Rhodobacter capsulatus är en gramnegativ, strikt aerob bakterie som tillhör alfaproteobakterierna (Alphaproteobacteria). Den är känd för sin förmåga att utföra fotosyntes under anoxiska förhållanden och kan bilda pigmenterade granuler, så kallade utsvällningar, som innehåller bakteriekolerider. R. capsulatus är också känd för sin förmåga att fixera kväve och är därför användbar inom bioteknologi för produktion av kommersiella proteinprodukter.

Rhodobacter är ett släkte av purpurbakterier som tillhör proteobakteriegruppen. Dessa bakterier är fototrofa, vilket betyder att de kan utföra fotosyntes och använda ljus som energikälla. De är också kapabla till kemotrofi, det vill säga de kan också utvinna energi från oxidation av organiska eller oorganiska ämnen. Rhodobacter-arterna är vanligen motila och har en polär flagell. De lever främst i sötvatten och marina miljöer, inklusive vattensamlingar som dammar, sjöar och hav. Släktet Rhodobacter innefattar flera arter, av vilka några är kända för sin förmåga att fixera kväve. Dessa bakterier spelar därför en viktig roll i globala kol- och kvävecykler.

Cytochrome c2 är ett proteinet som innehåller hemgrupp och deltar i den elektrontransportkedjan i cellandningen hos vissa bakterier, såsom Rhodobacter (tidigare känd som Rhodospirillum) capsulata. Det agerar som en electron carrier mellan två komplexa enzymer inne i bakteriens fotosystem I. Proteinet har en molekylvikt på ungefär 24 kDa och består av en enda polypeptidkedja med en hemgrupp kovalent bundet till ett specifikt aminosyraresiduum.

Fotosyntespigment där pyrrolring II är mindre än hos växtklorofyll. Olika fotosyntetiska bakterier har olika arter av bakterieklorofyll.

En art av Methylococcus som bildar kapslar och har förmåga till autotrof koldioxidfixering.

Rhodopseudomonas är ett släkte av purpurbakterier, som är gramnegativa och fotosyntetiserande. Dessa bakterier är fakultativt anaeroba, vilket betyder att de kan växa både under aeroba (med syre) och anaeroba (utan syre) förhållanden. De är också kapabla till fototrof livsstil, där de använder ljus som en energikälla för till exempel kolassimilation. Rhodopseudomonas-arter förekommer naturligt i vatten och jord och kan spela en roll i nedbrytningen av organiska material i dessa miljöer.

I en mening kan definitionen av 'Photosynthetic Reaction Center Complex Proteins' vara: Proteinkomplex som inkluderar reaktionscentra för fotosyntesen, vilka är membranproteiner som binder och aktiverar klorofyll och andra pigment som absorberar ljusenergi. Denna energi används sedan för att skapa elektrontransportkedjor som genererar ATP och NADPH, vilket ger cellen den nödvändiga energian för att syntetisera kolhydrater och andra organiska molekyler under den ljusberoende delen av fotosyntesen.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

Produktion av kolhydrater, med frigörande av molekylärt syre, utifrån koldioxid och vatten i klorofyllvävnad hos växter och blågröna alger under inverkan av ljus. Vid fotosyntes hos bakterier förbrukas svavelväte, molekylärt väte och andra reducerade föreningar i stället för vatten, varvid molekylärt syre inte frigörs.

Den genetiska massan hos bakterier.

I en enkel medicinsk kontext kan "nitrogenas" definieras som ett tillstånd där överskott av kväveoxider (som exempelvis stickoxyldioxid, NO2) eller ammoniak (NH3) ansamlas i kroppen. Dessa ämnen kan vara skadliga och orsaka andningssvårigheter, irritation av luftvägar och i vissa fall även skada lungor. Kväveoxider bildas ofta som en följd av exponering för luftföroreningar, medan ammoniak kan förekomma vid specifika medicinska tillstånd som exempelvis njursvikt eller leverfailure.

Ett metalliskt grundämne med kemiskt tecken Mo, atomnummer 42 och atomvikt 95,94. Molybden är en viktig legeringsmetall, som i naturen förekommer i form av molybdensulfid (MoS2). Det är även ett essentiellt spårämne, som beståndsdel i enzymen xantinoxidas, aldehydoxidas och nitratreduktas.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.

