Processo de múltiplos estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, sequenciamento e análise da informação de uma SEQUÊNCIA DE RNA.

Técnicas de análise de sequência de nucleotídeos que aumentam a amplitude, complexidade, sensibilidade e acurácia dos resultados pelo aumento significativo da escala de operações e, assim, o número de nucleotídeos e o número de cópias de cada nucleotídeo sequenciado. O sequenciamento pode ser feito por análise de produtos de síntese ou de ligação, hibridização com sequências pré-existentes etc.

Padrão de EXPRESSÃO GÊNICA ao nível da transcrição gênica em um organismo específico ou sob determinadas condições em células específicas.

Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)

Ácido ribonucleico que constitui o material genético de vírus.

RNAs pequenos, de cadeia dupla, de codificação não proteica (21-31 nucleotídeos) envolvidos nas funções de INATIVAÇÃO GÊNICA, especialmente o RNA DE INTERFERÊNCIA (RNAi). Os siRNAs são endogenamente gerados a partir de dsRNAs (RNA DE CADEIA DUPLA) pela mesma ribonuclease, Dicer, que gera miRNAs (MICRORNAS). O pareamento perfeito das cadeias de siRNAs' antissenso com seus RNAs alvos medeia a clivagem do RNAi guiado por siRNA. Os siRNAs caem em diferentes classes, inclusive siRNA de atuação trans (tasiRNA), RNA com repetições associadas (rasiRNA), RNA de varredura pequena (scnRNA), e RNA de interação com a proteína Piwi (piRNA) e têm funções diferentes de inativação gênica específica.

Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.

Determinação do padrão de genes expresso ao nível de TRANSCRIÇÃO GENÉTICA sob circunstâncias específicas ou em uma célula específica.

Exclusão final (ultimate) de sequências "nonsense" ou de sequências intervenientes (íntrons), antes que a transcrição final do RNA seja enviada para o citoplasma.

Processo que modifica a sequência nucleotídica do RNAm em relação àquela do molde de DNA que a codifica. Algumas classes importantes de edição de RNA são as seguintes: 1) conversão de citosina em uracila no RNAm, 2) adição de um número variável de guaninas em sítios pré-determinados e 3) adição e deleção de uracilas moldadas por RNAs guias (RNA GUIA).

Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.

Diferentes transcritos gênicos gerados por uma única EDIÇÃO DE RNA ou PROCESSAMENTO ALTERNATIVO de PRECURSORES DE RNA.

Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.

Adição de informação descritiva sobre a função ou estrutura de uma sequência molecular ao seu registro de DADOS DE SEQUÊNCIA MOLECULAR.

Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.

Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.

A forma mais abundante de RNA; juntamente com proteínas ele forma os ribossomos, desempenhando um papel estrutural e também um papel na ligação ribossômica dos RNAm e RNAt. As cadeias individuais são designadas convencionalmente pelos seus coeficientes de sedimentação. Nos eucariotas, existem quatro grandes cadeias, sintetizadas no nucléolo e constituindo cerca de 50 por cento do ribossomo. (Dorland, 28a ed)

Ácido ribonucleico de plantas, que tem papéis regulatórios e catalíticos, bem como envolvimento na síntese proteica.

RNA pequeno, de aproximadamente 200 ou menos pares de base de tamanho, que não codifica proteína.

RNA que não codifica para proteína mas tem alguma função enzimática, estrutural ou regulatória. Embora o RNA RIBOSSOMAL e o RNA DE TRANSFERÊNCIA também não sejam traduzidos, não estão incluídos neste escopo.

Moléculas de RNA que se hibridizam com sequências complementares tanto no RNA ou DNA alterando, assim, o funcionamento dos últimos. RNAs antissenso endógenos atuam como reguladores da expressão gênica através de uma variedade de mecanismos. RNAs antissenso sintéticos são utilizados para afetar o funcionamento de genes específicos em propostas investigativas ou terapêuticas.

Parte do genoma que corresponde ao complemento completo de EXONS de um organismo ou célula.

Grande coleção de fragmentos de DNA clonados (CLONAGEM MOLECULAR) a partir de um determinado organismo, tecido, órgão ou tipo celular. Pode conter sequências genômicas completas (BIBLIOTECA GENÔMICA) ou sequências complementares de DNA, sendo estas formadas a partir do RNA mensageiro e sem sequências de íntrons.

Processo pelo qual múltiplas transcrições de RNA são geradas a partir de um gene único. O processamento alternativo envolve o processamento conjunto de outros grupos de ÉXONS durante o processamento de algumas, mas não de todas as transcrições do gene. Assim um determinado éxon pode ser conectado a qualquer um dos vários éxons alternativos para formar o RNA maduro. As formas alternativas maduras de RNA MENSAGEIRO produzem ISOFORMAS DE PROTEÍNAS, nas quais uma parte das isoformas é comum enquanto as outras partes são diferentes.

Grupo de enzimas que catalisa a extensão dirigida pelo DNA molde, do terminal 3'de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez. Podem iniciar uma cadeia de novo. Em eucariotos, três formas da enzima foram identificadas de acordo com a sensibilidade à alfa-amanitina e o tipo de RNA sintetizado. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992).

