Proteínas encontradas em qualquer espécie arqueológica.
Ácido ribonucleico na archaea, que tem papéis regulatórios e catalíticos tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de Archaea.
Unidades genéticas funcionais de ARCHAE.
Complemento genético de um organismo arqueal (ARCHAEA) como representado em seu DNA.
Complemento genético de um organismo, incluindo todos os seus GENES, representado por seu DNA ou em alguns casos, por seu RNA.
Um dos três domínios de vida (os outros são BACTÉRIAS e EUCARIOTOS), anteriormente chamado Archaebacteria no táxon Bactéria, mas atualmente considerado separadamente e distinto. São caracterizados por: 1) presença de RNA de transferência e RNA ribossômicos característicos; 2) ausência de paredes celulares de peptidoglicanas; 3) presença de lipídeos com ligações éter, construídos de subunidades de cadeias ramificadas e 4) sua ocorrência em habitats pouco usuais. Enquanto as Archaea se parecem com as bactérias na organização genômica e morfológica, assemelham-se aos eucariontes em seu método de replicação genômica. O domínio contém ao menos quatro reinos: CRENARCHAEOTA, EURYARCHAEOTA, NANOARCHAEOTA e KORARCHAEOTA.
Complemento genético de uma BACTÉRIA como representado em seu DNA.
Complemento genético completo contido em uma molécula de DNA ou RNA de um vírus.
Vírus cujos hospedeiros estão no domínio ARCHAEA.
Qualquer processo pelo qual fatores citoplasmáticos ou intercelulares influeciam o controle diferencial da ação gênica em Archaea.
Complemento genético de uma planta (PLANTAS) como representado em seu DNA.
Complemento genético completo contido no DNA de um grupo de CROMOSSOMOS em um SER HUMANO. O comprimento de um genoma humano é cerca de 3 bilhões de pares de bases.
Relacionamentos entre grupos de organismos em função de sua composição genética.
Gênero de ARCHAEA cocoides, quimiolitotróficos e aeróbios, cujos organismos são termoacidofílicos. Suas células são de forma altamente irregular, frequentemente lobares, embora ocasionalmente esféricas. Possui distribuição ampla no mundo, com organismos isolados de solos ácidos quentes e da água. O enxofre é utilizado como fonte de energia.
Complemento genético da MITOCÔNDRIA como representado em seu DNA.
Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.
Família de METHANOBACTERIALES anaeróbios, de forma variando de cocoide a bastonete. Suas membranas celulares são compostas principalmente de hidrocarbonetos poli-isoprenoides ligados por ligação éter ao glicerol. Seus organismos são encontrados em habitats anaeróbios na natureza.
Ordem de metanógenos anaeróbios do reino EURYARCHAEOTA. São em forma de pseudossarcina, cocoide ou em bastonete envolto em bainha, e catabolizam grupos metil. A parede celular é composta de proteína. A ordem inclui uma família, METHANOCOCCACEAE.
Reino do domínio ARCHAEA que compreende organismos termoacidofílicos e que dependem de enxofre. As duas ordens são SULFOLOBALES e THERMOPROTEALES.
Estruturas encontradas no interior do núcleo de células arqueais e que consistem de ou contêm DNA, o qual carrega informação genética essencial para a célula.
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Complemento gênico completo contido em um conjunto de cromossomos de um fungo.
Processo de mudanças cumulativas em relação ao DNA, RNA e PROTEÍNAS, ao longo de sucessivas gerações.
Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.
Gênero de METHANOCOCCACEAE cocoides anaeróbios cujos organismos possuem motilidade por meio de tufos polares de flagelos. Estes metanógenos são encontrados em pântanos salinos, sedimentos marinhos e estuarinos, e no trato intestinal de animais.
Espécie ARCHAEA termoacidófila (família Sulfolobaceae) encontrada em áreas vulcânicas onde a temperatura é cerca de 80 graus C e há a presença do ENXOFRE.
Quantidade de DNA (ou RNA) em uma cópia do genoma.
Espécie de archaea halofílica encontrada no Mar Morto.
Espécie de archaea hipertermofílica, estritamente anaeróbia, que vive em sedimentos marinhos geotermicamente aquecidos. Exibem crescimento heterotrófico por fermentação ou por respiração sulfurosa.
Subunidade maior do ribossomo 70S de Archaea. É composta pelo RNA RIBOSSÔMICO 23S, RNA RIBOSSÔMICO 5S e aproximadamente 40 PROTEÍNAS RIBOSSÔMICAS diferentes.
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
O estudo sistemático das sequências completas do DNA (GENOMA) dos organismos.
Espécie de ARCHAEA Gram-negativa hipertermofílica, encontrada em aberturas hidrotermais oceânicas profundas. É anaeróbico obrigatório e quimiorganotrófico.
Complemento genético de um inseto (INSETOS) como representado em seu DNA.
Complemento genético completo contido em um grupo de CROMOSSOMOS de um protozoário.
Espécie de archaea redutores de enxofre e extremamente termofílicos. Cresce em temperatura máxima de 95 graus C. em áreas geotérmicas marinhas ou submarinas.
