Rapaz...
SYN,ACK etc.. São flags, tipo sinalizacao ao envio de pacotes. Como vc vai aplicar um negocio que nem sabe?
Tipo. quando uma nova solicitacao eh feita, ela vai com flag SYN, responde com um ACK, e depois trocam os dados...
Protocolo já outra historia, smtp(tcp 25), dns(udp53 e tcp53) etc....
Vc marcando pelas flags, vc ta generalizando todos os protocolos.