En biologie moléculaire et en bioinformatique, une séquence consensus est la séquence nucléotidique ou la séquence peptidique ... Par exemple, les séquences CAAT et TATA (boîte TATA) sont connues pour être des séquences promotrices d'une partie des gènes ... L'alignement de séquences correspondant au même facteur de transcription permet donc de déterminer la séquence conservée, ... Elle représente le résultat d'alignements de séquences multiples dans lesquelles les séquences apparentées sont comparées les ...

Ce consensus est appelé séquence de Kozak. Il se forme alors une interaction entre l'anticodon de l'ARNt et ce codon AUG. Ceci ... La séquence polypeptidique qui résultera de la traduction de cet ARNm ne correspond donc pas à la séquence exacte du gène ... ou séquence de Shine & Dalgarno. Ce RBS est en général séparé du codon de démarrage par 6 à 12 nucléotides. Sa séquence est ... Elles interviennent en séquence et se lient au pré-ARNm par le biais d'appariements de bases de type Watson-Crick. La première ...

Extraction des séquences consensus. Une séquence consensus (contig) est générée à partir de l'ensemble des fragments de chaque ... Les séquences qui sont liées sont généralement des séquences contiguës correspondant à des chevauchements de lectures. Lors de ... Sequence assembly » (voir la liste des auteurs). (en) Niranjan Nagarajan et Mihai Pop, « Sequence assembly demystified », ... à aligner et/ou fusionner des fragments d'ADN ou d'ARN issus d'une plus longue séquence afin de reconstruire la séquence ...

... à la séquence consensus. Ceci facilite d'une part la création de régions consensus qui ne sont pas couvertes par de séquences ... à chaque base ainsi que des séquences consensus basées sur la qualité des séquences a été un élément crucial dans le succès du ... été la détermination de séquences consensus utilisant la qualité des séquences. En effet, Phrap automatisait une étape qui ... Durant la procédure, Phrap vérifie le consensus à l'aide d'autres séquences de la même région, après considération de ...

Ces deux séquences consensus appartiennent au promoteur régulateur. L'expression génique complète se produit lorsque les ... est un modèle distinct de nucléotides avec une séquence consensus GGCCAATCT qui se produit en amont de 60 à 100 bases jusqu'au ... Il s'agit d'une séquence d'ADN invariante à environ moins 70 paires de bases de l'origine de la transcription dans de nombreux ... CAAT signale le site de liaison du facteur de transcription d'ARN et est généralement accompagnée d'une séquence consensus ...

Des caractéristiques communes des fragments (polarité, séquences consensus...) peuvent être mises en évidence. D'autre part, on ... Elle permet donc de localiser ces sites et d'étudier les séquences d'ADN correspondantes. Contrairement aux autres techniques ... L'utilisation de puce à ADN en deuxième partie permet cependant d'accélérer le processus d'identification des séquences, ... puisqu'on teste potentiellement plusieurs milliers de séquences à la fois. La PCR restreint l'étude à un fragment à la fois, ...

On n'a pas identifié de séquence consensus pour la palmitoylation des protéines. On trouve les protéines palmitoylées ... et concerne des protéines dont la séquence commence généralement par Met-Gly avec un résidu de sérine ou de thréonine en ...

Le facteur σ reconnaît une séquence consensus dans le promoteur du gène, classiquement, la boîte de Pribnow [TATAAT], puis se ... Deux autres « boîtes » font aussi partie des séquences consensus ; parmi elles se trouvent la boîte CAAT (située à environ 70 ... Dans le cas des terminateurs Rho-indépendants, on trouve après la séquence d'ADN palindromique une séquence riche en A. Cela ... En effet, l'ADN des eucaryotes possède des séquences codantes (Exons) et des séquences non codantes (Introns). Seuls les exons ...

La séquence consensus des NLS est Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val. Les séquences NLS des protéines sont reconnues par des ... Il existe différents types de NLS avec des séquences consensus généralement faibles mais une de leurs caractéristiques est ... Séquence d'exportation nucléaire Export de l'ARN messager. Export protéique. Pore nucléaire Transporteur membranaire Portail de ... L'import ou l'export des protéines nécessite la présence de signaux spécifiques dans leur séquence qui sont reconnus par les ...

