• banco de dados
  • O gene rpoB, que codifica para a síntese da subunidade β da RNA polimerase, foi recentemente descrito como um útil marcador molecular para a identificação das espécies do género Pseudomonas tendo sido publicadas no banco de dados GenBank, as sequências parciais do gene rpoB de diversas espécies do género Pseudomonas. (utl.pt)
  • Com isso, a necessidade de catalogar a informação e facilitar a atribuição de nomes a novos miRNA levou ao desenvolvimento de um banco de dados de microRNA - o miRNA Registry, atualmente conhecido como miRBase. (wikipedia.org)
  • Inspirados neste sistema, o cientista Paul Hebert e seus colaboradores (2003) esperavam tornar o processo de identificação de espécies muito mais rápido e formar um banco de dados de toda a biodiversidade mundial. (wikipedia.org)
  • O banco de dados do projeto Barcoding of Life reúne, atualmente, quase três milhões de sequências. (wikipedia.org)
  • O site do BOLD (boldsystems.org) disponibiliza, além do número atualizado de códigos de barra de DNA existentes no mundo, um portal público de buscas e um portal educacional para possibilitar uma melhor navegação no banco de dados além de tornar possível a contribuição para novos códigos de barra, dentre outras funcionalidades. (wikipedia.org)
  • No projeto Ensembl, as sequências de dados são enviados para o sistema de anotação de genes (um conjunto de software de "pipelines", escrito em Perl), que cria um conjunto de locais previstos do gene e salva-los em um banco de dados MySQL para posterior análise e de visualização. (wikipedia.org)
  • Todos os dados e o código produzido pelo projeto Ensembl está disponível para transferência, e há também um servido de acesso público de banco de dados, permitindo o acesso remoto. (wikipedia.org)
  • Este software pode ser usado para acesso público MySQL de banco de dados, evitando a necessidade de transferir enormes conjuntos de dados. (wikipedia.org)
  • Os usuários podem até mesmo escolher para recuperar dados do MySQL com consultas diretas em SQL, mas isso requer um extenso conhecimento do atual esquema de banco de dados. (wikipedia.org)
  • genes
  • Uma alternativa possível é induzir delecções aleatórias no ADN e selecionar posteriormente as delecções em genes de interesse, usar interferência de RNA e criar organismos transgênicos em que vai haver uma sobre-expressão do gene de interesse. (wikipedia.org)
  • A filogenética tradicional baseia-se nos dados morfológicos obtidos pela medição e quantificação das propriedades fenotípicas de organismos representativos, enquanto o campo mais recente da filogenia molecular usa seqüências de nucleotídeos codificando genes ou seqüências de aminoácidos codificando proteínas como base para a classificação. (wikipedia.org)
  • Muitas formas de filogenia molecular estão intimamente relacionadas e fazem uso extensivo do alinhamento de seqüências na construção e refino de árvores filogenéticas, que são utilizadas para classificar as relações evolutivas entre genes homólogos representados nos genomas de espécies divergentes. (wikipedia.org)
  • Em estudos moleculares, um problema principal consiste na produção de um Alinhamento múltiplo de sequências entre os genes ou seqüências de aminoácidos de interesse. (wikipedia.org)
  • Os genes, em geral, codificam a informação necessária para a síntese de proteínas, no entanto, diversos tipos de gene não-codificantes de proteínas já foram identificados, como por exemplo genes precursores de microRNAs (miRNA) ou de RNAs estruturais, como os ribossômicos. (wikipedia.org)
  • Neste caso, é muito provável que pelo menos um gene, que determine o caráter qualitativo esteja localizado no mesmo grupo de ligação dos genes que governam a resistência. (wikipedia.org)
  • Uma opção é a anotação manual, segundo a qual uma equipe de cientistas tenta localizar genes usando dados experimentais de revistas científicas e bancos de dados públicos. (wikipedia.org)
  • A idea central para o conceito da Ensembl é a capacidade de gerar vistas gráficas automaticamente para o alinhamento de genes e outros dados genômicos contra um genoma de referência. (wikipedia.org)
