En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.

Genetiskt identiska individer framavlade genom syskonparning i tjugo eller fler generationer, eller genom parning mellan föräldrar och avkomma med vissa restriktioner. Alla djur inom en inavlad stam kan spåras tillbaka till en gemensam anfader till den tjugonde generationen.

DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.

Metoder för bestämning av olika typer och stammar av bakterier. De mest använda typningssytemen är bakteriofagtypning och serotypning jämte bakteriocintypning och biotypning.

Den genetiska massan hos bakterier.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

Tester som visar den relativa effekten av olika kemoterapeutiska medel mot specifika mikroorganismer (t ex bakterier, svampar, virus).

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.

Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.

Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.

Varje flytande eller fast preparat som är specifikt avsett för odling, lagring eller transport av mikroorganismer eller andra sorters celler. Olika typer av media, såsom differentierande substrat, selektiva substrat, testsubstrat och definierade substrat, tillåter odling av bestämda mikroorganismer och celltyper. Fasta medier erhålls genom tillsats av agar eller gelatin till flytande substrat.

Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.

Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Mikroorganismers förmåga att motstå eller utveckla tolerans för kemoterapeutiska medel eller antibiotika. Denna resistens kan förvärvas genom genmutationer eller främmande DNA vid plasmidöverföring (R-faktorer).

Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.

Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.

Den genetiska sammansättningen och beskrivningen av denna hos en enskild individ.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

Förfarande för framställning av flerbandade mönster av ett DNA-prov genom spjälkning av DNA med restriktionsenzymer och med efterföljande elektrofores och visualisering genom hybridisering med sökfragment, specifika för repetitiva sekvenser. Inom rättsmedicin är de sökfragment som används grundsträngar som är specifika för enkla tandemupprepningar (minisatellitupprepningar; VNTR). De flerbandade mönstren, vilka kallas DNA-fingeravtryck, jämförs med en persons DNA.

En elektroforesteknik där riktningen på det elektriska fältet ändras periodiskt. Tekniken liknar andra elektroforesmetoder för separering av dubbelsträngat DNA med molekylstorlekar upp till tiotusentals baspar. Men genom att alternera riktningen på det elektriska fältet kan DNA-molekyler med flera miljoner baspar separeras.

Organiska syror (alifatiska karboxylsyror), med grundformeln CH3(CH2)nCOOH, vilka fås genom oxidation av en metylgrupp till en alkohol, aldehyd och därefter syra. Det finns mättade, enkelomättade (med en dubbelbindning) och fleromättade (med mer än en dubbelbindning) fettsyror.

En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

En enzymutlöst kemisk förändring i organiska föreningar som sker utan tillgång till syre. Vid processen bildas etanol eller mjölksyra och frigörs energi.

Adhesionsförmåga är en kemisk egenskap hos bakterier såväl med som utan fimbrier ("cellhår") att kunna fästa vid andra celler, vävnader eller icke-levande ytor. Denna egenskap är av betydelse för kolo nibildning och sjukdomsalstrande förmåga.

En kedja av processer genom vilka levande organismer bryter ned miljöföroreningar, organiskt avfall, bekämpningsmedel samt implanterade material.

Bakteriers förmåga att motstå eller utveckla tolerans för kemoterapeutiska preparat och antibiotika. Denna resistens kan förvärvas genom genmutationer eller främmande DNA vid plasmidöverföring (R-faktorer).

Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.

Infektionssjukdomar orsakade av bakteriearten Escherichia coli (E. coli).

Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.

Giftiga ämnen producerade av bakterier. Toxinerna består huvudsakligen av proteiner med hög molekylvikt och starka antigena egenskaper. Några används som antibiotika och för vaccinframställning, eller för diagnostiska hudtester.

Proteiner förekommande i det yttre membranet hos bakterier.

Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.

En ordning av grampositiva, primärt aeroba bakterier med förgrenade filament.

Proteiner från Escherichia coli.