Ponto no qual uma molécula de RNA retém sua integridade estrutural e resiste à degradação por RNASE e HIDRÓLISE catalisada por base, sob condições variáveis in vivo ou in vitro.

Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.

Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.

Partes de um transcrito de um gene (ver GENES) rompido que permanece após a remoção dos ÍNTRONS. São unidas, tornando-se um RNA MENSAGEIRO ou outro RNA funcional.

Vírus cujo material genético é RNA.

Gênero de cogumelos com esporos brancos da família Tricholomataceae. Formam parcerias simbióticas (MYCORRHIZAE) com árvores.

Fenômeno de inativação gênica, pelo qual os RNAds (RNA DE CADEIA DUPLA) desencadeiam a degradação de RNAm homólogo (RNA MENSAGEIRO). Os RNAs de cadeia dupla específicos são processados em RNA INTERFERENTE PEQUENO (RNAsi) que serve como guia para a clivagem do RNAm homólogo no COMPLEXO DE INATIVAÇÃO INDUZIDO POR RNA. A METILAÇÃO DE DNA também pode ser desencadeada durante este processo.

Adição de uma cauda do ácido poliadenílico (POLI A) à terminação 3' do RNAm (RNA MENSAGEIRO). A poliadenilação envolve o reconhecimento do sinal do local de processamento (AAUAAA) e a clivagem do RNAm gerando um terminal 3' OH (hidroxiterminal) para o qual a polimerase poli A (POLINUCLEOTÍDEO ADENILILTRANSFERASE) adiciona um resíduo de 60-200 resíduos de adenilatos. O processamento da terminação 3' de alguns RNAs mensageiros, como o RNAm das histonas, é feito por meio de um processo diferente que não inclui a adição da poli A como descrito aqui.

RNAs pequenos, de cadeia dupla, de codificação não proteica, com 21-25 nucleotídeos de extensão, gerados a partir transcritos do gene de microRNA de cadeia única pela mesma RIBONUCLEASE III, Dicer, que produz RNAs interferentes pequenos (RNA INTERFERENTE PEQUENO). Eles tornam-se parte do COMPLEXO DE INATIVAÇÃO INDUZIDO POR RNA e reprimem a tradução (TRADUÇÃO GENÉTICA) de RNA alvo por ligação a região 3'UTR homóloga como um par imperfeito. Os RNAs temporários pequenos (stRNAs), let-7 e lin-4, de C. elegans, são os primeiros 2 miRNAs encontrados, e são de uma classe de miRNAs envolvidos no controle do tempo de desenvolvimento.

O estudo sistemático das sequências completas do DNA (GENOMA) dos organismos.

Sequências de nucleotídeos localizadas nas extremidades dos ÉXONS e identificadas em RNA pré-mensageiro pelos SPLICEOSSOMOS. São unidos durante a reação de PROCESSAMENTO DE RNA, formando as junções entre os éxons.

Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.

Modificação biológica pós-transcricional de RNAs mensageiro, de transferência, ou ribossômicos ou [de] seus precursores. Inclui clivagem, metilação, tiolação, isopentenilação, formação de pseudouridina, mudanças conformacionais e associação com proteína ribossômica.

Relacionamentos entre grupos de organismos em função de sua composição genética.

RNA que consiste de duas fitas ao contrário do mais prevalente RNA de fita única. A maior parte dos segmentos de dupla fita são formados a partir da transcrição do DNA por pareamento intramolecular de sequências de bases complementares invertidas separadas por uma alça de fita única. Alguns segmentos de dupla fita de RNA ocorrem normalmente em todos os organismos.

Ácido ribonucleico de protozoários, que tem papéis regulatórios e catalíticos, bem como envolvimento na síntese proteica.

RECOMBINAÇÃO GENÉTICA das partes de dois ou mais GENES que resulta em um gene com regiões regulatórias diferentes ou adicionais, ou um novo produto gênico quimérico. A FUSÃO ONCOGÊNICA inclui um ONCOGENE como pelo menos um dos parceiros da fusão e tais fusões gênicas são frequentemente detectadas em células neoplásicas e são transcritas em PROTEÍNAS DE FUSÃO ONCOGÊNICA. A FUSÃO GÊNICA ARTIFICIAL é executada in vitro pela tecnologia de DNA RECOMBINANTE.

Programas e dados operacionais sequenciais que instruem o funcionamento de um computador digital.

Campo da biologia voltado para o desenvolvimento de técnicas para coleta e manipulação de dados biológicos e o uso desses dados para fazer descobertas ou predições biológicas. Este campo envolve todos os métodos e teorias computacionais para resolver problemas biológicos, inclusive a manipulação de modelos e de conjuntos de dados.

Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.

Método in vitro para produção de grandes quantidades de DNA específico ou fragmentos de RNA de comprimento definido de pequenas quantidades de oligonucleotídeos curtos de sequências flanqueantes (iniciadores ou "primers"). O passo essencial inclui desnaturação térmica de moléculas alvo da dupla fita, reassociação dos primers a suas sequências complementares e extensão do iniciador reassociado pela síntese enzimática com DNA polimerase. A reação é eficiente, específica e extremamente sensível. A utilização da reação inclui diagnóstico de doenças, detecção de patógenos difíceis de se isolar, análise de mutações, teste genético, sequenciamento de DNA e análise das relações evolutivas.

