• partir
  • Com Richard Eck, ela publicou a primeira reconstrução computacional de filogenia (árvore evolutiva) a partir de sequências moleculares, utilizando um método de máxima parcimônia. (wikipedia.org)
  • Ele foi obtido a partir de pesquisas sobre a estrutura da proteína no caso hemoglobinas de espécies diferentes, traçando o número de mudanças do aminoácido entre as sequências de proteína contra a idade estimada de espécies a partir de evidências fósseis. (wikipedia.org)
  • Abaixo, segue uma lista com os principais tipos de marcadores moleculares genômicos: RFLP (Restriction fragment lenght polymorphism): são fragmentos de DNA obtidos a partir de uma técnica que consiste na hibridização de sequências específicas de DNA, denominadas sondas, com o DNA total digerido por enzimas de restrição dos indivíduos a serem analisados. (wikipedia.org)
  • O biólogo evolucionista Dr. Matthew Phillips da Queensland University of Technology usou dados moleculares a partir de sequências de DNA para desafiar a teoria científica dominante que os mamíferos placentários diversificaram-se 20 milhões de anos antes de os dinossauros se extinguirem. (wordpress.com)
  • O software automaticamente lida com dados em uma variedade de formatos e até mesmo permite a recuperação transparente de dados de seqüências a partir da web. (wikipedia.org)
  • Em biologia molecular experimental, técnicas de bioinformática, tais como imagem e processamento de sinais, permitiram a extração de resultados úteis a partir de grandes quantidades de dados brutos. (wikipedia.org)
  • Uma árvore não enraizada sempre pode ser produzida a partir de uma árvore enraizada, mas uma raiz normalmente não podem ser colocada em uma árvore não enraizadas sem dados adicionais sobre as taxas de divergência, como pressuposto na hipótese do relógio molecular. (wikipedia.org)
  • Os primeiros problemas surgiram quando os biólogos moleculares sequenciaram genes a partir dos três domínios básicos da vida - bactérias, procariontes e eucariontes - mas esses genes não permitiam que esses grupos básicos de vida pudessem ser resolvidos em um padrão parecido com árvore. (universoprivilegiado.org)
  • Em março de 2014 saiu a edição "2014_03" de UniProtKB/Swiss-Prot, que continha 542.782 entradas de sequências (que constavam de 193.019.802 aminoácidos obtidos a partir de 226.896 referências) e a edição "2014_03" de UniProtKB/TrEMBL continha 54.247.468 de entradas de sequências (que constavam de 17.207.833.179 aminoácidos). (wikipedia.org)
  • diferentes
  • A Evolução Molecular permite revelar a natureza das mudanças no material genético e nos produtos codificados por ele, além de determinar por métodos estatísticos o curso histórico-evolutivo dessas mudanças em uma determinada linhagem, ou entre linhagens diferentes. (wikipedia.org)
  • A disciplina visa apresentar aos alunos diferentes algoritmos e teécnicas computacionais utilizadas na Bioinformática moderna e respectiva aplicação à resolução de problemas em biologia e medicina, com ênfase nas aplicações da biologia molecular. (ubi.pt)
  • Um marcador genético ideal deve apresentar uma série de atributos: Alto nível de polimorfismo Estabilidade em diferentes ambientes Detectar grande número de loci não ligados Herança simplesGuerra, Nodari e Stefenon Os marcadores moleculares correspondem, basicamente, a uma sequência de nucleotídeos que atua como referência em um cromossomo. (wikipedia.org)
  • Através da tecnologia dos marcadores moleculares a caracterização genética de diferentes genomas se tornou mais fácil e rápida, e com isso foram surgindo diversas metodologias capazes de utilizar e caracterizar alterações nesses marcadores. (wikipedia.org)
  • Os fragmentos obtidos, possuindo diferentes tamanhos, são separados por peso molecular em processos de eletroforese em gel de agarose (ver imagem ao lado), ou mais comumente através de capilares preenchidos por um polímero viscoso, no qual os fragmentos correm, ordenadamente, dos mais leves aos mais pesados. (wikipedia.org)
  • ainda
