RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica e transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos diferentes para cátions e sal da RNA polimerase I e é fortemente inibida pela alfa-amanitina. EC 2.7.7.6.

Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.

Grupo de enzimas que catalisa a extensão dirigida pelo DNA molde, do terminal 3'de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez. Podem iniciar uma cadeia de novo. Em eucariotos, três formas da enzima foram identificadas de acordo com a sensibilidade à alfa-amanitina e o tipo de RNA sintetizado. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992).

RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica, onde transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos específicos para cátions e sal, e mostrou sensibilidade intermediária à alfa-amanitina em comparação com a RNA polimerase I e II. EC 2.7.7.6.

RNA polimerase dependente de DNA presente em células bacterianas, vegetais e animais. A enzima funciona na estrutura nucleolar e transcreve DNA a RNA. Tem requerimentos diferentes para cátions e sais da RNA polimerase II e III, e não é inibida pela alfa-amanitina. EC 2.7.7.6.

Fatores de transcrição cuja função primária é regular a taxa em que o RNA é transcrito.

Peptídeos cíclicos extraídos do carpóforo (talo) de várias espécies de cogumelos. São potentes inibidores de RNA polimerases na maioria das espécies eucarióticas (bloqueando a produção de RNAm e a síntese proteica), sendo importantes no estudo da transcrição. A alfa-amanitina (venenosa se ingerida por humanos ou animais) é a principal toxina das espécies de Amanitia phalloides.

Chamados fatores gerais de transcrição, geralmente que se ligam a RNA POLIMERASE II e são necessários para a iniciação da transcrição. Incluem os TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFII-I e TFIIJ. In vivo, eles aparentemente se ligam num processo de múltiplos passos ordenados e/ou podem formar um grande complexo de pré-iniciação chamado holoenzima RNA polimerase II.

Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.

Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)

Sequências de DNA reconhecidas (direta ou indiretamente) e ligadas por uma RNA polimerase dependente de DNA durante a iniciação da transcrição. Sequências altamente conservadas dentro do promotor incluem a caixa de Pribnow nem bactérias e o TATA BOX em eucariotos.

Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.

Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.

Moldes macromoleculares para a síntese de macromoléculas complementares, como REPLICAÇÃO DO DNA, TRANSCRIÇÃO GENÉTICA do DNA para RNA e na TRADUÇÃO GENÉTICA do RNA nos POLIPEPTÍDEOS.

Fatores de transcrição que formam os complexos de iniciação de transcrição no DNA, ligam-se a RNA POLIMERASES DIRIGIDAS POR DNA específicas e são necessários para iniciar a transcrição. Embora sua ligação possa estar localizada em sequência e motivos estruturais distintos dentro do DNA, eles são considerados não específicos em relação ao gene específico que está sendo transcrito.

Espécie do gênero SACCHAROMYCES (família Saccharomycetaceae, ordem Saccharomycetales) conhecida como levedura "do pão" ou "de cerveja". A forma seca é usada como suplemento dietético.

A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.

Ácido ribonucleico que constitui o material genético de vírus.

Fator de transcrição específico da ARN POLIMERASE II. Desempenha um papel na montagem do complexo de pré-iniciação de transcrição do pol II e tem sido envolvido como alvo de ativadores de transcrição específicos para genes.

Principal componente de ligação a DNA de sequência específica envolvido na ativação da transcrição da RNA POLIMERASE II. Originalmente foi descrito como um complexo da PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX, e FATORES ASSOCIADOS À PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA. Sabe-se atualmente que as PROTEÍNAS SEMELHANTES À PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX podem substituir as proteínas de ligação a TATA-box no complexo.

Fator de transcrição geral que desempenha um papel importante na ativação dos genes eucarióticos transcritos pelas RNA POLIMERASES. Ligam-se especificamente ao elemento promotor TATA BOX que se localiza próximo a posição de iniciação de transcrição em RNA transcrito pela RNA POLIMERASE II. Embora seja considerada um importante componente do FATOR DE TRANSCRIÇÃO TFIID, também faz parte dos complexos de fatores de transcrição geral relacionados com a transcrição pela RNA POLIMERASE I e RNA POLIMERASE III.

Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.

Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.

Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.

Inibidor transcricional da polimerase II. Esse composto termina prematuramente a transcrição através da inibição seletiva da síntese de RNA. É utilizada em pesquisa para o estudo dos mecanismos subjacentes à regulação celular.

Alongamento de uma molécula nascente de RNA pela RNA POLIMERASE durante a transcrição.

DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em E.coli e outros organismos inferiores. Pode estar presente em organismos superiores e tem uma atividade molecular intrínseca de apenas 5 por cento daquela da DNA Polimerase I. Esta polimerase tem atividade de exonuclease 3'-5', age apenas em DNA de fita dupla com brechas, ou nos terminais de fita única menores do que 100 nucleotídeos como molde, e é inibida por reagentes sulfidrílicos. EC 2.7.7.7.

