery of proteins within the cell.
Täckta cellmembrangropar
Specialiserade områden på cellmembranet, bestående av gropar täckta med ett borstigt skikt av proteinet klatrin. Dessa gropar tjänar som ingångar för makromolekyler som bundits av cellytereceptorer. G roparna knoppas sedan av inåt i cytoplasman och bildar täckta vesiklar (blåsor).
Adaptorproteinkomplex 3
Adaptor Protein Complex 3, också känt som AP-3, är ett proteincomplex som spelar en viktig roll inom celldelningen och transporten av vesiklar inne i eukaryota celler. Det består av fyra subunits: beta-3A, beta-3B, delta, och sigma-3A. AP-3 är involverat i den intracellulära trafficken av membranproteiner till specifika destinations som sen vesiklar, lysosomer och melanosomer. Defekter i AP-3 har visats korrelera med olika sjukdomar såsom neurodegenerativa störningar och albinism.
Shigatoxin
Konfokal mikroskopi
Cellpolaritet
Cytoplasma
Den del av cellen som innehåller cytosolen och andra strukturer än cellkärnan, mitokondrierna och större vakuoler.
Höljeproteinkomplex I
Ett proteinkomplex bestående av coatomerprotein och ADP-ribosyleringsfaktor 1. Det ingår i transporten av blåsor (vesiklar) mellan det endoplasmatiska nätverket och golgiapparaten.
Elektronmikroskopi
Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.
Cricetinae
Organeller
I en enkel medicinsk definition kan organeller beskrivas som strukturer med specifika funktioner inne i celler. De är nödvändiga för cellens överlevnad, tillväxt och förmåga att utföra olika processer. Exempel på organeller inkluderar mitokondrier (som genererar energi), ribosomer (som syntetiserar protein), endoplasmisk retikulum (som transporterar proteiner) och lysosomer (som bryter ner och recylerar cellens komponenter).
Nervnät
"Ett nervnät är ett komplext system av nervceller och deras sammanlänkande nervfibrer, som kommunicerar med varandra och koordinerar kroppens funktioner genom att överföra och bearbeta signalsubstanser."
Katjontransportproteiner
Dynaminer
I medicinen refererer dynaminer sig til proteiner som bruges i cellen for at producere bevægelse eller forandring i cellevæggen, ofte forbundet med transport af intracellulære vesikler eller andre lastbærende molekyler. Dynaminer er involveret i dannelse af tubulin-fibriller og deling af cellemembraner under celledivision.
Adaptorproteinkomplex deltaunderenheter
'Deltaunderenheter' är en typ av adaptorproteinkomplex som spelar en viktig roll i intracellulära signaltransduktionsvägar, särskilt den väg som aktiveras av receptorer för tyrosinkinaser. Dessa underenheter hjälper till att koppla receptorer till olika effektorproteiner och enzymer, vilket leder till cellulära svar som kan inkludera celldelning, differentiering och apoptos. Adaptorproteinkomplex deltaunderenheter består av flera subenheter, inklusive Grb2, SOS och Shc, som interagerar med varandra och med andra proteiner för att koordinera signaltransduktion.
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Glykoproteiner
Konjugerade protein-kolväteföreningar, omfattande bl a muciner, mukoida och amyloida glykoproteiner.
Adaptorproteinkomplex 2
Adaptor Protein Complex 2 (AP-2) är ett proteincomplex som spelar en viktig roll inom celldelningen, särskilt vid klathrin-medierad endocytos. Det består av fyra olika underenheter, AP2A1, AP2B1, AP2M1 och AP2S1, som tillsammans bildar en struktur som kan binda till membranproteiner och klathrin. Dessa bindningar möjliggör formationen av coated vesiklar som transporterar olika molekyler in i cellen. AP-2 är därför kritiskt involverat i cellytans reglering av signaltransduktion, näringsintag och homeostas.