Strukturer i bakteriecellers kärna, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.

Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.

En parasexuell mekanism hos bakterier, alger, svampar och flimmerhårförsedda protozoer för överföring av kromosommaterial vid sammansmältning av två celler. Hos bakterier är överföringen enkelriktad, hos protozoer är utbytet dubbelriktat. Hos alger och svampar utgör utbytet av genetiskt material en form av fortplantning, genom att han- och honceller förenas.

Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.

Plötslig ökning i en sjukdoms incidens. Hit räknas även epidemier.

Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.

Förekomst av bakterier, virus och svamp i födoämnen. Området är inte begränsat till patogena orgranismer, utan omfattar även närvaro av icke-patogena bakterier och svampar i t ex ost och vin.

Räkning av antalet livsdugliga, isolerade bakterier, arkeceller eller svampceller eller -sporer på ett fast odlingsmedium. Varje koloni (dvs kolonibildande enhet) representerar avkomman av en enda inympad cell. Metoden används rutinmässigt av miljömikrobiologer för att bestämma antalet organismer i luft, föda och vatten, av kliniker för att mäta den mikrobiella belastningen på patienter, och vid antibiotikatestning.

Liv eller metaboliska reaktioner i närvaro av molekylärt syre.

Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

Ett förhållande där mikroorganismer inte kan samexistera, utan organismer av en typ bekämpar, dödar eller hämmar tillväxten hos, en annan. Motsatsen är symbios.

En livsmiljö utan syrgas.

Ett släkte av Bacillaceae som utgörs av sporbildande, stavformade celler. De flesta arter är jordlevande saprofyter. Endast ett fåtal arter är patogena.

Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.

Tunna, hårliknande bihang, 1-20 mikrometer långa och talrika, på gramnegativa bakterier, särskilt Enterobacteriaceae och Neisseria. Till skillnad från flageller saknar de rörelseförmåga, men har, som proteiner, antigena och hemagglutinerande egenskaper. De är av medicinsk betydelse, eftersom vissa fimbrier medverkar till att bakterier via adhesiner kan fästa vid celler. Bakteriella fimbrier är vanliga pili, men måste särskiljas från den gängse betydelsen av "pili", vilken avser sexpili.

Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos svampar.

Ett rent fysikaliskt tillstånd hos ett material som utsätts för deformerande yttre krafter eller ojämn termisk utvidgning. Den mekaniska stressen uttrycks kvantitativt i kraft per ytenhet.

Vetenskapen om de mikroorganismer som lever i olika miljöer omkring oss (i luft, jord, vatten osv) och deras eventuella patogena egenskaper i förhållande till andra organismer, inklusive människor.

Immunglobuliner framkallade av bakteriella antigena komponenter.

Djur som framavlats från två genetiskt olika stammar av en och samma art.

Onormalt lös eller onormalt frekvent avföring.

Ett mått på en lösnings surhetsgrad.

En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.

De DNA-segment som ligger mellan ribosom-RNA-generna (inre, transkriberade separationsenheter) och mellan de parvis upprepade rDNA-enheterna (yttre, transkriberade separationsenheter och icke-transkriberade separationsenheter).

Ett släkte grampositiva, mikroaerofila, stavformade bakterier med stor spridning i naturen. Olika arter ingår i normalfloran i mun, tarmar och vagina hos många däggdjur, inkl. människor. De är sällan sjukdomsframkallande.

Metod för påvisande av DNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon. Metoden utvecklades av E.M. Southern.

Alla djur som ingår i familjen Suidae, knubbiga, kortbenta och allätande däggdjur med tjock hud och borstliknande pälshår, förhållandevis lång nos och liten svans. Hit hör släktena Babyrousa, Phacochoerus (vårtsvin) och Sus, till vilket hör det vanliga tamsvinet (Sus scrofa).