Rhodospirillaceae is a family of purple bacteria within the class Alphaproteobacteria. These bacteria are characterized by their ability to perform photosynthesis using bacteriochlorophyll and carotenoids, with some members being obligately anaerobic and others facultatively anaerobic. They typically have a curved or spiral-shaped morphology and can be found in various environments such as freshwater, marine habitats, and soil. Some species are capable of nitrogen fixation and play a role in the global nitrogen cycle. It is important to note that Rhodospirillaceae is a taxonomic group, and individual members may have different characteristics and ecological roles.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Komplex som innehåller klorofyll och andra ljuskänsliga molekyler. De kan fånga upp energi i form av fotoner och förekommer som beståndsdelar av fotosystem I-proteinkomplexet eller fotosystem II-proteinkomplexet.

Organeller hos ljuskrävande bakterier som innehåller fotosyntespigment och som bildas genom en inbuktning i cytoplasmamembranet.

Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.

"Oxidoreduktaser är ett enzym som katalyserar oxidation-reduktionreaktioner, där elektroner överförs från ett molekylärt substrat, det reducerade substratet, till en acceptor, det oxiderade substratet."

Elektrontransportkomplex III, även känt som cytochrom b-c1 komplex eller ubihydrokinas, är ett enzymkomplex inblandat i den mitokondriella elektrontransportkedjan, där det katalyserar överföringen av elektroner från ubichinol till cytochrom c. Detta steg genererar energi i form av protonmotivkraft, vilket används för att producera ATP, den huvudsakliga energikällan i celler.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

En grupp cytokromer med kovalenta tioeterbindningar mellan den ena av eller båda protohemvinylsidokedjorna och proteinet.

Tetrapyrroler är en grupp organiska föreningar som innehåller en tetrapyrrolring, det vill säga en ringstruktur bestående av fyra pyrrolenheter kopplade till varandra via kol-kolbindningar. Denna struktur är central för många biologiskt viktiga molekyler, bland annat hem-gruppen i hemoglobin och cytochrom-gruppen i cytochrom P450 enzymkomplexet. Tetrapyrroler deltar också i fotosyntesen som central komponent i klorofyllmolekylen.

En familj gramnegativa, aeroba bakterier som lever av organiska enkelkolföreningar. De har påvisats i jord och vatten.

Liv eller metaboliska reaktioner i närvaro av molekylärt syre.

Ett membranbundet mitokondrieprotein av c-typ, med molekylvikt 30 kD, som fungerar som elektrongivare till cytokrom c i andningskedjan i mitokondrier och bakterier.

En process i vissa bakterier, svampar och blågröna alger, varvid fritt atmosfäriskt kväve omvandlas till biologiskt användbara former av kväve, som t ex ammoniak, nitrater och aminoföreningar.

En grupp proteiner som har järn-svavelkomplexet som prostetisk grupp. Dessa proteiner deltar i alla viktigare elektrontransportförlopp: fotosyntes, andning, hydroxylering och bakteriell väte- och kvävefixering.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

En viktig process i cellens energiomsättning. Förloppet då elektroner transporteras från ett reducerat substrat till molekylärt syre.

"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."

Ett enzym som finns i bakterier. Det katalyserar reduktionen av ferredoxin och andra ämnen i närvaro av molekylärt väte och deltar i elektrontransport i den bakteriella fotosyntesen. EC 1.18.99.1.

En livsmiljö utan syrgas.

Järnhaltiga proteiner som överför elektroner, vanligtvis vid en låg potential, till flavoproteiner. Järnet uppträder inte som i hem.

Xantindehydrogenas är ett enzym involverat i kolesterolmetabolismen, som katalyserar omvandlingen av xantinal och NAD+ till urat och NADH.

PII nitrogen regulatory proteins are a type of bacterial signaling protein that play a crucial role in the regulation of nitrogen metabolism. They are named "PII" because they contain two binding sites for adenosine triphosphate (ATP) and one binding site for 2-oxoglutarate, a key intermediate in the nitrogen metabolism pathway.

Starkt gulröda, fettlösliga färgämnen som strukturellt liknar karoten. De utgörs av alifatiska kolväten med en polyisoprenbas och förekommer i växter, djur och mikroorganismer och omfattar t ex betakaroten och de olika xantofyllerna. Av de mer än 600 kända karotenoiderna återfinns ca 10 % i växtriket.

Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.

Plasmider innehållande åtminstone en lambdafag-COS (cohesive-end site). De används som kloningsverktyg vid undersökning av avvikande eukaryota, strukturella gener och som genetiska vektorer för att föra in nukleinsyra från transformerande virus i odlade celler.