Grande complexo proteico que aje como proteina adaptadora de sinalização que permite a comunicação entre os vários componentes regulatórios e funcionais da TRANSCRIÇÃO GENÉTICA, incluindo a DNA POLIMERASE II, os FATORES GENÉRICOS DE TRANSCRIÇÃO e os FATORES DE TRANSCRIÇÃO que estão ligados a ELEMENTOS FACILITADORES GENÉTICOS localizados a jusante (do gene). O complexo mediador foi originalmente estudado em LEVEDURAS, em que pelo menos 21 subunidades foram identificadas. Muitas das subunidades presentes nas leveduras são homólogas a proteínas de organismos superiores encontradas em associação com receptores nucleares específicos como os RECEPTORES DOS HORMÔNIOS TIREÓIDEOS e os RECEPTORES DE VITAMINA D.

O material dos CROMOSSOMOS. É um complexo de DNA, HISTONAS e proteínas não histonas (PROTEÍNAS CROMOSSÔMICAS NÃO HISTONA) encontradas dentro do núcleo da célula.

Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.

Fator de transcrição geral que está envolvido na TRANSCRIÇÃO GENÉTICA basal e no REPARO DO DNA. Consiste em nove subunidades, entre elas as DNA HELICASES dependentes de ATP, ciclina H e PROTEÍNA GRUPO D DO XERODERMA PIGMENTOSO.

RNAs pequenos, de cadeia dupla, de codificação não proteica (21-31 nucleotídeos) envolvidos nas funções de INATIVAÇÃO GÊNICA, especialmente o RNA DE INTERFERÊNCIA (RNAi). Os siRNAs são endogenamente gerados a partir de dsRNAs (RNA DE CADEIA DUPLA) pela mesma ribonuclease, Dicer, que gera miRNAs (MICRORNAS). O pareamento perfeito das cadeias de siRNAs' antissenso com seus RNAs alvos medeia a clivagem do RNAi guiado por siRNA. Os siRNAs caem em diferentes classes, inclusive siRNA de atuação trans (tasiRNA), RNA com repetições associadas (rasiRNA), RNA de varredura pequena (scnRNA), e RNA de interação com a proteína Piwi (piRNA) e têm funções diferentes de inativação gênica específica.

Método in vitro para produção de grandes quantidades de DNA específico ou fragmentos de RNA de comprimento definido de pequenas quantidades de oligonucleotídeos curtos de sequências flanqueantes (iniciadores ou "primers"). O passo essencial inclui desnaturação térmica de moléculas alvo da dupla fita, reassociação dos primers a suas sequências complementares e extensão do iniciador reassociado pela síntese enzimática com DNA polimerase. A reação é eficiente, específica e extremamente sensível. A utilização da reação inclui diagnóstico de doenças, detecção de patógenos difíceis de se isolar, análise de mutações, teste genético, sequenciamento de DNA e análise das relações evolutivas.

Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.

Exclusão final (ultimate) de sequências "nonsense" ou de sequências intervenientes (íntrons), antes que a transcrição final do RNA seja enviada para o citoplasma.

Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.

DNA polimerases dependentes de DNA, encontradas em células bacterianas, animais e vegetais. Durante o processo de replicação, estas enzimas catalisam a adição de resíduos de desoxirribonucleotídeos até a extremidade de uma fita de DNA na presença de DNA como molde-iniciador. Também possuem atividade de exonuclease e por isso funcionam no reparo de DNA.

Sequência rica em A-T conservada que está contida nos promotores da RNA polimerase II. O segmento apresenta sete pares de bases de extensão, e os nucleotídeos mais encontrados são TATAAAA.

Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.

Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).

A forma mais abundante de RNA; juntamente com proteínas ele forma os ribossomos, desempenhando um papel estrutural e também um papel na ligação ribossômica dos RNAm e RNAt. As cadeias individuais são designadas convencionalmente pelos seus coeficientes de sedimentação. Nos eucariotas, existem quatro grandes cadeias, sintetizadas no nucléolo e constituindo cerca de 50 por cento do ribossomo. (Dorland, 28a ed)

Pequenas proteínas cromossomais (aproximadamente 12-20 kD) que possuem uma estrutura aberta, não dobrada e ligada ao DNA no núcleo celular através de ligações iônicas. A classificação em vários tipos (histona I, histona II, etc.) baseia-se nas quantidades relativas de arginina e lisina de cada uma.

Enzima que catalisa a extensão dirigida por RNA molde, de um terminal 3' de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez, e pode iniciar uma cadeia de novo.

Complexo de fator de elongação transcricional compreendido por um heterodímero de QUINASE 9 DEPENDENTE DE CICLINA e uma das diversas CICLINAS incluindo as CICLINAS T e a ciclina K. Age por meio da fosforilação do domínio carboxi-terminal da RNA POLIMERASE II.

Quinase multifuncional relacionada com a quinase CDC2 que desempenha funções na elongação transcricional, DIFERENCIAÇÃO CELULAR e APOPTOSE. É encontrada em associação com a CICLINA T e é componente do FATOR B DE ELONGAÇÃO TRANSCRICIONAL POSITIVA.