  • Outras maneira de exibir dados em vários níveis de resolução, a partir de todo o cariótipo para baixo para texto baseado em representações de DNA e aminoácidos sequências, ou apresentar outros tipos de visualização, tais como árvores de genes similares (homólogos) através de uma variedade de espécies. (wikipedia.org)
  • Além de seu site, a Ensembl fornece um APIem Perl (Interface de Programação de Aplicativo) que produz modelos de objetos biológicos, tais como os genes e proteínas, permitindo serem escritos scripts simples para recuperar dados de interesse. (wikipedia.org)
  • É um programa instrumental para identificação de genes e de sequências genéticas características. (ulisboa.pt)
  • Após iniciativa dos Institutos Nacionais da Saúde estadunidenses (NIH), centenas de laboratórios de todo o mundo se uniram à tarefa de sequenciar, um a um, os genes que codificam as proteínas do corpo humano e também aquelas sequências de DNA que não são genes. (wikipedia.org)
  • Em primeiro lugar, os investigadores escolhem um gene, ou um conjunto de genes, encontrados em vários organismos. (universoprivilegiado.org)
  • Em seguida, os genes são analisados para determinar suas sequências de nucleotídeos, de modo que as sequências de genes de vários organismos possam então ser comparadas. (universoprivilegiado.org)
  • Mas também, se a evolução darwiniana fosse verdadeira, a construção de árvores usando sequências diferentes deveria revelar um padrão razoavelmente consistente nos diferentes genes ou sequências. (universoprivilegiado.org)
  • Os primeiros problemas surgiram quando os biólogos moleculares sequenciaram genes a partir dos três domínios básicos da vida - bactérias, procariontes e eucariontes - mas esses genes não permitiam que esses grupos básicos de vida pudessem ser resolvidos em um padrão parecido com árvore. (universoprivilegiado.org)
  • diferentes
  • É possível tentar corrigir comparando muitos dados simultaneamente, comprovando assim a robustez da árvore, seja usando métodos que incorporem ritmos diferentes de substituição entre linhagens (máxima probabilidade, por exemplo), seja acompanhando as análises genéticas com análises morfológicas, ou ainda, rompendo as ramificações longas com a adição de táxons que estejam relacionados com aqueles onde ocorra este tipo de ramificação. (wikipedia.org)
  • A árvore histórica das espécies também podem ser diferentes da árvore histórica de um gene homólogo individual compartilhado por essas espécies. (wikipedia.org)
  • As sequências obtidas conjuntamente com as sequências parciais do gene rpoB exportadas do GenBank, permitiram estudar as relações filogenéticas entre as estirpes MNT e as diferentes estirpes tipo do género Pseudomonas. (utl.pt)
  • Foram dados historicamente aos codões de parada muitos nomes diferentes, uma vez que cada um deles correspondia a uma classe distinta de mutantes que se comportavam todos de maneira similar. (wikipedia.org)
  • O conceito de "um gene, uma proteína" é simplista e equivocado, por exemplo: um único gene poderá produzir múltiplos produtos (diferentes RNAs ou proteínas), dependendo de como a transcrição é regulada e como seu mRNA nascente é processador pela maquinaria de splicing. (wikipedia.org)
  • Um marcador genético ideal deve apresentar uma série de atributos: Alto nível de polimorfismo Estabilidade em diferentes ambientes Detectar grande número de loci não ligados Herança simplesGuerra, Nodari e Stefenon Os marcadores moleculares correspondem, basicamente, a uma sequência de nucleotídeos que atua como referência em um cromossomo. (wikipedia.org)
  • Através da tecnologia dos marcadores moleculares a caracterização genética de diferentes genomas se tornou mais fácil e rápida, e com isso foram surgindo diversas metodologias capazes de utilizar e caracterizar alterações nesses marcadores. (wikipedia.org)
  • BLAST (sigla em inglês que significa: Basic Local Alignment Search Tool), é um algoritmo para comparar informações de sequências biológicas primárias, tais como seqüências de aminoácidos de diferentes proteínas ou nucleotídeos de seqüencias de DNA. (wikipedia.org)
  • Até o momento, mais de 17000 sequências de miRNAs em mais de 140 espécies diferentes foram catalogadas no miRBase (http://www.mirbase.org/), número este que tem aumentado exponencialmente, e nos últimos três anos quase triplicou. (wikipedia.org)
