En parasexuell mekanism hos bakterier, alger, svampar och flimmerhårförsedda protozoer för överföring av kromosommaterial vid sammansmältning av två celler. Hos bakterier är överföringen enkelriktad, hos protozoer är utbytet dubbelriktat. Hos alger och svampar utgör utbytet av genetiskt material en form av fortplantning, genom att han- och honceller förenas.
Plasmider som bestämmer en bakteries förmåga att producera koliciner. De utgör cellplasmaelement, vars införlivning i bakteriekromosomen kunnat påvisas endast vad gäller Col B och Col V-faktorerna.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
Den genetiska massan hos bakterier.
Vertikal överföring av arvsegenskaper med DNA från cytoplasmatiska organeller, så som plasmider, mitokondrier, kloroplaster och andra plastider, eller från intracellulära parasiter, som t ex virus. Mitokondriell nedärvning kallas ofta modersarv, men måste skiljas från kromosomalt överfört modersarv.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.
Biologiskt aktivt DNA som sammansatts in vitro av DNA-segment från olika källor. Det innehåller sammanfogningspunkten för en heteroduplexregion, där två olika DNA-molekyler är förenade.
Strukturer i bakteriecellers kärna, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.
Mikroorganismers förmåga att motstå eller utveckla tolerans för kemoterapeutiska medel eller antibiotika. Denna resistens kan förvärvas genom genmutationer eller främmande DNA vid plasmidöverföring (R-faktorer).
Mångfaldigande av en DNA-molekyl.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
DNA-molekyler med förmåga till autonom replikation i en värdcell, och i vilka andra DNA-sekvenser kan infogas och därmed mångfaldigas. Många erhålls ur plasmider, bakteriofager eller virus. De används för att föra in främmande gener i mottagarceller. Genetiska vektorer har ett funktionsdugligt replikationsställe och innehåller genetiska markörer, som underlättar deras identifiering.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.
Naturlig överföring av genetisk information mellan organismer, besläktade eller obesläktade, varvid överföring från föräldrar till avkomma kringgås. Horisontell genöverföring kan ske via ett antal olika naturligt förekommande förlopp, som t ex genetisk konjugation, genetisk transduktion och transfektion. Resultatet kan bli ändrad gensammansättning hos mottagarorganismen (genetisk transformering).
En typ av elektrofores där agar eller agarosgel används som diffusionsmedium.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.
Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.
Metod för påvisande av DNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon. Metoden utvecklades av E.M. Southern.
Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.
Proteiner från Escherichia coli.
En familj gramnegativa, fakultativt anaeroba, icke sporbildande stavbakterier. Bakterierna finns överallt. Några är saprofyter, andra växt- eller djurparasiter. Många arter är av stor ekonomisk betydelse pga sina sjukdomsalstrande effekter inom jordbruk och djurhållning.
Bakteriociner som produceras av stammar av Escherichia coli och därmed besläktade arter. De utgörs av proteiner eller protein-lipopolysackaridkomplex, vilka har dödlig effekt på andra stammar av samma art.
Antigenkodande bitar av rekombinant DNA,som ges som vaccin för förebyggande eller behandling av infektionssjukdom. Värdcellerna tar upp DNA:t, uttrycker antigenet och presenterar det för immunsystemet på ett sätt som liknar förloppet vid en naturlig infektion. Därmed framkallas ett humoralt och cellulärt immunsvar mot det producerade antigenet. Det rekombinanta DNA:t (DNA-vektorn) kallas naket DNA eftersom inga komplexa föreningar eller bärare behövs; plasmiden injiceras med saltlösning eller annan buffer.
Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.
En teknik för att med hjälp av elektriska stötar, med en intensitet av flera kilovolt per cm och mikrosekunders till millisekunders varaktighet, åstadkomma tillfällig förlust av cellmembraners semipermeabilitet. Därvid uppstår jonläckage och utflöde av metaboliter, samt ökat upptag i cellen av t ex läkemedel, sondmolekyler och DNA. Speciella tillämpningar av elektroporteknik kan gälla införande av plasmider eller främmande DNA i levande celler för transfektion, sammansmältning av celler för hybridomutveckling, samt implantering av proteiner i cellmembran.