Ett vanligt natriumsalt (natriumklorid) som brukas allmänt för smaksättning av livsmedel. Det spelar en viktig biologisk roll i regleringen av det osmotiska trycket i blod och vävnader.

Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.

Djursjukdommar vars kliniska mekanismer är tillräckligt lika dem hos annan sjukdom hos människor för att de skall kunna tjäna som modell. Sjukdomen hos djuret kan antingen vara framkallad eller naturlig.

Hos de flesta alger, bakterier och svampar är cellväggen en vanligtvis fast struktur som bildar ett skikt utanför cellhinnan och som ger organismen dess form och skyddar den mot mekanisk skada, osmotisk påverkan osv. Cellväggen fungerar också som en genomsläpplighetsbarriär mot t ex antibiotika och andra substanser.

En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.

Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.

Ett släkte gramnegativa bakterier tillhörande familjen Neisseriaceae som förekommer i jord och vatten och med oklar patogenitet.

Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.

Fram till slutet av andra världskriget ett oberoende kungadöme. Landet utgörs av den koreanska halvön i Ostasien, söder om Kina. Efter andra världskriget delades landet i två delar: Nordkorea och Sydkorea.

En familj gramnegativa, fakultativt anaeroba, icke sporbildande stavbakterier. Bakterierna finns överallt. Några är saprofyter, andra växt- eller djurparasiter. Många arter är av stor ekonomisk betydelse pga sina sjukdomsalstrande effekter inom jordbruk och djurhållning.

Alla proteiner som förekommer i svampar.

Bakteriella ytkomponenter som underlättar för bakterien att fästa vid andra celler eller icke-biologiska ytor. De flesta fimbrier på gramnegativa bakterier fungerar som adhesiner, men ofta är det ett underordnat protein ute i änden av fimbrierna som är det verkliga adhesinet. Hos grampositiva bakterier är det ett protein- eller polysaccharidskikt på ytan som tjänar som adhesin.

Serologiska reaktioner som inträffar när ett antiserum mot ett antigen reagerar med ett annat, närbesläktat antigen.

Virus som infekterar bakterieceller.

En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.

Djurarten Oryctolagus cuniculus, av familjen Leporidae och ordningen Lagomorpha. Kaniner föds i hålor, utan päls, och med slutna ögon och öron. Kaniner har 22 kromosompar, medan harar har 24.

En mikroorganisms förmåga att överleva under givna betingelser. Den kan även avse en kolonis förmåga att föröka sig.

Tunna skikt av bakterier eller andra mikroorganismer på ytor i vatten eller andra våta miljöer där organismerna kan leva, t ex på medicinska implantat, på tandytor eller på båtbottnar i sjövatten. I r eningsverk används biofilm för vissa processer. Biofilmen består av flera lager celler i ett skyddande slem av polymerer, som cellerna själva producerar, och som bildar en barriär mot såväl fagocyter som antibiotika.

Vatten med obetydliga salthalter, t ex åar och insjöar.

Suspensionspreparat framställda av försvagade eller avdödade bakterier för förebyggande eller behandling av bakteriella infektionssjukdomar.

En art av Haemophilus som fäster vid slemhinnorna hos människor och olika djurarter. Arten indelas vidare i biotyperna I till VIII.

Ett släkte gramnegativa, anaeroba och stavformade bakterier. Dess medlemmar finns normalt i munhålan, luftvägarna, tarmarna och det urogenitala systemet hos människor, djur och insekter. Vissa arter k an vara patogena.

Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Utnyttjande och manipulation av ekonomiskt intressanta mikroorganismer i industriell skala, samt hantering och bekämpning av skadliga mikroorganismer.

Preparat med förmåga att döda infektiösa agens eller hindra dem från att orsaka infektion.

En process i vissa bakterier, svampar och blågröna alger, varvid fritt atmosfäriskt kväve omvandlas till biologiskt användbara former av kväve, som t ex ammoniak, nitrater och aminoföreningar.