Det område av det elektromagnetiska spektret som det mänskliga ögat är känsligt för. Ljusets våglängd ligger mellan 400 och 800 nanometer, dvs mellan de ultravioletta och infraröda frekvenserna.

Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.

I en enkel medicinsk kontext kan 'fototropa processer' referera till de biologiska processerna hos levande organismer, särskilt växter, där växtdelarna vänder sig mot eller följer ljuset. Ordet 'fototrop' kommer från grekiskans 'photos' som betyder ljus och 'tropos' som betyder vändning. Sålunda betyder 'fototrop' ungefär 'att vända sig mot ljuset'.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

Tellurium är ett icke-essentiellt, metalloidt grundämne med symbol Te och atomnummer 52 i periodiska systemet. Det förekommer sällsynt i naturen och används främst inom elektronikindustrin på grund av sina unika egenskaper, såsom goda ledningsförmågor och förmåga att bilda komplexa föreningar.

Spektrofotometri är en teknik för att mäta absorptionen av ljus av olika våglängder, vilket används inom medicinen för att exempelvis bestämma koncentrationen av olika substanser i ett prov, såsom blodprov.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

'Rhodobacter sphaeroides' är en gramnegativ, icke-sjukdomsbildande bakterie som tillhör alfaproteobakteriella divisionen. Den är strikt aerob men kan även växa anaerobt under fototrofa förhållanden genom att använda sig av fotosyntes. Bakterien är känd för sin förmåga att producera stora mängder karotenoider och bakterieblå pigment, som ger den en rödaktig färg. 'Rhodobacter sphaeroides' har potentialen att användas inom bioteknologi och för bioenergi på grund av dess förmåga till fotosyntes och produktion av biogaser som väte och metan.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

I en enda mening kan pteridiner definieras som en klass av organiska föreningar som innehåller en heterocyklisk ringstruktur bestående av två kväveatomer och fyra kolatomer, stadd i konjugation med varandra. Pteridiner är viktiga building blocks i biologiskt betydelsefulla molekyler som till exempel folsyra och flera vitaminer i B-komplexet, såsom vitamin B2 (riboflavin) och vitamin B9 (folat).

Ett järnfritt flavoprotein med låg molekylvikt (16 000), innehållande en molekyl flavinmononukleotid (FMN), som erhållits ur bakterier odlade på ett järnfritt medium. Det kan ersätta ferredoxin i alla elektronöverföringsfunktioner i bakterieceller.

En koenzym är ett organisk molekyl som hjälper till att aktivera enzym, en protein som accelererar kemiska reaktioner inom celler. Koenzymer binder till enzym vid en viss aktivt site och hjälper till att omvandla substrat, den ursprungliga molekylen som enzymet agerar på, till produkt, den slutgiltiga molekylen som bildas efter reaktionen. Koenzymer deltar ofta i oxidation-reduktionreaktioner och kan hjälpa till att överföra elektroner eller protoner mellan substrat. Ett exempel på en koenzym är NAD+ (nikotinamidadenindinukleotid), som hjälper till att överföra elektroner i cellandningen.

En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.

Färglös gas som framställs genom reaktion mellan vatten och kalciumkarbid. Gasen är brännbar, explosiv och vattenlöslig och används som svetsgas.

H2O4S2-jonen och tillhörande salter, t ex Na2S2O4 (natriumditionit, som bl a används som blekmedel). Syn. hydrosulfit.

En bakteriell protontranslokerande ATPase är ett proteincomplex hos bakterier och archaeer, som katalyserar ATP-syntesen genom att konvertera den energirika gradienten av protoner över cellytan till kemisk energi i form av ATP. Processen kallas också oxidativ fosforylering och är en central del i cellens energihushållning.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

'Oxidoreductases Acting on CH-CH Group Donors' är ett samlingsnamn inom nomenklatur för en grupp enzymer som katalyserar oxidation-reduktionsreaktioner där kol-kol-bindningar (CH-CH) i organiska substance är donatorer av elektroner. Detta innebär att de hjälper till att överföra elektroner från en kolatom till en annan, vilket ofta leder till bildandet eller brytandet av kol-kol-bindningar. Exempel på enzymer som faller under denna kategori är dekarboxylaser och oxidaser.

I en enda mening: Pteriner är en grupp organiska föreningar som innehåller en pteridinring, och fungerar som kofaktorer i enzymer som är involverade i olika biologiska processer, såsom aminosyra-syretransporter och fotosyntes.