Gramnegativa, orörliga, kapslade och gasproducerande stavbakterier som är utbredda i naturen och förknippade med urinvägs- och luftvägsinfektioner hos människor.
Antibiotikumkomplex från Streptomyces kanamyceticus, en jordbakterie i Japan.
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.
Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.
Bakteriers förmåga att motstå eller utveckla tolerans för kemoterapeutiska preparat och antibiotika. Denna resistens kan förvärvas genom genmutationer eller främmande DNA vid plasmidöverföring (R-faktorer).
Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.
Bakteriers förmåga att motstå eller utveckla tolerans för flera strukturellt och funktionellt skilda läkemedel samtidigt. Denna resistens kan förvärvas genom genmutationer eller främmande DNA vid plasmidöverföring (R-faktorer).
Ett antibiotikum som isolerades från Streptomyces venequelae i 1947, men som nu framställs syntetiskt. Det har förhållandevis enkel struktur och var det första bredspektrumpreparat som upptäcktes. Det har sin verkan genom att störa den bakteriella proteinsyntesen och är huvudsakligen bakteriostatiskt.
Plasmider som avgör bakteriers förmåga att jäsa laktos.
En elektroforesteknik där riktningen på det elektriska fältet ändras periodiskt. Tekniken liknar andra elektroforesmetoder för separering av dubbelsträngat DNA med molekylstorlekar upp till tiotusentals baspar. Men genom att alternera riktningen på det elektriska fältet kan DNA-molekyler med flera miljoner baspar separeras.
Gener som reglerar eller begränsar andra geners aktivitet, i synnerhet gener som kodar för proteiner (repressor- och aktivatorproteiner), vilka styr den genetiska transkriptionen av strukturella eller reglerande gener.
Tester som visar den relativa effekten av olika kemoterapeutiska medel mot specifika mikroorganismer (t ex bakterier, svampar, virus).
Okänslighet hos bakterier för verkan av kloramfenikol, en kraftfull hämmare av proteinsyntesen i 50S-ribosomunderenheten, där aminosyror kopplas till nyproducerade bakteriella polypeptider.
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos svampar.
Genernas ordningsföljd på en kromosom.
Ett enzym som katalyserar acetyleringen av kloramfenikol till kloramfenikol-3-acetat. Då kloramfenikol-3-acetat inte binder till bakterieribosomer och inte hämmar peptidyltransferas, är enzymet ansvar igt för naturligt förekommande kloramfenikolresistens hos bakterier. Enzymet, som har varianter, påträffas hos både gramnegativa och grampositiva bakterier. EC 2.3.1.28.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
En art av grampositiva, kockoida bakterier som ofta ses vid klinisk provtagning och i tarmkanalen hos människor. De flesta stammar är icke-hemolytiska.
Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.
Okänslighet hos bakterier för det antibiotiska ämnet kanamycin, som kan binda till 70S-ribosomer och ge upphov till felläsning av mRNA.
Virus som infekterar bakterieceller.
Infektionssjukdomar orsakade av bakteriearten Escherichia coli (E. coli).
6-((aminofenylacetyl)amino)-3,3-dimetyl-7-oxo-4-tia-1-azabicyklo(3.2.0)heptan-2-karboxylsyra. Ett halvsyntetiskt derivat av penicillin som oralt har antibiotisk bredspektrumverkan.
Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvensen GAATTC mellan G och A. EcoRI finns hos E coli RY13. Flera isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.
Enzymsystem med en enda underenhet och som endast kräver magnesium för endonukleolytisk verkan. Motsvarande modifieringsmetylaser är separate enzymer. Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver inom, eller på ett kort, specifikt avstånd från, den igenkända sekvensen, vilket ger specifika, dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatändar. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.4.
Riktad modifiering av genuppsättningen hos en levande organism genom ändring av DNA, utbyte av genetiskt material med hjälp av t ex virus, transplantation av cellkärnor, transplantation av cellhybrider osv.
Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.
Ett metalliskt grundämne i flytande fas vid rumstemperatur. Kemiskt tecken är Hg, atomnummer 80 och atomvikt 200,59. Kvicksilver har många industriella tillämpningar, och dess salter har använts terapeutiskt. Det kan absorberas genom hud och slemhinnor och ge kvicksilverförgiftning. Pga av toxiciteten har den kliniska användningen av kvicksilver och dess derivat minskat.
DNA-element som innehåller det genpaket och inskjutsplats för ett platsspecifikt rekombinationssystem som ger dem möjlighet att fånga upp rörliga genkassetter.
Gener som uttrycker sig på ett lätt påvisbart sätt och därför används för att studera promotoraktivitet på många platser i ett målgenom. Inom rekombinant DNA-teknik kan dessa gener kopplas till ett promotorområde av intresse.
De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.
Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.
Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.
Införande av funktionella (vanligen klonade) gener i celler. Olika sorters teknik och naturliga processer används för genöverföringen, som t ex cellhybridisering, liposomer eller mikrocellförmedlad genöverföring, elektroporering, kromosomförmedlad överföring, transfektion och genetisk transduktion. Genöverföring kan leda till såväl ombildade celler som organismer.
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.
I jord och vatten vanligt förekommande saprofytisk, grampositiv bakterie.
Virus med Escherichia coli som värdorganism.
En icke-patogen art av Lactococcus som finns i mejeriprodukter och gör att mjölk surnar och bildar mjölksyra.
Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.
En tempererad, inducerbar bakteriofag som utgör typarten av släktet lambdaliknande fager i familjen Siphoviridae. Dess naturliga värd är E. coli K12. Viruspartikeln innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA med undantag för 12 komplementbaser vid 5´-änden av polynukleotidkedjorna. Vid infektion sluter sig DNA i cirkel.
Ett komplex av tre olika, men närbesläktade aminoglykosidsulfater, gentamicin C1, C2 och C1(subA), som erhålls från Micromonospora purpurea och närstående arter. De är bredspektrumantibiotika, men kan ge hörsel- och njurskador. De verkar genom att hämma proteinsyntes.
Kopior av omflyttningsbara (transponerbara) element, spridda i genomet, av vilka några fortfarande är aktiva och ofta kallas hoppande gener. Det finns två klasser av sådana komponenter. Klass 1-element (retroelement, som t ex retrotransposoner, retrovirus, långa och korta spridda nukleotidsegment) ändrar läge genom omvänd transkription av en RNA-intermediär. Klass II-element (omflyttningsbara DNA-segment, som t ex transposoner, Tn-element, infogningssekvenssegment och rörliga genpaket av bakterieintegroner) byter plats direkt från ett läge i DNA till ett annat.
Förlust av en del av en kromosom.
Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvensen AAGCTT mellan A och A. HindIII finns hos Haemophilus influenzae R(d). Flera isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.
Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.
Giftiga ämnen producerade av bakterier. Toxinerna består huvudsakligen av proteiner med hög molekylvikt och starka antigena egenskaper. Några används som antibiotika och för vaccinframställning, eller för diagnostiska hudtester.
Infektioner orsakade av bakterier tillhörande familjen Enterobacteriaceae.
Infektioner orsakade av bakterier av släktet Klebsiella.
Bakterieplasmider som reglerar syntesen av hemolysin.
Den vanligaste orsaken till kallbrand. Många distinkta typer kan särskiljas utifrån distributionen av tolv olika toxiner.
En mikroorganisms okänslighet för verkan av ampicillin, ett penicillinderivat som inverkar på cellväggsyntesen.
Genetisk enhet bestående av tre strukturella gener, en operator och en reglergen. Reglergenen styr syntesen av de tre strukturella generna för beta-galaktosidas, beta-galaktosidpermeas (som medverkar till laktosomsättningen) och beta-tiogalaktosidacetyltransferas.
En art gramnegativa bakterier som orsakar urinvägsinfektioner och sepsis.
Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.