Le carbocianine sono un gruppo di coloranti sintetici fluorescenti che vengono utilizzati in campo medico, biologico e biochimico come marcatori per la microscopia a fluorescenza. Sono caratterizzate da una struttura chimica contenente un anello aromatico con un gruppo cianina (-CN) e un gruppo isotiocianato (-N=C=S).

In medicina, le carbocianine vengono utilizzate come coloranti vitali per la colorazione dei tessuti viventi. Ad esempio, il blu di metilene, una carbocianina, viene impiegato come marcatore vascolare per evidenziare i vasi sanguigni durante gli interventi chirurgici. Altre carbocianine, come la DiI e la DiO, sono utilizzate in ricerca per studiare il trasporto di lipidi e la dinamica delle membrane cellulari.

Le carbocianine presentano un'elevata affinità per le membrane cellulari, specialmente quelle ricche di fosfolipidi, e possono essere utilizzate per studiare il trasporto di lipidi e la fusione delle membrane. Inoltre, alcune carbocianine sono in grado di attraversare la barriera emato-encefalica, rendendole utili come marcatori fluorescenti per l'imaging cerebrale.

È importante notare che l'uso delle carbocianine deve essere effettuato con cautela e sotto la guida di personale medico qualificato, poiché possono presentare potenziali effetti tossici se utilizzate in modo improprio o a dosaggi elevati.