Enzymer som katalyserar nedbrytningen av kollagen genom verkan på peptidbindningarna. EC 3.4.24.-.
Ett metalloproteinas som bryter ned kollagenets vridna områden i små fragment. Klyvning sker företrädesvis vid -Gly i sekvensen -Pro-Xaa-Gly-Pro-. Sex former (eller två klasser) har isolerats från Clostridium histolyticum som korsreagerar immunologiskt, men som har olika sekvenser och olika specificiteter. Andra varianter har isolerats från Bacillus cereus, Empedobacter collagenolyticum, Pseudomonas marinoglutinosa och arter av Vibrio och Streptomyces. EC 3.4.24.3.
En medlem (bakteriellt kollagenas) av matrismetealloproteinaserna som spjälkar trippelskruvat kollagen av typerna I, II och III. EC 3.4.24.3.
En art grampositiva och starkt proteolytiska bakterier i familjen Clostridiaceae. Bakterierna innehåller flera typer av kollagenas, som kan leda till kallbrand hos människor och hästar.
Ett utsöndrat matrismetalloproteinas (kollagenas 3; MMP-13) som spelar en fysiologisk roll vid nedbrytning av extracellulär matris i skelettvävnad. Det syntetiseras som en inaktiv prekursor, som aktiveras genom proteolytisk klyvning av dess N-terminalpropeptid. EC?
Ett av metalloproteinasenzymerna, som i huvudsak är ansvarigt för klyvning av fibrillärt kollagen. Det kan bryta ned interstitiella kollagener av typ I, II och III. EC 3.4.24.7.
Matrix metalloproteinase inhibitors (MMPIs) are a class of pharmaceutical compounds that work to reduce the activity of matrix metalloproteinases (MMPs), which are a family of enzymes involved in breaking down the extracellular matrix (ECM) in the body. MMPs play important roles in various physiological processes, such as tissue remodeling and wound healing, but when they become overactive, they can contribute to the development of various diseases, including cancer, arthritis, and cardiovascular disease. MMPIs are designed to block the activity of these enzymes, thereby slowing or preventing the progression of these diseases.
Ett polypeptidämne som innehåller ungefär en tredjedel av allt protein i ett däggdjur. Det utgör huvudbeståndsdelen av hud och bindväv, och den organiska delen av ben- och tandsubstans. Olika former av kollagen produceras i kroppen, men alla består av tre alfapolypeptidkedjor ordnade i en trippelspiral. Kollagen skiljer sig från andra fibrösa proteiner, som t ex elastin, genom sitt innehåll av prolin, hydroxiprolin och hydroxilysin, avsaknad av tryptofan, samt särskilt genom sitt höga innehåll av polargrupper, ansvariga för proteinets svällande egenskaper.
TIMP står för Tissue Inhibitor of Metalloproteinases, som är en grupp av proteinaser som reglerar nedbrytningen av extracellulär matrix (ECM) i kroppen. De hämmar metallproteinaser, en typ av enzymer som bryter ner proteiner i ECM, och hjälper till att kontrollera balansen mellan nedbrytning och uppbyggnad av ECM. TIMPs har också visat sig ha andra funktioner, såsom cellcykellreglering och signaltransduktion.
Endopeptidaser som har en metall som zink som katalytisk komponent.
En grupp enzymer som katalyserar nedbrytningen av gelatin genom verkan på peptidbindningarna. EC 3.4.24.-.
TIMP-2, eller Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 2, är ett protein som reglerar metallproteinaser, en typ av enzymer som bryter ner extracellulär matrix. TIMP-2 hjälper till att balansera nedbrytningen och återbildningen av extracellulär matrix i kroppen. Det har också visat sig ha en roll i celldelning och apoptos, eller programmerad celldöd.
En familj zinkberoende metalloendopeptidaser som medverkar till nedbrytningen av komponenter i den extracellulära matrisen. EC 3.4.24.-.
Ett ämne som bildas av hud, vit bindväv eller kollagen från benvävnad. Det används som proteintillskott i livsmedel, plasmaersättning, blodstillande medel, suspensionsmedel i läkemedel och som höljematerial till kapslar.
En proteasomhämmare är ett läkemedel som blockerar funktionen hos proteasomen, en cellular molekylär maskin som bryter ner överflödiga eller skadade proteiner, vilket leder till att celldöd (apoptos) induceras i cancerceller.
Ett endopeptidas som strukturellt liknar gelatinas A. Det bryter ned gelatin typ I och V och kollagen typ IV och V. EC 3.4.24.35.
TIMP-1, eller Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 1, är ett protein som hämmer ned verksamheten hos en grupp enzymer som kallas metalloproteinaser (MMP). Dessa enzymer bryter ner extracellulär matrix, och TIMP-1 hjälper till att reglera deras aktivitet för att underlätta homeostas i kroppen. TIMP-1 har också visat sig ha anti-inflammatoriska och cellcytoprotektiva egenskaper.
Ett extracellulärt endopeptidas (MMP-3; stromelysin 1; proteoglykanas) i däggdjursvävnader som liknar matrismetalloproteinas 1. Det bryter ned proteoglykan, fibronektin, kollagen typ III, IV, V och IX, och aktiverar prokollagenas. EC 3.4.24.17.
Ett utsöndrat endopeptidas som är homologt med interstitiellt kollagenas, men med en extra, fibronektinliknande domän. EC 3.4.24.24.
Matrismetalloproteinaser som är bundna till cellmembranet, antingen via transmembrandomäner eller via glykosylfosfatidylinositolförankringar. Matrismetalloproteinaser av membrantyp kan utöva sin verkan i den pericellulära omgivningen genom att påverka cellmigrationsförloppet. EC 3.4.24.
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Ett släkte rörliga eller icke-rörliga, grampositiva bakterier av familjen Bacillaceae. Många arter har identifierats, varav några är patogena. De lever i vatten, jord och i tarmkanalen hos människor o ch djur.
Pepsin A är ett enzym som produceras i magsäcken och hjälper till att bryta ner proteiner i maten till mindre peptider under magsäckens sura förhållanden.
Bindvävsceller som utsöndrar en extracellulär massa rik på kollagen och andra makromolekyler.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Ledbrosk definieras som en skada på ledbanden, de tåliga band som hjälper till att stabilisera och stödja en led. Denna skada kan orsaka smärta, svullnad och instabilitet i leden. Ledbrosk kan vara ett tecken på en överansträngning, en skada eller en sjukdom som artrit. Behandlingen kan innefatta vila, isbehandling, smärtstillande mediciner, fysioterapi och i vissa fall operation.
Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.
Nätverksliknande ämne i det extracellulära utrymmet och i förbindelse med cellytans basalmembran. Det främjar cellförökningen och erbjuder en stödstruktur för celler och lysat i odlingsskålar.
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.
De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i samband med enzymsyntes.
Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.
Kroppens yttersta hölje, och dess skyddsbarriär mot omgivningen. Huden består av dermis (läderhuden) och epidermis (överhuden).
Påvisande av RNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon.
En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Neutrofila leukocyter, eller neutrofiler, är en typ av vit blodkropp (leukocyt) som spelar en viktig roll i kroppens immunförsvar. De utgör den största andelen av de cirkulerande vita blodkropparna och hjälper till att skydda kroppen mot infektioner genom att fagocytera, det vill säga svälja och förstöra främmande partiklar såsom bakterier och svampar. Neutrofilerna innehåller en speciell typ av proteiner, kallade neutrofila granuler, som kan släppas ut för att döda patogener. När ett infektionshot uppfattas av kroppen ökar produktionen och aktiveringen av neutrofiler, vilket kan leda till en ökning av deras antal i blodet, kallat neutrofili.
Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Ett peptidfragment är en kort sekvens av aminosyror som har beeneds klippt isär från ett större peptid eller protein.
Omvandling av en inaktiv enzymform till en med metabolisk aktivitet, vilket inkluderar: 1) jonaktivering (aktivatorverkan); 2) kofaktor-/koenzymaktivering; 3) omvandling av enzymprekursor (proenzym eller zymogen) till aktivt enzym.
En immunanalysmetod som utnyttjar en antikropp med enzymmarkör, t ex pepparrotsperoxidas. Då antingen enzymet eller antikroppen binds till ett adsorberande substrat behåller båda sin biologiska aktivitet. Förändringen i enzymaktivitet till följd av enzym-antikropp-antigenreaktionen är proportionell mot mängden antigen och kan mätas med spektrofotometri eller med blotta ögat. Det har utvecklats många varianter av metoden. Syn. ELISA.
En omvänd transkriptaspolymerasekedjereaktion (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera komplementär DNA (cDNA) från ett given RNA-molekyl, vilket möjliggör dess detektering och analys.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.