RNA que tem atividade catalítica. A sequência catalítica de RNA se dobra para formar uma superfície complexa que pode atuar como enzima em reações com ela mesma e outras moléculas. Pode funcionar mesmo na ausência de proteína. Há numerosos exemplos de espécies de RNA que atuam sobre o RNA catalítico, entretanto a extensão desta classe de enzima não é limitada a um tipo particular de substrato.

Processos de formação da estrutura terciária do RNA.

RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica e transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos diferentes para cátions e sal da RNA polimerase I e é fortemente inibida pela alfa-amanitina. EC 2.7.7.6.

Conjuntos de vocabulários estruturados usados para descrever e categorizar genes e produtos gênicos por meio de suas funções moleculares, envolvimento em processos biológicos e localização celular. Estes vocabulários e suas associações a genes e a produtos gênicos (Notas em Ontologia Gênica) são geradas e gerenciadas pelo Consórcio de Ontologia Gênica.

Sequências de DNA localizadas nos genes entre os ÉXONS. São transcritos juntamente com os éxons, porém removidos da transcrição gênica primária por PROCESSAMENTO DE RNA deixando o RNA maduro. Alguns íntrons codificam genes independentes.

Qualquer dos processos pelos quais os fatores nucleares, citoplasmáticos ou intercelulares influenciam o controle diferencial (indução ou repressão) da ação gênica ao nível da transcrição ou da tradução.

Ácido ribonucleico de fungos, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.

DNA complementar de fita única sintetizado a partir de um molde de RNA pela ação da DNA polimerase dependente de RNA. O DNAc (DNA complementar, não DNA circular, não C-DNA) é utilizado numa variedade de experimentos de clonagem molecular assim como servem como uma sonda de hibridização específica.

As partes da sequência de RNA mensageiro que não codificam produto, isto é, as REGIÕES 5' NÃO TRADUZIDAS e as REGIÕES 3' NÃO TRADUZIDAS.

Correspondência sequencial de nucleotídeos em uma molécula de ácido nucleico com os de outras moléculas de ácido nucleico. A homologia de sequência é uma indicação da relação genética de organismos diferentes e a função gênica.

Bases de dados que contêm informações sobre ÁCIDOS NUCLEICOS, como SEQUÊNCIA DE BASES, SNPS, CONFORMAÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS e outras propriedades. A informação sobre os fragmentos de DNA armazenada em uma BIBLIOTECA GÊNICA ou BIBLIOTECA GENÔMICA é, com frequência, mantida em bases de dados de DNA.

Sequência de tripletes nucleotídicos sucessivos lidos como códons que especificam AMINOÁCIDOS e começam com um CÓDON DE INICIAÇÃO e terminam com um códon de parada (CÓDON DE TERMINAÇÃO).

Variação da técnica de PCR na qual o cDNA é construído do RNA através de uma transcrição reversa. O cDNA resultante é então amplificado utililizando protocolos padrões de PCR.

Complemento genético de uma planta (PLANTAS) como representado em seu DNA.

Família de proteínas que promovem o desenrolamento de RNA durante a quebra e tradução.

Classe de moléculas de RNA não traduzidas que são caracteristicamente maiores do que 200 nucleotídeos em comprimento e não codificam proteínas. Revelou-se que os membros desta classe de moléculas desempenham papéis na regulação da transcrição, no processamento pós-transcricional, no remodelamento da cromatina (ver MONTAGEM E DESMONTAGEM DA CROMATINA) e no controle epigenético da cromatina.

Complemento genético completo contido no DNA de um grupo de CROMOSSOMOS em um SER HUMANO. O comprimento de um genoma humano é cerca de 3 bilhões de pares de bases.

Grupo de ribonucleotídeos (até 12) no qual os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo atuam como pontes na formação das ligações diéster entre as porções de ribose.

Complemento genético de um organismo, incluindo todos os seus GENES, representado por seu DNA ou em alguns casos, por seu RNA.

Pequenas moléculas de RNA com 73-80 nucleotídeos que atuam durante a TRADUÇÃO GENÉTICA para alinhar os AMINOÁCIDOS nos RIBOSSOMOS em uma sequência determinada pelo RNA MENSAGEIRO. Há cerca de 30 RNAs de transferência diferentes. Cada um reconhece um grupo específico de CÓDON no RNAm através de seu ANTICÓDON e como RNA transportadores de aminoacil (RNA DE TRANSFERÊNCIA DE AMINOACIL), cada um transporta um aminoácido específico para o ribossomo para adicionar às cadeias peptídicas que estão se formando.

Hibridização de uma amostra de ácido nucleico em um grupo muito grande de SONDAS DE OLIGONUCLEOTÍDEOS, ligadas individualmente a colunas e fileiras de um suporte sólido, para determinar a SEQUÊNCIA DE BASES ou detectar variações em uma sequência gênica, na EXPRESSÃO GÊNICA ou para MAPEAMENTO GENÉTICO.

Enzima que catalisa a quebra endonucleolítica do RNA na posição 3' de um resíduo de guanilato. EC 3.1.27.3.

Constituintes da subunidade 30S dos ribossomos procarióticos contendo 1600 nucleotídeos e 21 proteínas. O RNAr 16S encontra-se envolvido no início da síntese polipeptídica.

