DNA-hydrolysat där purinbaserna tagits bort.

Enzymer som katalyserar klyvningen av kol-syrebindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.2.

Polynukleotider är långa kedjor av nukleotider, som är de grundläggande byggstenarna i nucleinsyror såsom DNA och RNA. Varje nukleotid består av en sockerhaltig bas (purin eller pyrimidin), en fosfatgrupp och en pentos-socker (ribose eller deoxyribose). I polynukleotider är dessa nukleotider kedjebundna med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerna i varje nukleotid, vilket resulterar i en lång, slingrande kedja. DNA-molekyler består av två komplementära polynukleotidkedjor som är sammanbundna med varandra genom basparning (A-T och G-C), medan RNA oftast består av en enda polynukleotidkedja. Polynukleotider spelar därför en central roll i arvsförutsättningarna, genuttryck och cellulär reglering

Nukleosidaser är en grupp av enzymer som bryter ned nukleosider till en bas och en pentos (sötningsmedel) genom hydrolys. De spelar därför en viktig roll i nedbrytningen och metabolismen av nukleinsyror.

En grupp enzymer som katalyserar den endonukleolytiska delningen av DNA. De omfattar enzymklasserna EC 3.1.21.-, EC 3.1.23.- (DNA-restriktionsenzymer), EC 3.1.24.- (DNA-restriktionsenzymer) och EC 3.1.25.-.

Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.

En DNA-glykosylase är ett enzym som bryter kovalenta bindningar mellan basen och den deoxyribos-fosfatbakgrund som utgör DNA:s dubbelhelix. Dessa enzymer spelar en viktig roll i reparationen av skada på DNA, särskilt skador orsakade av oxidativ stress eller mutagena substanser. Genom att bryta bindningen mellan basen och bakgrunden kan den skadade basen tas bort och ersättas med en korrekt bas, vilket hjälper till att återställa DNA:t till dess ursprungliga sekvens.

'Uracil-DNA-glycosylase' är ett enzym som katalyserar reparationen av DNA genom att taa bort uracilbaser från DNA-strängar, där de eventuellt har uppstått på grund av spontan hydrolys av cytosinbaser eller felaktig syntes. Detta är en viktig del i cellens mekanism för att korrigera replikationsfelet och underhålla genombestämmande integriteten.

DNA-Formamidpyrimidinglykosylas (FPG) är ett enzym som främjar reparation av DNA-skador genom att klyva en specifik typ av skada, nämligen lesioner orsakade av oxidativ stress. FPG binder till den skadade basen och klipper ut den från DNA-strängen, vilket möjliggör för cellens reparationssystem att ersätta den med en korrekt bas. Den specifika typen av lesion som FPG tar hand om är så kallade formamidpyrimidinger, vilka bildas när baserna i DNA utsätts för oxidativ stress och då deformeras på ett sätt som kan störa replikationen och transkriptionen.

Enzymer som katalyserar hydrolys av de inre bindningarna och därmed bildandet av polynukleotider eller oligonukleotider från ribonukleotid- eller deoxiribonukleotid-kedjor. EC 3.1.-.

Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.

Läkemedels- eller strålningsframkallade skador på DNA som medför avvikelser från den normala dubbelspiralkonformationen. Till dessa hör strukturella förvrängningar som stör replikation och transkription, samt punktmutationer som splittrar baspar och ger skadliga effekter på efterföljande generationer genom ändringar i DNA-sekvensen. Om skadan är av mindre omfattning kan den repareras (DNA-reparation), men stor skada kan leda till apoptos (celldöd).

En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).

Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.

Proteiner från Escherichia coli.

I en enkel medicinsk definition kan puriner definieras som en grupp av organiska föreningar som inkluderar baserna adenin och guanin, vilka är viktiga beståndsdelar i nukleotider och nukleotidkvävesyror. Dessa molekyler har en central roll i cellers energimetabolism, signaltransduktion och DNA- och RNA-syntes. Puriner kan också fungera som signalsubstanser som frisätts från celler under vissa fysiologiska och patofysiologiska tillstånd, och de har potentialen att modulera immunresponsen och inflammationen.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

Ett enzym som under närvaro av ATP och CoA katalyserar klyvning av citrat för att ge acetyl-CoA, oxalacetat, ADP och ortofosfat. Denna reaktion utgör ett viktigt steg i fettsyrabiosyntesen. EC 4.1.3.8 .

En klass av enzymer som katalyserar klyningen av C-C, C-O och C-N, och andra bindningen på andra sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Ett alkylerande ämne som används i cancerbehandling, och som även kan ha mutagen verkan genom att störa och skada DNA.