SNARE-proteiner
Hundar
Nokodazol
Nocodazole är ett medel som används inom forskning och laboratoriemedicin, och som tillhör gruppen av så kallade mikrotubulihämmare. Det verkar genom att störa bildningen av mikrotubuli, en viktig komponent i cellens skelett, vilket leder till celldelningsstörningar och till slut celldöd. Nocodazole används exempelvis för att studera celldelning och mitos, men även som ett möjligt cancerterapeutiskt medel eftersom cancerceller tenderar att vara mer känsliga än normala celler för störningar i mikrotubuliapparaten.
Adaptorproteinkomplex underenheter
Adaptor protein complexes are large protein assemblies that play a crucial role in intracellular trafficking and signal transduction. They function as molecular bridges, connecting different proteins together to facilitate the formation of larger protein complexes. Adaptor protein complexes are composed of several subunits, known as adaptor protein complex (AP) subunits, which can be divided into four different complexes: AP-1, AP-2, AP-3, and AP-4. Each complex is responsible for specific intracellular transport pathways and signaling events. In summary, 'Adaptorproteinkomplex underenheter' refers to the individual subunits that make up the larger adaptor protein complexes, which are essential for proper cell function and communication.
Proteinsortering
Protein sorting refers to the process by which cells direct specific proteins to their correct destinations within the cell or to the cell surface. This intracellular protein trafficking is crucial for maintaining proper cellular function, as proteins must be delivered to the right locations to carry out their designated roles in various cellular processes, such as signaling, transport, and catalysis.
Galaktosyltransferaser
Immunfluorescensteknik, indirekt
En immunfluorescensteknik som används allmänt för påvisande av serumantikroppar och immunkomplex i kroppsvävnad och mikroorganismer i prov från patienter med infektionssjukdomar. Tekniken innebär framställning av antigen-antikroppskomplex, som märks med fluoresceinkonjugerade antiimmunglobulinantikroppar.
Sialyltransferaser
Sialyltransferaser är en typ av enzym som katalyserar transferensen av sialic acid (N-acetylneuraminic acid) till kolhydratkedjor på glykoproteiner och glykolipider, vilket förändrar deras egenskaper och funktioner.
CHO-celler
Okulocerebrorenalt syndrom
Oculocerebrorenal syndrome (OCRL) är en sällsynt, autosomal recessiv genetisk sjukdom som drabbar ögon, hjärna och njurar. Sjukdomen orsakas av mutationer i genen OCRL, som kodar för ett protein involverat i cellytans signalsubstanser och trafficking.
Two-Hybrid System Techniques
Two-hybrid system techniques are a group of genetic methods used in molecular biology to detect and study protein-protein interactions within living cells. These techniques are based on the modular nature of transcription factors, which consist of two separate domains: one for DNA binding and another for transcription activation. In a two-hybrid system, these two domains are split and linked to two proteins of interest (target proteins). When the target proteins interact, the functional transcription factor is reconstituted, leading to the expression of a reporter gene. The activity of the reporter gene serves as an indicator of protein-protein interaction, allowing researchers to identify and analyze specific interactions between proteins in a high-throughput manner.
Saccharomyces cerevisiae
Cytosol
Luminiscerande proteiner
Glykosylering
Kemisk eller biokemisk koppling av kolväte- eller glykosylgrupper till andra ämnen, särskilt peptider eller proteiner. Glykosyltransferaser förmedlar denna biokemiska reaktion.
Celler, odlade
Dynamin I
Dynamin I är ett GTP-bindande protein som spelar en viktig roll inom celldelningen och transporten av vesiklar inne i celler. Det är involverat i den sista steget av klåvasprocessen, där det hjälper till att klyva och frigöra nya membranvätskor från befintliga membran genom att polymerisera till en helix runt nyckelfunktioner på membranet. Dynamin I är specifikt uttryckt i nervceller (neuron) och har visat sig ha en roll i synaptisk plasticitet, läkande efter nerve skada och neurodegenerativa sjukdomar som Parkinson's disease. Det kan också vara involverat i cellsignalering och cytoskelettreorganisering.
