Acylbärarprotein
Består av en polypeptidkedja och 4´-fosfopantetein kopplade till en serinrest med en fosfodiesterbindning. Acylgrupper binds som tiolestrar till pantotenylgruppen. Acylbärarprotein ingår i alla steg i cytoplasmasystemets fettsyrasyntes.
Pantetein
Pantothenat, även känt som vitamin B5, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en central roll i cellernas metabolism. Det är en essentiell komponent i koenzym A (CoA), som är involverad i flera metabolsra processer såsom syntesen av fettsyror, kolesterol och neurotransmittorer, samt nedbrytningen av kolhydrater och fetter till energibärande molekyler. Pantothenat förekommer naturligt i många livsmedel som kött, fisk, grönsaker, frukt och spannmål.
Fatty Acid Synthase, Type II
Fatty acid synthase (FASN), type II, refers to a group of enzymes that are involved in the synthesis of fatty acids in the body. Unlike fatty acid synthase type I, which is a single large multifunctional protein found mainly in the cytoplasm of cells in the liver and adipose tissue, FASN type II consists of several separate enzymes that are located in the mitochondria and endoplasmic reticulum of many different cell types.
3-oxoacyl-(Acyl-bärarprotein)-syntas
Ett enzym i syntesen av långa fettsyror, som fogar en dubbelkolenhet från malonyl-(acylbärarprotein) till en annan fetthaltig acyl-(a cylbärarprotein)-molekyl, vilket ger beta-ketoacyl-(acylbärarpro tein) under frigörande av koldioxid. EC 2.3.1.41.
Acylbärarprotein S-malonyltransferas
Acyl-CoA synthetase S-malonyltransferase är ett enzym som katalyserar överföringen av malonylgruppen från malonyl-CoA till en acylbärande protein (ACP), vilket är en nödvändig steg i biosyntesen av fettsyror hos växter och mikroorganismer.
Fatty Acid Synthases
Fatty acid synthase (FAS) är ett enzymkomplex som syntetiserar de mättade fettsyrorna med kedjor upp till 16 kolatomer längd, genom en serie av reaktioner som startar med acetyl-CoA och malonyl-CoA. Detta enzymkomplex består av flera olika enheter som katalyserar varsin reaktionssteg i syntesprocessen. FAS är viktigt för cellernas tillväxt och överlevelelse, men överskjutande aktivitet kan leda till onormal celltillväxt och cancer.
Acyltransferaser
Koenzym A
Pantotensyra
Pantothensyra, även känt som vitamin B5, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en central roll i cellernas metabolism, särskilt beträffande fettsyrors, kolhydraters och proteiners nedbrytning och syntes. Det är essentiellt för produktionen av koenzym A, ett viktigt koenzym involverat i flera katalytiska processer i cellen.
Kol-svavelligaser
Kolibakterie
Fettsyror
Organiska syror (alifatiska karboxylsyror), med grundformeln CH3(CH2)nCOOH, vilka fås genom oxidation av en metylgrupp till en alkohol, aldehyd och därefter syra. Det finns mättade, enkelomättade (med en dubbelbindning) och fleromättade (med mer än en dubbelbindning) fettsyror.
Molekylsekvensdata
Aminosyrasekvens
Tiolesterhydrolaser
En tiolesterhydrolas är ett enzym som katalyserar hydrolysreaktionen hos tiolester, vilket resulterar i att karboxylsyra och tiolgrupp bildas. Detta enzym har en viktig roll inom kroppen då det bidrar till nedbrytningen av specifika ämnen som är involverade i signaltransduktionen, inflammation och immunförsvaret.