  • Diferentes experimentos no início dos anos 80 demonstraram que,os genomas eucariotas são densamente povoados por diferentes classes de sequências repetidas, umas mais complexas (minisatélites) e outras mais simples. (wikipedia.org)
  • B asic L ocal A lignment S earch T ool), é um algoritmo para comparar informações de sequências biológicas primárias, tais como seqüências de aminoácidos de diferentes proteínas ou nucleotídeos de seqüencias de DNA . (wikipedia.org)
  • A extensa população de anticorpos e a sua diversidade é gerada por combinações ao acaso de um jogo de segmentos genéticos que codificam diferentes lugares de ligação ao antígeno (ou parátopos ), que posteriormente, durante o desenvolvimento do linfócito, sofrem mutações aleatórias nesta zona do gene do anticorpo, o qual origina uma diversidade ainda maior. (wikipedia.org)
  • Genoma
  • SNPs (single nucleotide polymorphism): são marcadores moleculares capazes de detectar mutações e polimorfismos através de alterações de uma única base no genoma. (wikipedia.org)
  • Numa situação hipotética, após descobrir um gene anteriormente desconhecido em um camundongo, um cientista poderia tipicamente elaborar uma pesquisa no BLAST do genoma humano para verificar se existem seres humanos portadores de um gene semelhante. (wikipedia.org)
  • O tamanho de um gene individual ou um genoma inteiro de um organismo é frequentemente medido nos pares de bases. (wikipedia.org)
  • O atual avanço da medicina molecular tão em voga no momento é resultado do Projeto Genoma Humano, iniciado em 1990, e coordenado pelo Departamento de Energia do Instituto Nacional de Saúde dos Estados Unidos. (revistaensinosuperior.com.br)
  • Também chamados "códigos da vida", baseiam-se em sequências de 500 a 800 pares de bases padronizados, ou seja, presentes em um mesmo trecho do genoma. (wikipedia.org)
  • A ideia era o uso de uma pequena sequência genética de uma determinada parte do genoma na discriminação de espécies da mesma forma que um scanner de supermercado distingue produtos usando as listras pretas do Código Universal de produtos. (wikipedia.org)
  • Enquanto isso constitui apenas 0,000165% do genoma humano, 3 000 000 000 (3 bilhões) de bases, uma única lesão não reparada em um gene relacionado ao câncer (como o gene supressor de tumor) pode ter consequências catastróficas ao indivíduo. (wikipedia.org)
  • Depois de 10 anos de existência, o objetivo da Ensembl continua a fornecer uma forma centralizada de recursos para os geneticistas, biólogos moleculares e de outros pesquisadores que estudam o genoma da nossa própria espécie e de outros vertebrados e de organismos modelo. (wikipedia.org)
  • No dia 4 de Setembro de 2003, o grupo de pesquisa do Instituto J. Craig Venter publicou a sequência completa do genoma do próprio pesquisador Craig Venter. (wikipedia.org)
  • A grande revolução nesse novo trabalho é a de que o genoma avaliado corresponde ao genoma diplóide, contendo a informação de cada par de cromossomo herdado de nossos pais, ao contrário da sequência determinada pelo Projeto Genoma que corresponde ao genoma haplóide. (wikipedia.org)
  • Como resultado, descobriu-se que a semelhança das sequências genéticas entre dois indivíduos é de 99,5% e não de 99,9% como se imaginava ao fim do Projeto Genoma Humano. (wikipedia.org)
  • podem
  • Junto com a determinação do padrão de descendentes, a genética molecular ajuda a compreender as mutações genéticas que podem causar certos tipos de doenças. (wikipedia.org)
  • Nucleótidos de DNA são a base para o novo DNA, o DNA molde é a sequência específica a ser amplificada, iniciadores são nucleótidos complementares que podem ir em ambos os lados do DNA molde, e a polimerase Taq é uma enzima termicamente estável que salta-inicia a produção de DNA novo às temperaturas elevadas necessárias para a reacção. (wikipedia.org)
  • Árvore filogenéticas geradas pela filogenia computacional podem ser enraizadas ou não enraizadas dependendo dos dados de entrada e do algoritmo utilizado. (wikipedia.org)