Kromogranin B
Kromogranin B är ett protein som finns i sekreterade vesiklar hos sympatiska nervceller och endokrina celler. Det används som en markör för diagnosen av tumörer som uppstår från dessa cellytor, till exempel neuroendokrina tumörer (NET).
Metallochaperones
Metallochaperons är proteiner som hjälper till att transportera och leverera metallioner, såsom koppar, järn och zink, till rätt plats inne i ett cellulärt enzym eller ett annat protein. De gör detta genom att bilda komplex med metallionen och sedan interagera med och överför metallionen till acceptorproteinet. Metallochaperoner spelar därmed en viktig roll i att reglera cellens metallhomeostas och skydda den mot skadlig påverkan från överskott av metallioner.
R-SNARE-proteiner
R-SNARE proteiner är en typ av SNARE-proteiner (Soluble NSF Attachment Protein REceptor) som deltar i membranfusionprocesser, särskilt inom celldelen och vesikeltransporten. R-SNARE proteiner finns på målmembranet och kännetecknas av en konserverad arginin (R) residue i deras SNARE domäner. De interagerar med Q-SNARE proteiner på transportvesikeln för att forma en SNARE-komplex, vilket närmare bringar membranen och driver fusionprocessen framåt.
PC12-celler
I en enkel mening är PC12-celler en typ av celllinje som originallyt isolerades från ett tumörscancer i den kromaffin cellen i ganglionet (en sorts nervcell) hos en rat. Dessa celler har blivit väl använda inom forskningen, särskilt för studier av neuronala system och neuroendokrina system, eftersom de kan differensieras till likna neuronala fenotyp under rätt kulturella villkor. När PC12-celler differensieras visar de en typisk nervcells morfologi med långa utskott och kan även producera och sekretera neurotransmittorer, som dopamin och acetylkolin.
Aminosyramönster
Menkes Kinky hair-syndrom
En ärftlig, X-kromosombunden störning i kopparmetabolismen. Tillståndet kännetecknas av hypotermi redan från barndomen, ätsvårigheter, lågt blodtryck, krampanfall, benvävnadsmissbildningar, pili torti (vridna hår) och starkt försämrad mental utveckling. Funktinsstörningar i koppartransporten genom plasmamembran och membran i det endoplasmatiska nätverket leder till brist på koppar för syntesen av ett flertal kopparhaltiga enzym, däribland protein-lysin 6-oxidas, ceruloplasmin och superoxiddismutas. Patologiska förändringar omfattar bl a defekter i artärelastin, förlust av nervceller och glios.
Aspartic Acid Endopeptidases
Aspartic acid endopeptidases are a type of enzyme that cleaves peptide bonds within proteins, specifically at sites where the peptide bond is adjacent to an aspartic acid residue. They are also known as aspartyl proteases or acid proteases. These enzymes play important roles in various biological processes, including protein degradation and activation, and have been implicated in several diseases, such as HIV and cancer. Examples of aspartic acid endopeptidases include renin, cathepsin D, and the HIV protease.
rab4 GTP-bindande proteiner
Rab4 GTP-bindande proteiner är en typ av Rab-proteiner som fungerar som intracellulära membrantransportregulatorer och binder till GTP (guanosintrifosfat). De är involverade i endocytosen, processen där cellen absorberar substanser från utsidan genom att omsluta dem med membran och därefter transportera dem in i cellen. Rab4-proteinerna hjälper till att styra transporten av ämnen mellan tidiga endosomer och trans-Golgi-nätverket.
Transferrinreceptorer
Transferrinreceptorer är proteiner på cellmembranet som binder till och transporterar transferrin, ett protein som transporterar järn i kroppen. Transferrinreceptorerna spelar därför en viktig roll i cellernas järnuptagande och -transport. De återfinns huvudsakligen på celler i blodbildande vävnader, såsom benmärgen, men även på andra typer av celler, som till exempel hjärnceller och cancerceller. Transferrinreceptorerna är också ett mål för vissa diagnostiska och terapeutiska tillämpningar, eftersom deras uttryck kan variera under olika sjukliga tillstånd, som inflammation och cancer.