Gênero de METHANOSARCINALES anaeróbios, de forma esférica irregular, cujos organismos não possuem motilidade. Não há formação de endosporos. Estes archaea derivam energia via produção de metano a partir de acetato, metanol, mono-, di- e trimetilamina e, possivelmente, monóxido de carbono. Os organismos são isolados de ambientes de marinhos e de água doce.
Um dos três domínios da vida, também denominado Eubacterias (os outros são Eukarya e ARCHAEA). São micro-organismos procarióticos, unicelulares, com parede celular geralmente rígida. Multiplicam-se por divisão celular e apresentam três formas principais: redonda (cocos), bastonete (bacilos) e espiral (espiroquetas). Podem ser classificadas pela resposta ao OXIGÊNIO (aeróbicas, anaeróbicas, ou anaeróbicas facultativas), pelo modo de obter energia: quimiotróficas (via reação química) ou PROCESSOS FOTOTRÓFICOS (via reação com luz), quimiotróficas, pela fonte de energia química. As quimiolitotróficas (a partir de compostos inorgânicos) ou CRESCIMENTO QUIMIOAUTOTRÓFICO (a partir de compostos orgânicos), e pela fonte de CARBONO, NITROGÊNIO, etc. PROCESSOS HETEROTRÓFICOS (a partir de fontes orgânicas) e PROCESSOS AUTOTRÓFICOS (a partir de DIÓXIDO DE CARBONO). Podem também ser classificadas por serem coradas ou não (com base na estrutura da PAREDE CELULAR) pelo CRISTAL VIOLETA: Gram-positivas ou Gram-negativas.
Espécie de ARCHAEA quimiolitotrófica e aeróbia, que consiste de células cocoides que utilizam enxofre como fonte energética. A temperatura ótima para crescimento é 70-75 graus C. É isolada de campos acídicos.
Espécie de ARCHAEA anaeróbico, hipertermofílico, isolado de amostras de líquidos hidrotermais. É obrigatoriamente heterotrófico com células cocoides que requerem TRIPTOFANO para crescer.
Sequência de tripletes nucleotídicos sucessivos lidos como códons que especificam AMINOÁCIDOS e começam com um CÓDON DE INICIAÇÃO e terminam com um códon de parada (CÓDON DE TERMINAÇÃO).
Complemento genético de CLOROPLASTOS como representado em seu DNA.
Gênero de cocoides ARCHAEA facultativamente anaeróbico (família SULFOLOBACEAE). As células são altamente irregulares na forma e termoacidofílicas. Em algumas espécies, o crescimento litotrófico ocorre aerobicamente via oxidação sulfúrica . A distribuição inclui fontes e campos sulfatáricos, lamaçais e ambientes marinhos ácidos geotermicamente aquecidos.
Qualquer método utilizado para determinar a localização das distâncias relativas entre genes em um cromossomo.
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
O hidrocarboneto saturado mais simples. É um gás incolor, inflamável, levemente solúvel em água. É um dos principais constituintes do gás natural e é formado pela decomposição de matéria orgânica.
Constituintes da subunidade 30S dos ribossomos procarióticos contendo 1600 nucleotídeos e 21 proteínas. O RNAr 16S encontra-se envolvido no início da síntese polipeptídica.
Reino de ARCHAEA hipertermofílica encontrado em vários ambientes.
Gênero de archaea ultratermofílicas, estritamente anaeróbias, da família THERMOCOCCACEAE, que ocorrem em águas marinhas aquecidas. Apresentam crescimento heterotrófico em temperatura ótima de 100 graus C.
Filo de ARCHAEA que compreende pelo menos sete classes: Methanobacteria, Methanococci, Halobacteria (halófilos extremos), Archaeoglobi (espécies redutoras de sulfato), Methanopyri, e as termófilas Thermoplasmata e Thermococci.
A localização sequencial de genes em um cromossomo.
Gênero de archaea heterotróficas, facultativamente anaeróbias, da ordem THERMOPLASMALES, que são isoladas de pilhas residuais de carvão para aquecimento, e de fontes de água quente. São termofílicas e podem crescer com ou sem enxofre.
Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.
Transmissão de informação genética que ocorre naturalmente entre organismos, aparentados ou sem parentesco, burlando a transmissão de descendência dos pais. A tranferência gênica horizontal pode ocorrer através de uma variedade de processos que ocorrem naturalmente, como CONJUGAÇÃO GENÉTICA, TRADUÇÃO GENÉTICA e TRANSFECÇÃO. Essa transmissão pode resultar em uma troca da composição genética do organismo receptor (TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA).
Campo da biologia voltado para o desenvolvimento de técnicas para coleta e manipulação de dados biológicos e o uso desses dados para fazer descobertas ou predições biológicas. Este campo envolve todos os métodos e teorias computacionais para resolver problemas biológicos, inclusive a manipulação de modelos e de conjuntos de dados.
Presença de dois ou mais loci gênicos no mesmo cromossomo. Extensões desta definição original referem-se à similaridade no conteúdo e organização entre os cromossomos de diferentes espécies, por exemplo.