À partir de l'analyse de la séquence de différentes régions promotrices, des séquences consensus ont été établies, dont il ... Les séquences régulatrices, appelées aussi séquence-cis, sont une partie de l'ADN non codant (séquences du génome qui ne sont ... En général, plus la séquence s'approche du consensus, plus le promoteur est fort. Le nombre de transcrits générés à partir de ... Elles sont appelées boîtes -10 (séquence nucléotidique : TATAAT) et -35 (séquence nucléotidique : TTGACA), les chiffres ...

... à partir de la séquence de celle-ci ; recherche de motifs ou structures consensus pour caractériser les séquences. La bio- ... recherche de séquences dans une banque de données à partir d'une autre séquence ou d'un fragment de séquence. Les logiciels les ... alignement de séquences : pour trouver les ressemblances entre deux séquences et déterminer leurs éventuelles homologies. Les ... Celle-ci passe par la détermination des cadres de lecture ouverts d'une séquence nucléique et de sa ou ses traduction(s) ...

... la séquence consensus autour du codon de démarrage peut être différente. C'est une séquence très conservée lors de l'évolution ... La séquence de Kozak ou séquence Kozak est une séquence conservée que l'on trouve sur les ARN messagers eucaryotes au niveau du ... Chez les vertébrés, la séquence de Kozak a pour consensus gccRccAUGG où R représente une purine (le codon de démarrage est en ... ARN messager Codon d'initiation Traduction génétique Séquence Shine-Dalgarno Portail de la biologie cellulaire et moléculaire ( ...

La reconnaissance se fait généralement sous la forme d'une séquence consensus comme la boîte TATA. Un gène peut avoir plus d'un ... La séquence est généralement formée par des désoxyribonucléotides, et est donc une séquence d'ADN (par des ribonucléotides ... obtenu lorsqu'une séquence codante est fusionnée avec un promoteur et/ou d'autres séquences dérivées d'un gène différent. La ... La séquence de nucléotides de l'ADN qui forme le gène n'est pas directement fonctionnelle. Elle le devient à la suite de sa ...

... appelé séquence de Kozak. La séquence consensus de Kozak chez les vertébrés est gccRccATGG, où R désigne une purine. En plus de ... Cette séquence a pour consensus AGGAGGUAA et est située 6 à 12 nucléotides en amont du codon de démarrage AUG. Ceci permet le ... de l'ARN ribosomique 16S et une séquence spécifique complémentaire située sur l'ARN messager juste en amont et appelée séquence ... Le démarrage de la traduction consiste en le recrutement du ribosome sur le premier codon de la séquence codant la protéine sur ...

Les HREs possèdent des séquences particulières, ces séquences sont appelées « séquences consensus ». Cette section est vide, ... Ces régions se lient à des séquences spécifiques d'ADN appelées « HRE (Hormone Response Elements) ». ...

Elle lie un groupe géranylgéranyle au résidu de cystéine d'une séquence consensus CaaX C-terminale d'une protéine. Cette ...

Un consensus existe sur le fait que cette sourate n'est pas conçue comme une séquence textuelle homogène. De nombreux indices ...

Lorsque plusieurs séquences sont mises en jeu, une dernière ligne est ajoutée pour conclure à un consensus. On distingue deux ... Dans ce cas, on compare une séquence inconnue à toutes les séquences de la base, en les testant successivement une par une. Les ... Elles sont utilisées pour rechercher une homologie entre une séquence test et une séquence de référence, souvent extraite d'une ... La plupart des méthodes d'alignement de séquences biologiques, et en particulier les méthodes d'alignement de séquence de ...

Ils contrôlent l'expression de gènes cibles en accueillant des séquences dites « séquences consensus », de ces gènes. Certains ...

À partir de l'analyse de la séquence de différentes régions promotrices, des séquences consensus ont été établies, dont il ... Cette séquence, dont le consensus est TATAAT est localisée 10 nucléotides en amont du site de démarrage de la transcription. ... séquence en -10 T A T A A T 77 % 76 % 60 % 61 % 56 % 82 % séquence en -35 T T G A C A 69 % 79 % 61 % 56 % 54 % 54 % ... La première séquence découverte chez les procaryotes est la « Boîte C » ou boîte de Pribnow, équivalente de la boîte TATA chez ...

Les rôles fonctionnels des différents snRNP sont les suivants : U1 sert à la reconnaissance de la séquence consensus GUAAGU, à ... Ce dernier s'apparie avec une séquence consensus présente dans la région 3' non-codante de l'ARN pré-messager des histones. La ... ni de signal de polyadénylation et subissent un processus de coupure guidé par la séquence de l'ARNsn U7. ... qui s'associent en anneau heptamérique autour d'une séquence conservée sur l'ARN. D'autres protéines sont spécifiques de chaque ...

