Representações numéricas tabulares de sequência de motivos que apresentam sua variabilidade como valores de possibilidade para cada resíduo possível em cada posição em uma sequência. As matrizes de pontuação de posição específica (PSSM, sigla em inglês) são calculadas a partir de matrizes de posição de frequência.

Processo que inclui a determinação da SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS de uma proteína (ou peptídeo, oligopeptídeo ou fragmento de peptídeo) e a análise da informação desta sequência.

Substância, semelhante a uma malha, encontrada dentro do espaço extracelular em associação com a membrana basal da superfície celular. Promove a proliferação celular e fornece uma estrutura de sustentação para células ou lisados de células em placas de cultura de adesão.

Procedimento constituído por uma sequência de fórmulas algébricas e/ou passos lógicos para se calcular ou determinar uma dada tarefa.

Programas e dados operacionais sequenciais que instruem o funcionamento de um computador digital.

Campo da biologia voltado para o desenvolvimento de técnicas para coleta e manipulação de dados biológicos e o uso desses dados para fazer descobertas ou predições biológicas. Este campo envolve todos os métodos e teorias computacionais para resolver problemas biológicos, inclusive a manipulação de modelos e de conjuntos de dados.

Bases de dados que contêm informação sobre PROTEÍNAS, como SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS, CONFORMAÇÃO PROTEICA e outras propriedades.

Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.

Polipeptídeos lineares sintetizados nos RIBISSOMOS e posteriormente podem ser modificados, entrecruzados, clivados ou agrupados em proteínas complexas com várias subunidades. A sequência específica de AMINOÁCIDOS determina a forma que tomará o polipeptídeo, durante o DOBRAMENTO DE PROTEÍNA e a função da proteína.

Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.

Algoritmos de aprendizado que são um conjunto de métodos computacionais relacionados supervisionados que analisam dados e reconhecem padrões, e que são usados para classificação e análise de regressão.

Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.

Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.

A confederação livre de redes de comunicação de computadores ao redor do mundo. As redes que compõem a Intenet são conectadas através de várias redes centrais. A internet proveio do projeto ARPAnet do governo norte-americano e foi projetada para facilitar a troca de informações.

Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.

Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.

Compostos orgânicos macromoleculares que contêm carbono, hidrogênio, oxigênio, nitrogênio e, geralmente, enxofre. Essas macromoléculas (proteínas) formam uma malha intrincada reticulada na qual as células se inserem para construir os tecidos. Variações nos tipos relativos de macromoléculas e sua organização determina o tipo de matriz extracelular, cada uma adaptada para os requisitos funcionais do tecido. As duas principais classes de macromoléculas que formam a matriz extracelular são: as glicosaminoglicanas, geralmente ligadas a proteínas (proteoglicanas) e proteínas fibrosas (ex., COLÁGENO, ELASTINA, FRIBRONECTINAS e LAMININA).

Endopeptidase homóloga secretada com a COLAGENASE INTERSTICIAL, mas que possui um domínio adicional semelhante à fibronectina.

Família de metaloendopeptidases dependentes de zinco envolvida na degradação de componentes da MATRIZ EXTRACELULAR.

Representação de um sistema, processo ou relação através de uma fórmula matemática em que se usam as equações para inferir ou estimar seu funcionamento ou inter-relação.

Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.

Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.

Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.

Teoria e desenvolvimento de SISTEMAS DE COMPUTAÇÃO que realizam tarefas que normalmente exigiriam a inteligência humana. Tais tarefas podem incluir reconhecimento de fala, APRENDIZAGEM, PERCEPÇÃO VISUAL, COMPUTAÇÃO MATEMÁTICA, raciocínio, RESOLUÇÃO DE PROBLEMAS, TOMADA DE DECISÕES e tradução de idioma.

Estrutura básica residual do NÚCLEO CELULAR que mantém muitas características arquitetônicas totais do núcleo celular, incluindo a lâmina nuclear com estruturas complexas do PORO NUCLEAR, NUCLÉOLO CELULAR residual e uma extensa estrutura fibrogranular no interior do núcleo (Tradução livre do original: Advan. Enzyme Regul. 2002; 42: 39-52)

Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.

Compostos orgânicos compostos que geralmente contêm um grupo amina (-NH2) e um carboxil (-COOH). Vinte aminoácidos diferentes são as subunidades que ao serem polimerizadas formam as proteínas.

Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.

Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).

Representações teóricas que simulam o comportamento ou a atividade de processos ou fenômenos químicos; compreende o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.

Gênero de moscas pequenas, com duas asas, contendo aproximadamente 900 espécies descritas. Estes organismos são os mais extensamente estudados de todos os gêneros do ponto-de-vista genético e de citologia.