'Kollagenas' är ett enzym som bryter ned kollagen, ett protein som utgör en viktig del av bindväv och brosk. Kollagenaser produceras naturligt i kroppen, men kan också förekomma i vissa sjukdomar eller behandlingar. De kan orsaka skador på bindväv och leder, vilket kan leda till symptom som smärta, ömhet och svullnad.

Mikrobiell kollagenas är ett enzym som produceras av vissa bakterier och som bryter ned kollagen, ett protein som finns i bland annat hud, ben och brosk. Detta enzym används av bakterierna för att bryta ned och ta i sig näringsämnen från sitt växtmedium, men kan även orsaka skada på värdorganismen om bakterierna koloniserar dessa vävnader.

Matrix metalloproteinase 8 (MMP-8), även känt som neutrophil collagenase, är ett enzym som tillhör familjen matrix metalloproteinaser (MMPs). Dessa enzymer är involverade i nedbrytningen och omstruktureringen av extracellulär matris, det vill säga de proteiner och andra molekyler som utgör strukturen hos celler och vävnader.

MMP-8 är specifikt inblandat i nedbrytningen av typ I, II och III collagen, vilka är viktiga beståndsdelar i den extracellulära matrisen. Detta enzym produceras främst av neutrofila granulocyter, en typ av vita blodkroppar som är involverade i immunförsvaret. MMP-8 har en viktig roll vid inflammatoriska processer och kan bidra till sjukdomsprocessen vid exempelvis tandlossning, artros och hudinflammationer.

'Clostridium histolyticum' är en anaerob bakterie som orsakar allvarliga infektioner i människokroppen, särskilt i sårar och nekrotiserande myositis (flebitis). Bakterien producerar flera toxiner, däribland kolagenas, hyaluronidas och toxin-A och -B, som orsakar vävnadsdöd och nekros. Infektioner med 'Clostridium histolyticum' kan vara livshotande om de inte behandlas adekvat med antibiotika och kirurgisk avlägsnande av död vävnad.

Matrix metalloproteinase 13 (MMP-13) är ett enzym som tillhör en grupp av enzymer som kallas matrix metalloproteinaser (MMP). Dessa enzymer är involverade i nedbrytningen och omstruktureringen av extracellulär matrix, det vill säga de proteiner och andra molekyler som utgör strukturen på cellernas yttre layer och den omgivande miljön.

MMP-13 är specifikt involverat i nedbrytningen av typ II collagen, ett protein som är en viktig komponent i brosk och ledkapslar. MMP-13 har också förmåga att bryta ner andra proteiner i extracellulär matrix, såsom elastin och fibronectin.

MMP-13 produceras av flera olika celltyper, inklusive kondrocyter (broskceller), synoviocyter (ledkapselceller) och fibroblaster (bindvävsceller). Överaktivitet hos MMP-13 har associerats med flera patologiska tillstånd, såsom ledinflammation, artros och tumörinvasion.