Qualquer dos processos pelos quais os fatores nucleares, citoplasmáticos ou intercelulares influem no controle diferencial da ação gênica nas plantas.

Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.

Primeiro nucleotídeo de uma sequência de DNA transcrita pela qual a RNA polimerase (RNA POLIMERASES DIRIGIDAS POR DNA) começa a síntese do transcrito de RNA.

RNA transcrito de um DNA que está em algum estágio incompleto do PROCESSAMENTO DO RNA PÓS-TRANSCRITIVO, necessário para a função. Os precursores de RNA podem sofrer vários passos de PROCESSAMENTO DE RNA durante o qual as ligações fosfodiester nos limites éxon-íntron são clivadas e os íntrons são excluídos. Consequentemente, uma nova ligação é formada entre as terminações dos exons. Os RNAs maduros resultantes podem, então, ser utilizados. Por exemplo, o RNA MENSAGEIRO é usado como um molde para a produção de proteína.

Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.

Conjunto de três nucleotídeos em uma sequência de codificação de proteína que especifica aminoácidos individuais ou um sinal de terminação (CÓDON DE TERMINAÇÃO). A maioria dos códons é universal, mas alguns organismos não produzem RNAs de transferência (RNA DE TRANSFERÊNCIA) complementares a todos os códons. Estes códons são referidos como códons não designados (CÓDON SEM SENTIDO).

Diferenças genotípicas observadas entre indivíduos em uma população.

Conjunto de métodos de estatística usados para agrupar variáveis ou observações em subgrupos altamente inter-relacionados. Em epidemiologia, pode-se usar para analisar séries de grupos de eventos com grande afinidade entre si ou casos de doença ou outros fenômenos relacionados à saúde cujos modelos de distribuição sejam bem definidos com respeito a tempo ou espaço, ou a ambos.

Restrição de um comportamento característico, estrutura anatômica ou sistema físico, como resposta imunológica, resposta metabólica ou gene ou variante gênico dos membros de uma espécie. Refere-se às propriedades que diferenciam uma espécie de outra, mas também se usa para níveis filogenéticos superiores ou inferiores ao nível de espécie.

Sequências parciais de cDNA (DNA COMPLEMENTAR) que são únicas aos cDNAs dos quais são derivadas.

Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.

Variação nucleotídica única em sequência genética que ocorre com frequência apreciável na população.

Proteínas que se ligam a moléculas de RNA. Aqui estão incluídas as RIBONUCLEOPROTEÍNAS e outras proteínas, cuja função é ligar-se especificamente ao RNA.

Qualquer método utilizado para determinar a localização das distâncias relativas entre genes em um cromossomo.

Estruturas de ácido nucleico encontradas na terminação 5' do RNA mensageiro de célula eucariótica, no RNA mensageiro viral e em alguns RNAs nucleares heterogêneos. Estas estruturas que são positivamente carregadas protegem os RNAs acima especificados em suas terminações contra o ataque por fosfatases e outras nucleases e promovem a função do RNA mensageiro no estágio inicial da tradução. Os ANÁLOGOS DE CAPUZ DE RNA que perderam a carga positiva inibem a iniciação da síntese de proteínas.

Processo de mudanças cumulativas em relação ao DNA, RNA e PROTEÍNAS, ao longo de sucessivas gerações.

Enzimas que catalisam a hidrólise de ligações éster dentro do RNA. EC 3.1.-.

Determinadas culturas de células que têm o potencial de se propagarem indefinidamente.

Análises simultâneas, em um microship, de múltiplas amostras ou objetivos ordenados em um formato em série.

Procedimento constituído por uma sequência de fórmulas algébricas e/ou passos lógicos para se calcular ou determinar uma dada tarefa.

Unidades hereditárias funcionais de PLANTAS.

Propriedade de se obter resultados idênticos ou muito semelhantes a cada vez que for realizado um teste ou medida. (Tradução livre do original: Last, 2001)

RNA presente em tecidos neoplásicos.

Manifestação fenotípica de um gene (ou genes) pelos processos de TRANSCRIÇÃO GENÉTICA e TRADUÇÃO GENÉTICA.

Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).

Bases de dados destinadas ao conhecimento sobre genes e produtos gênicos específicos.

Sequências de DNA reconhecidas (direta ou indiretamente) e ligadas por uma RNA polimerase dependente de DNA durante a iniciação da transcrição. Sequências altamente conservadas dentro do promotor incluem a caixa de Pribnow nem bactérias e o TATA BOX em eucariotos.

Identificação bioquímica das alterações mutacionais em uma sequência de nucleotídeos.

Subsistemas reguladores de codificação do DNA interagindo no GENOMA que coordenam os sinais dos FATORES DE TRANSCRIÇÃO ativadores e repressores durante o desenvolvimento, diferenciação celular ou em resposta aos estímulos ambientais. A função da rede é especificar a expressão de grupos particulares de GENES para determinadas situações, tempos ou locais.

Representações teóricas que simulam o comportamento ou a atividade de processos ou fenômenos genéticos. Envolvem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.

A sequência da extremidade 3'do RNA mensageiro que não codifica produto. Essa região contém sequências de regulação da transcrição e da tradução.

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.

Formas variantes do mesmo gene, ocupando o mesmo locus em CROMOSSOMOS homólogos e governando as variantes na produção do mesmo produto gênico.

Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.

Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.

Enzima que catalisa a conversão do RNA linear a uma forma circular pela transferência de 5'-fosfato para o terminal 3'-hidroxilado. Também catalisa a ligação covalente de dois polirribonucleotídeos em ligação fosfodiéster. EC 6.5.1.3.

Gênero de plantas (família BRASSICACEAE) contendo PROTEÍNAS DE ARABIDOPSIS e PROTEÍNAS DE DOMÍNIO MADS. A espécie 'A. thaliana' é utilizada em experimentos em genética vegetal clássica, bem como em estudos de genética molecular em fisiologia, bioquímica e desenvolvimento de plantas.

Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.

Qualquer dos processos pelos quais os fatores citoplasmáticos ou intercelulares influem no controle diferencial da ação gênica nas bactérias.

Família ampla de RNA helicases que compartilham um motivo de proteína comum com uma única letra da sequência de aminoácidos D-E-A-D (Asp-Glu-Ala-Asp). Além da atividade da RNA helicase, membros da família DEAD-box participam em outros aspectos do metabolismo e regulação da função do RNA.

Constituinte da subunidade 60S dos ribossomos eucarióticos. O RNAr 28S encontra-se envolvido no início da síntese proteica em eucariotos.

Constituinte da subunidade 40S dos ribossomos eucarióticos. O RNAr 18 S encontra-se envolvido no início da síntese polipeptídica nos eucariotos.

Técnica amplamente usada que explora a capacidade de sequências complementares de DNAs ou RNAs de fita simples para parear entre si formando uma dupla hélice. A hibridização pode ocorrer entre duas sequências complementares de DNA, entre DNA de fita simples e um RNA complementar, ou entre duas sequências de RNA. A técnica é usada para detectar e isolar sequências específicas, medir homologia, ou definir outras características de uma ou ambas as cadeias. (Tradução livre do original: Kendrew, Encyclopedia of Molecular Biology, 1994, p503)

RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica, onde transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos específicos para cátions e sal, e mostrou sensibilidade intermediária à alfa-amanitina em comparação com a RNA polimerase I e II. EC 2.7.7.6.

Qualquer [um] dos processos pelo qual os fatores nucleares, citoplasmáticos ou intercelulares influem sobre o controle diferencial da ação gênica durante as fases de desenvolvimento de um organismo.

Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.

Análise que compara as frequências alélicas de todos os marcadores polimórficos disponíveis (ou um conjunto representativo do GENOMA inteiro) em pacientes não relacionados que possuam um determinado sintoma ou afecção e em controles saudáveis, a fim de identificar marcadores associados com uma doença específica ou afecção.

Complemento genético completo contido em uma molécula de DNA ou RNA de um vírus.

RNA polimerase dependente de DNA presente em células bacterianas, vegetais e animais. A enzima funciona na estrutura nucleolar e transcreve DNA a RNA. Tem requerimentos diferentes para cátions e sais da RNA polimerase II e III, e não é inibida pela alfa-amanitina. EC 2.7.7.6.

Moléculas de RNA encontradas no núcleo tanto em associação com cromossomas ou no nucleoplasma.

Proteínas encontradas em plantas (flores, ervas, arbustos, árvores, etc.). O conceito não inclui proteínas encontradas em vegetais para os quais PROTEÍNAS DE VERDURAS estão disponíveis.

Constituição genética do indivíduo que abrange os ALELOS presentes em cada um dos LOCI GÊNICOS.

Pequeno RNA cinetoplastídio mitocondrial que desempenha um papel principal na EDIÇÃO DE RNA. Estas moléculas formam híbridos perfeitos com sequências editadas de RNAm e possuem sequências nucleotídicas nas extremidades 5'que são complementares às sequências de RNAm's situadas imediatamente a jusante das regiões pré-editadas.

Constituinte da subunidade 50S dos ribossomos procarióticos contendo cerca de 3200 nucleotídeos. O RNAr 23S encontra-se envolvido no início da síntese polipeptídica.

Conjuntos complexos de reações enzimáticas interconectadas através dos produtos e metabólitos dos substratos.

Unidades hereditárias funcionais das BACTERIAS.

Porções geralmente subterrâneas de uma planta, que servem como suporte e estocagem de alimento, e pelas quais a água e nutrientes minerais penetram na planta.

Característica restrita a um órgão em particular do corpo, como tipo de célula, resposta metabólica ou expressão de uma proteína ou antígeno em particular.

Sequências de DNA que codificam o RNA RIBOSSÔMICO e os segmentos de DNA separando os genes individuais do RNA ribossômico, citados como DNA ESPAÇADOR RIBOSSÔMICO.

Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.

Grande órgão glandular lobulado no abdomen de vertebrados responsável pela desintoxicação, metabolismo, síntese e armazenamento de várias substâncias.

Processo de múltiplos estágios que inclui a determinação de uma sequência (proteína, carboidrato, etc.), sua fragmentação e análise, e a interpretação da informação resultante da sequência.

Processo de deslocamento de moléculas específicas de RNA de um compartimento ou região celular para outro por meio de vários mecanismos de distribuição e transporte.

Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.

Aparência externa do indivíduo. É o produto das interações entre genes e entre o GENÓTIPO e o meio ambiente.