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Restrição de um comportamento característico, estrutura anatômica ou sistema físico, como resposta imunológica, resposta metabólica ou gene ou variante gênico dos membros de uma espécie. Refere-se às propriedades que diferenciam uma espécie de outra, mas também se usa para níveis filogenéticos superiores ou inferiores ao nível de espécie.
Compostos de glicerol que apresentam um ou mais dos três grupos hidroxilas unidos por ligações éter com álcoois alifáticos saturados ou insaturados. Um ou dois grupos hidroxilas do glicerol podem ser estereficados. Estes compostos foram encontrados em vários tipos de tecidos animais.
Diferenças genotípicas observadas entre indivíduos em uma população.
Células dos organismos superiores, contendo um núcleo verdadeiro delimitado por uma membrana nuclear.
Conjunto de genes originados por duplicação e variação de algum gene ancestral. Estes genes podem estar reunidos nos mesmo cromossomo ou dispersos em cromossomos diferentes. São exemplos de famílias multigênicas as que codificam as hemoglobinas, imunoglobulinas, antígenos de histocompatibilidades, actinas, tubulinas, queratinas, colágenos, proteínas de choque térmico, proteínas adesivas salivares, proteínas coriônicas, proteínas de cutícula, proteínas vitelínicas, e faseolinas, bem como as histonas, RNA ribossômico, e genes de RNA de transferência. Os últimos três são exemplos de genes repetidos, onde centenas de genes idênticos estão presentes e ordenados em fila.
Massa de material sólido fragmentado, orgânico ou inorgânico, ou o próprio fragmento sólido, que vem do desgaste das rochas, sendo transportado, suspenso ou aprisionado pelo ar, água ou gelo. Refere-se também a uma massa acumulada por qualquer outro agente natural e que se deposita em camadas na superfície terrestre, como areia, pedregulhos, lodo, lama, terra ou argila.
Complemento genético de um helminto (HELMINTOS) como representado em seu DNA.
Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.
Representações teóricas que simulam o comportamento ou a atividade de processos ou fenômenos genéticos. Envolvem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.
Família das THERMOPROTEALES composta por bacilos rígidos de comprimento variável e sem septo. Crescem tanto quimolitoautotroficamente ou como por respiração sulfurosa. Os quatro gêneros são: PYROBACULUM, THERMOPROTEUS, Caldivirga e Thermocladium. (Tradução livre do original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed)
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.
Complemento genético de PLASTÍDEOS como representado em seu DNA.
Bases de dados destinadas ao conhecimento sobre genes e produtos gênicos específicos.
Gênero de METHANOBACTERIACEAE, anaeróbicos e corpo em forma de bastonete. Os organismos não possuem motilidade e usam amônia como única fonte de nitrogênio. Estes metanógenos são encontrados em sedimentos aquáticos, solo, esgotos e no trato gastrointestinal de animais.
Esforço coordenado de pesquisadores para mapear (MAPEAMENTO CROMOSSÔMICO) e sequenciar (ANÁLISE DE SEQUÊNCIA DE DNA) o GENOMA humano.
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético dos vírus.
Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.
Correspondência sequencial de nucleotídeos em uma molécula de ácido nucleico com os de outras moléculas de ácido nucleico. A homologia de sequência é uma indicação da relação genética de organismos diferentes e a função gênica.
Ordem de micro-organismos (reino EURYARCHAEOTA) metanógenos anaeróbicos. Há duas famílias: METHANOSARCINACEAE e Methanosaetaceae.
Pequenas moléculas de RNA com 73-80 nucleotídeos que atuam durante a TRADUÇÃO GENÉTICA para alinhar os AMINOÁCIDOS nos RIBOSSOMOS em uma sequência determinada pelo RNA MENSAGEIRO. Há cerca de 30 RNAs de transferência diferentes. Cada um reconhece um grupo específico de CÓDON no RNAm através de seu ANTICÓDON e como RNA transportadores de aminoacil (RNA DE TRANSFERÊNCIA DE AMINOACIL), cada um transporta um aminoácido específico para o ribossomo para adicionar às cadeias peptídicas que estão se formando.
Sequências de DNA que codificam o RNA RIBOSSÔMICO e os segmentos de DNA separando os genes individuais do RNA ribossômico, citados como DNA ESPAÇADOR RIBOSSÔMICO.
Água salinizada dos OCEANOS E MARES que supre habitat para organismos marinhos.
Ordem de metanógenos anaeróbios, em forma variando de bastonete a cocoide, do reino EURYARCHAEOTA. Não possuem motilidade, não catabolizam carboidratos, material proteináceo ou compostos orgânicos além de formiato ou monóxido de carbono; e são amplamente distribuídos na natureza.
Quantidades relativas de PURINAS e PIRIMIDINAS em um ácido nucleico.
Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.
Proteínas encontradas em qualquer espécie de bactéria.
Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.
Produção de novos arranjos de DNA por vários mecanismos, como agrupamento e segregação, INTERCÂMBIO, CONVERSÃO GÊNICA, TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA, CONJUGAÇÃO GENÉTICA, TRADUÇÃO GENÉTICA ou infecção de vírus mistos.