Substância extracelular do tecido ósseo que consiste de fibras de COLÁGENOS, substância fundamental, além de minerais e sais cristalinos inorgânicos.

Processo de mudanças cumulativas em relação ao DNA, RNA e PROTEÍNAS, ao longo de sucessivas gerações.

Desenvolvimento das estruturas anatômicas para gerar a forma de um organismo uni- ou multicelular. A morfogênese fornece alterações de forma de uma ou várias partes ou do organismo inteiro.

A parte de um programa de computador interativo que emite mensagens para um usuário e recebe comandos de um usuário.

Membro da família de enzimas das metaloproteinases, que é principalmente responsável pela clivagem do COLÁGENO FIBRILAR. Pode degradar os colágenos intersticiais dos tipos I, II e III.

Compostos que inibem a atividade enzimática ou a ativação de METALOPROTEASES DE MATRIZ.

Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.

Representação feita por computador de sistemas físicos e fenômenos como os processos químicos.

Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.

Proteínas que se originam a partir de espécies de insetos pertencendo ao gênero DROSOPHILA. As proteínas da espécie de Drosophila mais intensamente estudadas, a DROSOPHILA MELANOGASTER, são objeto de muito interesse na área da MORFOGÊNESE e desenvolvimento.

Bases de dados destinadas ao conhecimento sobre genes e produtos gênicos específicos.

Endopeptidase extracelular de tecidos vertebrados semelhantes à METALOPROTEINASE 1 DA MATRIZ. Digere PROTEOGLICANAS, FIBRONECTINAS, COLÁGENOS tipos III, IV, V e IX e ativa a procolagenase. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992)

Propriedade de se obter resultados idênticos ou muito semelhantes a cada vez que for realizado um teste ou medida. (Tradução livre do original: Last, 2001)

Representações teóricas que simulam o comportamento ou a atividade de processos ou fenômenos genéticos. Envolvem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.

Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).

Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.

Espécie de mosca de fruta bastante utilizada em genética devido ao grande tamanho de seus cromossomos.

Processos envolvidos na formação da ESTRUTURA TERCIÁRIA DE PROTEÍNA.

Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.

Qualquer [um] dos processos pelo qual os fatores nucleares, citoplasmáticos ou intercelulares influem sobre o controle diferencial da ação gênica durante as fases de desenvolvimento de um organismo.

Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.

Proteínas que se ligam ao DNA. A família inclui proteínas que se ligam às fitas dupla e simples do DNA e também inclui proteínas de ligação específica ao DNA no soro, as quais podem ser utilizadas como marcadores de doenças malignas.

Aparência externa do indivíduo. É o produto das interações entre genes e entre o GENÓTIPO e o meio ambiente.

Sequências de DNA reconhecidas (direta ou indiretamente) e ligadas por uma RNA polimerase dependente de DNA durante a iniciação da transcrição. Sequências altamente conservadas dentro do promotor incluem a caixa de Pribnow nem bactérias e o TATA BOX em eucariotos.

Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.

Medidas de classificação binária para avaliar resultados de exames. Sensibilidade ou taxa de recall é a proporção de verdadeiros positivos. Especificidade é a probabilidade do teste determinar corretamente a ausência de uma afecção. (Tradução livre do original: Last, Dictionary of Epidemiology, 2d ed)

Metaloproteinase de matriz que contém um domínio transmembrânico. É sintetizada como um zimógeno inativo que é ativado pela ação das PRÓ-PROTEÍNAS CONVERTASES, como a FURINA. A matriz metaloproteinase 14 desempenha um papel direto na clivagem de proteínas no ambiente pericelular. Adicionalmente pode atuar indiretamente pela ativação enzimática da forma pró-proteína da MATRIZ METALOPROTEINASE 15.

Menor membro das METALOPROTEINASES DA MATRIZ. Desempenha um papel na progressão tumoral.

Metaloproteinase secretada da matriz que desempenha um papel fisiológico na degradação da matriz extracelular encontrada nos tecidos esqueléticos. É sintetizada como um precursor inativo que é ativado pela clivagem proteolítica de seu pró-peptídeo N-terminal.

Espécie do gênero SACCHAROMYCES (família Saccharomycetaceae, ordem Saccharomycetales) conhecida como levedura "do pão" ou "de cerveja". A forma seca é usada como suplemento dietético.

Substância polipeptídica composta por aproximadamente um terço da proteína total do organismo de mamíferos. É o principal constituinte da PELE, TECIDO CONJUNTIVO e a substância orgânica de ossos (OSSO e OSSOS) e dentes (DENTE).