Arabidopsis
Arabidopsisproteiner
"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.
Mikrotubuli
Proteiner
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Biologisk transport, aktiv
Förflyttning av ämnen genom cellmembran och epitellager mot en elektrokemisk gradient, på bekostnad av metabolisk energi.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Datornät
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Dynamin III
Dynamin III är ett protein som spelar en viktig roll i celldelningen genom att underlätta cytokinesens process, där cellen delas in i två separata döttrceller. Det gör detta genom att bidra till kontraheringen och skiljandet av den mitotiska spindeln, vilket är en struktur som drar isär kromosomerna under celldelningen. Dynamin III tillhör familjen GTPaser och är ett sätt för cellen att generera mekanisk energi genom hydrolys av GTP (guanosintrifosfat). Proteinet är också involverat i endocytosen, en process där cellynätsreceptorerna viks in i cellen. Slutligen kan Dynamin III också spela en roll i att reglera aktiviteten hos andra proteiner genom att interagera med dem.
Algoritmer
Proteinprekursorer
Protein precursors, also known as proproteins or preproproteins, are inactive forms of proteins that undergo post-translational modification to become active. These precursors contain additional sequences of amino acids, called signal peptides, which direct the protein to specific cellular compartments for processing. During processing, enzymes remove the signal peptide and may cleave the protein into smaller functional units. The resulting mature protein can then perform its intended function in the body.
Klatrin, tung kedja
Enheterna av tunga kedjor i klatrin.
Fosfatidylinositolfosfater
Kartläggning av proteininteraktion
Proteininteraktionskartläggning refererar till den systematiska undersökningen och visualiseringen av de interaktioner som sker mellan olika proteiner inom en cell, vilket hjälper forskare att förstå hur proteiners funktioner påverkar varandra och regulerar cellulära processer under normala och patologiska förhållanden.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
1-fosfatidylinositol-4-kinas
Monomera klatrinproteiner
En underordnad klass av klatrinbyggande proteiner som är monomerer.
Makrolider
4-klor-7-nitrobenzofurazan
4-Chloro-7-nitrobenzofurazan är ett organisk ämne som används inom kemisk forskning, särskilt inom områdena analytisk och preparativ kemi. Det är en substans med potential till hög toxicitet och skall hanteras med försiktighet. Den kan orsaka allvarliga hud- och ögonskador samt vara farlig vid inandning eller förtäring.
Poly-Ig-receptor
Den medicinska beteckningen 'Poly-Ig-receptor' (polyungarbindningsreceptor) avser en typ av receptor som finns på ytan av vissa celler, särskilt B-celler och epitelceller i slemhinnor. Denna receptor binder till flervalens immunoglobulin A (IgA), ett protein som är en del av det adaptiva immunförsvaret. När Poly-Ig-receptorn binder till IgA transporteras den genom epitelcellerna och utsöndras i slemhinnor, där den hjälper till att förhindra infektioner genom att neutralisera patogener som annars skulle kunna tränga in i kroppen.
Koppar
Metalliskt grundämne, och tillika spårämne, med kemiskt tecken Cu, atomnummer 29 och atomvikt 63,55. Koppar ingår i hemocyanin, som är syrebärare hos de flesta leddjur.
Bindningsplatser
Precipitintester
I en enkel medicinsk definition kan man säga att en "Precipitintest" är ett laboratorietest som används för att undersöka om en given substans, till exempel ett läkemedel eller en biologisk vätska som urin, kan orsaka en kemisk reaktion i form av en så kallad precipitatsbildning när den blandas med en specifik testvätska. Precipitatet är ett fast, oftast olösligt ämne som bildas när två lösningar blandas och deras komponenter reagerar tillsammans.
Datorsimulering
RNA-interferens
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Biotinylering
En teknik för inlagring av biotinylgrupper i molekyler, antingen genom katalys med holokarboxylassyntetas i samband med enzymbiosyntes eller in vitro, varvid specifika substrat synliggörs genom inkuba tion med biotinmärkta sonder och avidin eller streptavidin som bundits till något ämne tillgängligt för biokemisk test. Biotinylerat dUTP är en alternativ metod till radioisotopmärkning av DNA in vitr o.