Quinase dependente de CICLINA C, que é um componente importante do complexo mediador. A enzima é ativada por sua interação com a CICLINA C e desempenha um papel na regulação da transcrição por meio da fosforilação da RNA POLIMERASE II.

Fatores que se associam com a PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX. Muitos deles são componentes do FATOR DE TRANSCRIÇÃO TFIID.

Proteínas que se ligam ao DNA. A família inclui proteínas que se ligam às fitas dupla e simples do DNA e também inclui proteínas de ligação específica ao DNA no soro, as quais podem ser utilizadas como marcadores de doenças malignas.

Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.

Sequências do DNA reconhecidas como sinais para a finalização da TRANSCRIÇÃO GENÉTICA.

Conjunto de três nucleotídeos em uma sequência de codificação de proteína que especifica aminoácidos individuais ou um sinal de terminação (CÓDON DE TERMINAÇÃO). A maioria dos códons é universal, mas alguns organismos não produzem RNAs de transferência (RNA DE TRANSFERÊNCIA) complementares a todos os códons. Estes códons são referidos como códons não designados (CÓDON SEM SENTIDO).

Compostos e complexos moleculares que consistem de grandes quantidades de átomos e possuem geralmente tamanho superior a 500 kDa. Em sistemas biológicos, substâncias macromoleculares geralmente podem ser visualizadas através de MICROSCOPIA ELETRÔNICA e são diferenciadas de ORGANELAS pela ausência de uma estrutura de membrana.

Ácido ribonucleico de fungos, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.

Técnica para identificar sequências específicas de DNA, que estiverem ligadas, in vivo, a proteínas de interesse. Envolve a fixação da CROMATINA por formaldeído por meio de ligações covalentes entre as PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO A DNA e o DNA. Após a quebra do DNA em fragmentos menores, os complexos proteína-DNA específicos são isolados por imunoprecipitação com ANTICORPOS específicos da proteína. Em seguida, o DNA isolado do complexo pode ser identificado por amplificação e sequenciamento por PCR.

Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.

Modificação biológica pós-transcricional de RNAs mensageiro, de transferência, ou ribossômicos ou [de] seus precursores. Inclui clivagem, metilação, tiolação, isopentenilação, formação de pseudouridina, mudanças conformacionais e associação com proteína ribossômica.

Aminoácido intermediário no metabolismo de colina.

Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.

Qualquer dos processos pelos quais os fatores nucleares, citoplasmáticos ou intercelulares influem no controle diferencial da ação gênica nos fungos.

Taxa dinâmica em sistemas químicos ou físicos.

Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.

Proteínas encontradas no núcleo de uma célula. Não se deve confundir com NUCLEOPROTEÍNAS, que são proteínas conjugadas com ácidos nucleicos, que não estão necessariamente no núcleo.

RNA transcrito de um DNA que está em algum estágio incompleto do PROCESSAMENTO DO RNA PÓS-TRANSCRITIVO, necessário para a função. Os precursores de RNA podem sofrer vários passos de PROCESSAMENTO DE RNA durante o qual as ligações fosfodiester nos limites éxon-íntron são clivadas e os íntrons são excluídos. Consequentemente, uma nova ligação é formada entre as terminações dos exons. Os RNAs maduros resultantes podem, então, ser utilizados. Por exemplo, o RNA MENSAGEIRO é usado como um molde para a produção de proteína.

Determinadas culturas de células que têm o potencial de se propagarem indefinidamente.

Cadeias simples de aminoácidos que são as unidades das PROTEÍNAS multiméricas. As proteínas multiméricas podem ser compostas por subunidades idênticas ou não idênticas. Uma ou mais subunidades monoméricas podem compor um protômero, que em si é uma subunidade de um grupo maior.

Octapeptídeo cíclico com uma ponte tioéter entre a cistina e triptofano. Inibe a RNA POLIMERASE II. A intoxicação por alfa-amanitina pode demandar TRANSPLANTE DE FÍGADO.

Processo que inicia a transcrição de uma molécula de RNA. Inclui o arranjo do complexo de iniciação e o estabelecimento do sítio de iniciação.

Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.

Primeiro nucleotídeo de uma sequência de DNA transcrita pela qual a RNA polimerase (RNA POLIMERASES DIRIGIDAS POR DNA) começa a síntese do transcrito de RNA.

Enzimas ativas cataliticamente que são formadas pela combinação de uma apoenzima (APOENZIMAS) e seus cofatores e grupos prostéticos apropriados.

Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.

Proteínas encontradas em quaisquer espécies de fungos.

Introdução de um grupo fosfato em um composto [respeitadas as valências de seus átomos] através da formação de uma ligação éster entre o composto e um grupo fosfato.

Fenômeno de inativação gênica, pelo qual os RNAds (RNA DE CADEIA DUPLA) desencadeiam a degradação de RNAm homólogo (RNA MENSAGEIRO). Os RNAs de cadeia dupla específicos são processados em RNA INTERFERENTE PEQUENO (RNAsi) que serve como guia para a clivagem do RNAm homólogo no COMPLEXO DE INATIVAÇÃO INDUZIDO POR RNA. A METILAÇÃO DE DNA também pode ser desencadeada durante este processo.