Subunidade menor dos RIBOSSOMOS de arqueas. É composta por RNA RIBOSSÔMICO 16S e aproximadamente 28 PROTEÍNAS RIBOSSÔMICAS diferentes.
Adição de informação descritiva sobre a função ou estrutura de uma sequência molecular ao seu registro de DADOS DE SEQUÊNCIA MOLECULAR.
Família de archaea (ordem DESULFUROCOCCALES) composta por cocos anaeróbicos que utilizam peptídeos, proteínas ou carboidratos facultativamente, por respiração sulfurosa ou fermentação. Há oito gêneros: AEROPYRUM, Desulfurococcus, Ignicoccus, Staphylothermus, Stetteria, Sulfophoboccus, Thermodiscus e Thermosphaera. (Tradução livre do original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed).
Um dos três domínios da vida (os outros são BACTÉRIAS e ARCHAEA), também chamado de Eukarya. Constituem os organismos cujas células são envolvidas por membranas e possuem um núcleo. Compreendem quase todos os organismos pluricelulares e muitos dos unicelulares, e são tradicionalmente divididos em grupos (algumas vezes chamados reinos) que incluem ANIMAIS, PLANTAS, FUNGOS, várias algas e outros ‘taxa’ que foram previamente parte do antigo reino Protista.
Unidades hereditárias funcionais das BACTERIAS.
Processos que ocorrem em vários organismos, pelos quais novos genes são copiados. A duplicação gênica pode resultar em uma FAMÍLIA MULTIGÊNICA, em supergenes ou PSEUDOGENES.
Programas e dados operacionais sequenciais que instruem o funcionamento de um computador digital.
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Método in vitro para produção de grandes quantidades de DNA específico ou fragmentos de RNA de comprimento definido de pequenas quantidades de oligonucleotídeos curtos de sequências flanqueantes (iniciadores ou "primers"). O passo essencial inclui desnaturação térmica de moléculas alvo da dupla fita, reassociação dos primers a suas sequências complementares e extensão do iniciador reassociado pela síntese enzimática com DNA polimerase. A reação é eficiente, específica e extremamente sensível. A utilização da reação inclui diagnóstico de doenças, detecção de patógenos difíceis de se isolar, análise de mutações, teste genético, sequenciamento de DNA e análise das relações evolutivas.
Sequências de DNA ou RNA que ocorrem em múltiplas cópias. Há vários tipos de sequências: SEQUÊNCIAS REPETITIVAS DISPERSAS que são cópias de ELEMENTOS DE DNA TRANSPONÍVEIS ou RETROELEMENTOS dispersos por todo o genoma. SEQUÊNCIAS REPETIDAS TERMINAIS flanqueiam ambos os terminais de outra sequência, por exemplo, repetições terminais longas (LTRs) nos RETROVÍRUS. As variações podem ser repetições diretas, que ocorrem na mesma direção ou repetições invertidas, aquelas com direções opostas umas as outras. As SEQUÊNCIAS REPETIDAS EM TANDEM são cópias que permanecem adjacentes umas às outras, diretas ou invertidas (SEQUÊNCIAS REPETIDAS INVERTIDAS).
Estudo da estrutura dos cristais utilizando técnicas de DIFRAÇÃO POR RAIOS X.
Ordem de CRENARCHAEOTA que compreende cocos quimiolitotróficos, aeróbios ou aeróbios facultativos, que são termoacidófilos extremos. Não possuem peptidoglicanas em suas paredes celulares.
A variedade de todos os órgãos vivos autóctones e suas diversas formas e inter-relações. (MeSH, 2010) Conteúdo vivo da Terra em seu conjunto, tudo quanto vive nos oceanos, nas montanhas e nos bosques. Encontramo-la em todos os níveis, desde a molécula de DNA até os ecossistemas e a biosfera. Todos os sistemas e entidades biológicas estão interconectadas e são interdependentes. A importância da biodiversidade fundamenta-se no fato de nos facilitar serviços essenciais: protege e mantém os solos, regula o clima e torna possível a biossíntese, proporcionando-nos assim o oxigênio que respiramos e a matéria básica para nossos alimentos, vestuário, medicamentos e habitações. (Tradução livre do original: Material IV - Glosario de Protección Civil, OPS, 1992)
Processo facilitado por bactérias especializadas que envolve a oxidação do amônio para nitrito e nitrato.
Reino no domínio ARCHAEA que consiste de organismos termofílicos de fontes termais terrestres que estão dentre as formas mais primitivas de vida. Passaram por relativamente poucas mudanças evolutivas desde o último ancestral comum de toda a vida existente.
Família de METHANOCOCCALES cujos organismos possuem motilidade por meio de flagelos. Estes metanógenos usam dióxido de carbono como aceptor de elétron.
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Construções de DNA que são compostas de, pelo menos, uma ORIGEM DE REPLICAÇÃO, para replicação bem sucedida, propagação a e para manutenção como um cromossomo extra em bactérias. Além disso, eles podem carregar grandes quantidades (cerca de 200 kilobases) de outra sequência para uma variedade de propósitos em bioengenharia.
Presença de bactérias, vírus, e fungos no solo. A expressão não se restringe a organismos patogênicos.
