MicrOTome (en specifik stavning) är ett medicinskt instrument som används för att skära extremt tunt (typ 1-100 mikrometer tjocklek) preparat av ett histologiskt preparat, till exempel en biopsi. Preparaten kan sedan användas för mikroskopisk analys och undersökningar. Mikrotomen är vanligen utrustad med ett automatiskt fram-och-tillbaka system för kniven som möjliggör att preparatet skärs i jämnt tunt skikt.
"Mikrotomi" är ett medicinskt och histologiskt begrepp som refererar till en apparat eller en metod för att slica (skära) mycket tunt, i någon fall endast några få mikrometer tjocka, avsnitt från ett preparat, ofta en histologisk provslika. Mikrotomen används ofta för att skapa tunnare avsnitt som kan användas för ljusmikroskopi eller elektronmikroskopi. Den består vanligtvis av ett fast klippblock där preparatet placeras, en kniv som används för att slica preparatet och en mekanism för att röra klippblocket framåt i mycket små steg efter varje snitt.