Dioxygenaser
Oxygenaser
Katekol-2,3-dioxygenas
Katekol-2,3-dioxygenas är ett enzym som katalyserar oxidativ klövning av catecholer till muconiska syror, vilket är en viktig reaktionssteg i nedbrytningen av flera aromatiska aminer och katekoler i människan.
Protokatekuat-3,4-dioxygenas
Protocatechuate 3,4-dioxygenase är ett enzym som katalyserar oxidationen av protocatekuat till 4-karboxi-2-hydroxymukonat i två steg, med omsättning av syre. Detta enzym är vanligt förekommande hos bakterier och kan spela en viktig roll i nedbrytningen av aromatiska föreningar i naturen.
Katekol-1,2-dioxygenas
Rhodococcus
'Rhodococcus' är ett släkte av grampositiva, aeroba och kokusbildande bakterier som förekommer i naturen, främst i jord och vatten. Några arter av Rhodococcus kan orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunsupprimerade individer. Infektioner kan vara subkliniska eller ge upphov till allvarliga sjukdomar som pneumonia, sepsis och abscesser.
Sphingomonas
"Sphingomonas" är ett släkte av gramnegativa, aeroba bakterier som saknar yttre cellvägg och tillhör proteobacteria. De är kända för sin förmåga att metabolisera ovanliga kolväten, inklusive aromatiska kolväten, och har identifierats som en komponent i mikrobiomen på ett antal olika miljöer, inklusive vatten, jord och luft. Några arter av Sphingomonas kan orsaka infektion hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer.
Ketoglutarsyra
Ralstonia
Ralstonia är ett släkte av gramnegativa, aeroba stavformade bakterier som tillhör ordningen Burkholderiales. Ralstonia-arter är vanligen motståndskraftiga mot antibiotika och kan orsaka opportunistiska infektioner hos människor med nedsatt immunförsvar, såsom patients som får lungtransplantationer eller hemodialys. Ralstonia-infektioner kan också förekomma i andra kliniska sammanhang, såsom infusionstherapi och vattenkylsystem.
Biologisk nedbrytning
Icke-hemjärnproteiner
Icke-hemjärnproteiner, också kända som icke-heme-proteiner eller non-heme proteins, är proteiner som binder till metallioner utanför ett hem-gruppcentrum, i kontrast till hemproteiner som innehåller en prostetisk grupp av porfyrin med en järn(II)-ion.
2-metyl-4-klorfenoxiättiksyra
Hydroxylaser
En stor grupp enzymer som förmedlar oxidations-reduktionsreaktioner där en atom i en syremolekyl binds till det organiska substratet. Den reducerade syreatomen binds med väte och bildar vatten. Enzymerna kallas även monooxygenaser. Dessa reaktioner fordrar två substrat som reduktanter för var och en av de båda syreatomerna. Det finns olika klasser av enzymerna beroende på vilken typ av väteavgivande kosubstrat (koenzymer) som krävs för blandfunktionsoxidationen. EC 1.4 - 1.97.
Kolväten, cykliska
Pseudomonas
Pseudomonas är ett släkte gramnegativa, aeroba stavformade bakterier, vanligtvis icke-sporbildande, som förekommer vitt spridd i naturen, särskilt i fuktiga miljöer. Några arter av släktet Pseudomonas kan orsaka infektioner hos människor och djur, framför allt Pseudomonas aeruginosa, som är känd för sin förmåga att utveckla antibiotikaresistens och orsaka livshotande sjukdomar, särskilt hos immunförsvagna individer.
Delftia acidovorans
En allmänt utbredd, gramnegativ stavbakterie som tidigare kallades Pseudomonas acidovorans (Pseudomonas acidivorans). Den skiljer sig från övriga Comamonasarter genom sin förmåga att nyttja bensoat som kolkälla.
Burkholderia
Ett släkte av gramnegativa, aeroba, stavformade bakterier. De klassificerades tidigare som Pseudomonasarter, men betydande biokemiska och kemiska skillnader har lett till att de avskilts från Pseudomo nas och fått bilda ett nytt släkte.
Pseudomonas putida
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Homogentisinsyra
Homogentisinsyra är en aromatisk karboxylsyra som förekommer naturligt i vissa kroppsvätskor, såsom urin, hos människor och djur. Det bildas som en biprodukt under nedbrytningen av aminosyran tyrosin genom en metabolisk process som kallas fenylalanin-tyrosin-metabolism. I normala fall bryts homogentisinsyra ner ytterligare till mindre molekyler i levern, men vid vissa genetiska störningar, såsom alkaptonuri, kan den inte brytas ned korrekt och kan leda till akumulering av homogentisinsyra i kroppen, vilket kan orsaka allvarliga hälsoeffekter som led- och giktliknande symptom samt förtärande av brosk och ledkartilagin.