Grau de semelhança entre sequências. Os estudos de HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS e HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DO ÁCIDO NUCLEICO fornecem informações genéticas úteis sobre a relação entre os genes, produtos gênicos e espécies.
Ácido ribonucleico que constitui o material genético de vírus.
Discretos segmentos de DNA que podem retirar e reintegrar-se a outros sítios do genoma. Muitos são inativos, ou seja, não foram encontrados fora do seu estado integrado. Os elementos de DNA transponíveis incluem elementos IS (sequência de inserção) bacterianos, elementos Tn, os elementos controladores do milho Ac e Ds, Drosófila P, elemento 'gypsy' e 'pogo', o elemento humano Tigger e os elementos Tc e 'mariner' que são encontrados por todo o reino animal.
Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.
Conjunto de métodos de estatística usados para agrupar variáveis ou observações em subgrupos altamente inter-relacionados. Em epidemiologia, pode-se usar para analisar séries de grupos de eventos com grande afinidade entre si ou casos de doença ou outros fenômenos relacionados à saúde cujos modelos de distribuição sejam bem definidos com respeito a tempo ou espaço, ou a ambos.
Espécie de Archaea halofílica encontrada em lagos salinos. Algumas cepas formam uma MEMBRANA PURPÚREA sob condições anaeróbias.
Unidades hereditárias funcionais dos VÍRUS.
Processo de alterações acumuladas ao longo de gerações sucessivas através das quais os organismos adquirem características morfológicas e fisiológicas distintas.
Gênero de HALOBACTERIACEAE que se distingue de outros gêneros da família pela presença de derivados específicos de lipídeos polares TGD-2. Haloarcula são encontradas em ambientes salinos neutros como lagos salgados, salinas marinhas e solos salinos.
Proteínas encontradas em quaisquer espécies de vírus.
Habitat de água naturalmente quente por processos geológicos subjacentes. As águas termais superficiais têm sido usadas na BALNEOLOGIA. As águas subterrâneas termais são chamadas FONTES HIDROTERMAIS.
Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.
Bases de dados que contêm informações sobre ÁCIDOS NUCLEICOS, como SEQUÊNCIA DE BASES, SNPS, CONFORMAÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS e outras propriedades. A informação sobre os fragmentos de DNA armazenada em uma BIBLIOTECA GÊNICA ou BIBLIOTECA GENÔMICA é, com frequência, mantida em bases de dados de DNA.
Genes encontrados tanto nos procariotos como nos eucariotos, que são transcritos para produzir o RNA que é incorporado nos RIBOSSOMOS. Os genes dos RNAr procarióticos geralmente são encontrados em óperon dispersados no GENOMA, enquanto os genes dos RNAr eucarióticos são unidades transcritivas multicistrônicas agrupadas.
Processo pelo qual se duplica a molécula de DNA.
Família de METHANOSARCINALES anaeróbias cujas células são mesofílicas ou termofílicas, e apresentam-se como corpos esféricos irregulares ou como bacilos encobertos. Estes metanógenos são encontrados em qualquer ambiente anaeróbio, incluindo sedimentos aquáticos, digestores anaeróbios de esgotos e tratos gastrointestinais. Há quatro gêneros: METHANOSARCINA, Methanolobus, Methanothrix e Methanococcoides.
DNA bicatenário de MITOCÔNDRIAS. Em eucariotos, o GENOMA mitocondrial é circular e codifica para RNAs ribossômicos, RNAs de transferência e aproximadamente 10 proteínas.
Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.
Grupo de diferentes espécies de microrganismos que agem juntos como uma comunidade.
Gênero de HALOBACTERIACEAE que são quimiorganotróficas e estritamente aeróbias. Foram isoladas de vários ambientes hipersalinos que variam amplamente quanto às propriedades químicas e físicas.
Sobreposição de DNA clonado ou sequenciado para se construir uma região contínua de um gene, cromossomo ou genoma.
Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.
Qualquer DNA entre o DNA que codifica genes, incluindo regiões não traduzidas, regiões flanqueadoras 5' e 3', INTRONS, pseudogenes não funcionais e sequências repetitivas não funcionais. Este DNA pode ou não codificar funções reguladoras.
Cadeias simples de aminoácidos que são as unidades das PROTEÍNAS multiméricas. As proteínas multiméricas podem ser compostas por subunidades idênticas ou não idênticas. Uma ou mais subunidades monoméricas podem compor um protômero, que em si é uma subunidade de um grupo maior.
Técnica amplamente usada que explora a capacidade de sequências complementares de DNAs ou RNAs de fita simples para parear entre si formando uma dupla hélice. A hibridização pode ocorrer entre duas sequências complementares de DNA, entre DNA de fita simples e um RNA complementar, ou entre duas sequências de RNA. A técnica é usada para detectar e isolar sequências específicas, medir homologia, ou definir outras características de uma ou ambas as cadeias. (Tradução livre do original: Kendrew, Encyclopedia of Molecular Biology, 1994, p503)
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de plantas.
Gramínea de cereal anual (família POACEAE) cujo grão amiláceo comestível (arroz) é o alimento básico para cerca de metade da população mundial.