Matrix metalloproteinase 1 (MMP-1) är ett enzym som tillhör en grupp av enzymer som kallas matrix metalloproteinaser (MMPs). Dessa enzymer är involverade i nedbrytningen och omstruktureringen av extracellulär matris, det vill säga det stödjande skiktet av proteiner och kolagener som finns utanför celler. MMP-1 är specifikt känt för att bryta ned typ I, II och III kolagen, vilka är de vanligaste typerna av kolagen i människokroppen.

MMP-1 produceras som ett proenzym, proMMP-1, och aktiveras sedan genom att klippa bort en N-terminal peptid under specifika fysiologiska eller patofysiologiska förhållanden. Det är involverat i en rad normala fysiologiska processer, såsom embryonal utveckling, vuxenreparation och remodellering av vävnader, men överaktivering av MMP-1 har också visats korrelera med flera sjukdomstillstånd, till exempel fibros, cancer och åldrande.

Matrix metalloproteinase inhibitors (MMPIs) are a class of pharmaceutical compounds that work to reduce the activity of matrix metalloproteinases (MMPs). MMPs are a family of enzymes that play crucial roles in breaking down various types of extracellular matrices, such as collagens, elastins, and proteoglycans. These enzymes are involved in several physiological processes, including tissue remodeling, wound healing, and angiogenesis.

However, abnormal activation or overexpression of MMPs has been implicated in various pathological conditions, such as cancer, arthritis, cardiovascular diseases, and neurological disorders. By inhibiting the activity of MMPs, MMPIs aim to slow down or prevent the progression of these diseases.

MMPIs can be broadly classified into two categories: synthetic and natural. Synthetic MMPIs include compounds like batimastat, marimastat, and prinomastat, while natural MMPIs include substances derived from plants, such as tetracyclines and flavonoids.

It's important to note that the development of MMPIs as therapeutic agents has been challenging due to their lack of specificity for individual MMPs, which can lead to off-target effects and undesirable side effects. Therefore, while some MMPIs have shown promise in preclinical studies, their clinical use remains limited.

Kollagen är ett protein som finns i djurs och människors kroppar. Det är ett strukturprotein som utgör en viktig del av bindväv, ben, hud, senor och leder. Kollagen ger styrka och elasticitet åt dessa vävnader. Det är det mest förekommande proteinet i djurriket och utgör upp till 30% av allt protein i en människokropp.

Det finns flera olika typer av kollagen, men de vanligaste är typ I, II och III. Typ I kollagen är det starkaste och mest vanliga och hittas bland annat i huden, benen och senorna. Typ II kollagen hittas främst i brosk och leder och ger dem deras elasticitet. Typ III kollagen finns i blodkärl, hud och andra mjuka vävnader.

Kollagens molekyler är uppbyggda av tre polypeptidkedjor som spirals samman till en tresnöring. Dessa tresnörningar sitter sedan ihop med varandra i långa fibriller som ger kroppsvävnaderna deras mekaniska styrka och flexibilitet.

'TIMP' står för 'Tissue Inhibitor of Metalloproteinases', som är en grupp av proteiner som reglerar nedbrytningen av extracellulär matrix, ett komplext nätverk av proteiner och kolhydrater som ger struktur och stöd till celler i kroppen. TIMP-proteinerna gör detta genom att binda till och hämma metalloproteinaser, en grupp enzymer som bryter ner extracellulär matrix. Balansen mellan metalloproteinaser och deras inhibitorer, inklusive TIMP, är viktig för normal cellgrowth och homeostas, och störningar i denna balans kan leda till patologiska tillstånd som cancer och fibros.

Metalloendopeptidaser är ett slags enzym som bryter ned proteiner genom att klippa sönder peptidbindningarna med hjälp av en metallion, ofta zink (Zn2+), i aktivt centrum. De kan klyva peptidbindningar både på insidan och utsidan av proteinernas aminosyrorester, till skillnad från exopeptidaser som endast kan klyva peptidbindningar närmast proteinkedjans ändar. Metalloendopeptidaser deltar i en rad fysiologiska processer, såsom blodtrycksreglering, immunförsvar och hjärnfunktion. Dessutom kan överaktiva metalloendopeptidaser vara involverade i patologiska tillstånd som cancer och neurodegenerativa sjukdomar.

'Gelatinase' är ett medlemmar inom en grupp av enzymer som kallas matrix metalloproteinaser (MMP). Gelatinaserna är specifika typer av MMP-enzym som bryter ned gelatin, ett protein som bildas när kolagen bryts ner. Det finns två huvudtyper av gelatinas, MMP-2 och MMP-9, och de spelar en viktig roll i cellernas förmåga att migrera och växa genom extracellulära matrisen (ECM), som är ett nätverk av proteiner och kolagen som stöder och ger form åt celler. Gelatinaser är involverade i en rad fysiologiska processer, såsom embryonal utveckling, vårtbildning, ämnesomsättning och angiogenes (kärlväxt). Dessutom har forskning visat att gelatinaserna kan vara involverade i patologiska processer, till exempel cancer, kardiovaskulära sjukdomar och neurodegenerativa sjukdomar.

TIMP-2, eller Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 2, är ett protein som hör till gruppen av metallproteinas inhibitorer (MMPIs). Dessa proteiner har en funktion att reglera nedbrytningen och omvandlingen av extracellulär matrix, det vill säga det stödjeväv som finns mellan cellerna i kroppen. TIMP-2 är specifikt inaktiverande för metallproteinasen MMP-2, vilket gör att det hjälper till att kontrollera nedbrytningen av extracellulär matrix och på så sätt bidrar till underhåll och homeostas i kroppen. Ändringar i TIMP-2-nivåer kan vara associerade med olika sjukdomstillstånd, inklusive cancer och fibros.