Guanosin 5'-O-(3-tiotrifosfat)
Guanosin-5'-(trivätedifosfat), monoanhydrid med tiofosforsyra, är en stabil GTP-analog med en rad fysiologiska verkningar, så som stimulering av guaninnukleotidbindande proteiner, hydrolys av fosfoinositid, ackumulering av cykliskt AMP och aktivering av specifika protoonkogener.
Sorting Nexins
I en enkel mening kan Sorting Nexiner definieras som en familj av proteiner som deltar i intracellulära transportprocesser, särskilt inblandade i sorteringen och transporten av membranproteiner mellan olika kompartment inne i cellen. De har en viktig roll i cellytan (plasmamembran) och i det endocytosala systemet, där de hjälper till att transportera proteiner och lipider till rätt destinationer inuti cellen. Sorting Nexiners funktioner inkluderar att binda och transportera vesiklar, att katalysera ATP-driven proteinklyvning och att interagera med andra proteiner involverade i transportprocesser.
Membranmikrodomäner
Cellmembrankomponenter som är olösliga i detergentia. De är rika på sfingolipider och kolesterol och klungar ihop sig med glykosyl-fosfatidylinositolförankrade proteiner.
Fosfolipidtransporterande proteiner
Fosfolipidtransporterande proteiner är proteiner som hjälper till att transportera fosfolipider, en viktig typ av lipider som utgör en del av cellytans membran, mellan olika kompartment inom eller mellan celler. Dessa proteiner kan vara inblandade i processer som att hjälpa till att bygga upp och underhålla cellytan, transportera fosfolipider mellan olika membrankompartment, eller reglera signalöverföring och cellkommunikation genom att påverka membranens egenskaper. Exempel på sådana proteiner inkluderar ATP-beroende fosfolipidtransporterare (flippaser och floppaser) samt skiljeväggsbundna fosfolipidtransporterare (scramblaser).
Membranfusion
Vidhäftning och sammansmältning av cellmembran, intracellulära membran eller artificiella membran med varandra eller med virus, parasiter eller interstitiella partiklar genom en rad kemiska och fysikaliska processer.
Guaninnukleotidutbytesfaktorer
Proteinfaktorer som verkar för utbyte av GTP mot GDP bundet till GTP-bindande proteiner.
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Adenosintrifosfataser
Virion
Ett virion är den infectiva delen av ett virus, bestående av genetiskt material (DNA eller RNA) inneslutet i ett proteinhölje som kan skydda och hjälpa till vid infektion av en värdcell.
Proproteinkonvertas 1
Hepatolentikulär degeneration
En sällsynt, autosomalt recessiv sjukdom, vars kännetecken är avlagring av koppar i hjärnan, levern, hornhinnan och andra organ. Kliniska symtom är skrumplever, leversvikt, förstorad mjälte, skakningar, långsamma rörelser, talrubbningar, okontrollerade rörelser, muskelstelhet, Kayser-Fleischerringar (ringformig missfärgning i hornhinnans kanter), ataxi (rubbad muskelkoordination) och intellektuell försämring. Leversvikt kan sätta in flera år före neurologiska störningar.
Antigens, CD63
CD63 är ett protein som fungerar som en integrin-associerad membranprotein och kan agera som en aktivator av komplementsystemet. Det förekommer på ytan av aktiverade leukocyty, trombocyter och vissa tumörceller. CD63 används som ett markörprotein för att identifiera exocytos och degranulering i olika celltyper, inklusive basofila granulocyter och mastceller. Antigen betecknar ett molekylärt mönster som kan kännas igen och inducerar en immunrespons av B-celler eller T-celler. Sålunda kan CD63 också agera som ett antigen i vissa sammanhang.