Ferroföreningar
Oorganiska och organiska föreningar med tvåvärt järn.
Petroselinum
Molekylsekvensdata
Prokollagenprolindioxygenas
Klorbensener
Cysteindioxygenas
Cysteine dioxygenase (CDO) is an enzyme that catalyzes the conversion of the amino acid L-cysteine to L-cysteinesulfinic acid, which is a key step in the biosynthesis of the neurotransmitters L-glutamate and L-gamma-aminobutyric acid (GABA). This enzymatic reaction also generates equimolar amounts of sulfite and water. CDO plays important roles in regulating redox homeostasis, protecting against oxidative stress, and maintaining the normal function of the central nervous system.
Aminosyrasekvens
Bifenylföreningar
Järn
Ett i jordskorpan allmänt utbrett metalliskt grundämne. Kemiskt tecken är Fe, atomnummer 26 och atomvikt 55,85. Järn är en väsentlig beståndsdel i hemoglobin, cytokrom och andra komponenter i respiratoriska enzymsystem. Dess främsta funktioner är att transportera syre till vävnader (hemoglobin) och att ingå i cellulära oxidationsförlopp. Uttömning av järnförråden kan leda till järnbristanemi. Järn används för att återuppbygga blodet vid anemi.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Hydroxybenzoates
Hydroxybenzoates are salts or esters of hydroxybenzoic acids, which are aromatic organic compounds with a carboxylic acid group and one or more hydroxyl groups attached to the benzene ring. These compounds are widely used as preservatives in pharmaceuticals, cosmetics, and food products due to their antimicrobial properties. Common examples of hydroxybenzoates include sodium benzoate, methylparaben, and propylparaben.
Polyklorerade bifenyler
"Polyklorerade bifenyler (PCB) är en grupp av klororganiska föreningar som består av 209 olika konstitutionella isomerer, alla med en bifenylstruktur där upp till tio kolatomerna är klorinerade. De var i stor skala använda under 1900-talet inom elektro- och industrisektorer på grund av deras isolerande, eldfasta och oljeframskrivande egenskaper. PCB är mycket stabila och har lång livslängd i miljön, vilket har lett till att de ackumulerats i levande organismer och människor. De är kända för sina toxiska effekter, såsom störningar av det endokrina systemet, nervsystemet och immunförsvaret, och är klassificerade som cancerogena av IARC."
Tryptofanoxygenas
Tryptophan oxygenase, även känt som tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO) eller tryptophan pyrrolase, är ett enzym involverat i nedbrytningen av aminosyran tryptofan. Det katalyserar reaktionen där syre molekyler adderas till tryptofan, vilket resulterar i formationen av formylkynurenin, som är en första steg i nedbrytningen av tryptofan till niacin (vitamin B3) och andra signalsubstanser som serotonin och melatonin. Tryptofan oxygenas är huvudsakligen beläget i levern och dess aktivitet kan påverkas av olika faktorer, inklusive hormonella, immunologiska och oxidativ stressorer.
Gallussyra
Indigo Carmine
Hydroxylering
Acinetobacter
Ett släkte gramnegativa bakterier tillhörande familjen Neisseriaceae som förekommer i jord och vatten och med oklar patogenitet.
Bakteriegener
Den genetiska massan hos bakterier.
Parabener
I en enkel medicinsk definition är parabener konserveringsmedel som används i vissa läkemedel, kosmetiska produkter och livsmedel för att förhindra bakterie- och svampväxt. De är esterderivat av p-hydroxibensoesyrlig acid och fungerar genom att döda mikroorganismer eller hämma deras tillväxt. Parabener anses vara sära i små mängder, men kan orsaka allergiska reaktioner hos vissa individer.
Kloning, molekylär
Hydrokinoner
Hydroquinone är ett organisk ämne som används inom dermatologin som en ljussvagent för att behandla hyperpigmentering, såsom solskador, leverfläckar och åldersfläckar. Det fungerar genom att hämta igång en process som stoppar produktionen av melanin, det pigment i huden som orsakar fläckar och mörkningar. Hydroquinone kan användas topisk (på ytan) i form av cream eller gel, men det finns också tillgängligt i tablettform för behandling av inre orsaker till hyperpigmentering.