Matrix metalloproteinaser (MMP)er är en grupp av enzymer som bryter ner proteiner i den extracellulära matrisen, det vill säga det stödjeväv som omger cellerna. De spelar därför en viktig roll i cellers förmåga att migrera och växa, och är involverade i en rad fysiologiska processer såsom embryonal utveckling, värvning av immunceller, ämnesomsättning och ägglossning. Dessa enzymer kan också vara involverade i patologiska tillstånd som cancer, autoimmuna sjukdomar, kardiovaskulära sjukdomar och neurologiska sjukdomar. MMPer är zinkberoende endopeptidaser och kategoriseras efter deras substratspecifitet. De aktiveras ofta genom att proteolytiskt klippa bort en propeptid som håller dem i en inaktiv form inuti cellen, och de regleras på transkriptionell nivå av olika signalsubstanser och tillväxtfaktorer. Deras aktivitet kan också moduleras av endogen inhibitorer kallade TIMPer (tissue inhibitors of metalloproteinases).

'Gelatin' är ett proteinrikt kolloidalt hydrogel som tillverkas genom partiell hydrolys och denaturering av kollagenextrakt från djurvävnader, vanligtvis hud eller ben från nötkreatur, grisar eller fisk. Det har en unik aminosyraprofil med höga halter av icke-essentiella aminosyror som glycin och prolin. Gelatin används inom livsmedelsindustrin som stabiliserings-, textur- och klumpförebyggande medel, samt i farmaceutisk industri för tillverkning av hårda kapslar och tabletter. Det har också medicinska användningsområden inom ortopedi och stomatologi som biokompatibelt material för ben- och broskrekonstruktion, halsband för kontroll av blödningar efter tandoperationer och som fyllnads- och stöttmaterial vid läkning av sår.

En proteasomhämmare är ett läkemedel som hämmar funktionen hos proteasomen, ett proteincomplex som bryter ner andra proteiner inuti celler. Proteasomer spelar en viktig roll i cellens proteinska homeostas, det vill säga balansen mellan syntes och nedbrytning av proteiner. Genom att hämma proteasomernas funktion kan man påverka nedbrytningen av proteiner som är involverade i cellcykeln och celldelningen, vilket gör att proteasomhämmare används som en typ av cancerläkemedel. Proteasomhämmare används bland annat vid behandling av multipelt myelom, mantlecellslymfom och andra typer av cancer. Exempel på godkända proteasomhämmare är bortezomib (Velcade), carfilzomib (Kyprolis) och ixazomib (Ninlaro).

Matrix metalloproteinase 9 (MMP-9) är ett enzym som tillhör en grupp av enzymer som kallas matrix metalloproteinaser (MMPs). Dessa enzymer är involverade i nedbrytningen och omstruktureringen av extracellulär matrix, det vill säga det stödjeväv som finns mellan celler. MMP-9 är specifikt inblandat i nedbrytningen av typ IV collagen, ett protein som utgör en viktig del av basalmembranet, en tunn yttre skikt av extracellulär matrix som fungerar som en barriär och stödjeväv runt blodkärl och andra strukturer. MMP-9 produceras främst av celler i det immunsystemet, såsom neutrofila granulocyter (en typ av vit blodcell), men kan också produceras av andra celltyper som till exempel cancerceller. Enzymets aktivitet är nödvändig för normal fetal utveckling och vuxen homeostas, men ökad aktivitet av MMP-9 har associerats med flera sjukdomstillstånd, till exempel cancer, autoimmuna sjukdomar och neurologiska sjukdomar.

TIMP-1, eller Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 1, är ett protein som hör till en grupp av fyra naturligt förekommande proteiner i kroppen. Dessa proteiner har alla till uppgift att reglera nedbrytningen av extracellulär matrix, det vill säga det stödjeväv som finns mellan cellerna i våra vävnader.

TIMP-1 är specifikt känt för sin roll i att hämma metalloproteinaser, en typ av enzymer som bryter ner proteiner i extracellulär matrix. Genom att hejda metalloproteinasernas verksamhet kan TIMP-1 hjälpa till att skydda vävnader från onormalt snabb nedbrytning och försämring, vilket kan vara viktigt vid olika sjukliga tillstånd som inflammation, fibros och cancer.

I medicinsk kontext kan TIMP-1-nivåer mätas i kroppsvätskor som blod för att undersöka om de avviker från det normala, vilket kan ge information om olika sjukdomar eller skador. Förhöjda nivåer av TIMP-1 kan till exempel vara associerade med högre risk för fibros och sämre prognos vid cancer.

Matrix metalloproteinase 3 (MMP-3) är ett enzym som tillhör en grupp av enzymer som kallas matrix metalloproteinaser (MMP). Dessa enzymer är involverade i nedbrytningen och omstruktureringen av extracellulär matrix, det vill säga de proteiner och andra molekyler som utgör stödjevävnaden kring celler. MMP-3 har specifikt förmågan att bryta ned flera olika typer av proteiner i extracellulär matrix, inklusive kollagen, gelatin och proteoglykaner. Det produceras främst av fibroblaster, men kan även produceras av andra celltyper som till exempel immunceller. MMP-3 har också visat sig ha en roll i inflammation och celldifferentiering.

Matrix metalloproteinase 2 (MMP-2), även känd som gelatinas A, är ett enzym som tillhör familjen matrix metalloproteinaser (MMPs). Dessa enzymer är involverade i nedbrytningen och omstruktureringen av extracellulär matris, det vill säga det stödjande skiktet av proteiner och andra molekyler som omger celler.

MMP-2 har specifika substrat, till exempel typ IV collagen, som är en huvudkomponent i basalmembranet, och gelatin, ett nedbrytningsprodukt av kollagen. Dess funktion är att bryta ner extracellulär matris, vilket möjliggör cellytorers migration och invasion under normala fysiologiska förhållanden, såsom embryonal utveckling, vaskulär remodelering och reproduktiv biologi.