Qualquer dos processos pelos quais os fatores nucleares, citoplasmáticos ou intercelulares influenciam o controle diferencial (indução ou repressão) da ação gênica ao nível da transcrição ou da tradução.

Proteína que é uma subunidade da RNA polimerase. Efetua a iniciação de cadeias específicas de RNA a partir do DNA.

Processo que modifica a sequência nucleotídica do RNAm em relação àquela do molde de DNA que a codifica. Algumas classes importantes de edição de RNA são as seguintes: 1) conversão de citosina em uracila no RNAm, 2) adição de um número variável de guaninas em sítios pré-determinados e 3) adição e deleção de uracilas moldadas por RNAs guias (RNA GUIA).

Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.

Processos que estimulam a TRANSCRIÇÃO GENÉTICA de um gene ou conjunto de genes.

Unidades estruturais repetidas de cromatina, cada uma consistindo de aproximadamente 200 pares de bases de DNA torcidos ao redor de um centro proteico. Este centro é composto de histonas H2A, H2B, H3 e H4.

Proteínas que se ligam a moléculas de RNA. Aqui estão incluídas as RIBONUCLEOPROTEÍNAS e outras proteínas, cuja função é ligar-se especificamente ao RNA.

Estruturas de ácido nucleico encontradas na terminação 5' do RNA mensageiro de célula eucariótica, no RNA mensageiro viral e em alguns RNAs nucleares heterogêneos. Estas estruturas que são positivamente carregadas protegem os RNAs acima especificados em suas terminações contra o ataque por fosfatases e outras nucleases e promovem a função do RNA mensageiro no estágio inicial da tradução. Os ANÁLOGOS DE CAPUZ DE RNA que perderam a carga positiva inibem a iniciação da síntese de proteínas.

Unidades hereditárias funcionais dos FUNGOS.

Proteínas encontradas em quaisquer espécies de vírus.

DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em procariotos, e que pode estar presente em organismos superiores. Tem tanto atividade de exonuclease 3'-5'quanto 5'-3', mas não pode usar o DNA de fita dupla nativo como molde-iniciador. Não é inibida por reagentes sulfidrílicos e é ativa tanto na síntese quanto no reparo do DNA. Ec 2.7.7.7.

Descontinuação de uma transcrição no final de uma unidade de transcrição, incluindo o reconhecimento dos sítios de terminação e a liberação de moléculas de RNA recém-sintetizadas.

Proteína quinases que controlam a progressão do ciclo celular em todos os eucariotos e requerem a associação física com as CICLINAS para atingir a atividade enzimática plena. As quinases dependentes de ciclina são reguladas por eventos de fosforilação e desfosforilação.

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de fungos.

Fator de transcrição específico da RNA POLIMERASE II. Pode desempenhar um papel na ativação transcripcional da expressão gênica, interagindo com o componente da PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX, do FATOR DE TRANSCRIÇÃO TFIID.

Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.

Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.

Representações teóricas que simulam o comportamento ou a atividade de processos ou fenômenos genéticos. Envolvem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.

Bacteriófago (família PODOVIRIDAE) virulento e representante do gênero fagos similares ao T7 que infecta E. coli. Consiste em DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e não permutado.

Sal de potássio do ácido permangânico (HMnO4). Um composto hidrossolúvel, altamente oxidante na forma de cristais púrpuras e de paladar adocicado.

DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em E.coli e outros organismos inferiores (mas pode estar presente em organismos superiores). Utilizada também para uma forma mais complexa de DNA polimerase III (designada DNA polimerase III* ou pol III*), com atividade biológica 15 vezes maior (na síntese de DNA) que a da DNA polimerase I. Esta polimerase tem atividade de exonuclease (3'-5' e 5'-3'), é inibida por reagentes sulfidrílicos e tem a mesma dependência do molde-iniciador como a pol II (EC 2.7.7.7).

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético dos vírus.

Fatores envolvidos na orientação da clivagem e POLIADENILAÇÃO do RNA MENSAGEIRO próximo ao sítio dos SINAIS DE POLIADENILAÇÃO NA PONTA 3' DO RNA.

Vírus cujo material genético é RNA.

Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.

Produtos gênicos difusíveis que atuam em moléculas homólogas ou heterólogas de vírus ou DNA celular para regular a expressão de proteínas.

RNA que consiste de duas fitas ao contrário do mais prevalente RNA de fita única. A maior parte dos segmentos de dupla fita são formados a partir da transcrição do DNA por pareamento intramolecular de sequências de bases complementares invertidas separadas por uma alça de fita única. Alguns segmentos de dupla fita de RNA ocorrem normalmente em todos os organismos.

Proteínas recombinantes produzidas pela TRADUÇÃO GENÉTICA de genes fundidos formados pela combinação de SEQUÊNCIAS REGULADORAS DE ÁCIDOS NUCLEICOS de um ou mais genes com as sequências codificadoras da proteína de um ou mais genes.