  • Uma árvore não enraizada sempre pode ser produzida a partir de uma árvore enraizada, mas uma raiz normalmente não podem ser colocada em uma árvore não enraizadas sem dados adicionais sobre as taxas de divergência, como pressuposto na hipótese do relógio molecular. (wikipedia.org)
  • Podem ser caracterizados como marcadores moleculares quando ocorrem em mais de 1% da população, pois quando essas variações são relatadas com uma frequência menor que este valor, então é considerado apenas como mutações pontuais. (wikipedia.org)
  • Códigos de barra de DNA são sequências curtas de DNA, amplificadas por PCR e sequenciadas, que podem ser utilizadas na distinção e identificação de espécies. (wikipedia.org)
  • Em células humanas, tanto atividades metabólicas normais quanto fatores ambientais (como raios UV) podem causar danos no ADN, resultando em cerca de 1 000 000 lesões moleculares individuais por dia. (wikipedia.org)
  • Os gráficos são complementados por tabela apresenta, e, em muitos casos, os dados podem ser exportados diretamente da página em uma variedade de formatos de arquivo padrão, tais como FASTA. (wikipedia.org)
  • Externamente dados produzidos também podem ser adicionados para a exibição, através de uma DAS (Distributed Anotação do Sistema) servidor na internet, ou fazendo o upload de uma adequada arquivo em um dos formatos suportados, tais como BAM, CAMA, ou PSL. (wikipedia.org)
  • Grandes conjuntos de dados podem ser recuperados usando a ferramenta de extração de dados, o BioMart. (wikipedia.org)
  • base de dados
  • Uma pesquisa BLAST permite que um investigador compare uma seqüencia fornecida em uma consulta com uma biblioteca ou base de dados de seqüências e identificar as bibliotecas de seqüências que se assemelham à seqüência consultada e que estejam acima de um certo grau de semelhança. (wikipedia.org)
  • Consegue ainda executar pesquisa de sequências contra a base de dados de DNA completa em menos de 15 segundos! (ulisboa.pt)
  • bases de dados
  • Após obter as sequências geradas pelos equipamentos, pode-se consultar bases de dados na internet para tentar localizar suas possíveis origens, sendo bactérias, archeas ou etc.Elizabeth van Pelt-Verkuil, Alex van Belkum, John P. Hays A reação em cadeia da polimerase é um método muito sensível de análise e por isso é realizado com muito cuidado para evitar contaminações que possam inviabilizar ou tornar errôneo o resultado. (wikipedia.org)
  • Foram
  • e algumas sequências gênicas específicas foram associadas a numerosas doenças e disfunções, incluindo câncer de mama, doenças musculares, surdez e cegueira. (revistaensinosuperior.com.br)
  • As análises moleculares realizadas neste estudo sugerem uma proximidade evolutiva entre todos os isolados americanos, incluindo os brasileiros, da Costa Rica e dos Estados Unidos, os quais foram agrupados juntos em um único grupo. (ufsm.br)
  • Pela análise do gene COX II foi possível evidenciar os maiores níveis de variabilidade genética entre os isolados de P. insidiosum avaliados, além disso, foram demonstrados os maiores níveis de informação filogenética, quando comparada à análise da região ITS. (ufsm.br)
  • seja
  • Este loco altamente polimórfico, amplificado via PCR foi também denominado de "STMS- Sequence Tagged Microsatellite Sites", ou seja, sítios de microssatélies marcados por sequência,e constituem a classe mais polimórfica de marcadores moleculares disponíveis hoje.O acrônimo SSRP (Simple Sequence Repeat Polymorphism) também é comumente encontrado em literatura. (wikipedia.org)
  • outras
  • Os dados demonstraram que todos os isolados de P. insidiosum são monofiléticos em relação às outras espécies de Pythium. (ufsm.br)
  • São disponibilizados pelo NCBI outras ferramentas de software, entre elas a ferramenta ORF Finder (para encontrar uma grelha de leitura aberta - O pen R eading F rame), ou, dito de outra forma, de um gene. (ulisboa.pt)
  • interesse
  • A identificação de uma raiz geralmente requer a inclusão nos dados de entrada de pelo menos um "grupo-externo" sabendo-se apenas remotamente relacionado com as seqüências de interesse. (wikipedia.org)
  • ferramentas