  • Outras proteínas também mostraram uma taxa constante de evolução molecular entre espécies, mas cada proteína com uma taxa diferente: histonas foram excepcionalmente lentas, citocromo c foi mais rápido (mas mais lento do que hemoglobinas) e fibrinopeptídeos foram mais rápidos ainda. (wikipedia.org)
  • Alguns especialistas brasileiros da área acreditam que a bioinformática, como se entende tradicionalmente no meio acadêmico e não pela análise da palavra, é circunscrita à biologia molecular, às vezes ainda mais especificamente restrita à Genômica. (wikipedia.org)
  • Isso torna ainda mais significativo o fato de que os esforços para construir uma grande "árvore da vida" usando DNA ou outros dados de seqüência biológica não se enquadram nas expectativas. (universoprivilegiado.org)
  • campo
  • A área emergiu como um campo científico nos anos 60, quando pesquisadores das áreas da biologia molecular, biologia evolutiva e genética de populações procuraram entender algumas descobertas que haviam sido feitas sobre a estrutura e função de ácidos nucléicos e proteínas. (wikipedia.org)
  • Como um campo interdisciplinar da ciência, a bioinformática combina a biologia, ciência da computação, estatística, matemática e engenharia para analisar e interpretar e processar dados biológicos. (wikipedia.org)
  • genoma
  • À medida em que as sequências do Projeto Genoma acumulam, as séries de dados moleculares se tornam imensos e confusos, com a maioria dos alinhamentos gênicos apresentando distribuições taxonômicas estranhas (desiguais) e histórias evolucionárias conflitantes. (blogspot.com)
  • seja
  • No entanto, mesmo não fornecendo dados exatos, ou seja, ele fornece estimativas de tempo de eventos na história evolutiva, a ampla gama de hipóteses biológicas que vão desde as origens do reino animal para o surgimento de novas epidemias virais. (wikipedia.org)
  • Motoo Kimura e Ohta Tomoko afirmaram que a taxa constante para cada característica da proteína, sugeriu que a maior parte dos aminoácidos que sofriam alterações em uma proteína foram efetivamente neutras - ou seja,a mudança da sequência do aminoácido não teve influência sobre a aptidão de um organismo e, portanto, a taxa de mudança não foi afetado pela seleção natural. (wikipedia.org)
  • A teoria neutra pressupõe que a evolução a nível molecular seja dominada por processos aleatórios, a chamada deriva gênica que irá atuar em pequenas populações, Já a seleção natural agiria em grandes populações, sendo assim a neutralidade das mutações dependeria do tamanho da população. (wikipedia.org)
  • teoria
  • A teoria do relógio molecular é uma excelente ferramenta para a biologia. (wikipedia.org)
  • Com essa teoria ficou possível prever várias fontes de variação na taxa de evolução molecular. (wikipedia.org)
  • Para inferir a teoria neutra podemos citar 3 linhas menos diretas de evidências que foram originalmente usadas por Kimura para argumentar a importância da deriva neutra na evolução molecular. (wikipedia.org)
  • Ela simplesmente tem uma utilização diferente para ela da teoria selecionista da evolução molecular. (wikipedia.org)
  • A constância da evolução molecular, a qual foi deduzida ser inconsistente com a seleção natural, A observação de que partes funcionalmente menos obrigatórias das moléculas evoluem em uma taxa maior, o que se deduziu ser o oposto do que a teoria da seleção natural iria prever. (wikipedia.org)
  • utilizando
  • A obtenção dos marcadores envolve a amplificação de sequências que flanqueiam essas regiões repetidas via PCR, utilizando-se de iniciadores específicos para as regiões que cercam os microssatélites. (wikipedia.org)
  • RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA): são fragmentos de DNA amplificados ao acaso pela PCR utilizando iniciadores curtos de sequência aleatória (Williams, 1990). (wikipedia.org)
  • Esta técnica tem como princípio a terminação sequência-específica da reação de síntese de DNA utilizando nucleotídeos modificados, análogos aos dNTPs normais. (wikipedia.org)
  • sendo