Proteínas que catalisam o desenrolamento do DNA de fita dupla durante a replicação, ligando-se cooperativamente a regiões do DNA de fita única ou as regiões curtas de DNA de fita dupla que estão sofrendo uma abertura transitória. Além disso, as DNA helicases são ATPases dependentes de DNA que utilizam a energia livre da hidrólise do ATP para translocar as fitas de DNA.

Testes sorológicos nos quais uma reação positiva manifestada por PRECIPITAÇÃO QUÍMICA visível ocorre quando um ANTÍGENO solúvel reage com suas precipitinas, isto é, ANTICORPOS que podem formar um precipitado.

Extrato celular fracionado que preserva uma função biológica. Uma fração subcelular isolada por ultracentrifugação ou outras técnicas de separação deve primeiramente ser isolada para que um processo possa ser estudado livre de todas as reações colaterais complexas que ocorrem em uma célula. Por esta razão, o sistema livre de células é amplamente utilizado em biologia celular.

Etapas que geram a terminação 3' das moléculas de RNA maduro. Para a maioria dos RNAm (RNA MENSAGEIRO), o processamento da terminação 3' é denominado POLIADENILAÇÃO e inclui a adição de POLI A.

Subtipo de ciclina encontrada em associação com a QUINASE 9 DEPENDENTE DE CICLINA. Diferentemente de ciclinas tradicionais, que regulam o CICLO CELULAR, ciclinas do tipo T parecem regular a transcrição e são componentes do fator B de elongação transcricional positivo.

Pequenas moléculas de RNA com 73-80 nucleotídeos que atuam durante a TRADUÇÃO GENÉTICA para alinhar os AMINOÁCIDOS nos RIBOSSOMOS em uma sequência determinada pelo RNA MENSAGEIRO. Há cerca de 30 RNAs de transferência diferentes. Cada um reconhece um grupo específico de CÓDON no RNAm através de seu ANTICÓDON e como RNA transportadores de aminoacil (RNA DE TRANSFERÊNCIA DE AMINOACIL), cada um transporta um aminoácido específico para o ribossomo para adicionar às cadeias peptídicas que estão se formando.

RNA polimerase dirigida por DNA encontrada em BACTÉRIAS. É uma holoenzima que consiste em subunidades múltiplas, entre elas o fator sigma 54.

Proteínas complexas ligando RNA com ácidos ribonucleicos (RNA).

Processo de TRADUÇÃO GENÉTICA através do qual um aminoácido é transferido de seu cognato RNA DE TRANSFERÊNCIA à cadeia de PEPTÍDEOS em extensão.

Soma do peso de todos os átomos em uma molécula.

Ponto no qual uma molécula de RNA retém sua integridade estrutural e resiste à degradação por RNASE e HIDRÓLISE catalisada por base, sob condições variáveis in vivo ou in vitro.

Técnica amplamente usada que explora a capacidade de sequências complementares de DNAs ou RNAs de fita simples para parear entre si formando uma dupla hélice. A hibridização pode ocorrer entre duas sequências complementares de DNA, entre DNA de fita simples e um RNA complementar, ou entre duas sequências de RNA. A técnica é usada para detectar e isolar sequências específicas, medir homologia, ou definir outras características de uma ou ambas as cadeias. (Tradução livre do original: Kendrew, Encyclopedia of Molecular Biology, 1994, p503)

Fatores proteicos necessários unicamente durante a fase de elongamento da síntese proteica.

Acréscimo de grupos em metila; em histoquímica, utilizada para esterificar grupos carboxila e remover os grupos sulfato, tratando os cortes teciduais com metanol quente na presença de ácido clorídrico; o efeito final é o de reduzir a basofilia do tecido e abolir a matacromasia. (Stedman, 25a ed)

Categoria de sequências de ácidos nucleicos que agem como unidades da hereditariedade e que codificam as instruções básicas para o desenvolvimento, reprodução e manutenção dos organismos.

Fatores que formam um complexo de pré-iniciação para promotores que são especificamente transcritos pela RNA POLIMERASE I.

RNA que não codifica para proteína mas tem alguma função enzimática, estrutural ou regulatória. Embora o RNA RIBOSSOMAL e o RNA DE TRANSFERÊNCIA também não sejam traduzidos, não estão incluídos neste escopo.

Unidades monoméricas das quais se constroem os polímeros de DNA ou RNA. Consistem de uma base purina ou pirimidina, um açúcar pentose e um grupo fosfato.

Eletroforese na qual um gel de poliacrilamida é utilizado como meio de difusão.

Mecanismos que efetuam o estabelecimento, a manutenção e a modificação da conformação física específica da CROMATINA que determina a acessibilidade ou a inacessibilidade transcricional do DNA.

Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.

Família de proteínas que promovem o desenrolamento de RNA durante a quebra e tradução.

Compostos que inibem a produção celular de DNA ou RNA.

