Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.
En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
Specialdatabaser med information om proteiner, som t ex aminosyrasekvenser, proteinkonformation och andra egenskaper.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
Ett löst samordnat, världsomfattande datornätverk. De nätverk som utgör Internet är sammankopplade via ett flertal stamnätverk. Internet har sitt ursprung i det amerikanska statliga ARPAnet-projektet, som utvecklades för att underlätta informationsutbyte.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.
Verifiering av mjukvara för överensstämmelse med en standard.
Datorstödd analys och behandling av problem inom ett visst område.
Tabeller, ritningar eller annan bildpresentation, framställda med hjälp av datorteknik.
Inom sannolikhetsteorin, speciellt teorin för stokastiska processer, modell för beskrivning av ett system som hoppar mellan olika tillstånd på så vis att framtiden beror av det förflutna endast genom nuet (2008-02-07 Källa Nationalencyklopedin http://www.ne.se/jsp/search/article.jsp?i_art_id=251446).
Det systematiska studiet av organismers kompletta uppsättning av DNA-sekvenser.
Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.
Speciella databaser för fakta om gener och genprodukter.
En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNA
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
Strukturerade samlingar av mer eller mindre fullständiga faktauppgifter, ofta inom bestämda ämnesområden och med funktioner för automatisk hantering av informationen. De kan ha formen av uppslagsböcker, statistikdatabaser, samlingar av kemiska och fysikaliska data osv. Begreppet faktadatabas skall inte förväxlas med bibliografisk databas.
Specialdatabaser med information om nukleinsyror, såsom bassekvenser, SNPS (nukleotidpolymorfism), nukleinsyrakonformation och andra egenskaper. Information om DNA-fragment i gen- eller genombibliotek samlas oftast i DNA-databaser.
Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.
Statistiska framställningar eller analyser som, när de tillämpas på data och visar sig passa, kan utnyttjas för att bekräfta de antaganden och parametrar som används i analysen. Exempel på statistiska modeller är den linjära, den binomiala, den polynomiala, dubbelparametermodellen osv.
En gren av data- eller biblioteksvetenskap inriktad på lagring, sökning, återvinning och urval av information inom ett visst ämnesområde eller viss frågeställning.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.
En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.
Funktioner som skapats ur en statistisk modell och en uppsättning observationsdata som visar sannolikheten för dessa data vid olika värden på okända modellparametrar. De parametervärden som ger högst sannolikhet är parametrarnas maxsannolikhetsuppskattningar.
Utformning av specifikationer och instruktioner för datorprogram.
Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.
En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Dataprogram avsedda för lagring, hantering och kontroll av data för speciella ändamål.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
Felaktig ställning hos ben i förhållande till leder, så att de ligger ur linje. Felet kan vara medfött eller ha uppstått till följd av skada.
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Datorbaserade system utvecklade för att utföra processer som normalt är förknippade med mänsklig intelligens, som t ex språkförståelse, inlärning, argumentering, problemlösning osv.
Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.
Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
Sekvensstumpar erhållna från komplementärt DNA (cDNA). Markörerna är partiella DNA-sekvenser från kloner. Syn. EST.
En sannolikhetsteoretisk modell uppkallad efter Thomas Bayes (1702-1761). Inom epidemiologin används metoden för beräkning av sannolikheten för förekomsten av en viss sjukdom hos personer med något vi sst kännetecken, utifrån kännedom om sjukdomens prevalens och förekomsten av detta kännetecken hos friska och sjuka individer. I klinisk beslutsanalys används modellen för beräkning av sannolikheten f ör en viss diagnos, med givna symtom eller provresultat.
Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.
Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.
Termodynamisk tillståndsfunktion (beroende enbart av tryck och tremperatur) av grundläggande betydelse inom fysik och kemi, och ett mått på den värmeenergi i ett system som inte omsätts i arbete. I alla spontana och irreversibla, naturliga värmeflödesprocesser ökar entropin.
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.
Hopparning av purin- och pyrimidinbaser med vätebindningar i dubbelsträngat DNA eller RNA.
Maskiner för automatisk beräkning och behandling av data. Det finns två principiellt olika typer, den analoga och den digitala, av vilka den sistnämnda är den idag helt dominerande typen.
Den kompletta arvsmassan i en människas kromosomuppsättning, antingen den haploida (från en förälder) eller diploida (från båda föräldrar). Den haploida uppsättningen innehåller 50 000 till 100 000 gener och ungefär 3 miljarder baspar.
Metod för att mäta en prestation eller procedur med en fastställd standard för god praxis.
Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.
En statistisk metod för approximativ lösning av ett matematiskt problem genom att studera fördelningen av någon slumpmässig variabel, ofta datorgenererad. Namnet anspelar på den slumpmässighet som är typisk för de hasardspel som utövas på Monte Carlos kasinon.
Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.
Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.
Tillämpning av statistiska metoder för analys av specifika, observerade eller antagna, fakta från en bestämd studie.
Ett system av datorer, terminaler, skrivare, audio- eller videoapparater, eller telefoner, som är hopkopplade genom någon form av teleutrustning eller kablar, vilket används för informationsutbyte.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Gener vars nukleotidsekvenser i viss mån överlappar. Sådana sekvenser kan omfatta antingen strukturella gener eller reglergener hos eukaryota eller prokaryota celler.
Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.
Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.
De delar av en genetisk kopia som återstår sedan intronerna avlägsnats och som sammanflätas till budbärare eller strukturellt RNA.
Bestämning av det mönster av gener som uttrycks vid den genetiska transkriptionen, såväl under specifika förhållanden som i en specifik cell.
Datorbaserade sammanställningar av olika typer av informationsenheter (text, ljud, grafik, videosekvenser), hoplänkade med logisk, icke-linjär teknik som ger användare möjligheter att orientera sig i informationsmassan; även själva systemtekniken ("hårdvaran") räknas hit.
En uppsättning av tre nukleotider i en proteinkodningssekvens som anger de enskilda aminosyrorna eller en termineringssignal (terminatorkodon). De flesta kodon är universella, men vissa organismer producerar inte transfer-RNA, som utgör komplement till alla kodon. Sådana kodon kallas obestämda (nonsenskodon).
Allt DNA som befinner sig mellan genkodande DNA, inklusive otolkade regioner, 5'- och 3'-omgivande regioner, introner, icke-funktionella pseudogener och icke-funktionella, repetitiva sekvenser. Detta DNA antingen kan eller kan inte koda för reglerfunktioner.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Den genetiska massan hos bakterier.
Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.
En omfattande samling DNA-fragment som klonats från en viss organism, vävnad, visst organ eller viss celltyp. Biblioteket kan innehålla fullständiga genomsekvenser eller sekvenser av komplementärt DNA; de senare är bildade av mRNA och saknar intronsekvenser.
Leden mellan lårben och skenben.
Datorstödd tolkning och analys av olika matematiska funktioner, relaterade till en bestämd problemställning.
Styrning av operativa processer med mekanisk eller elektronisk teknik istället för med den mänskliga faktorn.
Den fullständiga arvsmassan i en växts kromosomuppsättning.
En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
En lågenergidragningskraft mellan väte och annat grundämne. Den spelar stor roll för bestämning av egenskaperna hos vatten, proteiner och andra föreningar.
Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.
Studier för mätning av effektiviteten hos en process, personal och utrustning, eller material om genomförandet av sådana studier. När det gäller läkemedel och medicinska hjälpmedel finns termerna kliniska prövningar och läkemedelsprövning.
Proteiner från Escherichia coli.
DNA-bindande områden i proteiner tillhörande HMG-boxsuperfamiljen, inkl de arketypiska HMGB-proteinerna, ett antal sekvensspecifika transkriptionsfaktorer och andra DNA-bindande proteiner. Domänerna utgörs av 70-80 aminosyror som bildar en L-liknande veckstruktur av tre alfa-helixsegment. Domänen har förmåga att känna igen och/eller börja bygga specifika DNA-strukturer och påverka DNA-ets tillgänglighet för andra proteiner, vilka ingår i transkription, rekombination och DNA-reparation. Observera att inte alla HMG-proteiner innehåller denna domän.
Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.
Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.
Biokemisk identifiering av mutationsförändringar i en nukleotidsekvens.
Varmblodiga ryggradsdjur hemmahörande i klassen Mammalia, omfattande alla med hårväxt och som diar. Tre stora grupper ingår, placentadäggdjur (med moderkaka) och pungdjur, vilka föder levande avkomma, och kloakdjur, vilka är äggläggande.
Teoretiska framställningar som efterliknar hur system, processer eller fenomen uppför sig eller verkar. De kan omfatta bruk av matematiska beräkningar, datorer och andra elektroniska hjälpmedel.
Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
En essentiell aminosyra som är nödvändig för produktion av histamin.
DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.
Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.
Proteiner från någon arkeart.
Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.
Förfarande för skapande av tredimensionella bilder med hjälp av digital teknik, fotografering och andra metoder. Så kan, t ex, tredimensionella bilder skapas genom att en sekvens av tomografibilder läggs på varandra med datorhjälp, medan fotografiska 3-D-bilder (holografi) kan åstadkommas genom att fotografisk film exponeras för interferensmönstret som uppstår när två laserstrålar riktas mot ett föremål.
Den typiska tredimensionella formen av en molekyl.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) i kloroplaster, klorofyllhaltiga celler som ombesörjer fotosyntes.
Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.
Kirurgiska operationer med hjälp av datorer. Tekniken är mest använd inom ortopedi och laparoskopi för implantatinsättning och instrumentstyrning. Med bildstyrd kirurgi kan befintliga datortomografibilder eller MR-bilder kombineras med realtidsvideo.
Biologiska molekyler som har katalytisk verkan. De finns naturligt, men kan även syntetiseras. Enzymer utgörs vanligtvis av proteiner, dock har katalytiska RNA- och katalytiska DNA-molekyler påvisats.
Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur
Systematisk ordning av enheter inom något område i kategoriklasser, baserade på gemensamma särdrag, så som egenskaper, former, ämnestillhörighet osv.
Modeller, oftast i liten skala, som visar struktur, konstruktion eller utseende hos något.
En tiolhaltig, icke-essentiell aminosyra som vid oxidation bildar cystin.
Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.
Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.
Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.