"Neutral red" är ett artificiellt färgmedel som används inom biomedicin för att markera levande celler eller visualisera intracellulära strukturer, därutöver saknar begreppet "neutral red" en etablerad medicinsk definition.

Ett toxiskt färgmedel, kemiskt besläktat med trinitrofenol (pikrinsyra), som används i biokemiska studier av oxidationsprocesser, där det kopplar bort oxidativ fosforylering. Det används även som meta bolismstimulant.

Proteiner som har en eller fler hårt bundna metalljoner i sin struktur.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.

2,6-natriumdiklorindofenol. Ett färgmedel som används som reagen s vid bestämning av C-vitamin.

Det sista oxidaset i andningskedjan. Det samlar ihop elektroner som överförts från reducerat cytokrom c och avger dem till molekylärt syre, som sedan reduceras till vatten. Enzymet består av cytokrom a och cytokrom b, två kopparatomer och 13 olika proteinunderenheter, av vilka kodas av mitokondrie-DNA. Ibland kallas det även komplex IV i andningskedjan. EC 1.9.3.1.

Det första grundämnet i det periodiska systemet. Väte har kemiskt tecken H (Hydrogen), atomnummer 1 och atomvikt 1. Det förekommer normalt i form av en färglös, luktfri och smaklös gas, vätgas, med formeln H2. Vätejoner är protoner. Förutom den vanliga isotopen H1 finns den stabila isotopen deuterium (D) och den instabila radioisotopen tritium (T).

"Syrgas" er en sammentrekning av ordene "syre" og "luft", og refererer til den atmosfæriske luften som vi normalt inhalerer, som består av omkring 21% syre (O2), 78% kv nitrogen (N2) og små mengder av andre gasser som argon, kultilkristaller og spor av kullilkristaller. I denne enkelte meningen kan syrgas definieres som den atmosfæriske luft som inneholder 21% syre (O2) som er livsviktig for mennesker og andre levende vesen for å oksidere (forbranne) næringsstoffer for å produsere energi i cellene.

Spectral analysis är en teknik inom signalbehandling och fysik som används för att bestämma frekvenskomponenterna i en given signal. Det innebär att man tar en tidsvariabel signal, vanligen en kontinuerlig funktion av tiden, och omvandlar den till frekvensdomänen med hjälp av Fouriertransformen eller en annan liknande metod. På så sätt kan man studera amplitud och fas för de olika frekvenser som ingår i signalen, vilket kan vara mycket användbart inom flera områden som till exempel elektroteknik, akustik och optik. I en enda mening:

Protonpotential, även kallat elektrokemiskt potential eller protongradient, är ett mått på skillnaden i koncentration och laddning mellan två areaer inom en cell, som orsakas av gradienten för vätejoner (H+). Detta potential skapar en drivkraft som gör att protoner kan diffundera från ett område med högre protonkoncentration till ett område med lägre koncentration, och samtidigt genererar elektrisk energi. Protonpotentialet är viktigt för cellers energiproduktion, särskilt i mitochondrier och kloroplasten, där det används för att producera ATP (adenosintrifosfat) som en energikälla.

Xanthobacter är ett släkte av gramnegativa, aeroba stavformiga bakterier inom familjen Xanthobacteraceae. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att oxidera olika organiska sulfurföreningar och ammoniak som kolkälla, och de producerar ofta karaktäristiskt gula pigment som innehåller sulfurer. Xanthobacter-arter kan även spela en roll i biologisk avloppsbehandling och naturlig förmultning av organiska material.

Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.

I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.

En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.

Flavoproteiner är proteiner som binder flavinmononukleotid (FMN) eller flavinadensindinukleotid (FAD), två former av vitamin B2. Dessa koenzymers fungerar som elektrontransportörer i en rad biologiska reaktioner, inklusive oxidation-reduktionreaktioner. Flavoproteiner deltar i ett brett spektra av cellulära processer, såsom aerobisk and respiration, fotosyntes och metabolismen av aminosyror, fettsyror och karbohydrater.

Protoporfyriner är ett sällsynt medicinskt tillstånd orsakat av en genetisk mutation som resulterar i onormalt höga nivåer av ett pigment kallat protoporfyrin i kroppen. Denna störning inträffar under produktionen av hemgrupp, en komponent i hemoglobinet, och orsakas av en defekt i ett enzym som kallas ferrochelatas.

Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.