Chaperoninas do grupo II encontradas em espécies de ARCHAEA.
Ordem de metanógenos anaeróbicos, altamente especializados, do reino EURYARCHAEOTA. Os organismos podem ou não possuir motilidade e as células formam corpos cocoides, pseudossarcinas ou bacilos. Entre as famílias estão METHANOMICROBIACEAE, Methanocorpusculaceae e Methanospirillaceae.
Técnicas de análise de sequência de nucleotídeos que aumentam a amplitude, complexidade, sensibilidade e acurácia dos resultados pelo aumento significativo da escala de operações e, assim, o número de nucleotídeos e o número de cópias de cada nucleotídeo sequenciado. O sequenciamento pode ser feito por análise de produtos de síntese ou de ligação, hibridização com sequências pré-existentes etc.
Propriedade de objetos que determina a direção do fluxo de calor quando eles são posicionados em contato térmico direto. A temperatura é a energia dos movimentos microscópicos (translacionais e de vibração) das partículas dos átomos.
Procedimento constituído por uma sequência de fórmulas algébricas e/ou passos lógicos para se calcular ou determinar uma dada tarefa.
Família de archaea, de membros extremamente halofílicos, encontrados em ambientes com elevada concentração salina (como lagos salgados, salinas evaporadas ou peixes salgados). Halobacteriaceae são aeróbios obrigatórios ou anaeróbios facultativos, sendo divididos em pelo menos vinte e seis gêneros, incluindo-se: HALOARCULA, HALOBACTERIUM, HALOCOCCUS, HALOFERAX, HALORUBRUM, NATRONOBACTERIUM e NATRONOCOCCUS.
Aspecto característico [(dependência)] da atividade enzimática em relação ao tipo de substrato com o qual a enzima (ou molécula catalítica) reage.
A forma mais abundante de RNA; juntamente com proteínas ele forma os ribossomos, desempenhando um papel estrutural e também um papel na ligação ribossômica dos RNAm e RNAt. As cadeias individuais são designadas convencionalmente pelos seus coeficientes de sedimentação. Nos eucariotas, existem quatro grandes cadeias, sintetizadas no nucléolo e constituindo cerca de 50 por cento do ribossomo. (Dorland, 28a ed)
1) Sistema funcional que inclui os organismos de uma comunidade natural junto a seu ambiente. (MeSH/NLM)(Tradução livre do original: McGraw Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 4th ed) 2)Sistema aberto integrado pelos organismos vivos (inclusive o homem) e os elementos não vivos de um setor ambiental definido no tempo e no espaço, cujas propriedades globais de funcionamento e autorregulação derivam da interação entre seus componentes, tanto pertencentes aos sistemas naturais como aqueles modificados ou organizados pelo próprio homem. 3) Complexo constituído pelo biótopo e pela biocenose (Material III - Ministério da Ação Social, Brasília, 1992)
Presença de bactérias, vírus e fungos na água. A expressão não se restringe [apenas] aos organismos patogênicos.
Elementos que são transcritos em RNA, transcritos reversamente em DNA e então inseridos num novo sítio no genoma. Repetições terminais longas (LTRs) similares àquelas de retrovírus estão contidas em retrotransposons e elementos similares a retrovírus. Retroposons, tais como ELEMENTOS NUCLEOTÍDEOS LONGOS E DISPERSOS e ELEMENTOS NUCLEOTÍDEOS CURTOS E DISPERSOS não contêm LTRs.
Grande coleção de fragmentos de DNA clonados (CLONAGEM MOLECULAR) a partir de um determinado organismo, tecido, órgão ou tipo celular. Pode conter sequências genômicas completas (BIBLIOTECA GENÔMICA) ou sequências complementares de DNA, sendo estas formadas a partir do RNA mensageiro e sem sequências de íntrons.
A confederação livre de redes de comunicação de computadores ao redor do mundo. As redes que compõem a Intenet são conectadas através de várias redes centrais. A internet proveio do projeto ARPAnet do governo norte-americano e foi projetada para facilitar a troca de informações.
Sequências de DNA localizadas nos genes entre os ÉXONS. São transcritos juntamente com os éxons, porém removidos da transcrição gênica primária por PROCESSAMENTO DE RNA deixando o RNA maduro. Alguns íntrons codificam genes independentes.
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Estruturas complexas de nucleoproteínas que contêm o DNA genômico e parte delas estão no NÚCLEO CELULAR DE PLANTAS.
Gênero de organismos (reino ARCHAEA, família THERMOPROTEACEAE) obrigatoriamente anaeróbios, encontrados em fontes termais ácidas e poços d'água.
Enzima que contém RNA e desempenha um papel essencial no processamento do RNAt catalisando a clivagem endonucleolítica dos precursores do RNA TRANSPORTADOR. Remove os nucleotídeos 5' extras a partir dos precursores do RNAt, gerando moléculas maduras de RNAt.
Sequências parciais de cDNA (DNA COMPLEMENTAR) que são únicas aos cDNAs dos quais são derivadas.
Vírus cujos hospedeiros são células bacterianas.
