Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Ett enzym som är allmänt utbrett i celler och vävnader. Det är beläget i det inre mitokondriemembranet och katalyserar bildandet av hem från protoporfyrin IX och tvåvärda järnjoner i slutstadiet av hembiosyntesen. EC 4.99.1.1.
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
EC 2.3.1.-.
Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
En något heterogen klass av enzymer som katalyserar överföringen av alkyler eller liknande grupper (utom metylgrupper). EC 2.5.
Starkt gulröda, fettlösliga färgämnen som strukturellt liknar karoten. De utgörs av alifatiska kolväten med en polyisoprenbas och förekommer i växter, djur och mikroorganismer och omfattar t ex betakaroten och de olika xantofyllerna. Av de mer än 600 kända karotenoiderna återfinns ca 10 % i växtriket.
Glykosidhaltiga färgämnen i blå, röda och lila blommor. De påträffas också som ämnesomsättningsprodukter i blod och urin.
Den genetiska massan hos bakterier.
Enzymer som katalyserar brott på kol-syrebindningen, vilket leder till uppkomst av omättade ämnen genom förlust av vatten. EC 4.2.1.
Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
3,5-dihydroxi-3-metylpentansyra, ett ämne som bildas som mellansteg i biosyntesen av kolesterol.
En klass av enzymer som katalyserar klyningen av C-C, C-O och C-N, och andra bindningen på andra sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.
En antracenring med två ketondelar i någon position. I alla positioner utom på ketongruppernas plats kan substitutioner ske.
Enzymer som katalyserar överföring av glykosylgrupper till en acceptor. Oftast är en annan kolvätemolekyl acceptor, men även
Ett enzym som katalyserar omvandlingen av L-aspartat-4-semialdehyd, ortofosfat och NADP+ till L-4-aspartylfosfat och NADPH. EC 1.2.1.11.
De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos växter.
Enzymer av isomersklass som katalyserar överföringen av acyl-, fosfo-, amin- eller andra grupper från en position inom en molekyl till en annan. EC 5.4.
Vätskekromatografimetoder som har högt ingångstryck, hög känslighet och hög hastighet.
Enzymer i transferasklassen som katalyserar överföringen av en acylgrupp från en kemisk förening (givare) till en annan (acceptor). EC 2.3.
En undergrupp enzymer av transferasklassen som katalyserar överföringen av en metylgrupp från en förening till en annan. EC 2.1.1.
Ett släkte blommande växter i den norra tempererade zonen. Arten A. thaliana används för växtgenetiska studier.
Enzymer av isomerasklass som katalyserar reaktioner där en grupp kan anses som skild från en del av en molekyl, varvid lämnas en dubbelbindning, medan den behåller en kovalent bindning till molekylen. EC 5.5.
Enzymer som katalyserar icke-hydrolytisk anslutning eller frigörande av en karboxylgrupp till eller från en förening. De omfattar karboxilaserna och dekarboxilaserna. EC 4.1.1.
Ett enzym i transferasklassen som katalyserar kondensationen av succinylgruppen från succinylkoenzym A med glycin vid bildandet av delta-aminlevulinat. Det är ett pyridoxylfosfatprotein, och reaktione n äger rum i mitokondrierna som det första steget i hembiosyntesen. Enzymet har en nyckelroll i reglerandet av hembiosyntesen och, åtminstone i levern, "feedback"-hämmas av hem.
Ett enzym aktivt i hembiosyntesen. Det katalyserar den oxiderande dekarboxyleringen av koproporfyrinogen III till protoporfyrinogen III genom konvertering av två propionsyragrupper till två vinylgrupper. Enzymet är verksamt såväl under aeroba som anaeroba förhållanden. EC 1.3.3.3.
Komplexa samlingar av enzymreaktioner som är förenade med varandra genom sina produkt- och substratmetaboliter.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.
Arvsmassan hos växter.
Riktad modifiering av genuppsättningen hos en levande organism genom ändring av DNA, utbyte av genetiskt material med hjälp av t ex virus, transplantation av cellkärnor, transplantation av cellhybrider osv.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
Ett socker där en eller flera hydroxylgrupper ersatts med väte.