Dessutom har forskning visat att överaktivering av MMP-2 kan vara associerad med patologiska tillstånd som cancer, ateroskleros och neurodegenerativa sjukdomar. Kontrollen av MMP-2-aktiviteten är därför en potential terapeutisk strategi för att behandla dessa sjukdomar.

Matrix metalloproteinaser (MMPs) är en familj av zinkberoende proteiner som spjälkar kolagen och andra extracellulära matrixproteiner. Membranbundna MMPs (MT-MMPs) är en undergrupp av MMPs som är kovalent bundna till cellmembranet. Dessa enzymer spelar en viktig roll i cellens förmåga att migrera och reorganisera extracellulära matrixstrukturer, vilket är kritiskt under utveckling, angiogenes, ämnesomsättning och cancer. Exempel på MT-MMPs inkluderar MTA2, MTA3, MMP14, MMP15, MMP16, MMP24 och MMP25.

Substratspecificitet betegner i farmakologi og enzyms biokemi, hvilken type af substrat (den molekyle, der binder til enzymet) et specifikt enzym er i stand til at binde sig til og katalyse en reaktion med. Enzymer er biologiske katalysatorer, der accelererer kemiske reaktioner inden for levende organismer, og hver enzym har typisk en specifik substratspecificitet, der bestemmer, hvilken type af molekyler, den kan arbejde på.

Substratspecificiteten for et enzym kan være meget snæver, så det kun kan binde sig til én specifik molekyletype, eller den kan være bredere, så det kan binde sig til flere relaterede molekyler. Substratspecificiteten af et enzym kan blive fastlagt ved at undersøge, hvilke substrater det kan binde sig til og katalysere en reaktion med under specifikke betingelser.

Det er vigtigt at notere, at substratspecificiteten for et enzym ikke altid er absolut. I nogle tilfælde kan et enzym have en vis grad af fleksibilitet og være i stand til at binde sig til og katalysere reaktioner med substrater, der ikke er helt identiske med dets normale substrat. Dette kaldes undertiden for "promiskuitet" eller "krydsreaktivitet".

'Clostridium' är ett släkte av grampositiva, stavformade, sporedbildande bakterier som förekommer i naturen, särskilt i jord och vatten. Många arter av Clostridium är anaeroba, vilket betyder att de inte behöver syre för att kunna växa och reproduceras. Några arter av Clostridium kan producera starkt toxiska ämnen och orsaka allvarliga infektionssjukdomar hos människor och djur, till exempel botulism, tetanus och colitis associerad med Clostridium difficile.

Pepsin A är ett enzym som produceras i magsäcken och hjälper till att bryta ner proteiner i maten till mindre peptider under magsäckens sura förhållanden. Det är den aktiva formen av pepsinen, som bildas när det inaktiva prekursormolekylen, pepsinogen, aktiveras av syran i magsäcken. Pepsin A har sin maximala aktivitet vid ett pH på ungefär 2 och börjar denzymatiska processen av proteinerna i maginnehållet innan de passerar vidare till tarmarna för ytterligare nedbrytning och absorption.

En fibroblast är en typ av cell som producerar och sekreterar extracellulära matrix-proteiner, såsom kollagen och elastin, vilka ger struktur och integritet till bindväv och andra stödjande vävnader i kroppen. De spelar också en viktig roll i läkning av sår och ärrbildning genom att producera kollagen och andra proteiner som hjälper till att reparera skadad vävnad. Fibroblaster är multipotenta, vilket betyder att de kan differensiera till andra typer av celler under vissa förhållanden. De förekommer i många olika sorters bindväv, inklusive leder, hud, lungor och hjärta.

En aminosyrasekvens är en rad av sammanfogade aminosyror som bildar ett protein. Varje protein har sin unika aminosyrasekvens, som bestäms av genetisk information i DNA-molekylen. Den genetiska koden specificerar exakt vilka aminosyror som ska ingå i sekvensen och i vilken ordning de ska vara placerade.

Aminosyrorna i en sekvens är sammanbundna med peptidbindningar, vilket bildar en polymer som kallas ett peptid. När antalet aminosyror i en peptid överstiger cirka 50-100 talar man istället om ett protein.

Aminosyrasekvensen innehåller information om proteinet och dess funktion, eftersom den bestämmer proteins tertiärstruktur (hur aminosyrorna är hopfogade i rymden) och kvartärstruktur (hur olika peptidkedjor är sammansatta till ett komplext protein). Dessa strukturer påverkar proteinet funktion, eftersom de avgör hur proteinet interagerar med andra molekyler i cellen.

Molekylsekvensdata (molecular sequencing data) refererer til de resultater som bliver genereret når man secvenserer DNA, RNA eller proteiner i molekylærbiologien. Det innebærer typisk en række af nukleotider (i DNA- og RNA-sekvensering) eller aminosyrer (i proteinsekvensering), der repræsenterer den specifikke sekvens af gener, genetiske varianter eller andre molekyler i et biologisk prøve.

DNA-sekvensdata kan f.eks. anvendes til at identificere genetiske varianter, undersøge evolutionæ forhold og designe PCR-primerer. RNA-sekvensdata kan bruges til at studere genudtryk, splicevarianter og andre transkriptionelle reguleringsmekanismer. Proteinsekvensdata er vigtige for at forstå proteinstruktur, funktion og interaktioner.

Molekylsekvensdata kan genereres ved hjælp af forskellige metoder, herunder Sanger-sekvensering, pyrosekvensering (454), ion torrent-teknikker, single molecule real-time (SMRT) sekvensering og nanopore-sekvensering. Hver metode har sine styrker og svagheder, og valget af metode afhænger ofte af forskningens specifikke behov og ønskede udbytte.