Proteínas que mantêm a dormência transcricional de GENES ou ÓPERONS específicos. As proteínas repressoras clássicas são as proteínas ligantes de DNA que estão normalmente ligadas à REGIÃO OPERADORA de um óperon, ou os ELEMENTOS FACILITADORES de um gene até que ocorra algum sinal que ocasione seu desprendimento.

Moléculas de RNA que se hibridizam com sequências complementares tanto no RNA ou DNA alterando, assim, o funcionamento dos últimos. RNAs antissenso endógenos atuam como reguladores da expressão gênica através de uma variedade de mecanismos. RNAs antissenso sintéticos são utilizados para afetar o funcionamento de genes específicos em propostas investigativas ou terapêuticas.

Em bactérias, um grupo de genes metabolicamente relacionados com um promotor comum, cuja transcrição em um único RNA MENSAGEIRO policistrônico está sob controle de uma REGIÃO OPERADORA.

Propriedade de objetos que determina a direção do fluxo de calor quando eles são posicionados em contato térmico direto. A temperatura é a energia dos movimentos microscópicos (translacionais e de vibração) das partículas dos átomos.

Região distinta localizada no interior da maior parte dos NÚCLEOS CELULARES eucarióticos, não delimitada por uma membrana, na qual algumas espécies de RNAr (RNA RIBOSSÔMICO) são sintetizados e reunidos em subunidades de ribonucleoproteínas ribossômicas. No nucléolo, o RNAr é transcrito a partir de um organizador nucleolar, isto é, um grupo de genes cromossômicos repetidos que decodificam o RNAr e que são transcritos pela RNA polimerase I.

Quaisquer dos processos pelos quais os fatores citoplasmáticos influenciam o controle diferencial da ação gênica nos vírus.

Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.

Processo de multiplicação viral intracelular que consiste em síntese de PROTEÍNAS, ÁCIDOS NUCLEICOS, e às vezes LIPÍDEOS, e sua reunião em uma nova partícula infecciosa.

Adição de uma cauda do ácido poliadenílico (POLI A) à terminação 3' do RNAm (RNA MENSAGEIRO). A poliadenilação envolve o reconhecimento do sinal do local de processamento (AAUAAA) e a clivagem do RNAm gerando um terminal 3' OH (hidroxiterminal) para o qual a polimerase poli A (POLINUCLEOTÍDEO ADENILILTRANSFERASE) adiciona um resíduo de 60-200 resíduos de adenilatos. O processamento da terminação 3' de alguns RNAs mensageiros, como o RNAm das histonas, é feito por meio de um processo diferente que não inclui a adição da poli A como descrito aqui.

Sequências de DNA que codificam o RNA RIBOSSÔMICO e os segmentos de DNA separando os genes individuais do RNA ribossômico, citados como DNA ESPAÇADOR RIBOSSÔMICO.

Formação de um derivado acetil. (Stedman, 25a ed)

Nucleoproteínas que em contraste com as HISTONAS, são insolúveis em ácidos. Estão envolvidas em funções cromossomais; por exemplo, elas ligam-se seletivamente ao DNA, estimulam a transcrição resultando na síntese de RNA específico do tecido e sofre alterações específicas em resposta a vários hormônios ou fitomitógenos.

Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.

Proteínas codificadas pelos GENES TAT do VÍRUS DA IMUNODEFICIÊNCIA HUMANA.

Gênero de moscas pequenas, com duas asas, contendo aproximadamente 900 espécies descritas. Estes organismos são os mais extensamente estudados de todos os gêneros do ponto-de-vista genético e de citologia.

Variação da técnica de PCR na qual o cDNA é construído do RNA através de uma transcrição reversa. O cDNA resultante é então amplificado utililizando protocolos padrões de PCR.

Deleção das sequências dos ácidos nucleicos a partir do material genético de um indivíduo.

Uridina 5'-(tetra-hidrogênio trifosfato). Nucleotídeo uracil contendo três grupos fosfatos esterificados à molécula de açúcar.

Proteínas encontradas em qualquer espécie de bactéria.

Representações teóricas que simulam o comportamento ou a actividade de processos biológicos ou doenças. Para modelos de doença em animais vivos, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS está disponível. Modelos biológicos incluem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.

Espécie de mosca de fruta bastante utilizada em genética devido ao grande tamanho de seus cromossomos.

Enzimas que catalisam a transferência do grupo acil da ACETIL-CoA para HISTONAS formando CoA e acetil-histonas.

Aminoácido não essencial ocorrendo de forma natural como o L-isômero. É sintetizado a partir da GLICINA ou TREONINA. Está envolvida na biossíntese das PURINAS, PIRIMIDINAS e outros aminoácidos.

Fatores de transcrição transatuantes produzidos por retrovírus, como o HIV. São proteínas nucleares cuja expressão é requerida para a replicação viral. A proteína tat estimula a síntese de RNA dirigida a REPETIÇÃO TERMINAL LONGA tanto para as proteínas reguladoras virais quanto estruturais virais. A tat coloca-se como transativadora de transcrição.