Células sem a membrana nuclear, portanto o material nuclear está espalhado no citoplasma ou reunido em uma região nucleoide.
Gênero de ARCHAEA com forma bacilar quase retangular (família THERMOPROTEACEAE). Os organismos são aeróbicos facultativos ou estritamente anaeróbicos, crescem em vários substratos orgânicos e são encontrados em sulfataras continentais.
Reordenamento genético [que ocorre] através da perda de segmentos de DNA ou de RNA, trazendo sequências normalmente separadas para perto. Esta eliminação (deletion) pode ser detectada por técnicas citogenéticas e também inferida a partir do fenótipo, que indica eliminação em locus específico.
Determinação do padrão de genes expresso ao nível de TRANSCRIÇÃO GENÉTICA sob circunstâncias específicas ou em uma célula específica.
Proteínas que se ligam ao DNA. A família inclui proteínas que se ligam às fitas dupla e simples do DNA e também inclui proteínas de ligação específica ao DNA no soro, as quais podem ser utilizadas como marcadores de doenças malignas.
Gás alcalino e incolor. É formado pelo corpo durante a decomposição de matéria orgânica ao longo de uma série de importantes reações metabólicas. Note-se que a forma aquosa da amônia é denominada HIDRÓXIDO DE AMÔNIA.
Genes apresentando estreita semelhança com genes conhecidos em loci diferentes, mas que se tornaram não funcionais por adições ou eliminações na estrutura, o que impede sua transcrição ou translação normal. Quando íntrons ausentes e contendo um segmento poli-A próximo à extremidade a jusante (como resultado da cópia reversa a do RNA nuclear processado para DNA de fita simples), eles são chamados genes processados.
Mapeamento da ordem linear de genes em um cromossomo com unidades indicando suas distâncias pelo uso de outros métodos que a recombinação genética. Esses métodos incluem sequenciamento de nucleotídeos, supressão de sobreposições em cromossomos politenos e micrografia eletrônica de DNA heteroduplex.
Pequeno RNA cinetoplastídio mitocondrial que desempenha um papel principal na EDIÇÃO DE RNA. Estas moléculas formam híbridos perfeitos com sequências editadas de RNAm e possuem sequências nucleotídicas nas extremidades 5'que são complementares às sequências de RNAm's situadas imediatamente a jusante das regiões pré-editadas.
Conjunto de três nucleotídeos em uma sequência de codificação de proteína que especifica aminoácidos individuais ou um sinal de terminação (CÓDON DE TERMINAÇÃO). A maioria dos códons é universal, mas alguns organismos não produzem RNAs de transferência (RNA DE TRANSFERÊNCIA) complementares a todos os códons. Estes códons são referidos como códons não designados (CÓDON SEM SENTIDO).
Processo de multiplicação viral intracelular que consiste em síntese de PROTEÍNAS, ÁCIDOS NUCLEICOS, e às vezes LIPÍDEOS, e sua reunião em uma nova partícula infecciosa.
Gênero de archaea redutores de enxofre e extremamente termofílicos, da família Archaeoglobaceae.
Ordem de CRENARCHAEOTA que compreende termófilos extremos, que são anaeróbios, não septados, de forma esférica, de disco ou de bastonete, e que são encontrados em águas quentes sulfurosas, pântanos e ambientes submarinos superaquecidos.
Ordem de archaea redutores de enxofre, extremamente termofílicos, do reino EURYARCHAEOTA. A única família, Archaeoglobaceae, contém um gênero, ARCHAEOGLOBUS.
Tendência crescente do GENOMA em adquirir MUTAÇÕES, quando vários processos envolvidos na manutenção e replicação do genoma são disfuncionais.
Classe de todas as enzimas que catalisam reações de oxidorredução. O substrato que é oxidado é considerado doador de hidrogênio. O nome sistemático é baseado na oxidorredutase doador:receptor. O nome recomendado é desidrogenase, onde for possível. Como alternativa, redutase pode ser usado. O termo oxidase é usado apenas nos casos em que o O2 é o receptor.
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Cópias de sequências de ácidos nucleicos que estão arranjadas em orientação oposta. Podem se posicionar adjacentes umas às outras (tandem) ou estarem separadas por alguma sequência que não seja parte da repetição (hifenizadas). Podem ser repetições palindrômicas verdadeiras, i. é, a leitura é a mesma de frente para trás ou de trás para frente, ou complementares, em que a leitura é feita à medida em que ocorre a complementação da base na orientação oposta. Repetições invertidas complementares têm o potencial para formar estruturas do tipo alças de grampo ou estruturas cruciformes (como DNA CRUCIFORME) quando as repetições invertidas complementares ocorrem em regiões de dupla fita.
Constituição cromossômica de uma célula contendo múltiplos do número normal de CROMOSSOMOS. Inclui triploidia (símbolo: 3N), tetraploidia (símbolo: 4N), etc.
Característica genética fenotipicamente reconhecível, que pode ser usada para identificar um locus gênico, um grupo de "linkage", ou um evento de recombinação.