'Ledbrosk' er en medisinsk term som refererer til en skade på ledbåndene i et led. Ledbåndene holder knoklene sammen og hjælper med at styre bevægelsen i leddene. En ledbroskskade kan variere fra en let distorsjon, hvor ledbåndet er overstrakt eller smallt, til en alvorlig skade, hvor ledbåndet er delvis eller helt revnet.

Ledbroskskader forekommer oftest i fødderne, hænderne, knæene og anklerne, særligt i forbindelse med sports- eller arbejdsrelaterede aktiviteter, som involverer hurtige bevægelser, skiftende retninger eller stød. Symptomer på en ledbroskskade kan inkludere smerte, svelling, blåt og/eller lyslæsioner, hævede knogler og/eller manglende rørelse i det skadede led. Behandlingen af en ledbroskskade kan variere alt efter alvorheden og omfatte hvile, kompressering, is, opdræt (RICE), fysioterapi, immobilisering eller i værste fald kirurgi.

Molekylvikt, eller molekylär vikt, är ett begrepp inom kemi och fysik som refererar till det totala antalet gram av en viss substans som motsvarar dess molekylmassa. Molekylmassan är summan av atommassorna för varje atom i en molekyl, och molekylvikten uttrycks vanligtvis i enheten gram per mol (g/mol).

Mer specifikt, molekylvikten är relaterad till Avogadros konstant, som definierar antalet partiklar (i detta fall, molekyler) i en mol av en substans. En mol av en substans innehåller exakt 6.02214076 × 10^23 partiklar, och molekylvikten är massan av en mol av en viss substans.

Sålunda, om du känner till molekylmassan av en given molekyl, kan du beräkna dess molekylvikt genom att multiplicera molekylmassan med Avogadros konstant. Omvänt, om du känner till molekylvikten och Avogadros konstant, kan du bestämma molekylmassan genom att dividera molekylvikten med Avogadros konstant.

Extracellular Matrix (ECM) är ett nätverk av strukturella och funktionella molekyler som utom cellerna (extracellulärt) bildar en biologiskt aktiv miljö i flera typer av vävnader. ECM består huvudsakligen av proteiner, såsom kollagen, elastin, fibronectin och laminin, samt polysackarider, som glykosaminglykaner (GAG) och proteoglycaner. Dessa molekyler interagerar med varandra och med cellmembranet för att ge strukturell stöd, skapa barriärer, reglera celldelning, differentiering, migration, adhesion och apoptos, samt modulera signaltransduktion och homeostas. ECM kan variera mellan olika vävnader och är dynamiskt under olika fysiologiska och patologiska tillstånd, inklusive embryonal utveckling, vuxen vävnadens normala funktion och sjukdomar som fibros, cancer och autoimmuna sjukdomar.

RNA (Ribonucleic acid) är ett samlingsnamn för en grupp molekyler som spelar en central roll i cellens proteinsyntes och genuttryck. Det finns olika typer av RNA, men en specifik typ kallas just budbärarrNA (mRNA, messenger RNA). BudbärarrNA har till uppgift att transportera genetisk information från cellkärnan till ribosomen i cytoplasman, där den används för att bygga upp proteiner enligt instruktionerna i genomet. På så sätt fungerar budbärarrNA som ett slags "budbärare" av genetisk information mellan cellkärnan och ribosomen.

Endopeptidaser är en typ av enzymer som bryter ned proteiner genom att spjälka (hydrolysera) peptidbindningarna mellan aminosyror inuti proteinmolekylen, istället för vid proteinets yta. De kallas också för proteinaser eller endoproteinaser. Det finns flera olika typer av endopeptidaser, som kategoriseras beroende på vilka peptidbindningar de preferentiellt spjälkar. Exempel på endopeptidaser är trypsin, chymotrypsin och kollagenas.

'Reglering av genuttryck' refererer til mekanismer og processer som kontrollerer hvorvidt, hvor mye, og når gener i cellen skal transkriberes til mRNA og oversatt til proteiner. Dette kan ske på flere forskjellige måter, for eksempel ved å endre aktiviteten av enzymer som er involvert i transkripsjon og translasjon.

'Enzymregulering' refererer til mekanismer og prosesser som kontrollerer hvorvidt, hvor mye, og når enzymer skal aktiveres eller inaktiveres i cellen. Dette kan for eksempel skje ved å endre mengden av substrat som er tilgjengelig for enzymet, ved å endre enzymets struktur slik at det blir mer/mindre effektivt, eller ved å bruke andre proteiner som regulerer enzymaktiviteten.

Så 'reglering av genuttrykk, enzymer' kan være en generell betegnelse for de mekanismer og prosessene som kontrollerer hvordan gener og enzymer fungerer i cellen, slik at de kan tilpasse seg forskjellige situasjoner og behov.

"Cell culturing" or "cell cultivation" is the process of growing and maintaining cells in a controlled environment outside of a living organism. This is typically done in a laboratory setting using specialized equipment and media to provide nutrients and other factors necessary for cell growth and survival. The cells can be derived from a variety of sources, including human or animal tissues, and can be used for a range of research and therapeutic purposes, such as studying cell behavior, developing new drugs, and generating cells or tissues for transplantation.

'Hud' er det største organet i menneskelig kropp og utgjør en barriere mellom kroppen og ytre verden. Det er komplett med blodkar, svedkjertler, nerve-ende, hårfolikler og immunforsvarsmekanismer. Huden har mange funksjoner, inkludert beskyttelse av kroppen fra skader, regulering av varme og fugtighet, vitamin D syntese og sanseinntrykk som berør, smerte, varme og kulde. Det er også viktig for psykisk velbefindende og estetisk utseende. Huden kan deles opp i to hovedgrupper: tykk hud (eller keratiniseret epitel) som inkluderer håret, negler og tennene, og tynn hud (eller ikke-keratiniserte epiteler), som inkluderer skinn, slimhinner og de indre overflater av kroppen.