Norisoprenoider
I en enkel mening kan norisoprenoider definieras som en grupp av organiska föreningar som är relaterade till isoprenoider, men innehåller en extra dubbelbindning och saknar ett methylgrupp (-CH3) i deras struktur. Norisoprenoider bildas vanligtvis genom nedbrytning av karotenoider, som är en annan typ av isoprenoider, under exponering för syre och ljus. De förekommer naturligt i vissa livsmedel, till exempel frukt, grönsaker och vin, och har visat sig ha potential som antioxidanter och antiinflammatoriska medel.
Toluen
Toluen, även känd som metylbensen, är ett aromatiskt kolväte som naturligt förekommer i petroleum och kolträsk. Det är en klar, färglös vätska med en distinkt söt doft som liknar bensin. Toluen används ofta som lösningsmedel inom industrin och kan också förekomma i små mängder i luften, vatten och mark efter utsläpp från industriella processer eller förbränning av fossila bränslen. Långvarig exponering för toluen kan orsaka skador på nervsystemet och andra hälsoproblem.
2,2`-dipyridyl
alfa,alfa-dipyridyl. Används som reagens för bestämning av järn.
4-hydroxyfenylpyruvatdioxygenas
Ett enzym som katalyserar omvandlingen av 4-hydroxyfenylpyruvat och syre till homogentisinsyra och koldioxid. EC 1.13.11.27.
3-Hydroxyanthranilate 3,4-Dioxygenase
Bensoater
Syrgas
"Syrgas" er en sammentrekning av ordene "syre" og "luft", og refererer til den atmosfæriske luften som vi normalt inhalerer, som består av omkring 21% syre (O2), 78% kv nitrogen (N2) og små mengder av andre gasser som argon, kultilkristaller og spor av kullilkristaller. I denne enkelte meningen kan syrgas definieres som den atmosfæriske luft som inneholder 21% syre (O2) som er livsviktig for mennesker og andre levende vesen for å oksidere (forbranne) næringsstoffer for å produsere energi i cellene.
2,4-diklorfenoxiättiksyra
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Jordförorenande ämnen
'Jordförorenande ämnen' är en samlingsbeteckning för kemiska substance som på grund av mänsklig aktivitet har släppts fritt i marken och orsakar negativa effekter på dess fysikaliska, kemiska och biologiska egenskaper, hotar den ekologiska balansen och kan ha skadliga konsekvenser för djurs, växters och människors hälsa.
Polycykliska kolväten, aromatiska
"Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are a group of organic compounds consisting of two or more fused benzene rings in linear, angular, or cluster arrangements, which are typically found in coal tar and produced by incomplete combustion of fossil fuels and other organic materials, known to have potential carcinogenic and mutagenic effects on humans."
Kolibakterie
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Fenantrener
I en enkel medicinsk definition kan fenantrener definieras som en grupp organiska föreningar som innehåller ett fenantrenskelett, vilket består av två benzeningar fused tillsammans i en vinkel av 90 grader. Fenantrener är strukturella byggstenar i vissa typer av läkemedel och kan ha både farmakologiska och toxikologiska effekter. Det är också värt att notera att vissa fenantrener är kända för att vara cancerogena.
Brevibacterium
5-metylcytosin
5-Methylcytosine (5mC) är en modifierad form av nukleotiden cytosin, som förekommer naturligt i DNA hos flera olika arter, inklusive människor. Det bildas genom en process som kallas DNA-metylering, där ett metylgrupp (CH3) adderas till den 5-karbonylpositionen på cytosinbasen.
Katalys
Modeller, molekylära
Syrgasisotoper
Gramnegativa aeroba bakterier
En stor grupp aeroba bakterier som färgas rosa (negativ färgning) vid gramfärgning. Detta beror på att de gramnegativa bakterierna har liten mängd peptidoglykan i cellväggen och därför låg affinitet för lila färgämnen och hög affinitet för det rosa färgämnet safranin.
Alcaligenes
Multigenfamilj
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Nitroföreningar
Ferredoxiner
Modeller, kemiska
Ferriföreningar
Oorganiska eller organiska föreningar med trevärt järn.
Indoleamin-pyrrol-2,3,-dioxygenas
Indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO) är ett enzym som katalyserar omvandlingen av essentiella aromatiska aminosyror till katekolaminer genom att klyva den indolring som finns i deras struktur. Detta enzym spelar en viktig roll i immunregleringen, eftersom det hjälper till att begränsa aktivering och proliferation av T-celler genom att bryta ned tryptofan, en aminosyra som är nödvändig för T-cellernas överlevnad. IDO uttrycks i flera olika typer av celler, inklusive dendritiska celler och cancerceller, och dess aktivitet kan påverka patofysiologiska processer som immunförsvar, autoimmunitet och cancer.