En stor grupp enzymer som förmedlar oxidations-reduktionsreaktioner där en atom i en syremolekyl binds till det organiska substratet. Den reducerade syreatomen binds med väte och bildar vatten. Enzymerna kallas även monooxygenaser. Dessa reaktioner fordrar två substrat som reduktanter för var och en av de båda syreatomerna. Det finns olika klasser av enzymerna beroende på vilken typ av väteavgivande kosubstrat (koenzymer) som krävs för blandfunktionsoxidationen. EC 1.4 - 1.97.
En grupp sinsemellan närbesläktade toxiska metaboliter kallade mykotoxiner. De bildas av Aspergillus flavus och Aspergillus parasiticus. I gruppen ingår aflatoxin B1, aflatoxin B2, aflatoxin G1, aflat oxin G2, aflatoxin M1 och aflatoxin M2.
Ett enzym som katalyserar syntesen av fruktos-6-fosfat och glutamin från glutamat och glukosamin-6-fosfat. EC 2.6.1.16.
Viktig bärarmolekyl som binder acetylgrupper och deltar i transacetyleringsprocessen. Syn. CoA
Ett enzym som katalyserar bildandet av betaaspartylfosfat från asparaginsyra och ATP. Genom alloster reglering av enzymet kontrollerar treonin den biosyntesprocess som leder från asparaginsyra till tr eonin. EC 2.7.2.4.
En underklass av enzymer omfattande alla dehydrogenaser med verkan på primära och sekundära alkoholer samt hemiacetaler. Enzymerna kan klassificeras beroende på acceptor, som kan vara NAD+ eller NADP+ (underklass 1.1.1), cytokrom (1.1.2), syre (1.1.3), kinon (1.1.5) eller någon annan acceptor (1.1.99).
Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.
Ett socker med fyra kol som finns i alger, svampar och lavar. Det har dubbelt så stor sötma som sukros och kan användas som kranskärlsvidgande medel.
Växter vars genom ändrats genom genteknik, eller deras avkomma.
De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i samband med enzymsyntes.
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Enzym som i mikroorganismer och växter katalyserar biosyntesen av cystein från O-acetyl-L-serin och vätesulfid. EC 4.2.99.8.
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.
En klass av fosfotransferaser som katalyserar överföring av difosfathaltiga grupper. EC 2.7.6.
En grupp intermediära porfyrinogener i hembiosyntesen. De har fyra metyl- och fyra propionsyrasidokedjor kopplade till pyrrolringarna. Koproporfyrinogen I och III bildas i närvaro av uroporfyrinogendekarboxylas från det aktuella uroporfyrinogenet. De kan ge koproporfyriner genom autooxidation eller protoporfyrin genom oxidativ dekarboxylering.
Ett enzym som katalyserar tetrapolymeriseringen av monopyrrolen porfobilinogen till att ge hydroximetylbilanen preuroporfyrinogen (se uroporfyrinogener) i flera diskreta steg. Det är det tredje enzymet i åttaenzymsbiosyntesen av hem. Hos människor leder brist på detta enzym, kodat av HMBS- eller PBGD-genen, till en form av neurologisk porfyri, akut intermittent porfyri. EC 2.5.1.61.
Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).
System av enzym som verkar i följd genom att katalysera på varandra följande reaktioner sammankopplade med gemensamma metabola intermediärer. De kan medverka i en enkel omsättning av vattenmolekyler eller väteatomer, eller vara förknippade med stora supramolekylära strukturer som mitokondrier eller ribosomer.
Kolestadienderivat med en hydroxigrupp varsomhelst i molekylen.
Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
Ett enzym som katalyserar det första steget i biosyntesprocessen mot leucin, varvid det bildas isopropylmalat av acetyl-CoA och alfa-ketoisovaleriansyra. EC 4.1.3.12.
Kemisk eller biokemisk koppling av kolväte- eller glykosylgrupper till andra ämnen, särskilt peptider eller proteiner. Glykosyltransferaser förmedlar denna biokemiska reaktion.
Aspergillus. Ett släkte mitosporsvampar med ca 100 arter och elva olika teleomorfer tillhörande familjen Trichocomaceae.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
En essentiell, förgrenad, alifatisk aminosyra som finns i många proteiner. Den är en isomer av leucin, och viktig för hemoglobinsyntesen och regleringen av blodets socker- och energinivåer.