"Northern blotting" är en laboratorieteknik inom molekylärbiologi som används för att detektera och identifiera specifika RNA-molekyler i ett prov. Tekniken bygger på separation av RNA-molekylerna baserat på storlek genom elektrofores, vilket följs av överföring (blotting) av de separerade RNA-molekylerna till en membran där de kan detekteras med hjälp av specifika sondmolekyler.

I ett typiskt Northern blotting-experiment extraheras RNA från ett prov, den renas och fragmenteras sedan i enlighet med önskad storlek. Därefter separeras RNA-fragmenten baserat på deras storlek genom elektrofores i ett agaros- eller polyacrylamidgel. Efter separationen överförs RNA-fragmenten till en membran, ofta en nitrocellulosa- eller nylonmembran, där de fastnar. Membranet exponeras sedan för en radioaktivt markerad sond som är komplementär till den specifika RNA-sekvens man vill detektera. Genom att exponera membranet för ett film emulsion kan man sedan avläsa resultatet i form av en mönstring av radiostrålning på filmen, där starkare band indikerar högre koncentrationer av den specifika RNA-sekvensen.

Northern blotting är en känslig och specificer teknik som används för att studera RNA-uttryck, alternativa splicing, mutationer och andra aspekter av RNA-biologi.

Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) er en laboratoriemetode som brukes til å separere biomolekyler basert på deres lading, størrelse og form. Metoden er særlig nyttig for å skille DNA-fragmenter, RNA-molekyler eller proteiner fra hverandre.

I polyacrylamidgelelektroforesen prepurer man prøven gjennom en gel bestående av polymerisert acrylamid og bis-acrylamid i tilstedeværelse av en pH-buffer og et reduktionsmidel som sikrer at biomolekylerne blir pålitt linje under elektrisk felt. Størrelsen på de separerte molekylene kan bestemmes ved å sammenligne deres migrasjon i gelen med en standardprøve med kjent molekylvekt.

Denne teknikken er viktig innenfor mange områder av biologi og medicin, for eksempel i diagnose av genetiske sykdommer, studier av proteinekspression og -interaksjoner, forening av DNA-fragmenter etter restriksjonsdigestion og analyse av komplekse genetiske profiler.

Sekvenshomologi, eller sekvenstillhörighet, inom biokemi och genetik refererar till den grad av likhet mellan två eller flera molekylära sekvenser, som kan vara DNA-sekvenser, RNA-sekvenser eller proteinsekvenser. När det gäller aminosyrasekvenser, handlar det om den ordningsföljd av specifika aminosyror som bildar en proteinmolekyl.

Aminosyrasekvenshomologi mellan två proteiner används ofta för att undersöka deras evolutionära släktskap och funktionella likheter. Hög sekvenshomologi kan indikera närbesläktade proteiner med möjligen liknande funktioner, medan låg homologi kan tyda på mindre närstående eller icke-relaterade proteinsekvenser.

Det är värt att notera att även om två proteiner har en hög sekvenshomologi kan deras struktur och funktion skilja sig ifrån varandra, eftersom aminosyrasekvenser inte alltid korrelerar perfekt med proteiners tredimensionella struktur eller biokemiska aktivitet.

Neutrofila leukocyter, eller neutrofiler, är en typ av vita blodkroppar (leukocyter) som spelar en viktig roll i kroppens immunförsvar. De utgör den största gruppen av leukocyter och är specialiserade på att bekämpa bakteriella infektioner.

Neutrofilerna har förmågan att fagocytera, det vill säga svälja upp, främmande partiklar såsom bakterier och virus. De innehåller en substans som kallas myeloperoxidas, vilken hjälper till att döda de infektionskällor som de har fagocyterat. När neutrofilerna aktiveras under en infektion ökar deras antal i blodet och de migrerar också till det inflammerade området för att bekämpa infektionen.

En höjning av neutrofilernas andel i det totala leukocyttalet kallas neutrofili, medan en minskning kallas neutropeni. Båda dessa tillstånd kan vara tecken på olika sjukdomar eller infektioner.

I medically speaking, the term "Nötkreatur" refers to a member of the Bos genus, specifically the domestic species Bos taurus (cattle) or Bos indicus (zebu). These animals are often raised for their meat, milk, hides, and labor. In some contexts, "nötkreatur" may also refer to other large herbivorous mammals, such as bison or water buffalo, that are used in similar ways. However, it's important to note that these animals belong to different genera (Bison and Bubalus, respectively) and are not technically classified as "nötkreatur" in a strict sense.

I medicinen refererer kinetik specifikt till läkemedelskinetik, som är studiet av de matematiska modellerna som beskriver hur ett läkemedel distribueras, metaboliseras och utsöndras i en levande organism. Det finns fyra huvudsakliga faser av läkemedelskinetik:

1. Absorption (absorption): Hur snabbt och effektivt absorberas läkemedlet från gastrointestinal tract till blodomloppet.
2. Distribution (distribution): Hur snabbt och i vilken utsträckning fördelar sig läkemedlet i olika kroppsvävnader och vätskor.
3. Metabolism (metabolism): Hur snabbt och hur påverkar läkemedlets kemiska struktur i kroppen, ofta genom enzymer i levern.
4. Elimination (elimination): Hur snabbt och effektivt utsöndras läkemedlet från kroppen, vanligtvis via urin eller avföring.

Läkemedelskinetiken kan påverkas av många faktorer, inklusive patientens ålder, kön, genetiska variationer, lever- och njurfunktion samt andra läkemedel som patienten tar.

Rekombinanta proteiner är proteiner som har skapats genom tekniker för genetisk rekombination, där man kombinerar DNA-sekvenser från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskvärda egenskaper. Denna teknik möjliggör produktionen av stora mängder specifika proteiner med konstant och predikterbar struktur och funktion. Rekombinanta proteiner används inom flera områden, till exempel inom medicinen för framställning av läkemedel som insulin, vaccin och enzymer.