Vero-celler
"Vero-celler" är en typ av immortaliserade celllinjer som används inom biomedicinsk forskning. De är avledda från tarmepitelceller hos det afrikanska gröna mangustemonstret (Cercopithecus aethiops) och har kapaciteten att dela sig oändligt många gånger i kultivering. Vero-celler är ett vanligt val inom cellbiologi och virologi på grund av deras stora potential till celldelning, stabilitet och deras sårbarhet för flera olika virusstammar. De används ofta som värdceller för att odla och studera virus, såsom viruset som orsakar COVID-19 (SARS-CoV-2), eftersom de tillåter effektiv replikation av dessa patogener.
Transferrin
Transferrin är ett protein i människans kropp som binder och transporterar järn i blodet till celler som behöver det för att fungera korrekt, såsom röda blodkroppar och celler i benmärgen. Det hjälper också till att reglera mängden fritt järn i kroppen och skyddar mot järnöverbelastning genom att förhindra att järn reagerar med andra molekyler som kan skapa fria radikaler och orsaka skada på celler. Transferrin bildas i levern och finns naturligtvis förekommande i människors serum.
Kromogranin A
Kromogranin A är ett protein som finns i sekreterade vesiklar, eller granuler, inne i kromaffinstceller, vilka är en typ av cell som förekommer i flera olika typer av vävnad, inklusive luftvägarna och tarmen. Proteinet fungerar som ett strukturellt protein och hjälper till att forma granulerna där neurotransmittorer och andra signalsubstanser lagras. När kromaffinstceller aktiveras frisätts granulerna, vilket resulterar i frisättning av signalsubstanser som bland annat har en vasokonstriktorisk effekt, det vill säga att de orsakar en konstruktion av blodkärlen. Kromogranin A används också som ett tumormarkör för neuroendokrina tumörer (NET), eftersom högre nivåer av proteinet kan indikera på närvaro av en sådan tumör.
RNA, Small Interfering
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
Cathepsin A
Cathepsin A är ett enzym som tillhör gruppen av cysteinproteaser och finns naturligt i kroppen. Det fungerar som ett housekeeping-enzym, vilket betyder att det hjälper till med underhållet och reparationen av celler. Cathepsin A deltar bland annat i nedbrytningen och återanvändandet av proteiner, samt hjälper till att aktivera och inaktivera andra enzymer. Dessutom har det visat sig spela en viktig roll i immunförsvaret genom att bidra till nedbrytningen av invaderande mikroorganismer.
Sulfater
I en enkel medicinsk definition är en sulfat ett salt eller estrar av svavelig syra (H2SO4). Sulfater innehåller ofta svavel i oxidationstillstånd +6 och kan ha diverse farmakologiska effekter beroende på vilket ämne de är bundna till. Exempel på läkemedel som innehåller sulfatgrupper är magnesiumsulfat och natriumsulacrylat.
Karboxipeptidas H
"Karboxypeptidase H" är ett enzym som bryter ned proteiner genom att katalysera avskiljandet av hydrofoba aminosyror från C-terminalen av peptider och protein.
Tidsfaktorer
"Tidsfaktorer" refererar inom medicinen till de aspekter av tiden som kan spela in på en persons hälsa, sjukdomsutveckling eller svar på behandling. Detta kan omfatta sådant som tidpunkt för exponering för en skada eller en infektion, tid som har gått sedan symtom uppstod, eller den tid det tar för en behandling att verka. Tidsfaktorer kan vara av avgörande betydelse för att ställa diagnoser, planera behandlingar och förutse prognoser.
HEK293 Cells
HEK293 cells, also known as human embryonic kidney 293 cells, are a type of immortalized cell line that were originally derived from human embryonic kidney tissue. They are widely used in scientific research due to their ability to express high levels of recombinant proteins and other foreign genes, making them valuable for the study of protein function, drug discovery, and gene therapy. HEK293 cells have a flat, fibroblast-like morphology and can be grown in culture under standard conditions, allowing for easy manipulation and analysis. It is important to note that while HEK293 cells are derived from human tissue, they are not considered to be primary cells, as they have been transformed and do not retain the same characteristics as the original tissue from which they were derived.