Ett DNA-reparationsenzym som katalyserar syntes av DNA vid basexcisionsreparation av DNA. EC 2.7.7.7.

Deoxicytidindihydrogenfosfat. En deoxicytosinnukleotid med en fosfatgrupp som förestrats till deoxiribosdelen i 2'-, 3'- och 5'-positionerna.

Polysaccharide lyaser är en grupp enzym som katalyserar hydrolys av glykosidbindningar i polysackarider, vanligtvis under inversion av anomern konfiguration, genom β-elimination mekanism. De är specifika för substrat med särskilda länkar mellan kolatomerna och/eller sidokedjor.

Ett enzym som vid biosyntesen av purinribonukleotider katalyseraromvandlingen av 5´-fosforibosyl-4-(N-succinokarboxamid)-5-aminoimidazol till 5´-fosforibosyl-4-karboxamid-5-aminoimidazol och omvandlin gen av adenylbärnstenssyra till AMP. EC 4.3.2.2.

Ribosomal monophosphates are chemical compounds that constitute the building blocks of ribonucleic acid (RNA) in a cell. Specifically, they refer to the monophosphate esters of ribose, a sugar, linked to one of the four nitrogenous bases found in RNA: adenine, guanine, cytosine, or uracil. These compounds are crucial for protein synthesis as they participate in the formation of ribosomes where translation of genetic information into proteins occurs.

En familj av enzymer som katalyserar den exonukleolytiska klyvningen av DNA. Den inkluderar medlemmar av klassen EC 3.1.11 som ger 5'-fosfomonoestrar som spjälkningsprodukter. EC 3.1.-.

Enzymer som katalyserar frisättande av mononukleotider genom hydrolys av ändbindningarna på deoxiribonukleotid- eller ribonukleotidkedjor. EC 3.1.-.

En oxo-syra-lyas är ett enzym som katalyserar nedbrytningen av en oxosyra till en karboxylsyra och en aldehyd genom decarboxylering. Exempel på reaktioner som kan katalyseras inkluderar dekarboxyleringen av pyruvat till acetaldehyd och kolmonoxid, samt dekarboxyleringen av oxaloacetat till malat.

Den sockerart som tillsammans med någon av de fyra kvävebaserna adenin, cytosin, guanin eller tymin bildar DNA.

Uracil är en av de nucleotider som förekommer i RNA, där det ersätter tymin som en beståndsdel i en del av RNA:s building block, ribonukleotider. Uracil är en pyrimidinbas och har en liknande struktur som tymin, men saknar en metylgrupp som tymin innehåller. Det spelar en viktig roll i kopiering och syntes av RNA under cellens normala funktioner.

Poly(deoxiribonukleotid):poly(deoxiribonukleotid)-ligaser. Enzymer som katalyserar hopkopplingen av redan bildade deoxiribonukleotider med fosfodiesterlänkning vid genetiska processer i samband med reparation av enkelsträngsbrott i duplex-DNA. EC 6.5.1.1 (ATP) och EC 6.5.1.2 (NAD).

Ingår i en del preparat mot mögel- och rötangrepp på trävirke.

Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i prokaryoter och som möjligen förekommer hos högre organismer. Det uppvisar såväl 3'-5'- som 5'-3'-exonukleasaktivitet, men kan inte använda naturligt förekommande dubbelsträngat DNA som mönsterprimer. Det hämmas inte av sulfhydrylföreningar och är verksamt i både DNA-syntes och -reparation. EC 2.7.7.7.

I en enkel medicinsk definition kan 'Pyrimidindimer' beskrivas som två sammanlänkade pyrimidinbaser, vilka är en typ av nukleotidbas som ofta förekommer i DNA och RNA. Pyrimidindimrar kan uppstå naturligt under celldelning eller som ett resultat av mutationer, och de kan ha negativa effekter på cellens funktion och överlevnad. Vissa cancerbehandlingar, såsom chemo- och strålterapi, kan öka antalet pyrimidindimrar i celler, men det är fortfarande oklart om dessa förändringar bidrar till eller skyddar mot cancersjukdomen.

Organisk bas, 6-oxi-2-aminopurin (C5H5N5O). Det ingår i guaninnukleotider.

Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kolbindningen i molekyler med en hydroxyl- och en karbonylgrupp för att bilda två små molekyler, som var och en är en aldehyd eller en keton. Enzymerna kallas o ckså aldolaser. EC 4.1.2.