  • O sistema de dados de códigos de barra da vida, estabelecido em 2005 pelo Instituto de Biodiversidade de Ontário, é uma bancada de trabalho online que combina um repositório de código de barras, ferramentas analíticas, interface para apresentação de sequências de GenBank, uma espécie de ferramenta de identificação e conectividade para os desenvolvedores web externos e bioinformatas. (wikipedia.org)
  • peso molecular
  • Geralmente um padrão de peso molecular é adicionado em uma das fileiras do gel, assim poderá se avaliar o tamanho do fragmento amplificado Utilizado para aumentar a quantidade de produto amplificado final ou para aumentar a sensibilidade da técnica. (wikipedia.org)
  • Um anticorpo é tipicamente constituído por unidades estruturais básicas, cada uma das quais com duas grandes cadeias pesadas e duas cadeias leves de menor peso molecular. (wikipedia.org)
  • estudos moleculares
  • Os insucessos de terapias antifúngicas aliados aos casos não responsivos à imunoterapia existente impulsionam estudos moleculares a fim de investigar possíveis variações genéticas entre os isolados brasileiros de forma a contribuir nas pesquisas para a melhoria do imunoterápico disponível. (ufsm.br)
  • marcadores moleculares
  • Abaixo, segue uma lista com os principais tipos de marcadores moleculares genômicos: RFLP (Restriction fragment lenght polymorphism): são fragmentos de DNA obtidos a partir de uma técnica que consiste na hibridização de sequências específicas de DNA, denominadas sondas, com o DNA total digerido por enzimas de restrição dos indivíduos a serem analisados. (wikipedia.org)
  • A grande vantagem dos marcadores moleculares de DNA, com relação a outros tipos de marcadores é a sua abundância, a sua insensibilidade aos fatores do ambiente e o fato de o DNA estar presente em todas as células do organismo. (wikipedia.org)
  • assim
  • Assim, por exemplo, os microsporídios simplificaram extremamente seu RNAr, fazendo com que suas sequências pareçam mais divergentes comparadas com as de seus parentes próximos. (wikipedia.org)
  • Assim como o já mencionado artigo da Biological Theory explica, a principal premissa subjacente às árvores moleculares "são deduzidas de interpretações de similaridade molecular (ou dissimilaridade) entre táxons no contexto do modelo darwiniano de mudança contínua e gradual" . (universoprivilegiado.org)
  • GenBank
  • No presente estudo, procedeu-se à sequenciação de um fragmento do gene rpoB das estirpes MNT bem como das estirpes tipo do género Pseudomonas para as quais a sequência parcial deste gene não estava disponível no GenBank. (utl.pt)
  • grupo
  • Microssatélites (SSRP - Simple Sequence Repeats Polymorphisms): um grupo de marcadores molecular muito utilizados, os quais são caracterizados por unidades muito curtas de sequências repetitivas de nucleotídeos. (wikipedia.org)
  • principal
  • Ele é dividido em seções, como o API principal, o API de comparação (para genômica comparativa de dados), a API da variação (para acessar SNPs, SNVs, CNVs. (wikipedia.org)
  • enquanto
  • O termo "alelo" tal como Mendel o utilizou, expressa a ideia de "gene", enquanto que nos nossos dias ele é utilizado para especificar uma variante de um gene. (wikipedia.org)
  • O problema básico é que um gene dá uma versão da árvore da vida, enquanto outro gene dá uma versão muito diferente e conflitante da árvore. (universoprivilegiado.org)
  • identificar
  • O objetivo desta técnica é identificar o gene que é responsável por um determinado fenótipo. (wikipedia.org)
  • Deste modo, em 2003, pesquisadores da Universidade de Guelph, em Ontário, Canadá, propuseram o código de barras de DNA (DNA barcoding) como forma de identificar as espécies com base na diversidade de uma parte da sequência de um gene mitocondrial: subunidade I da citocromo oxidase (COI). (wikipedia.org)
  • utilizados
  • Todos os métodos dependem de um modelo matemático explícito ou implícito que descreve a evolução das características observadas nas espécies e são normalmente utilizados pela Filogenética molecular, no qual os caracteres são alinhadas em sequências de nucleótidos ou aminoácidos. (wikipedia.org)
  • Hoje em dia, dados moleculares, que inclui sequências de proteínas e de DNA, são utilizados para a construção de árvores filogenéticas. (wikipedia.org)
  • ainda