En stor grupp isoenzymer (hemproteiner) som utgör nyckelkomponenter i det flerfunktionsoxidassystem som dels ansvarar för biosyntesen av steroider, fettsyror och gallsyror, dels bioomvandlingen av många främmande föreningar till mutagena och cancerframkallande ämnen. De flesta däggdjur har ett flertal avlägset besläktade fenobarbitalinducerbara genunderfamiljer. De indelas efter sina sekvensöverensstämmelser snarare än efter sina funktioner i CYP-genfamiljer (>40% homologi) och underfamiljer (>59% homologi). CYP1-, CYP2- och CYP3-genfamiljerna står för större delen av läkemedelsmetabolismen. EC 1.13.-.
En klass enzymer som katalyserar geometriska eller strukturella förändringar inom en molekyl, med en enda produkt som resultat. Reaktionerna medför inte någon nettoförändring i halten av föreningar, annan än substratet och produkten. EC 5.
Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.
Ordningsföljden av kolhydrater i polysaccharider, glykoproteiner och glykolipider.
Enzymer som katalyserar den reversibla reduktionen av alfakarboxylgruppen hos 3-hydroxi-3-metylglutarylkoenzym A till att ge mevalonsyra. EC 1.1.1.34.
Föreningar som innehåller kolväte- eller glykosylgrupper länkade till fosfatidylinositoler. De verkar som protein- eller polysackaridförankringar på cellmembran.
Farmaceutiska ämnen eller föreningar av organiskt ursprung och vanligen framställda med biologiska metoder, och som för sin verkan är beroende av immunologisk aktivitet. De används för både diagnos oc h behandling (t ex pollenextrakt och vacciner).
Enzymer som katalyserar överföringen av mannos från en nukleosiddifosfatmannos till en mottagarmolekyl som ofta är ett annat kolhydrat. Gruppen innehåller EC 2.4.1.32, EC 2.4.1.48, EC 2.4.1.54 och EC 2.4.1.57.
Består av en polypeptidkedja och 4´-fosfopantetein kopplade till en serinrest med en fosfodiesterbindning. Acylgrupper binds som tiolestrar till pantotenylgruppen. Acylbärarprotein ingår i alla steg i cytoplasmasystemets fettsyrasyntes.
En metabolit som isolerats ur odlingar av svampen Aspergillus terreus.
Ett enzym som katalyserar första steget i histidinbiosyntesen hos Salmonella typhimurium. ATP reagerar reversibelt med 5-fosforibosyl-1-pyrofosfat för att ge N-1-(5´-fosforibosyl)-ATP och pyrofosfat. EC 2.4.2.17.
Enzymer som katalyserar överföringen av en acetylgrupp, vanligen från acetylkoenzym-A, till någon annan förening. EC 2.3.1.
En mikroanalysteknik som kombinerar masspektrografi och gaskromatografi för såväl kvalitativ som kvantitativ bestämning av kemiska föreningar.
Salter och estrar av heptansyra, en mättad monokarboxylsyra med sju kol.
Biologiska molekyler som har katalytisk verkan. De finns naturligt, men kan även syntetiseras. Enzymer utgörs vanligtvis av proteiner, dock har katalytiska RNA- och katalytiska DNA-molekyler påvisats.
Ett mellanled i syntesen av hem, som fås från succinyl-CoA och glycin.
Terpenbyggstenarna med fem kolenheter som fås från mevalonsyra eller deoxixylulosfosfat.
Ett enzym som katalyserar sammansättningen av 7-fosfo-2-keto-3-deoxy-D-arabinoheptonat från fosfoenolpyruvat och D-erytros-4-fosfat. Det är ett av de första enzymerna i biosyntesen av tyrosin och feny lalanin. EC 4.1.12.15.
Enzymer som katalyserar epimeriseringen av kirala centra i kolhydrater och deras derivat. EC 5.1.3.
Enzymer som katalyserar förening av glutaminhärledd ammoniak med annan molekyl. Sammankopplingen sker genom en kol-kvävebindning. EC 6.3.5.
Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur
En isomer av glukos som betraktats som ett B-vitamin, trots att det är oklart om det är ett vitamin, och att något bristtillstånd aldrig påvisats hos människa. Inositolfosfolipider är viktiga länkar i signalöverföring.
Fotosyntespigment där pyrrolring II är mindre än hos växtklorofyll. Olika fotosyntetiska bakterier har olika arter av bakterieklorofyll.