Encellig, knoppande svamp som är den huvudsakliga orsaken till kandidos (candidiasis).

Enskilda former av gener i ett genpar, lokaliserade till samma plats på homologa kromosomer, och som styr samma biokemiska processer.

Kolväteringar med två ketondelar i någon position. De kan substitueras i alla positioner utom där ketongrupperna sitter.

Sjukdomar hos tamsvin och vildsvin av släktet Sus.

Ett släkte gramnegativa, fakultativt anaeroba, stavformade bakterier som uppträder som enskilda celler, i par eller i korta kedjor. Bakterierna finns i sötvatten och avloppsvatten och är patogena för människor, grodor och fiskar.

Proteiner som utgör strukturella beståndsdelar av bakteriella fimbrier eller sexpili.

Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.

Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.

Bakterier som bibehåller kristallviolettfärgen efter behandling enligt Grams metod.

Serum som innehåller antikroppar. Det erhålls från djur som immuniserats genom injektion av antigen eller genom infektion med mikroorganismer, bärande på antigenet.

En art av grampositiva, kockoida bakterier som ofta ses vid klinisk provtagning och i tarmkanalen hos människor. De flesta stammar är icke-hemolytiska.

En undergrupp klorofyllbärande bakterier (blågröna alger) bestående av encelliga eller flercelliga organismer med förmåga att genom fotosyntes producera syre. Blågröna alger är de enda kända organismer som kan binda både koldioxid (under medverkan av ljus) och kväve. Cyanobakterierna betraktades tidigare som alger, men de saknar algernas typiska kärnor och kloroplaster, och jämförelser av nukleotidbaser från 16S och 5S-rRNA tyder på att cyanobakterierna fylogenetiskt har en plats ganska långt ned under de gramnegativa bakterierna.

Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.

Gramnegativa, orörliga, kapslade och gasproducerande stavbakterier som är utbredda i naturen och förknippade med urinvägs- och luftvägsinfektioner hos människor.

Fenomenet att en fag tar plats i värdbakteriens DNA och etablerar ett slags symbios mellan profagen och bakterien, vilket resulterar i att profagen förevigas i kommande bakterieceller. Vid aktivering av viruset genom olika utlösande faktorer, som t ex ultraviolett strålning, frigörs fagen, blir virulent och löser upp bakterien.

Bakterier som tappar lilafärgning, men färgas rosa, vid gramfärgning.

En art grampositiva, stavformade bakterier med stor utbredning i naturen. Bakterierna har påträffats i avloppsystem, jord, ensilage och faeces hos friska människor och djur. Infektion med denna bakterie leder till hjärninflammation, hjärnhinneinflammation, endokardit och aborter.

Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.

Undersökningar som bygger på att celler, mikroorganismer eller partiklar klumpar ihop sig när de blandas med specifikt antiserum.

Ett bakteriostatiskt, antibiotiskt ämne som produceras av Streptomyces erythreus. Erytromycin A anses vara den beståndsdel som har störst verkan. Hos känsliga organismer hämmar det proteinsyntesen genom att binda till 50S-ribosomala underenheter. Denna bindning blockerar peptidyltransferasaktiviteten och stör överflyttning av aminosyror under translationsprocessen och proteinsammansättningen.

Ett släkte icke-sporbildande bakterier med stor utbredning i naturen. Bakterierna uppträder i form av raka eller svagt böjda stavar och är kända parasiter och sjukdomsalstrare hos människor och djur.

Naturlig, bakteriedödande egenskap hos blodet tack vare förekomsten av antibakteriella ämnen som betalysin, leukin m fl.

En akut diarrésjukdom som är endemisk i Indien och Sydostasien och som orskas av Vibrio cholerae. Sjukdomstillståndet kan leda till allvarlig uttorkning inom några timmar om inte snabb behandling sätts in.

Den dosmängd av ett giftigt ämne eller av joniserande strålning som krävs för att döda 50% av en testpopulation.