EC 2.3.1.-.

Polyketides are a diverse group of natural compounds synthesized biochemically by a modular assembly line process that involves the condensation of acetate or propionate units. These complex molecules are produced by various organisms, including bacteria, fungi, and plants, and have significant medical and pharmaceutical importance due to their wide range of bioactivities, such as antibiotic, antifungal, anticancer, and immunosuppressant properties. Polyketides' structural diversity arises from the different combinations of building blocks, the length and type of the carbon chain, and the various tailoring modifications during their biosynthesis.

Saccharopolyspora är ett släkte av grampositiva, sporbildande och aeroba aktinobakterier. Dessa bakterier producerar ofta yttre höljen runt sig själva som ger dem en karaktäristisk koloni Morphology med en halo-liknande struktur. Släktet innehåller flera arter, varav den mest kända är Saccharopolyspora erythraea, som producerar det antibiotiska ämnet Erytromycin. Saccharopolyspora-arter förekommer vanligtvis i naturen i mark, vatten och luft, men kan också orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer.

Består av en polypeptidkedja och 4´-fosfopantetein kopplade till en serinrest med en fosfodiesterbindning. Acylgrupper binds som tiolestrar till pantotenylgruppen. Acylbärarprotein ingår i alla steg i cytoplasmasystemets fettsyrasyntes.

En grupp makrocykliska föreningar som bildas genom kedjeförlängning av flera propionater och cykliseras till en stor, (vanligen 12-, 14-, 16-) ledad laktonmolekyl. De är ofta glykosylerade. Många av dem är antibiotiska.

Streptomyces är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter, vilket gör dem viktiga inom biomedicinsk forskning. Streptomyces-arterna har en komplex livscykel som inkluderar sporbildande hyfer och vegetativa mycel. De förekommer naturligt i en rad olika miljöer, till exempel jord, vatten och på levande växter.

En peptidsyntase är ett enzym som katalyserar reaktioner involverade i skapandet av peptidbindningar mellan aminosyror för att bilda peptider eller proteiner.

System av enzym som verkar i följd genom att katalysera på varandra följande reaktioner sammankopplade med gemensamma metabola intermediärer. De kan medverka i en enkel omsättning av vattenmolekyler eller väteatomer, eller vara förknippade med stora supramolekylära strukturer som mitokondrier eller ribosomer.

Enzymer i transferasklassen som katalyserar överföringen av en acylgrupp från en kemisk förening (givare) till en annan (acceptor). EC 2.3.

En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.

En antracenring med två ketondelar i någon position. I alla positioner utom på ketongruppernas plats kan substitutioner ske.

"Biosynthetic pathways refer to the series of biochemical reactions in cells that lead to the production of specific molecules, such as proteins, lipids, or carbohydrates, from simpler precursors."

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Stigmatella aurantiaca är ett slags svampbakterie, som tillhör ordningen Myxococcales och familjen Stigmatellaceae. Den är känd för sin förmåga att bilda fruktkroppar i form av röda, orangeröda eller gula knölar över marken under fuktiga förhållanden. Dessa knölar innehåller sporer som kan sprida sig och kolonisera nya områden. S. aurantiaca lever främst på organisk materia i naturen, där den producerar en rad olika metaboliter med möjliga tillämpningar inom medicin och industri.

Zearalenon är ett mycotoxin, eller svampgift, som produceras av vissa arter av svampar inom släktet Fusarium. Det kan infektera grödor som majs, vete och hö, vilket kan leda till kontaminering av dessa livsmedel och djurfoder. Zearalenon har förmågan att binda till estrogenreceptorer i djurs och människors kroppar, vilket kan orsaka hormonella störningar och reproduktiva effekter som missfall, fetma hos ungar och könscelleravstötning.

En tiolesterhydrolas är ett enzym som katalyserar hydrolysreaktionen hos tiolester, vilket resulterar i att karboxylsyra och tiolgrupp bildas. Detta enzym har en viktig roll inom kroppen då det bidrar till nedbrytningen av specifika ämnen som är involverade i signaltransduktionen, inflammation och immunförsvaret.

Cykliska estrar av hydroxikarboxylsyror, med en 1-oxacykloalkan-2-on-struktur. Stora, cykliska laktoner med fler än ett dussin atomer är makrolider.

I den medicinska kontexten, är "pyro" ett prefix som betyder "relaterad till eld eller värmeförbränning". Men det finns inget etablerat medicinskt begrepp eller diagnos som heter "Pyroner". Om du avser att fråga om någon specifik medicinsk tillstånd eller symptom, kan du vänligen ge mer information.

Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.