Enzymer som katalyserar klyvningen av kol-syrebindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. EC 4.2.
En art av sporsäcksvamp som producerar det antibiotiska medlet nidulin. Dess teleomorf är Emericella nidulans.
Föreningar som innehåller en eller fler monosackaridrester bundna med glykosidbindning till en hydrofob molekyldel, som t ex acylglycerol, en sfingoid, en ceramid eller ett prenylfosfat.
(2-aminoetyl)-fosfonsyra. En organisk fosforförening som identifierats i vävnader från människor och djur.
Ett släkte grampositiva bakterier som bildar ett förgrenat mycel. Bakterierna uppträder vanligtvis som saprofyter i jord och vattenmiljöer.
Ett enzym som katalyserar bildandet av antranilat (o-aminobensoat) och pyrodruvsyra från chorismat och glutamin. Antranilat är den biosyntetiska prekursorn till tryptofan och ett flertal sekundära met aboliter. EC 4.1.3.27.
Den rikligast förekommande, naturliga, aromatiska, organiska polymeren, vilken finns i alla kärlväxter. Lignin, cellulosa och hemicellulosa
Ett enzym som, under pyrimidinbiosyntesen, katalyserar oxidationen av dihydroorotsyra till orotsyra, med syre som elektronmottagare. Detta enzym är ett flavoprotein som innehåller både flavin-adenindinukleotid och FMN och järn-svavelcentra. EC 1.3.3.1.
Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.
Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Porfyrinderivat med magnesium som deltar i omvandlingen av ljusenergi i organismer med fotosyntes.
Eikosametyl-oktakontanonadekasen-1-ol. Polyprenol i djurvävnad, med ca 20 isoprenrester, av vilka den med alkoholgruppen är mättad.
En grupp makrocykliska föreningar som bildas genom kedjeförlängning av flera propionater och cykliseras till en stor, (vanligen 12-, 14-, 16-) ledad laktonmolekyl. De är ofta glykosylerade. Många av dem är antibiotiska.
Proteiner från Escherichia coli.
Störning i syntesen av ett enzym pga ökad förekomst av något verksamt ämne, oftast en metabolit, som undertrycker den gen som styr enzymsyntesen.
Kromatografi på tunna lager av adsorbenter i stället för i kolonn. Det adsorberande medlet kan vara aluminiumoxid, kiselgel, silikater, träkol eller cellulosa.
En svavelhaltig, essentiell aminosyra av betydelse för många kroppsfunktioner. Den bildar tungmetallkelat.
Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.
Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.
Ett högväxande sädesslag av släktet Zea och familjen Poaceae (Gramineae), som odlas som födoämne och djurfoder. Det har sitt ursprung i Amerika. Syn. majs.
En ganska stor grupp enzymer, omfattande inte bara dem som omvandlar fosfat, utan även difosfat,nukeotidylrester och andra. Dessa har indelats efter acceptorgrupp. EC 2.7.
Alla proteiner som förekommer i svampar.
2-acetamid-2-deoxyglukopyranos. N-acetylderivatet av glukosamin.
Ett flavoprotein som katalyserar bildandet av acetolaktat från 2 mol pyruvat vid biosyntesen av valin och bildandet av acetohydroxybutyrat från pyruvat och alfa-ketobutyrat vid biosyntesen av isoleuci n. EC 4.1.3.18.
Substituerade tioglukosider. De finns i produkter av raps (Brassica campestris) och likartade växter. De metaboliseras till en rad toxiska ämnen, som kan orsaka levercellsnekros hos människor och djur.
Vetenskapsgren med inriktning på utnyttjande av organismer, celler eller celldelar för utveckling av tekniskt och kliniskt användbara produkter. Av central betydelse är s k genetisk ingenjörskonst, dv s manipulation av biologiska funktioner på molekylär nivå. De metoder som tillämpas kan omfatta transfektion, kloning, algoritmer för sekvens- och strukturanalys, databaser och analys och förutsägelse av gen- och proteinstrukturfunktioner.
Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.
Inkapslade embryon till blommande växter. De används för odling eller som djurföda, pga sitt koncentrerade innehåll av näringsämnen, som t ex stärkelse, proteiner och fettämnen. Raps, bomull och solros odlas för frönas oljeinnehålls skull.
Enzymer som katalyserar förening av två molekyler genom bildande av en kol-kvävebindning. EC 6.3.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.