Lactase-Phlorizin Hydrolase
Hjärna
Den del av det centrala nervsystemet som befinner sig innanför kraniet och som omfattar prosencefalon (framhjärnan), mesencefalon (mitthjärnan) och rombencefalon (ruthjärnan). Den uppstår ur främre de len av embryots nervtub. Dess funktioner inkluderar muskelkontroll och koordination, mottagande och behandling av sinnesintryck, talframställning, minneslagring samt hantering av tankar och känslor.
Sekretogranin II
Sekretogranin II är ett proteiner som förekommer naturligt i kroppen och primärt lagras inom synapska vesiklar hos neuroendokrina celler, där det bidrar till regleringen av sekretoriska granuls utveckling och neuropeptidernas lagring.
GTP-bindande proteiner
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Bassekvens
Lipoylation
Lipoylation är en posttranslationell modifikation av protein, där en lipoatgrupp (ett svavelhaltigt kolväte) kovalent binds till ett specifikt aminosyrares sidokedja, vanligtvis lysin, i proteinet. Denna modifikation är viktig för att aktivera en grupp enzymer som är involverade i cellens energiproduktion, särskilt de som katalyserar oxidativa decarboxylationsreaktioner inom citronsyracykeln. Lipoylerade enzymkomplex har förmågan att överföra elektroner och protoner under dessa reaktioner, vilket gör att de kan producera ATP, den energikälla som används av cellen för att driva olika processer.
Amyloid-betaproteinprekursor
Systembiologi
"Systembiologi är ett multidisciplinärt forskningsfält som kombinerar systemteknik, datavetenskap och biologi för att studera och förstå komplexa biologiska system som celler, vävnader och organismer på en systemnivå. Det innebär att man ser på interaktionerna mellan olika delar av ett system, såsom gener, proteiner och metaboliter, för att få en helhetlig förståelse av systemets funktion och beteende."
Bioinformatik
Mutagenes, riktad
Kloning, molekylär
Nervvävnadsproteiner
"Nervvävnadsproteiner" refererar till de proteiner som utgör strukturella och funktionella komponenter hos nervceller (neuron) och deras stödjande celler (glialceller) i nervsystemet. Dessa proteiner är involverade i en rad olika processer, inklusive signaltransduktion, cellytiska processer, neurotransmission och homeostas. Exempel på nervvävnadsproteiner är neurofilament, tubulin, aktin, laminer, GFAP (glial fibrillär acidisk protein) och diverse receptorer och kanaler.
Neurosekretoriska system
Herpesvirus 3, humant
Nervceller
Protein Interaction Maps
Protein Interaction Maps, också kända som Protein-Protein Interaction Networks (PPIN), är grafiska representationer av proteiner och deras inbördes interaktioner inom ett cellulärt system. De visar hur proteiner binder till varandra och arbetar tillsammans för att utföra olika cellulära funktioner. Protein Interaction Maps kan hjälpa forskare att förstå komplexa biologiska processer, identifiera nyckelproteiner som är involverade i sjukdomar och utveckla nya terapeutiska strategier.
APP-sekretas
I en enkel mening kan App-sekreter (Acidic Phospholipase Protein) definieras som ett enzym komplex som deltager i den inflammatoriska svarskedjan och bryter ned specifika fosfolipider i celldelar och cellmembran, vilket resulterar i frisättning av proinflammatoriska mediatorer. Detta process kan leda till skada på omgivande vävnader under sjukliga tillstånd som inflammation och autoimmunitet.
Myelin and Lymphocyte-Associated Proteolipid Proteins
Myelin and lymphocyte-associated proteolipid proteins refer to a group of proteins found in the myelin sheath, which is the protective covering surrounding nerve fibers in the nervous system. These proteins are important for the structure and function of the myelin sheath, allowing for efficient transmission of electrical signals in the nervous system. The term "lymphocyte-associated" refers to the fact that these proteins were originally identified through their association with lymphocytes, a type of white blood cell involved in the immune response. However, they are now known to play a critical role in the functioning of the nervous system as well.