  • National Center for Biotechnology Information) formou-se em 1988 nos Estados Unidos da América sendo um recurso nacional no que respeita à informação disponível na área da Biologia Molecular. (ulisboa.pt)
  • O termo bioinformática foi originalmente usado pelos biológos Paulien Hogeweg e Ben Hesper no começo dos anos 1970 para definir o estudo de processos informacionais nos sistemas bióticos, sendo ela uma ciência interdisciplinar, envolvendo matemática, tecnologia computacional e biologia molecular. (wikipedia.org)
  • Outro artigo publicado na Trends in Ecology and Evolution concluiu que "a riqueza de sugestões morfológicas bem como moleculares de filogenias prevalentes da ordem dos mamíferos reduziria a [a árvore dos mamíferos] a um arbusto não resolvido, o único clade consistente provavelmente sendo o agrupamento de elefantes e peixes-boi. (blogspot.com)
  • exemplo
  • Em sua tese de pós-graduação, Dayhoff foi pioneira na utilização de recursos computacionais - por exemplo, processamento de dados de massa - para química teórica. (wikipedia.org)
  • Identificam-se as diferenças entre sequências, e a sua causa é documentada (por exemplo splicing alternativo, variação natural, sítios de iniciação da tradução incorrectos, limites de exãos incorrectos, mutações de mudança de pauta de leitura, e conflitos não identificados). (wikipedia.org)
  • outros
  • Estas árvores entram em conflito fortemente com as árvores baseadas em outros dados sequenciais, ou com a árvore evolucionária consensual. (blogspot.com)
  • taxa
  • Ele tornou possível prever várias fontes de variação na taxa de evolução molecular. (wikipedia.org)
  • Esse estudo prevê que a longo prazo a taxa de evolução molecular neutra em espécies é o mesmo que a taxa de mutação neutra nos indivíduos.Se grande parte das mudanças dos aminoácidos são neutras ou deletérias, em seguida, a taxa prevista constante de mudança de proteína produz um relógio molecular. (wikipedia.org)
  • Dr. Phillips disse que pelos dados moleculares do trabalho os cientistas tiveram que calibrar a taxa de evolução de DNA de fósseis de idade conhecida. (wordpress.com)
  • baseada
  • Em 2005, Zhang e seus colegas realizaram uma análise filogenética baseada em sequências de espaçador interno transcrito de várias espécies tóxicas de Amanita com corpos de frutificação de cor branca, a maioria delas encontradas na Ásia. (wikipedia.org)
  • A Sistemática Molecular é (em grande parte) baseada na suposição, articulada pela primeira vez por Zuckerkandl e Pauling (1962) de maneira clara, de que o grau de semelhança global reflete o grau de parentesco. (universoprivilegiado.org)
  • foram
  • Do mesmo modo, os evolucionistas aclamaram confirmações semelhantes nos dados de sequência molecular que foram descobertos mais tarde no século. (blogspot.com)
  • Muito mais tarde, os géneros Sambucus (sabugueiros) e Viburnum (laurotinos ou folhados) foram adicionados à família após cuidadosa análise morfológica confirmada por dados bioquímicos, o que levou o Angiosperm Phylogeny Group a incluir no sistema APG II a família com a sua presente circunscrição taxonómica. (wikipedia.org)
  • todas
  • Ela também começou a reunir sequências de proteínas no Atlas de Estruturas e Sequências de Proteínas (Atlas of Protein Sequence and Structure), um livro reunindo todas as sequências de proteínas conhecidas até a época, publicado em1965. (wikipedia.org)
  • Biologia e Medicina
  • Ela lecionou fisiologia e biofísica por 13 anos, tornando-se concomitantemente afiliada à Nacional Biomedical Research Foundation, membra da Associação Americana para o Avanço da Ciência, conselheira da Sociedade Internacional para o Estudo da Origem da Vida (1980) e atuando nos conselhos editoriais de Journal of Molecular Evolution e Computadores em Biologia e Medicina. (wikipedia.org)
  • problema
  • O problema da filogenia é que os dados genéticos estão disponíveis apenas para taxons vivos e nos registros fósseis (dados osteometricos) contendo poucos dados e características morfológicas ambíguas. (wikipedia.org)