"Peptidbiosyntese, nukleinsyraoberoende" refererer til en biokemisk proces hvor peptider syntetiseres uten bruk av nukleinsyrer som RNA eller DNA som skabelon. I stedet brukes en ikke-nukleinsyrebasert mekanisme, ofte involverende enzymatiske reaksjoner, for å koble aminosyrer sammen i en bestemt sekvens for å forme et peptidmolekyle. Dette er i kontrast til den mest alminnelige formen av peptidbiosyntese, som er nukleinsyra-avhengig og involverer transskripsjon og translasjon av genetisk informasjon fra DNA via mRNA for å styre peptidsyntesen.

Pantothenat, även känt som vitamin B5, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en central roll i cellernas metabolism. Det är en essentiell komponent i koenzym A (CoA), som är involverad i flera metabolsra processer såsom syntesen av fettsyror, kolesterol och neurotransmittorer, samt nedbrytningen av kolhydrater och fetter till energibärande molekyler. Pantothenat förekommer naturligt i många livsmedel som kött, fisk, grönsaker, frukt och spannmål.

Ett koenzym A-derivat som spelar en nyckelroll vid fettsyrasyntesen i cytoplasma- och mikrosomsystem.

Omvandling av en öppen kolvätekedja till en sluten ring. Syn. cyklisering.

Acyl-CoA synthetase S-malonyltransferase är ett enzym som katalyserar överföringen av malonylgruppen från malonyl-CoA till en acylbärande protein (ACP), vilket är en nödvändig steg i biosyntesen av fettsyror hos växter och mikroorganismer.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Fatty acid synthase (FAS) är ett enzymkomplex som syntetiserar de mättade fettsyrorna med kedjor upp till 16 kolatomer längd, genom en serie av reaktioner som startar med acetyl-CoA och malonyl-CoA. Detta enzymkomplex består av flera olika enheter som katalyserar varsin reaktionssteg i syntesprocessen. FAS är viktigt för cellernas tillväxt och överlevelelse, men överskjutande aktivitet kan leda till onormal celltillväxt och cancer.

Fatty acid synthase (FAS) type I är ett enzymkomplex som syntetiserar de långa kedjorna av fettsyror i djurceller. Det består av två identiska subenheter, var och en med sju olika enzymatiska aktiviteter och ett regulatoriskt domän. FAS type I är ansvarig för att producera de mättade fettsyrorna med 16 kolatomer (palmitat) från acetyl-CoA och malonyl-CoA som substrat. Detta inträffar i cytoplasman hos djurceller, till skillnad från FAS type II som finns i endoplasmatiska nätverket hos växter och bakterier. FAS type I spelar en viktig roll i lipidmetabolismen och överproduktion av detta enzym har visats korrelera med fetma, diabetes och cancer.

S-acylkoenzym-A. Derivat av fettsyrakoenzym-A som ingår i biosyntes och oxidation av fettsyror samt i bildande av ceramid.

I en enskild medicinsk betydelse kan "resorcinoler" definieras som en kemisk förening som innehåller två resorcinolgruppor (1,3-dihydroxibensen) som är kopplade till varandra via en längre alifatisk kedja eller aromatisk ring. Resorcinoler har visats ha potential inom områdena hudvård och läkemedelsbehandling, där de exempelvis kan användas som antiseptiska, antiinflammatoriska och antioxidativa medel. Det är dock viktigt att notera att specifika medicinska tillämpningar och effekter av resorcinoler kan variera beroende på deras kemiska struktur och koncentration.

Phyllachora är ett släkte av svampar som först beskrevs av Christian Gottfried Daniel Nees von Esenbeck, och fick sitt nu gällande namn av Mordecai Cubitt Cooke 1879. Phyllachora ingår i familjen Phyllachoraceae, ordningen Phyllachorales, klassen Sordariomycetes, divisionen sporsäcksvampar (Ascomycota).

'Streptomyces coelicolor' är en art av grampositiva bakterier som tillhör släktet Streptomyces och familjen Streptomycetaceae. Den är känd för sin förmåga att producera ett antal olika antibiotika, inklusive aktinorhodin, undecylprodigiosin och calciumdependentant cyklopeptid. 'Streptomyces coelicolor' används ofta som en modellorganism inom forskning om bakteriers sekundära metabolism, genetik och cellbiologi.

Curcuma, också känt som kurkuma, är ett krydda och medicinalväxt som härstammar från sydöstra Asien. Det aktiva ämnet i curcuma är curcumin, som har potentialen att agera som en kraftfull antiinflammatorisk och antioxidativ agent. Curcuma används traditionellt inom ayurvedisk medicin för att behandla en rad av medicinska tillstånd, inklusive smärta, inflammation och gastrointestinala problem.

Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.

"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."

En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.

Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

Den genetiska massan hos bakterier.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.