Gênero de fungos do tipo ascomiceto (família Schizosaccharomycetaceae, ordem Schizosaccharomycetales).

Grupo de ribonucleotídeos adenina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo adenina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.

Os pequenos RNAs que propiciam sequências líderes para processamento, SL1, Sl2, SL3, SL4 e SL5 (sequências curtas que são ligadas às extremidades 5' dos pre-RNAm's através de TRANS-PROCESSAMENTO. Eles são encontrados primariamente em eucariotes primitivos (protozoários e nematódeos).

Processo de gerar MUTAÇÃO genética. Pode ocorrer espontaneamente ou ser induzido por MUTÁGENOS.

Processo pelo qual se duplica a molécula de DNA.

Método para determinar a sequência específica de proteínas de ligação a DNA. A pegada de DNA utiliza um agente que danifica o DNA (ou um reagente químico ou uma nuclease), que cliva o DNA a cada par de base. A clivagem do DNA é inibida onde o ligante se liga ao DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed)

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.

Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).

Grupo de ribonucleotídeos (até 12) no qual os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo atuam como pontes na formação das ligações diéster entre as porções de ribose.

Série de 7 fagos virulentos que infectam E. coli. Os fagos T-pares, T2, T4 (BACTERIÓFAGO T4), T6 e o fago T5 são chamados de "virulentos autônomos" pois param todo o metabolismo bacteriano mediante infecção. Os fagos T1, T3 (BACTERIÓFAGO T3) e T7 (BACTERIÓFAGO T7) são chamados de "virulentos dependentes" pois dependem da continuidade do metabolismo bacteriano durante o ciclo lítico. Os fagos T-pares contêm 5-hidroximetilcitosina no lugar da citosina (comum em seu DNA).

Um dos vários fatores de transcrição genérico que são específicos para a RNA POLIMERASE III. O TFIIIB recruta e posiciona o pol III sobre o sítio de iniciação e permanece ligado estavelmente ao DNA através de múltiplas voltas de reiniciação da RNA POLIMERASE III.

Aspecto característico [(dependência)] da atividade enzimática em relação ao tipo de substrato com o qual a enzima (ou molécula catalítica) reage.

RNA que tem atividade catalítica. A sequência catalítica de RNA se dobra para formar uma superfície complexa que pode atuar como enzima em reações com ela mesma e outras moléculas. Pode funcionar mesmo na ausência de proteína. Há numerosos exemplos de espécies de RNA que atuam sobre o RNA catalítico, entretanto a extensão desta classe de enzima não é limitada a um tipo particular de substrato.

Subtipo de ciclina que se liga a QUINASE 3 DEPENDENTE DE CICLINA e a QUINASE 8 DEPENDENTE DE CICLINA. A ciclina C desempenha um papel duplo como regulador transcricional e regulador da fase G1 do CICLO CELULAR.

Processo mutagênico que restaura o FENÓTIPO selvagem em um organismo que apresenta um GENÓTIPO alterado por mutação. A segunda mutação "supressora" pode ser em um gene diferente ou no mesmo gene, porém localizada distante do sítio da mutação primária, ou em genes extracromossômicos (HERANÇA EXTRACROMOSSÔMICA).

Correspondência sequencial de nucleotídeos em uma molécula de ácido nucleico com os de outras moléculas de ácido nucleico. A homologia de sequência é uma indicação da relação genética de organismos diferentes e a função gênica.

Captação de DNA simples ou purificado por CÉLULAS, geralmente representativo do processo da forma como ocorre nas células eucarióticas. É análogo à TRANSFORMAÇÃO BACTERIANA e ambos são rotineiramente usados em TÉCNICAS DE TRANSFERÊNCIA DE GENES.

Uracila é uma base nitrogenada pirimidínica que se funde com a ribose para formar o nucleosídeo uridina, presente predominantemente no RNA mas não no DNA.

Subtipo de ciclina encontrada como constituinte de um complexo heterodimérico que contém quinase 7 dependente de ciclina e um fator de montagem de quinase ativadora de CDK. O complexo desempenha papel na proliferação celular por meio da fosforilação de várias QUINASES DEPENDENTES DE CICLINA em sítios de treonina reguladores específicos.

Interrupção ou supressão da expressão de um gene nos níveis transcricionais ou traducionais.

Classe de enzimas que transfere resíduos nucleotidil. EC.2.7.7.

Enzimas que catalisam a incorporação dirigida por molde dos ribonucleotídeos a uma cadeia de RNA. EC 2.7.7.-.

Enzima de reparo de DNA que catalisa a síntese de DNA durante o reparo da excisão de bases do DNA. EC 2.7.7.7.

Família de enzimas que catalisam a conversão de ATP e uma proteína a ADP e uma fosfoproteína.

Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.

Reordenamento genético [que ocorre] através da perda de segmentos de DNA ou de RNA, trazendo sequências normalmente separadas para perto. Esta eliminação (deletion) pode ser detectada por técnicas citogenéticas e também inferida a partir do fenótipo, que indica eliminação em locus específico.