Glicoproteínas encontradas na superfície de células, particularmente em estruturas fibrilares. As proteínas são perdidas ou reduzidas quando essas células sofrem transformação viral ou química. São altamente susceptíveis à proteólise e são substratos para o fator VIII ativado da coagulação sanguínea. As formas presentes no plasma são chamadas globulinas insolúveis a frio.

Metaloproteinases de matriz que estão associadas à MEMBRANA CELULAR por meio de seus domínios transmembrânicos ou das âncoras de glicosilfosfatidilinositóis (âncoras GPI). As metaloproteinases de membrana podem atuar no ambiente pericelular e influenciar o processo de MIGRAÇÃO CELULAR.

Metaloproteinase secretada da matriz, altamente expressada por MACRÓFAGOS, onde pode desempenhar um papel em INFLAMAÇÃO e CICATRIZAÇÃO DE FERIDAS.

ENDOPEPTIDASES que utilizam metal como o ZINCO no mecanismo catalítico.

Células propagadas in vitro em meio especial apropriado ao seu crescimento. Células cultivadas são utilizadas no estudo de processos de desenvolvimento, processos morfológicos, metabólicos, fisiológicos e genéticos, entre outros.

Membro da família de INIBIDORES TISSULARES DE METALOPROTEINASES. É uma proteína N-glicosilada, peso molecular de 28 kD, produzida por uma vasta gama de tipos celulares, encontrada numa variedade de tecidos e fluidos celulares. Foi demonstrado que suprime a metástase e inibe a invasão tumoral in vitro.

Subclasse de metaloproteinases de matriz secretadas no espaço pericelular.

Proteínas associadas com a superfície interna da camada bilipídica do envelope viral. Essas proteínas têm sido implicadas no controle da transcrição viral e podem servir possivelmente como uma "cola" que liga a nucleocapsídeo ao sítio apropriado da membrana durante a eclosão viral da célula hospedeira.

Família de proteases inibitórias secretadas que regulam a atividade de METALOPROTEINASES DA MATRIZ SECRETADAS. Desempenham papel importante na modulação da proteólise da MATRIZ EXTRACELULAR, principalmente durante o remodelamento tecidual e os processos inflamatórios.

Enzimas que catalisam a degradação do colágeno agindo nas ligações peptídicas.

Membro da família do INIBIDOR TISSULAR DE METALOPROTEINASES. É uma proteína não glicosilada de 21 kD, encontrada no fluido tissular e secretada como um complexo com a pró-gelatinase A pelos fibroblastos humanos, e não complexada pelos macrófagos alveolares. Foi mostrado que uma superexpressão de TIMP-2 inibe a atividade invasiva e metastática de células tumorais, e diminui o crescimento tumoral in vivo.

Glicoproteína grande, não colagenosa com propriedades antigênicas. Localiza-se na lamina lucida da membrana basal e atua como ligadora de células epiteliais à membrana basal. Evidências sugerem que a proteína desempenha um papel na invasão tumoral.

Glicoproteínas que possuem alto conteúdo polissacarídico.

Células do tecido conjuntivo que secretam uma matriz extracelular rica em colágeno e outras macromoléculas.

Classe de enzimas que catalisa a degradação da gelatina agindo nas ligações peptídicas. EC 3.4.24.-.

Metaloproteinase de matriz que é secretada e pode desempenhar papel na degradação da matriz durante a CICATRIZAÇÃO DE FERIDAS. É expressada em níveis elevados pelos QUERATINÓCITOS, o que sugere que tenha papel na migração de queratinócitos.

Principal componente da MATRIZ EXTRACELULAR de condrócitos de vários tecidos, incluindo osso, tendão, ligamento, MEMBRANA SINOVIAL e vasos sanguíneos. Liga-se a PROTEÍNAS MATRILINAS e está associada com o desenvolvimento de cartilagem e osso.

Movimento de células de um lugar para outro. Diferencia-se da CITOCINESE, que é o processo de divisão do CITOPLASMA de uma célula.

Forma de colágeno fibrilar mais comum. É o principal constituinte do osso (OSSO E OSSOS) e PELE consistindo em um heterotrímero de duas cadeias alfa1 (I) e uma cadeia alfa2 (I).

Forma não vascularizada de tecido conjuntivo composta de CONDRÓCITOS inseridos numa matriz de COLÁGENO tipo II e SULFATOS DE CONDROITINA. É dividida em três tipos: CARTILAGEM HIALINA, FIBROCARTILAGEM e CARTILAGEM ELÁSTICA.