'Peptidfragment' är ett begrepp inom biokemi och molekylärbiologi. Det refererar till en kort sekvens av aminosyror som har beenadrots från ett större peptidmolekyl eller protein. Peptidfragment kan bildas genom nedbrytning av proteiner med hjälp av enzymer, kemiska metoder eller andra processer.

I medicinskt sammanhang kan analys av peptidfragment användas för att studera struktur och funktion hos proteiner, såväl som för att identifiera specifika aminosyresekvenser som är associerade med sjukdomar eller andra patologiska tillstånd.

Enzymaktivering refererar till processen där ett enzym aktiveras för att kunna börja katalysera en biokemisk reaktion. Detta kan ske på olika sätt, beroende på typen av enzym. I allmänhet kan enzymaktivering involvera att en molekyl, kallad en aktivator, binds till enzymet och orsakar en konformationsändring som gör att enzyms aktiva plats blir tillgänglig för substratet. I andra fall kan enzymaktivering ske genom att en inhibitor tas bort från enzyms aktiva plats, eller genom att enzymet modifieras genom en kemisk reaktion.

Exempel på mekanismer för enzymaktivering inkluderar allosterisk regulering, där bindningen av en molekyl till en allostersk plats på enzymet orsakar en konformationsändring som påverkar aktiva platsen, och covalent modifiering, där en grupp kovalent binder till enzyms aktiva plats och förändrar dess egenskaper.

I medicinsk kontext kan enzymaktivering ha betydelse när det gäller att behandla sjukdomar genom att påverka enzymaktiviteten i kroppen. Exempelvis kan enzymaktiverande läkemedel användas för att behandla vissa typer av cancer, där aktivering av specifika enzymer hjälper till att bromsa celltillväxten eller inducerar apoptos (programmerad celldöd).

Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) är en typ av immunologisk analys som använder en enzymmärkt antikropp för att detektera och quantifiera en specifik molekyl, till exempel ett protein eller en peptid, i en biologisk prov.

I ELISA-analysen fästs antigenet (det målprotein som ska detekteras) först till en solid fas, till exempel en mikrotitrerad platta. Sedan adsorberas en primär antikropp som binder till antigenet till plattan. Efter en washing-steg adderas en sekundär antikropp som är konjugerad till ett enzym, såsom horseradish peroxidase (HRP). Den sekundära antikroppen binder till den primära antikroppen och efter ytterligare washing-steg tillsätts ett substrat som reagerar med det enzymmärkta komplexet och genererar ett signal som kan kvantifieras, vanligtvis i form av färgförändring eller fluorescens.

ELISA är en mycket känslig och specifik analysmetod som används inom flera områden, till exempel för att detektera och mäta antikroppar i serum, för att upptäcka patogener såsom virus och bakterier, och för att bestämma koncentrationen av olika hormoner och andra biologiskt aktiva molekyler.

Den omvända transkriptaspolymeraskedjereaktionen (RT-PCR) är en laboratorieteknik som används för att kopiera RNA till komplementär DNA (cDNA). Denna metod bygger på två olika enzymatiska reaktioner: transkription och PCR.

Transkriptionen är en process där en specifik typ av enzym, kallad revers transkriptas, används för att konvertera RNA till komplementärt DNA. Detta sker genom att revers transkriptasen läser av sekvensen i RNA-molekylen och bygger upp en komplementär DNA-sträng.

PCR (polymeraskedjereaktion) är en metod för att amplifiera specifika DNA-sekvenser genom att kopiera dem upprepade gånger med hjälp av enzym, temperaturcykling och specifika primare. I RT-PCR används den cDNA som skapats under transkriptionen som matris för PCR-reaktionen.

RT-PCR är en känslig metod som ofta används inom molekylärbiologi och medicinsk forskning för att detektera och kvantifiera specifika RNA-molekyler i ett prov, till exempel virus-RNA eller cellulärt RNA.

"Bassekvens" er en medisinsk betegnelse for en abnorm, gentagen sekvens eller mønster i et individ's DNA-sekvens. Disse baseparsekvenser består typisk av fire nukleotider: adenin (A), timin (T), guanin (G) og cytosin (C). En bassekvens kan være arvelig eller opstå som en mutation under individets liv.

En abnormal bassekvens kan føre til genetiske sygdomme, fejlutviklinger eller forhøjet risiko for bestemte sykdommer. For eksempel kan en bassekvens, der koder for en defekt protein, føre til en arvelig sykdom som cystisk fibrose eller muskeldystrofi.

Det er viktig å understreke at en abnormal bassekvens ikke alltid vil resultere i en sykdom eller fejlutvikling. I mange tilfeller kan individet være asymptomatisk og leve et normalt liv.

Elektronmikroskopi är en teknik inom mikroskopi där man använder en elektronstråle i stället för ljus för att observera ett preparat. Det ger en mycket högre upplösning jämfört med optisk mikroskopi, och kan nå upp till 100 000 gånger magnification.

Det finns två huvudsakliga typer av elektronmikroskopi: transmissionselektronmikroskop (TEM) och skannande elektronmikroskop (SEM). TEM-metoden ger en tvådimensionell projektion av ett preparat, medan SEM-metoden ger en tredimensionell bild.

I TEM passerar elektronstrålen genom det tunnslida preparatet och interagerar med atomerna i preparatet, vilket skapar en bild som kan tolkas för att ge information om struktur, sammansättning och kemisk analys av preparatet.

I SEM skannas elektronstrålen över ytan av preparatet och ger upphov till sekundära elektroner som kan detekteras och användas för att generera en topografisk bild av ytan. SEM-metoden ger ofta mycket skarpa och detaljerade bilder av ytor, vilket gör den särskilt användbar inom materialvetenskap, biologi och andra områden där det behövs information om ytstruktur.