Biossíntese de PEPTÍDEOS e PROTEÍNAS que ocorre nos RIBOSSOMOS, dirigida pelo RNA MENSAGEIRO, via RNA DE TRANSFERÊNCIA, que é carregado com AMINOÁCIDOS proteinogênicos padrão.

Registro da descendência ou ancestralidade, particularmente de uma característica ou traço especial que identifica cada membro da família, suas relações e seu estado em relação a este traço ou característica.

Sobreposição de DNA clonado ou sequenciado para se construir uma região contínua de um gene, cromossomo ou genoma.

Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.

Proteínas encontradas em qualquer espécie de bactéria.

Os pequenos RNAs que propiciam sequências líderes para processamento, SL1, Sl2, SL3, SL4 e SL5 (sequências curtas que são ligadas às extremidades 5' dos pre-RNAm's através de TRANS-PROCESSAMENTO. Eles são encontrados primariamente em eucariotes primitivos (protozoários e nematódeos).

Ácido ribonucleico na archaea, que tem papéis regulatórios e catalíticos tanto quanto envolvimento na síntese proteica.

Moléculas de RNA monocatenário, pequenas e lineares, atuando funcionalmente como parasitas moleculares de certos vírus RNA de plantas. Os RNAs satélites exibem quatro traços característicos: 1) requerem vírus auxiliares para se replicarem; 2) são desnecessários para a replicação de vírus auxiliares; 3) são encapsulados no capuz proteico dos vírus auxiliares; 4) não têm sequências extensas homólogas aos vírus auxiliares. Dessa forma eles diferem dos VÍRUS SATÉLITES que codificam seu próprio capuz de proteína e do RNA genômico (=RNA VIRAL) dos vírus satélites. (Tradução livre do original: Maramorosch, Viroids and Satellites, 1991, p143)

Reação que fornece uma das ligações açúcar-fosfato da estrutura em fosfodiester do RNA. É catalisada enzimaticamente, quimicamente ou por radiação. A clivagem pode ser exonucleolítica ou endonucleolítica.

Moldes macromoleculares para a síntese de macromoléculas complementares, como REPLICAÇÃO DO DNA, TRANSCRIÇÃO GENÉTICA do DNA para RNA e na TRADUÇÃO GENÉTICA do RNA nos POLIPEPTÍDEOS.

Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético dos vírus.

Processo de multiplicação viral intracelular que consiste em síntese de PROTEÍNAS, ÁCIDOS NUCLEICOS, e às vezes LIPÍDEOS, e sua reunião em uma nova partícula infecciosa.

Transferência intracelular de informação (ativação/inibição biológica) através de uma via de sinalização. Em cada sistema de transdução de sinal, um sinal de ativação/inibição proveniente de uma molécula biologicamente ativa (hormônio, neurotransmissor) é mediado, via acoplamento de um receptor/enzima, a um sistema de segundo mensageiro ou a um canal iônico. A transdução de sinais desempenha um papel importante na ativação de funções celulares, bem como de diferenciação e proliferação das mesmas. São exemplos de sistemas de transdução de sinal: o sistema do receptor pós-sináptico do canal de cálcio ÁCIDO GAMA-AMINOBUTÍRICO, a via de ativação da célula T mediada pelo receptor e a ativação de fosfolipases mediada por receptor. Estes sistemas acoplados à despolarização da membrana ou liberação de cálcio intracelular incluem a ativação mediada pelo receptor das funções citotóxicas dos granulócitos e a potencialização sináptica da ativação da proteína quinase. Algumas vias de transdução de sinal podem ser parte de um sistema de transdução muito maior, como por exemplo, a ativação da proteína quinase faz parte da via de sinalização da ativação plaquetária.

Complemento genético de uma BACTÉRIA como representado em seu DNA.

A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.

Mutação em que um codon é mudado para outro, que direciona a incorporação de um aminoácido diferente. Esta substituição pode resultar em produto inativo ou instável.

Constituinte da subunidade 60S dos ribossomos eucarióticos. O RNAr 5.8S encontra-se envolvido no início da síntese proteica dos eucariotos.

Grupo de ribonucleotídeos adenina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo adenina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.

Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.

Mutação causada pela substituição de um nucleotídeo por outro. O resultado é uma molécula de DNA com troca de um único par de bases.

Sais inorgânicos do ácido sulfuroso.

Categoria de sequências de ácidos nucleicos que agem como unidades da hereditariedade e que codificam as instruções básicas para o desenvolvimento, reprodução e manutenção dos organismos.

Análise genômica da comunidade de organismos em um determinado ambiente.

Etapas que geram a terminação 3' das moléculas de RNA maduro. Para a maioria dos RNAm (RNA MENSAGEIRO), o processamento da terminação 3' é denominado POLIADENILAÇÃO e inclui a adição de POLI A.

Camundongos Endogâmicos C57BL referem-se a uma linhagem inbred de camundongos de laboratório, altamente consanguíneos, com genoma quase idêntico e propensão a certas características fenotípicas.

Proteínas complexas ligando RNA com ácidos ribonucleicos (RNA).

Pequenos RNAs encontrados no citoplasma usualmente formando complexos com proteínas em RNPcp (RIBONUCLEOPROTEÍNAS CITOPLASMÁTICAS PEQUENAS).