Protein engineering är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att skapa, utveckla och justera proteiner med önskade egenskaper genom direkt manipulation av deras aminosyrasekvens och/eller tertiärstruktur. Detta kan uppnås genom användning av molekylärbiologiska tekniker, såsom mutagenes, rekombinant DNA-teknik och strukturbaserad design, för att skapa gener med önskade modifieringar som sedan exprimeras som proteiner med nya eller förbättrade funktioner.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

Ett bakteriostatiskt, antibiotiskt ämne som produceras av Streptomyces erythreus. Erytromycin A anses vara den beståndsdel som har störst verkan. Hos känsliga organismer hämmar det proteinsyntesen genom att binda till 50S-ribosomala underenheter. Denna bindning blockerar peptidyltransferasaktiviteten och stör överflyttning av aminosyror under translationsprocessen och proteinsammansättningen.

"Mycobacterium ulcerans" är en långsamväxande, miltsaprofisk mykobakterie som orsakar en infektion som kallas Burulisjukan. Denna infektion karaktäriseras vanligtvis av små, hårda knölar eller blåsor på huden som kan utvecklas till stora sår som slits upp djupt in i huden och underhuden. Mycobacterium ulcerans producerar en toxin som orsakar nekros (död) av vävnaden, vilket leder till de typiska sår som är kännetecknande för Burulisjukan. Infektionen sprids vanligtvis genom små skador på huden som kommer i kontakt med den infektiösa bakterien, ofta via kontakt med vatten eller mark som är kontaminerade av mykobakterierna. Burulisjukan förekommer främst i fattigare områden i tropiska och subtropiska lä

En klass bakterier med varierande morfologiska egenskaper. Stammar av Actinobacteria har mer än 80% 16SrRNA-sekvensöverensstämmelse sinsemellan, samt vissa signaturnukleotider.

Stereoisomerism är en form av isomeri, där två eller fler molekyler har samma kemiska formel och struktur, men differar i rumslig orientering av deras atomgrupper. Detta innebär att de har samma typ och antal atomer, men skiljer sig åt genom att vara speglar av varandra, liknande vänster- och högerhanden, vilket kallas att vara en form av "enantiomerer". Stereoisomeri är viktigt inom farmakologi eftersom olika stereoismoriska former av samma molekyl kan ha olika biologiska aktivitet och effekter på levande organismer.

Genernas ordningsföljd på en kromosom.

En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.

Riktad modifiering av genuppsättningen hos en levande organism genom ändring av DNA, utbyte av genetiskt material med hjälp av t ex virus, transplantation av cellkärnor, transplantation av cellhybrider osv.

Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.

Fatty acid synthase (FASN), type II, refers to a group of enzymes that are involved in the synthesis of fatty acids in the body. Unlike fatty acid synthase type I, which is a single large multifunctional protein found mainly in the cytoplasm of cells in the liver and adipose tissue, FASN type II consists of several separate enzymes that are located in the mitochondria and endoplasmic reticulum of many different cell types.

Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.

Farmaceutiska ämnen eller föreningar av organiskt ursprung och vanligen framställda med biologiska metoder, och som för sin verkan är beroende av immunologisk aktivitet. De används för både diagnos oc h behandling (t ex pollenextrakt och vacciner).

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.

Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.

Vätskekromatografimetoder som har högt ingångstryck, hög känslighet och hög hastighet.

En något heterogen klass av enzymer som katalyserar överföringen av alkyler eller liknande grupper (utom metylgrupper). EC 2.5.

NAFTA är en akronym som står för Nordamerikanska frihandelsavtalet (North American Free Trade Agreement). Detta var ett handelsavtal mellan Kanada, Mexiko och USA som undertecknades 1994 och upphörde officiellt den 1 juli 2020.

Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.

'Växter' är en botanisk term som definierar en grupp organismar som utmärks av celldelning genom vävnadsomslutande delning, kärndelning genom mitos och cellväggar byggda av cellulosa. De flesta växter har också klorofyll och kan därför producera sin egen näring genom fotosyntes.

Kromatografi på tunna lager av adsorbenter i stället för i kolonn. Det adsorberande medlet kan vara aluminiumoxid, kiselgel, silikater, träkol eller cellulosa.

Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.

Ett enzym som omvandlar UDP-glukosamin till kitin och UDP. EC 2.4.1.16.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.

En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

Alla proteiner som förekommer i svampar.

Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.

Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.

Ett enzym i syntesen av långa fettsyror, som fogar en dubbelkolenhet från malonyl-(acylbärarprotein) till en annan fetthaltig acyl-(a cylbärarprotein)-molekyl, vilket ger beta-ketoacyl-(acylbärarpro tein) under frigörande av koldioxid. EC 2.3.1.41.

I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.

Enediynes är en klass av organiska föreningar som innehåller en dubbelbindning och två trippelbindningar separerade av en kolatom, bildande en cyklisk struktur med potentialen att undergå reaktioner som genererar cykloodditioneringsprocesser. Dessa föreningar är kända för sin förmåga att skapa mycket reaktiva radikaler, vilket gör dem användbara inom områden som cancerbehandling genom att interagera specifikt med DNA och leda till dess skada.