Ett släkte parasitära protozoer som återfinns i tarmkanalen hos ryggradslösa djur, speciellt insekter. Medlemmarna av detta släkte har ett amastigot- och ett choanomastigotstadium i sin livscykel.
Ljusstrålning genom kroppsvävnader eller kroppshålor för undersökning av inre strukturer.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
DNA i kinetoplaster, specialiserade mitokondrier hos trypanosomer och liknande parasitära protozoer inom ordningen Kinetoplastida. Kinetoplast-DNA består av ett komplicerat nätverk av otaliga katenerade ringar av två klasser; den ena utgörs av ett stort antal små duplexringar av DNA, s k miniringar, med en ungefärlig längd av 2000 baspar; den andra utgörs av några dussintal avsevärt större ringar, s k maxiringar, ca 37 kb långa.
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
Oligopeptidantibiotika från Streptomyces distallicus. Genom at binda till DNA hämmar de syntes av nukleinsyror.
Kroppsextremiteternas läge eller hela kroppshållningen.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Den typiska tredimensionella formen av en molekyl.
Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.
Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.
Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.
En viktig adhesionsanknuten heterodimermolekyl som uttrycks av humana monocyter, granulocyter, NK-celler och vissa lymfocyter. Alfa-subenheten är CD11c-antigenet (även kallat Leu-M5), ett ytantigen på vissa myeloida celler. Beta-subenheten är CD18-antigenet. Komplement-4-bindande protein har visat sig spela en viktig roll vid cell till cell- och cell till substrat-adhesion.
Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Modeller, oftast i liten skala, som visar struktur, konstruktion eller utseende hos något.
Den gravitationsstyrda tillväxtriktningen hos växter, vilken medför att rötter växer nedåt, med dragningskraften (positiv gravitropism), medan groddblad och skjälk växer uppåt, mot dragningskraften (negativ gravitropism), oberoende av växtens läge. Växthormonerna auxin, abskisinsyra och gibberelliner, samt kalcium, tycks ha viktiga funktioner i växternas gravitropiska orienteringsförmåga.
Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.
En typ av elektrofores där agar eller agarosgel används som diffusionsmedium.
En beta-integrinunderenhet med en storlek av ca 85 kD som identifierats i heterodimerer innehållande alfaIIB-integrin och alfaV-integrin. Beta3-integrin uppträder i tre olika splitsade isoformer, vilka benämns beta3A-C.
Den envärdiga radikalen OH. Den har en kraftigt oxiderande förmåga.
En typ av svepmikrosond där en sond systematiskt åker över ytan på ett preparat i ett rastermönster. Den verikala rörelsen registreras då en fjäder på sonden stiger och faller med toppar och gropar på ytan. Dessa utslag ger upphov till en topografisk bild av preparatet.
Ett slags fluorescensspektroskopi, där man utnyttjar två fluorescensfärger med överlappande emissions- och absorptionsspektra, vilket används för att ange märkta molekylers proximitet. Tekniken är användbar vid undersökning av molekylsamverkan och proteinveckning.
Bildande av kristallina ämnen ur lösningar eller smältor.
Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.
Bakterieproteiner som utnyttjas av bakteriofager för att införliva sitt DNA i värdbakteriens DNA. De är DNA-bindande proteiner som spelar en roll både för genetisk rekombination och i regleringen av transkription och translation.
Ett integrin som binder till plasmaproteiner och proteiner i den extracellulära matrisen. AlfaVbeta3-integrin framställs i stor mängd i osteoklaster, där det kan spela en stor roll vid benvävnadsresorption. Det har även stor utbredning i glatt kärlmuskulatur och endotelceller, samt i vissa tumörceller, där det ingår i kärlnybildning och cellmigration. Proteinet betraktas ofta som vitronektinreceptorn, men det finns mer en en sorts receptor för vitronektin.
En lågenergidragningskraft mellan väte och annat grundämne. Den spelar stor roll för bestämning av egenskaperna hos vatten, proteiner och andra föreningar.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.
Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
En familj icke-histonproteiner med låg molekylvikt som finns i kromatin.
Mångfaldigande av en DNA-molekyl.
Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.
Ett materials egenskap att kunna återta sin ursprungliga form efter distortion.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.
En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.
Rörelse eller förmåga att röra sig från en plats till en annan. Detta gäller såväl människor, ryggradsdjur eller ryggradslösa djur som mikroorganismer.
En viktig purinbas. I djur- och växtceller förekommer det vanligen kondenserat med ribos eller deoxyribos i nukleosiderna adenosin och deoxyadenosin. Det är således en komponent i nukleinsyror, vissa nukleotider och många koenzymer. Det finns i bukspottkörteln och mjälten.
Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.
Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.
En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.
Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Smala, cylindriska trådstrukturer i cellskelettet hos växt- och djurceller. De består av proteinet tubulin och påverkas av tubulinmodulatorer.
DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.
En elektroforesmetod där en andra elektrofores på en vinkelrät bana görs på de komponenter som separerats vid den första elektroforesen. Det vanliga mediet vid denna teknik är polyakrylamidgel.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
Allmän benämning på medlemmarna av en underfamilj av Muridae. Fyra vanliga släkten är Cricetus, Cricetulus, Mesocricetus och Phodopus.
Proteiner från Escherichia coli.
Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Ett släkte av familjen Muridae omfattande elva arter. C. migratorius, grå hamster eller armensk hamster, och C. griseus, kinesisk hamster, är de två arter som används mest i biomedicinsk forskning.
En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.
Mikroskopi där preparatet undersöks genom att en elektronstråle läser av det punkt för punkt. Bilden skapas genom registrering av spridningen av bakåtstrålningen från preparatytan. Vid svepelektronmikroskopi spelar preparatets tjocklek ingen roll. Tekniken, och även instrumentet, förkortas ofta SEM.
Vanlig benämning för arten Gallus gallus, tamfjäderfä inom familjen Phasianidae och ordningen Galliformes.
Cellinje från äggstockar på kinesisk hamster, Cricetulus griseus. Arten är omtyckt för cellgenetiska studier eftersom den har ett litet antal kromosomer. Cellinjen har kunnat användas till modellsyste m för studier av genetiska förändringar i odlade däggdjursceller.
Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.
Det fett- och proteinhaltiga, och selektivt genomsläppliga, membran som omger cytoplasman i prokaryota och eukaryota celler. Hos de flesta typer av mikrobiella celler gränsar den utåt till cellväggen.
Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.
Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.
Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.
Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.
Ett mått på en lösnings surhetsgrad.
En typ av strimmig muskelvävnad, fäst vid skelettet med senor. Skelettmuskler har nervförbindelser, och deras rörelser kan styras medvetet. De kallas även viljestyrda.
Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.
Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.
Trådliknande proteiner som utgör huvuddelen av muskelfibrernas tunna trådar. Trådarna (också benämnda filamentöst - eller F-aktin) kan sönderdelas i globulära underenheter (G-aktin) bestående av en e nda polypeptid, 375 aminosyror lång. I samverkan med myosin ansvarar aktin för musklernas sammandragning och avslappning.
Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.
En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.