RNA nuclear não ribossômico maior do que cerca de 1000 nucleotídeos, a maior parte do qual é rapidamente sintetizada e degradada no interior do núcleo da célula. Alguns RNA nucleares heterogêneos podem ser precursores de RNAm. Porém a larga maior parte do RNAnh hibridiza-se com o DNA nuclear e não com RNAm.

Detecção de RNA que é separado eletroforeticamente e imobilizado por "blotting" em papel de nitrocelulose ou outro tipo de papel ou membrana de nylon, seguido de hibridização com SONDAS DE ÁCIDO NUCLEICO marcado.

Eletroforese na qual um gel de poliacrilamida é utilizado como meio de difusão.

Soma do peso de todos os átomos em uma molécula.

Polímeros constituídos por poucos (2-20) nucleotídeos. Em genética molecular, referem-se a uma sequência curta sintetizada para se combinar a uma região onde sabidamente ocorre uma mutação e, que é então, usada como uma sonda (SONDA DE OLIGONUCLEOTÍDEO). (Dorland, 28a ed)

Pareamento das bases purinas e pirimidinas através de PONTE DE HIDROGÊNIO em DNA (ou RNA) bicatenário.

Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.

RNAs nucleares pequenos que encontram-se envolvidos no processamento de RNA ribossômico no nucléolo. Box C/D contendo RNAnop (U14, U15, U16, U20, U21e U24-U63) direcionam a metilação sítio-específica de várias moléculas de ribose. Box H/ACA contendo RNAnop (E2, E3, U19, U23 e U64-U72) orientam a conversão de uridinas específicas em pseudouridina. Clivagens sítio-específicas resultando nos RNAs ribossômicos maduros são orientadas pelos RNAnop U3, U8, U14, U22 e pelos componentes RNAnop da RNase MRP e da RNase P.

Mutação denominada pela mistura de inserção e deleção. Refere-se a uma diferença de comprimento entre dois ALELOS em que é desconhecido se a diferença foi originalmente causada por uma INSERÇÃO DE SEQUÊNCIA ou por uma DELEÇÃO DE SEQUÊNCIA. Se número de nucleotídeos da inserção/deleção não for divisível por três e ocorrer em uma região codificadora de proteína também é uma MUTAÇÃO DA FASE DE LEITURA.

Taxa dinâmica em sistemas químicos ou físicos.

Espécie do gênero SACCHAROMYCES (família Saccharomycetaceae, ordem Saccharomycetales) conhecida como levedura "do pão" ou "de cerveja". A forma seca é usada como suplemento dietético.

Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.

Infecções por vírus de RNA referem-se a doenças causadas por agentes patogénicos que possuem genoma de ácido ribonucleico, incluindo diversos tipos como vírus da gripe, HIV e SARS-CoV-2.

Conjunto de genes originados por duplicação e variação de algum gene ancestral. Estes genes podem estar reunidos nos mesmo cromossomo ou dispersos em cromossomos diferentes. São exemplos de famílias multigênicas as que codificam as hemoglobinas, imunoglobulinas, antígenos de histocompatibilidades, actinas, tubulinas, queratinas, colágenos, proteínas de choque térmico, proteínas adesivas salivares, proteínas coriônicas, proteínas de cutícula, proteínas vitelínicas, e faseolinas, bem como as histonas, RNA ribossômico, e genes de RNA de transferência. Os últimos três são exemplos de genes repetidos, onde centenas de genes idênticos estão presentes e ordenados em fila.

Deleção das sequências dos ácidos nucleicos a partir do material genético de um indivíduo.

Variação em uma sequência no DNA da população, a qual é detectada determinando-se alterações na conformação dos fragmentos de DNA desnaturados. Estes são renaturados sob condições que impedem a formação de DNA de fita dupla, mas permitem que se forme uma estrutura secundária em fragmentos de fita simples. Estes fragmentos são então analisados em gel de poliacrilamida para se detectar variação na estrutura secundária, que se manifesta como alteração na migração através de géis.

Um dos três domínios da vida, também denominado Eubacterias (os outros são Eukarya e ARCHAEA). São micro-organismos procarióticos, unicelulares, com parede celular geralmente rígida. Multiplicam-se por divisão celular e apresentam três formas principais: redonda (cocos), bastonete (bacilos) e espiral (espiroquetas). Podem ser classificadas pela resposta ao OXIGÊNIO (aeróbicas, anaeróbicas, ou anaeróbicas facultativas), pelo modo de obter energia: quimiotróficas (via reação química) ou PROCESSOS FOTOTRÓFICOS (via reação com luz), quimiotróficas, pela fonte de energia química. As quimiolitotróficas (a partir de compostos inorgânicos) ou CRESCIMENTO QUIMIOAUTOTRÓFICO (a partir de compostos orgânicos), e pela fonte de CARBONO, NITROGÊNIO, etc. PROCESSOS HETEROTRÓFICOS (a partir de fontes orgânicas) e PROCESSOS AUTOTRÓFICOS (a partir de DIÓXIDO DE CARBONO). Podem também ser classificadas por serem coradas ou não (com base na estrutura da PAREDE CELULAR) pelo CRISTAL VIOLETA: Gram-positivas ou Gram-negativas.