Malonyl-CoA
Triklosan
Triklosan är ett organisk halogenkompound som används som desinfektionsmedel och konserveringsmedel i vissa produkter, såsom tandkräm, munvatten, deodoranter, hud- och handkrämer, kläder och ytskyddsmedel. Det är ett potent antibakteriellt medel som verkar genom att störa celldelningen och syretransportsystemet hos bakterier. Triklosan har visat sig vara effektivt mot en rad olika mikroorganismer, inklusive grampositiva och gramnegativa bakterier, svampar och virus. Emellertid har det ifrågasatts om användningen av triklosan i konsumentprodukter är säker eller nödvändig, eftersom det finns oro över möjliga hälso- och miljöeffekter.
Streptomyces
Streptomyces är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter, vilket gör dem viktiga inom biomedicinsk forskning. Streptomyces-arterna har en komplex livscykel som inkluderar sporbildande hyfer och vegetativa mycel. De förekommer naturligt i en rad olika miljöer, till exempel jord, vatten och på levande växter.
Cerulenin
Saccharopolyspora
Saccharopolyspora är ett släkte av grampositiva, sporbildande och aeroba aktinobakterier. Dessa bakterier producerar ofta yttre höljen runt sig själva som ger dem en karaktäristisk koloni Morphology med en halo-liknande struktur. Släktet innehåller flera arter, varav den mest kända är Saccharopolyspora erythraea, som producerar det antibiotiska ämnet Erytromycin. Saccharopolyspora-arter förekommer vanligtvis i naturen i mark, vatten och luft, men kan också orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer.
Apoproteiner
Acyl-CoA
S-acylkoenzym-A. Derivat av fettsyrakoenzym-A som ingår i biosyntes och oxidation av fettsyror samt i bildande av ceramid.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Modeller, molekylära
Antrakinoner
Kloning, molekylär
Acylbärarprotein S-acetyltransferas
Multienzymkomplex
System av enzym som verkar i följd genom att katalysera på varandra följande reaktioner sammankopplade med gemensamma metabola intermediärer. De kan medverka i en enkel omsättning av vattenmolekyler eller väteatomer, eller vara förknippade med stora supramolekylära strukturer som mitokondrier eller ribosomer.
Malonater
I en enkel medicinsk definition, kan 'malonater' definieras som estrar av malonsyra, en karboxylsyra med två kolatomer och en karboxylgrupp på varje ände. Malonater är derivat av malonsyra där en eller båda hydroxylgrupperna har ersatts med andra substituenter. Dessa föreningar kan spela en roll i olika metaboliska processer, inklusive fettsyrasyntes och degradation.
Tioktacid
"Tioktacid" är ett handelsnamn för en läkemedelssubstans som kallas "tioklomsod", vilket är en typ av antibiotika som används för att behandla infektioner orsakade av aeroba grampositiva bakterier. Tioklomsod fungerar genom att störa bakteriens förmåga att bilda cellväggar, vilket leder till dess död.
Lipid A
Naftasener
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Bassekvens
Peptidsyntaser
Acetyl-CoA
Växter
'Växter' är en botanisk term som definierar en grupp organismar som utmärks av celldelning genom vävnadsomslutande delning, kärndelning genom mitos och cellväggar byggda av cellulosa. De flesta växter har också klorofyll och kan därför producera sin egen näring genom fotosyntes.
Proteinstruktur, tertiär
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Ligaser
Vibrio
'Vibrio' är ett släkte av gramnegativa, spiralformade eller stavformade bakterier som naturligt förekommer i vattenmiljöer, särskilt i kustnära och estuarina ekosystem med brackvatten. Många arter av Vibrio är kända för att orsaka sjukdomar hos människor, framför allt Vibrio vulnificus och Vibrio cholerae, som kan leda till allvarliga infektioner som till exempel matförgiftning eller sårinfektioner. Vibrio-bakterier är ofta förenade med vattenlevande djur, såsom skaldjur och fiskar, och smitta hos människor kan inträffa genom att äta rå eller underkokt skaldjurs kött eller genom öppna sår som utsätts för infekterad vatten.