Elektronspinnresonansspektrografi
En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.
Stereoisomerism
Stereoisomerism är en form av isomeri, där två eller fler molekyler har samma kemiska formel och struktur, men differar i rumslig orientering av deras atomgrupper. Detta innebär att de har samma typ och antal atomer, men skiljer sig åt genom att vara speglar av varandra, liknande vänster- och högerhanden, vilket kallas att vara en form av "enantiomerer". Stereoisomeri är viktigt inom farmakologi eftersom olika stereoismoriska former av samma molekyl kan ha olika biologiska aktivitet och effekter på levande organismer.
Biokatalys
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Bindningsplatser
DNA-sekvensanalys
Karotenoider
Starkt gulröda, fettlösliga färgämnen som strukturellt liknar karoten. De utgörs av alifatiska kolväten med en polyisoprenbas och förekommer i växter, djur och mikroorganismer och omfattar t ex betakaroten och de olika xantofyllerna. Av de mer än 600 kända karotenoiderna återfinns ca 10 % i växtriket.
Bensofuraner
Bensofuraner är en organisk kemisk klass av föreningar som innehåller ett bensenring system som är kondensat med en furan ring genom en kol-kol-bindning. Det vill säga, två aromatiska ringstrukturer är sammanbundna med varandra och bildar en sex-ledad ring med fem kolatomer och en syreatom. Bensofuraner kan förekomma naturligt i vissa växter och djur, men de flesta föreningarna inom denna klass är syntetiska och har använts inom farmaceutisk forskning för att utveckla läkemedel. Vissa bensofuraner kan dock vara skadliga eller cancerogena.
Bakterie-DNA
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Oxidation-reduktion
Bassekvens
Hypoxia-Inducible Factor 1
Hypoxia-Inducible Factor 1 (HIF-1) är ett transkriptionellt komplex som aktiveras under syrebrist (hypoxi) och reglerar genuttrycket av gener involverade i cellens anpassning till syrebristsförhållanden. HIF-1 består av två subenheter: HIF-1α och HIF-1β (även känd som ARNT). Under normalt syretryck är HIF-1α instabil och bryts ned av syreberoende enzymer. Vid syrebrist hämmas dessa enzymer, vilket leder till att HIF-1α stabiliseras, dimeriserar med HIF-1β och transloeras till cellkärnan där det binder till hypoxiresponsiva element (HRE) i DNA:t. Detta inducerar transkriptionen av gener involverade i cellytans metabolism, vaskulär tillväxt, cellcykelreglering och apoptos. HIF-1 spelar där
Naftalener
I en enkel medicinsk kontext kan 'naftalener' referera till en grupp organiska föreningar som innehåller naftalen, ett polycykliskt aromatiskt kolväte (PAH) bestående av två benzening rings som är kondenserade med varandra. Naftalener har historiskt använts inom medicinen, men deras användning är numera begränsad på grund av toxicitet och cancerrisk. I vissa fall kan naftalener fortfarande användas externt i dermatologiska preparat, men interna användningsområden är idag mycket sällsynta.
Bakterier
Jordmikrobiologi
Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.
Molekylstruktur
Järn-svavelproteiner
En grupp proteiner som har järn-svavelkomplexet som prostetisk grupp. Dessa proteiner deltar i alla viktigare elektrontransportförlopp: fotosyntes, andning, hydroxylering och bakteriell väte- och kvävefixering.
Masspektrometri
Metaller
Hypoxia-Inducible Factor 1, alpha Subunit
Hypoxia-Inducible Factor 1 (HIF-1) är ett transkriptionsfaktorprotein som aktiveras under syrebrist (hypoxi) och reglerar genuttrycket av gener involverade i cellens anpassning till syrebristen. Alpha-suben (HIF-1α) är en delkomponent av HIF-1, som under normalt syretryck finns i ett inaktivt tillstånd och snabbt degraderas. Under syrebrist stabiliseras och transporteras HIF-1α in i cellkärnan där det dimeriserar med den beta-suben (HIF-1β) för att bilda aktiverad HIF-1. Aktiverad HIF-1 binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar transkriptionen av gener involverade i glukosmetabolism, angiogenes, cellcykel och celldöd, för att hjälpa cellen att överleva under syrebrist.