Fatores que se ligam a RNA POLIMERASE III e auxiliam na transcrição. Incluem os fatores de montagem dos TFIIIA e TFIIIC e o fator de iniciação TFIIIB. Todos se combinam para formar um complexo de pré-iniciação com o promotor que direciona a ligação da RNA polimerase III.

Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.

Sequência de tripletes nucleotídicos sucessivos lidos como códons que especificam AMINOÁCIDOS e começam com um CÓDON DE INICIAÇÃO e terminam com um códon de parada (CÓDON DE TERMINAÇÃO).

Termo geral para fungos unicelulares arredondados que se reproduzem por brotamento. Leveduras do pão e de cerveja são SACCHAROMYCES CEREVISIAE; a levedura seca terapêutica é o FERMENTO SECO.

Biossíntese de PEPTÍDEOS e PROTEÍNAS que ocorre nos RIBOSSOMOS, dirigida pelo RNA MENSAGEIRO, via RNA DE TRANSFERÊNCIA, que é carregado com AMINOÁCIDOS proteinogênicos padrão.

Preparações de constituintes celulares, ou materiais, frações (isolates), ou substâncias subcelulares.

Complexos de macromoléculas formados da associação de subunidades proteicas definidas.

RNA nuclear não ribossômico maior do que cerca de 1000 nucleotídeos, a maior parte do qual é rapidamente sintetizada e degradada no interior do núcleo da célula. Alguns RNA nucleares heterogêneos podem ser precursores de RNAm. Porém a larga maior parte do RNAnh hibridiza-se com o DNA nuclear e não com RNAm.

Região do DNA que limita a extremidade 3' de uma unidade de transcrição e na qual uma variedade de sequências regulatórias estão localizadas.

Proteínas que se originam a partir de espécies de insetos pertencendo ao gênero DROSOPHILA. As proteínas da espécie de Drosophila mais intensamente estudadas, a DROSOPHILA MELANOGASTER, são objeto de muito interesse na área da MORFOGÊNESE e desenvolvimento.

Nucleotídeo no qual a base purina ou pirimidina está combinada com ribose. (Dorland, 28a ed)

Aminoácido essencial, frequentemente adicionado à ração animal.

MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.

Unidades hereditárias funcionais dos VÍRUS.

Padrão de sequências de aminoácidos que ocorrem mais de uma vez na mesma sequência proteica.

Relação entre a estrutura química de um composto e sua atividade biológica ou farmacológica. Os compostos são frequentemente classificados juntos por terem características estruturais em comum, incluindo forma, tamanho, arranjo estereoquímico e distribuição de grupos funcionais.

Reação que fornece uma das ligações açúcar-fosfato da estrutura em fosfodiester do RNA. É catalisada enzimaticamente, quimicamente ou por radiação. A clivagem pode ser exonucleolítica ou endonucleolítica.

Parte do espectro da [radiação] eletromagnética imediatamente abaixo da faixa visível, e se estendendo para as frequências dos raios X. Os comprimentos de onda maiores (raios UV próximos, ou bióticos, ou vitais) são necessários à síntese endógena da vitamina D, sendo ainda chamados raios antirraquíticos; os comprimentos de onda menores, ionizantes (raios UV distantes, ou abióticos, ou incompatíveis com a vida) são viricidas, bactericidas, mutagênicos e carcinogênicos, sendo usados como desinfetantes.

Polímeros constituídos por poucos (2-20) nucleotídeos. Em genética molecular, referem-se a uma sequência curta sintetizada para se combinar a uma região onde sabidamente ocorre uma mutação e, que é então, usada como uma sonda (SONDA DE OLIGONUCLEOTÍDEO). (Dorland, 28a ed)

Sequências de ácidos nucleicos envolvidas no [processo de] regular a expressão de genes.

Complexos nucleares de proteína e RNA altamente conservados que atuam no processamento do RNA no núcleo, incluindo o processamento de pré-RNAm, o terminal 3'pré-RNAm no nucleoplasma e o processamento de pré-RNAr no nucléolo (v. RIBONUCLEOPROTEÍNAS NUCLEOLARES PEQUENAS).

Qualquer dos processos pelos quais os fatores citoplasmáticos ou intercelulares influem no controle diferencial da ação gênica nas bactérias.

Ácido ribonucleico de protozoários, que tem papéis regulatórios e catalíticos, bem como envolvimento na síntese proteica.

Ácido ribonucleico de plantas, que tem papéis regulatórios e catalíticos, bem como envolvimento na síntese proteica.

Superfamília de proteínas que contém a conformação em globina, composta por 6 a 8 alfa-hélices arranjadas em uma estrutura característica que encerra um grupo HEME.

Enzimas que catalisam a hidrólise de ligações éster dentro do RNA. EC 3.1.-.

Técnica de separação na qual a fase estacionária consiste de resinas de troca iônica. As resinas contém pequenos íons livres que facilmente trocam de lugar com outros íons pequenos de igual carga, presentes na solução que banha a resina.