Ordem de archae extremamente halofílicos, do reino EURYARCHAEOTA. Ocorrem frequentemente em ambientes naturais em que a concentração salina é alta, e são organismos quimiorganotróficos, usando aminoácidos ou carboidratos como fonte de carbono.
Abrangência de organismos vivos diferentes que habitam uma determinada região, habitat ou biótopo.
Fatores de iniciação de peptídeos em organismos procariotos. Apenas três fatores são necessários para o início da tradução que ocorre por um processo mais simples do que a INICIAÇÃO TRADUCIONAL DA CADEIA PEPTÍDICA em organismos eucariotos.
Estruturas encontradas no interior do núcleo de células bacterianas que consistem de ou contêm DNA, o qual carrega informação genética essencial para a célula.
Unidades hereditárias funcionais de PLANTAS.
Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.
Complemento genético de um microrganismo conforme representado em seu DNA ou, em alguns organismos, seu RNA.
Partes de uma sequência de GENOMA envolvidas nas diferentes funções ou propriedades dos genomas como um todo, em oposição àquelas de GENES individuais.
Determinadas culturas de células que têm o potencial de se propagarem indefinidamente.
Nascentes de águas quentes no fundo do oceano. São comumente encontradas próximas a locais de atividade vulcânica como cristas meso-oceânicas.
Espécie do gênero SACCHAROMYCES (família Saccharomycetaceae, ordem Saccharomycetales) conhecida como levedura "do pão" ou "de cerveja". A forma seca é usada como suplemento dietético.
A parte de um programa de computador interativo que emite mensagens para um usuário e recebe comandos de um usuário.
Cópias de elementos transponíveis entremeadas ao longo do genoma, algumas das quais ainda estão ativas e frequentemente chamadas de genes saltadores ("jumping genes"). Há duas classes da elementos repetitivos entremeados. Elementos classe I (ou RETROELEMENTOS - como os retrotransposons, retrovirus, ELEMENTOS NUCLEOTÍDEOS LONGOS E DISPERSOS e ELEMENTOS NUCLEOTÍDEOS CURTOS E DISPERSOS) transpõem, via transcrição reversa, de um RNA intermediário. Elementos classe II (ou ELEMENTOS DE DNA TRANSPONÍVEIS - como transposons, elementos Tn, elementos de sequência de inserção e cassetes gênicos móveis de integrons bacterianos) transpõem diretamente de um sítio no DNA para outro.
Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)
Hibridização de uma amostra de ácido nucleico em um grupo muito grande de SONDAS DE OLIGONUCLEOTÍDEOS, ligadas individualmente a colunas e fileiras de um suporte sólido, para determinar a SEQUÊNCIA DE BASES ou detectar variações em uma sequência gênica, na EXPRESSÃO GÊNICA ou para MAPEAMENTO GENÉTICO.
Única sequência de DNA de um replicon, em que a REPLICAÇÃO DO DNA é iniciada e segue bidirecionalmente ou unidirecionalmente. Contém os sítios onde ocorre a primeira separação das fitas complementares, sintetiza-se um primeiro RNA, e ocorre a troca do primeiro RNA à síntese de DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed).
Espécie de archaea halofílica que se distingue pela produção de ácido a partir do açúcar. Esta espécie havia sido previamente chamada de Halobacterium marismortui.
Família de complexos proteicos de múltiplas subunidades que formam estruturas cilíndricas grandes que se ligam a proteínas não nativas e as encapsulam. As chaperoninas utilizam a energia da hidrólise do ATP para aumentar a eficiência das reações de DOBRAMENTO PROTEICO e, assim, auxiliam as proteínas a atingirem sua conformação funcional. A família das chaperoninas é dividida em CHAPERONINAS DO GRUPO I e CHAPERONINAS DO GRUPO II, com cada grupo apresentando seu próprio repertório de subunidades proteicas e preferências subcelulares.
Grau de semelhança entre formas tridimensionais de proteínas. Pode ser uma indicação de pouca HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS e usado para DESENHO DE DROGAS racional.
"Wyoming," na medicina, geralmente refere-se a um caso clínico raro ou descoberta médica notável que ocorre neste estado dos EUA, mas é amplamente usado para descrever qualquer situação médica incomum ou interessante devido à sua natureza única e distinta.
Estrutura encontrada em uma célula procariótica ou no núcleo de uma célula eucariótica que consiste de ou contém DNA que carrega a informação genética essencial para a célula.
Sequências de DNA reconhecidas (direta ou indiretamente) e ligadas por uma RNA polimerase dependente de DNA durante a iniciação da transcrição. Sequências altamente conservadas dentro do promotor incluem a caixa de Pribnow nem bactérias e o TATA BOX em eucariotos.
Pseudouridina é uma nucleosídeo modificado encontrada na cadeia de RNA, onde o grupo uridina normalmente tem um átomo de carbono substituído por nitrogênio.
Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.
Análise genômica da comunidade de organismos em um determinado ambiente.
Enzimas que reconhecem as estruturas de DNA cruciforme e introduzem incisões pareadas que ajudam a dividir a estrutura em duas hélices de DNA.
Reorganização ordenada de regiões gênicas por recombinação de DNA, como as que ocorrem normalmente durante o desenvolvimento.