A matriz BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix) é uma matriz de substituição usada para o alinhamento de sequências de
proteínas. Matrizes BLOSUM são usadas para pontuar alinhamentos entre sequências de
proteínas divergentes. Elas são baseadas em alinhamentos locais. As matrizes BLOSUM foram introduzidas pela primeira vez em um artigo de Henikoff e Henikoff. Elas examinam o banco de dados BLOCKS buscando regiões muito conservadas de famílias de
proteínas (que não têm lacunas no alinhamento de sequências) e depois contam a freqüência relativa de
aminoácidos e as suas probabilidades de substituição. Então, elas calculam a pontuação do logaritmo das razões de chance para cada uma das 210 possíveis substituições dos 20 aminoácidos-padrão. Todas as matrizes BLOSUM são baseadas em alinhamentos observados; não são extrapoladas a partir de comparações de
proteínas intimamente relacionadas como as Matrizes PAM. Vários conjuntos de matrizes BLOSUM existem ...