A sequência da extremidade 5' do RNA mensageiro que não codifica produto. Essa sequência contém o sítio de ligação ribossômica e outras sequências reguladoras da transcrição e da tradução.

Unidades hereditárias funcionais dos VÍRUS.

Família de enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica do RNA. Inclui EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- e EC 3.1.31.-.

Uridina é uma nucleosídeo pentose encontrado no ácido ribonucleico (ARN) e desempenha um papel importante na síntese de proteínas como parte do ARN de transferência (ARNt).

Transcritos sintéticos de uma molécula ou fragmento específico de DNA, produzido através de um sistema de transcrição in vitro. Este cDNA pode ser marcado com uma uracila radioativa e então utilizada como uma sonda. (King & Stansfield, A Dictionary of Genetics, 4th ed)

Ácido ribonucleico de helmintos, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento em síntese proteica.

Adição de grupos metilas ao DNA. O DNA metiltransferases (metilases de DNA) desempenham esta reação usando S-ADENOSILMETIONINA como doador do grupo metila.

Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.

Desorganização da estrutura secundária dos ácidos nucleicos por calor, pH ou tratamento químico. A dupla fita de DNA é desnaturada por quebra das ligações de hidrogênio e interações hidrofóbicas. O DNA desnaturado parece ser uma estrutura flexível de fita simples. Os efeitos da desnaturação sobre o RNA são semelhantes, entretanto menos pronunciado e facilmente reversível.

Quantidades relativas de PURINAS e PIRIMIDINAS em um ácido nucleico.

Forma de BIBLIOTECA GÊNICA que contêm as sequências completas do DNA presente no genoma de um dado organismo. Contrasta com uma biblioteca de cDNA que contém apenas sequências utilizadas na codificação de proteínas (íntrons ausentes).

Construções de DNA que são compostas de, pelo menos, uma ORIGEM DE REPLICAÇÃO, para replicação bem sucedida, propagação a e para manutenção como um cromossomo extra em bactérias. Além disso, eles podem carregar grandes quantidades (cerca de 200 kilobases) de outra sequência para uma variedade de propósitos em bioengenharia.

Oligonucleotídeos sintéticos ou naturais usados em estudos de hibridização para a identificação e estudo de fragmentos de ácidos nucleicos específicos, por exemplo, fragmentos de DNA próximos ou no interior de um gem ou locus específico. A sonda hibridiza-se com um RNAm específico, se presente. Técnicas convencionais usadas para o teste do produdo de hibridização incluem ensaios dot blot, ensaios Sounthern blot, e testes de anticorpos específicos para o híbrido DNA:RNA. Marcadores convencionais para a sonda incluem os marcadores radioisótopos 32P e 125I e o marcador químico biotina.

Vírus parasitas de plantas superiores a bactérias.

Grau de semelhança entre sequências. Os estudos de HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DE AMINOÁCIDOS e HOMOLOGIA DE SEQUÊNCIA DO ÁCIDO NUCLEICO fornecem informações genéticas úteis sobre a relação entre os genes, produtos gênicos e espécies.

Método (primeiro desenvolvido por E.M. Southern) para detecção de DNA que é separado eletroforeticamente e imobilizado por "blotting" em papel de nitrocelulose ou outro tipo de papel ou membrana de nylon, seguido de hibridização com SONDAS DE ÁCIDO NUCLEICO marcado.

Interrupção ou supressão da expressão de um gene nos níveis transcricionais ou traducionais.

Enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica de regiões de fita simples de moléculas DNA ou de RNA, enquanto deixam as regiões de dupla fita intactas. São particularmente úteis no laboratório para a produção de moléculas de DNA com extremidades cegas a partir de DNA com extremidades em fita simples e para TÉCNICAS GENÉTICAS sensíveis, como os ENSAIOS DE PROTEÇÃO DE NUCLEASES que envolvem a detecção de DNA fita simples ou de RNA.

Ocorrência regular e simultânea de dois ou mais genótipos descontínuos em uma única população que está se multiplicando. O conceito inclui diferenças em genótipos variando em tamanho de um local contendo um único nucleotídeo (POLIMORFISMO DE UM ÚNICO NUCLEOTÍDEO) a uma grande sequência de nucleotídeos visível num nível cromossômico.

Métodos usados para determinar os ALELOS específicos de um indivíduo ou os SNPS (ver POLIMORFISMO DE NUCLEOTÍDEO ÚNICO).

Medidas de classificação binária para avaliar resultados de exames. Sensibilidade ou taxa de recall é a proporção de verdadeiros positivos. Especificidade é a probabilidade do teste determinar corretamente a ausência de uma afecção. (Tradução livre do original: Last, Dictionary of Epidemiology, 2d ed)

Tipo de mutação em que vários NUCLEOTÍDEOS deletados ou inseridos em uma sequência de codificação de proteínas não são divisíveis por três, causando assim uma alteração nas FASES DE LEITURA de toda a sequência do código, além da mutação. Estas mutações podem ser induzidas por certos tipos de MUTÁGENOS, ou podem ocorrer espontaneamente.

Espécie tipo de LENTIVIRUS e agente etiológico da AIDS. É caracterizado pelo seu efeito citopático e pela afinidade pelo linfócito T CD4+.

Ácido ribonucleico de cloroplastos, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.