En "T-cell" (T-cell or T-lymphocyte) är en typ av vita blodcellar som hör till det adaptiva immunsystemet och spelar en central roll i cellmedierad immunitet, särskilt mot virusinfektioner och cancer. De utvecklas från stamceller i benmärgen och mognar i thymus, varifrån de får sitt namn (T-cell = Thymus-cell). T-celler kan identifiera och binder till specifika antigener på ytan av infekterade celler eller främmande partiklar, vilket aktiverar dem att utveckla ett effektivt svar genom att sekretiera cytokiner, rekrytera andra immunceller och direkt döda de infekterade cellerna. T-celler kan delas upp i olika undergrupper baserat på deras fenotyp och funktion, till exempel CD4+ T-hjälparceller (T-helper cells) och CD8+ cytotox

En klass oorganiska eller organiska föreningar som innehåller borhydridanjonen (BH4-).

Kovalenta anslutningar mellan mutagena kemiska ämnen och DNA. Sådana kopplingar aktiverar reparationsprocesser i DNA och kan, om reparation inte ägt rum före replikation, leda till utbyte eller bortfall av nukleotider och omkastningar i kromosomerna.

Osmiumtetroxid är en giftig, kristallin förening med formeln OsO4. Den används primärt inom elektronmikroskopi för att färga fettsyror och andra lipider i biologiska preparat, då den bildar en svart eller mörkbrun färg vid kontakt med dubbelbindningar i olefiner. Osmiumtetroxid är starkt oxiderande och kan orsaka allvarliga skador på hud, ögon och luftvägar.

Salter av glykolsyra (hydroxiättiksyra).

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

I en enkel medicinsk kontext, kan 'P-O-lyas' definieras som en typ av reaktion där en fosfatestrad (P) bryts ned till en aldehydgrupp (-CHO) och en förening med en hydroxylgrupp (-OH). Denna process kallas också för dephosphorylering. Det är värt att notera att termen 'P-O-lyas' inte används särskilt ofta inom medicinsk terminologi, utan den kan vara mer vanlig inom biokemi och molekylärbiologi.

"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."

"Oligonukleotider" refererar till korta, syntetiska eller naturliga sekvenser av nukleotider, som är byggstenarna i DNA och RNA. Oligonukleotider kan vara upp till 20-25 nukleotider långa och används ofta inom molekylärbiologi för att undersöka specifika gener eller funktioner på genetisk nivå. De kan också användas som medicinska terapeutika, till exempel i form av antisense-oligonukleotider eller RNA-interferens, för att störta specifika proteiner som är involverade i sjukdomsprocesser.

"Ultraviolett strålning (UV-strålning) är en form av elektromagnetisk strålning som har kortare våglängd än synligt ljus och längre våglängd än rent röntgenstrålning, vilket gör den osynlig för människan. UV-strålning delas in i tre typer: UVA, UVB och UVC, beroende på deras relativa våglängder och energier. Denna strålning produceras naturligt av solen, men kan också genereras syntetiskt genom artificiella källor. Överexponering av UV-strålning kan leda till skador på huden, ögonen och immunförsvaret, samt öka risken för hudcancer."

Flap-endonucleaser är ett enzym som spelar en viktig roll inom DNA-reparationen, där det klyver en flapliknande struktur i DNA-molekylen. En flap uppstår när en eller flera nukleotider i en DNA-sträng förlängs och överhänger över den komplementära strängen. Flap-endonucleaserna katalyserar en hydrolysreaktion som resulterar i att den överhängande delen av DNA-strängen klipps bort, vilket möjliggör för de skadade DNA-strängarna att repareras korrekt.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

Organiska föreningar som innehåller radikalen NH2OH.

"Oligodeoxiribonukleotider (ODNs) är korta syntetiska enkelsträngade DNA-molekyler, som består av mellan några få upp till hundratals nukleotider."

Förekomst av en icke-komplementär bas i dubbelsträngat DNA orsakad av spontan deaminering av cytosin eller adenin, felaktig passning under homolog rekombination, eller fel i DNA-replikationen. Upprepa de, sekvensiella felanpassningar av baspar resulterar i heteroduplex-DNA.

Preparat framställda av cellers beståndsdelar eller produkter.

DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.

En nukleosid bestående av basen guanin och sockret deoxiribos.

Ett medel mot Schistosoma som i stort sett ersatts av hykanton, och under senare tid av praziquantel.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.

Kemiska ämnen som ökar antalet genetiska mutationer genom att störa nukleinsyrornas funktion. Ett klastogen är ett specifikt mutagen som åstadkommer kromosombrott.