  • Um artigo publicado em 2012 no Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society destaca que "o conflito filogenético tem um problema mais agudo com o advento das séries de dados de escala genômica. (blogspot.com)
  • Este problema diz respeito tanto aos dados moleculare e morphologicos: "A incongruência entre as filogenias derivadas de análises morfológicas versus moleculares, e entre as árvores baseadas em subconjuntos de sequências moleculares tem se tornado difusivo à medida em que os conjuntos de dados têm se expandido rapidamente tanto em características e espécies. (blogspot.com)
  • pode ser
  • O artigo sugere que "certas partes críticas da árvore da vida pode ser difícil de resolver, apesar da quantidade de dados convencionais disponíveis. (blogspot.com)
  • recentes
  • Embora tenha sido sugerido anteriormente que a Gammaproteobacteria é parafilética com relação a Betaproteobacteria, dados moleculares recentes sugerem que os grupos são monofiléticos. (wikipedia.org)
  • poderiam ser
  • Na década de 1960, no tempo em que o código genético foi compreendido pela primeira vez, os bioquímicos Émile Zuckerkandl e Linus Pauling montaram a hipótese de que, se as sequências de DNA poderiam ser usadas para produzir árvores evolutivas - árvores que combinavam com aquelas que eram baseadas em características morfológicas ou anatômicas - então isso iria fornecer "a melhor e singela prova disponível da realidade da macroevolução" . (universoprivilegiado.org)
  • ordem
  • Em biologia molecular, sequenciamento (português brasileiro) ou sequenciação (português europeu) é o nome dado ao processo de determinação da ordem sequencial das partes constituintes de um biopolímero não ramificado, isto é, a ordem de nucleotídeos de uma molécula de DNA ou RNA, ou de aminoácidos de uma proteína. (wikipedia.org)
  • interesse
  • A identificação de uma raiz geralmente requer a inclusão nos dados de entrada de pelo menos um "grupo-externo" sabendo-se apenas remotamente relacionado com as seqüências de interesse. (wikipedia.org)
  • Isto produz fragmentos truncados da sequência completa de interesse. (wikipedia.org)
  • sequenciamento
  • O sequenciamento resulta numa representação linear simbólica conhecida como sequência, a qual sucintamente resume a estrutura da molécula sequenciada. (wikipedia.org)
  • comum
  • Os dados genéticos, portanto, não estão formando um quadro consistente de ancestralidade comum, mostrando que as premissas por trás da construção das árvores falham comumente. (universoprivilegiado.org)
  • principal
  • Assim como o já mencionado artigo da Biological Theory explica, a principal premissa subjacente às árvores moleculares "são deduzidas de interpretações de similaridade molecular (ou dissimilaridade) entre táxons no contexto do modelo darwiniano de mudança contínua e gradual" . (universoprivilegiado.org)
  • podem ser
  • Podem ser caracterizados como marcadores moleculares quando ocorrem em mais de 1% da população, pois quando essas variações são relatadas com uma frequência menor que este valor, então é considerado apenas como mutações pontuais. (wikipedia.org)
  • teve
  • Porém, com o passar do tempo teve que reconhecer-se que os dados de sequências estavam gerando-se a um ritmo que excedia a capacidade de Swiss-Prot para tratá-los, criou-se então TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library, Biblioteca de Dados de Sequências de Nucleótidos da EMBL Traduzidas) para proporcionar anotações automatizadas dessas proteínas que não estavam em Swiss-Prot. (wikipedia.org)
  • fontes
  • Os polimorfismos de sequência nucleotídica são fontes abundantes de variação genética e, por serem estáveis do ponto de vista evolutivo, estes marcadores são muito interessantes para estudos filogenéticos de evolução dentro da espécie. (wikipedia.org)
  • deveria
  • O artigo afirma que "a descoberta recorrente de clades persistentemente não resolvidos (arbustos) deveria forçar a reavaliação de diversas pressuposições de sistemática molecular amplamente defendidas. (blogspot.com)