  • Isso torna ainda mais significativo o fato de que os esforços para construir uma grande "árvore da vida" usando DNA ou outros dados de seqüência biológica não se enquadram nas expectativas. (universoprivilegiado.org)
  • Existem
  • Existem quatro técnicas gerais utilizadas para genética molecular: amplificação, separação e detecção, e expressão. (wikipedia.org)
  • dessas
  • A submissão dessas sequências segue um padrão de qualidade e acompanha também outros dados, como descrições morfológicas, fotografias, e o museu ou herbário onde aquela amostra foi depositada. (wikipedia.org)
  • Outro dado de impacto trata das consequências dessas mudanças sobre a agricultura. (blogspot.com)
  • simples
  • Sequências simples repetidas ("SSR-Simple Sequence Repeats"), mais tarde denominadas também de microsatélites, consistem de pequenas sequências ("sequence motif") com 1 a 4 nucleotídeos de comprimento, repetidas em tandem. (wikipedia.org)
  • Em genomas de eucariotos, estas sequências simples são mais freqüentes, melhor distribuídas ao acaso e formam locos hipervariáveis constituídos por minisatélites. (wikipedia.org)
  • Sua presença foi constatada em 34 espécies vegetais, sendo que o alimento repetido mais comum foi o di-nucleotídeo AT claramente documentaram a presença de sequências simples repetidas em plantas pela primeira vez. (wikipedia.org)
  • A lógica básica por trás de construir árvores moleculares é relativamente simples. (universoprivilegiado.org)
  • Muitas
  • Os responsáveis pelo projecto acreditavam que a descoberta da posição de cada gene, além de sua composição, seria valiosa para diagnóstico e a cura de muitas doenças, como cancro, obesidade, diabetes, doenças auto-imunes e hipertensão. (wikipedia.org)
  • projeto
  • Ficheiro:Imagem ilustrativa do projeto de Código de Barras de DNA (DNA Barcoding of Life).png Animais: Em 2003, Paul Herbert e colaboradores, propuseram que um gene mitocondrial de 650 pares de base, o gene citocromo oxidase I (COI), como o "barcoding of life" para animais, demonstrando diferenças superiores a 2% dessa porção gênica entre espécies próximas. (wikipedia.org)
  • Produzir
  • Na década de 1960, no tempo em que o código genético foi compreendido pela primeira vez, os bioquímicos Émile Zuckerkandl e Linus Pauling montaram a hipótese de que, se as sequências de DNA poderiam ser usadas para produzir árvores evolutivas - árvores que combinavam com aquelas que eram baseadas em características morfológicas ou anatômicas - então isso iria fornecer "a melhor e singela prova disponível da realidade da macroevolução" . (universoprivilegiado.org)
  • alvo
  • A sequência de DNA alvo é então inserida num vector de clonagem. (wikipedia.org)
  • transcrição e tradução do gene alvo ocorre em minutos, a acumulação do produto, proteínas, leva minutos ou mesmo horas. (wikipedia.org)
  • qualidade
  • O PGH, conduzido pelos órgãos do governo obteve dados de alta qualidade e precisão - inclusive para as porções do DNA que não contêm gene. (wikipedia.org)
  • Pesquisa
  • Estes são apresentados como dados de pistas e de faixas individuais pode ser ligado e desligado, permitindo que o usuário personalize o visor para atender os seus interesses de pesquisa. (wikipedia.org)
  • Este foi desenvolvido no NCBI para a pesquisa de semelhança entre sequências de nucleótidos. (ulisboa.pt)
  • maioria
  • A maioria desses exames é capaz de detectar mutações associadas a doenças genéticas raras e disfunções que apresentam um padrão mendeliano de herança (que depende de apenas um gene). (revistaensinosuperior.com.br)
  • entanto
  • A descoberta da estrutura do DNA, no entanto, não trouxe imediatamente o conhecimento de como as milhares de proteínas de um organismo estariam "codificadas" nas sequências de nucleotídeos do DNA. (wikipedia.org)
  • repetidas
  • A obtenção dos marcadores envolve a amplificação de sequências que flanqueiam essas regiões repetidas via PCR, utilizando-se de iniciadores específicos para as regiões que cercam os microssatélites. (wikipedia.org)
  • iniciadores
  • RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA): são fragmentos de DNA amplificados ao acaso pela PCR utilizando iniciadores curtos de sequência aleatória (Williams, 1990). (wikipedia.org)