Le consensus suivant résumé les critiques compilées par le site : « Les séquences d'action sont savamment mises en scène. ...

Une GGTase I catalyse l'addition d'un groupe géranylgéranyle sur la séquence consensus CaaL, où C représente un résidu de ... Une GGTase II ajoute deux groupes géranylgéranyle sur deux résidus de cystéines d'une séquence consensus C-terminale de type ...

Il consiste pour un ensemble de machines à se mettre d'accord sur une valeur ou, par extension, sur une séquence de valeurs. La ... Le consensus binaire est le problème du consensus où les processus doivent s'accorder sur une valeur binaire (0 ou 1) en ayant ... La résolution du consensus requiert une hypothèse de synchronie. Dans le modèle synchrone, le consensus peut être résolu avec f ... Alors que le consensus classique est privilégié au sein des structures contrôlées comme les centres de données, le consensus ...

Le seul standard publié pour le type B4 V est 90 Leonis, d'après Lesh (1968). Il y peu de consensus dans la littérature ... Étoile bleue de la séquence principale , Étoile blanche de la séquence principale Étoile Ae/Be de Herbig Type spectral, Type B ... Une étoile bleu-blanc de la séquence principale est une étoile de type spectral BV. B est le type spectral à proprement parler ... en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article de Wikipédia en anglais intitulé « B-type main-sequence star ...

Les terminateurs Rho-dépendants, constitués d'une séquence consensus reconnue par la protéine Rho, qui provoque le détachement ... L'ARN transcrit n'est plus alors apparié au brin d'ADN matrice que par la séquence d'uridines qui suit. Ces interactions A-U ... Celle-ci s'effectue au niveau d'une séquence AAUAAA sur l'ARN synthétisé, appelé signal de polyadénylation. Elle fait ... sont constitués d'une séquence répétée inversée suivie d'une série de T (uraciles sur l'ARN transcrit). Lors de sa ...

... on retrouve une séquence consensus homologue à tous les herpèsvirus, pac1, servant au clivage du génome et à son encapsidation ... Cette séquence est suivie de motifs courts répétés de séquences télomériques, séparées par des brins uniques de 6 pb répétés. ... Un motif commun qui est semblable aux séquences télomériques humaines (GGGTTA)n a été identifié à la fin du génome de HHV-7. À ... Cloning, restriction endonuclease mapping and partial sequence analysis of the genome of human herpesvirus 7 strain JI, États- ...

Chez les procaryotes la séquence consensus qui permet la fixation de l'ARNm sur la petite sous-unité du ribosome est la ... La séquence de Shine-Dalgarno (5'- AGGAGG -3') est située entre 6 et 12 bases en amont du codon AUG de l'ARNm. Cette séquence ... dont le consensus varie suivant les espèces. Chez les vertébrés où elle a été observée la première fois, cette séquence est 5 ... les nucléotides entourant le triplet initiateur ATG sont souvent bien conservés et constituent une séquence nommée séquence de ...

Phrap utilise les scores de qualité phred afin de déterminer les meilleures séquences consensus ainsi qu'estimer la qualité de ... générant des séquences de longueurs variables, chacune marquée à son extrémité par un fluorochrome. Ces séquences sont ensuite ... L'examen de ces pics permet de déterminer l'ordre de chacune des bases de la séquence d'ADN. Cependant l'intensité, la forme et ... Phrap utilise également ces scores pour estimer si les divergences entre deux séquences chevauchantes relèvent d'une erreur de ...

Les protéines à motif bHLH se lient généralement à une séquence consensus dite « boîte E (en) », de type CANNTG, où N ... La boîte E canonique est CACGTG (séquence palindromique), mais certains facteurs de transcription à bHLH, notamment ceux de la ... famille bHLH-PAS se lient à une séquence apparentée non palindromique, qui sont semblables à une boîte E. (en) Paul B. Card, ...

Ainsi, la méthode la plus couramment utilisée pour déterminer une séquence consensus est de prendre en compte les bases avec un ... L'utilisation des scores de qualité par Phrap automatisa la recherche de séquences consensus de haute qualité évitant dans la ... Phrap utilise les scores de qualité phred afin de déterminer les meilleures séquences consensus ainsi qu'estimer la qualité de ... Lors du Projet Génome Humain, la plus importante utilisation des scores fut la détermination automatique de séquences consensus ...