Bindningsplatser
Smittbärare
Multigenfamilj
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Test för genetisk komplementering
Mutation
Nukleär magnetisk resonans, biomolekular
"Nuclear magnetic resonance (NMR) in a biological or biomolecular context refers to the use of NMR spectroscopy to study the structure, dynamics, and function of biological macromolecules such as proteins, nucleic acids, and carbohydrates. By placing these molecules in a strong magnetic field and applying radiofrequency pulses, researchers can observe and measure the magnetic properties of certain atomic nuclei (such as hydrogen-1, carbon-13, and nitrogen-15) within the molecule. These measurements provide information about the local chemical environment, molecular structure, and motion, which can be used to elucidate important biological processes and interactions at the molecular level."
Makrolider
Mykolsyror
Mykolsyror är organiska syror som produceras av vissa slags svampar, framförallt inom klassen Ascomycetes och Deuteromycetes. Dessa syror kan vara toxiska för människor och djur, och har bland annat associerats med hudirritationer, andningssvårigheter och mag-tarmsymtom. Mykolsyror produceras ofta som en del av svampars försvarsmekanismer mot andra mikroorganismer eller som en del av deras växtcykel.
Sulfhydrylföreningar
Sulfhydrylgrupper, eller mer korrekt sulfhidrylgrupper, är en funktionell grupp inom kemi och biokemi som består av en svavelatom (S) bindd till ett väteatom (H) med en covalent enkelbindning. Den vanligaste förekomsten av denna grupp i levande system är när den är bunden till en kolatom i en organisk molekyl, och skrivs därför ofta som -SH. Sulfhydrylgrupper finns naturligt i vissa aminosyror, såsom cystein, och har betydelse för proteiners struktur och funktion genom att bilda disulfidbroar (-S-S-) med varandra eller binda till andra svavelhaltiga molekyler som koenzym A.
Polyketides
Polyketides are a diverse group of natural compounds synthesized biochemically by a modular assembly line process that involves the condensation of acetate or propionate units. These complex molecules are produced by various organisms, including bacteria, fungi, and plants, and have significant medical and pharmaceutical importance due to their wide range of bioactivities, such as antibiotic, antifungal, anticancer, and immunosuppressant properties. Polyketides' structural diversity arises from the different combinations of building blocks, the length and type of the carbon chain, and the various tailoring modifications during their biosynthesis.
Biokatalys
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
Glycerol-3-fosfat-O-acyltransferas
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Magnetisk resonansspektroskopi
Polyakrylamidgelelektrofores
Proteinstruktur, sekundär
Alkoholoxidoreduktaser
En underklass av enzymer omfattande alla dehydrogenaser med verkan på primära och sekundära alkoholer samt hemiacetaler. Enzymerna kan klassificeras beroende på acceptor, som kan vara NAD+ eller NADP+ (underklass 1.1.1), cytokrom (1.1.2), syre (1.1.3), kinon (1.1.5) eller någon annan acceptor (1.1.99).
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Molekylstruktur
Brassica
Hydrolyaser
Glycerofosfater
Salter och estrar av glycerofosforsyra.
Estrar
Kemiska föreningar som fås vid reaktion mellan en syra och en alkohol under avgång av vatten. Estrar har oftast behaglig lukt och används som smak- eller luktämnen, eller som lösningsmedel.
Streptomyces coelicolor
'Streptomyces coelicolor' är en art av grampositiva bakterier som tillhör släktet Streptomyces och familjen Streptomycetaceae. Den är känd för sin förmåga att producera ett antal olika antibiotika, inklusive aktinorhodin, undecylprodigiosin och calciumdependentant cyklopeptid. 'Streptomyces coelicolor' används ofta som en modellorganism inom forskning om bakteriers sekundära metabolism, genetik och cellbiologi.
Oxidoreduktaser
Kloroplaster
Inklusionskroppar i växtceller som innehåller fotosyntespigmentet klorofyll, vilket hör samman med tylakoidmembranet. Kloroplaster finns i bladceller och unga stammar hos högre växter.