• podem ser
  • É uma valiosa ferramenta para a comparação de proteínas que têm poucas semelhanças entre as suas sequências, onde as relações evolutivas entre proteínas não podem ser facilmente detectadas por técnicas padrão de alinhamento de seqüências. (wikipedia.org)
  • comum
  • De modo geral, assume-se que o conjunto de sequências de consulta que se coloca como entrada (conjunto problema) tem uma relação evolutiva pela qual compartilham uma linhagem e descendem de um ancestral comum. (wikipedia.org)
  • Porém, o uso dos resultados como evidência dum antepassado evolutivo comum deve ser feito com cautela, dado os possíveis efeitos da confusão com a evolução convergente, segundo a qual múltiplas sequências de aminoácidos sem relação filogenética entre eles convergem originando uma mesma estrutura terciária. (wikipedia.org)
  • baseados
  • Uma grande variedade de algoritmos existem para abordar o problema de alinhamento de sequencias, sendo os mais conhecidos os baseados em programação dinâmica, mais lentos porém teoricamente otimizadores, ou baseados em heurística, mais eficientes/rápidos mas sem prova formal de obtenção de solução ótima. (wikipedia.org)
  • pode ser
  • Como pode ser difícil alinhar à mão três ou mais sequências de comprimento biologicamente relevante, e quase sempre consome muito tempo, utilizam-se algoritmos computacionais para produzir e analisar os alinhamentos. (wikipedia.org)
  • O foco principal do pacote é o cálculo das estatísticas de similaridade acuradas, de modo que os biólogos possam julgar se um alinhamento é provável que tenha ocorrido por acaso, ou se pode ser usado para inferir uma homologia. (wikipedia.org)
  • ordem
  • Métodos de alinhamento progressivo de seqüências de produzem uma árvore filogenética por necessidade, porque eles incorporam novas seqüências no alinhamento calculado na ordem da distância genética . (wikipedia.org)
  • ClustalW
  • M-Coffee é um modo especial do T-Coffee que torna possível combinar a saída dos pacotes mais comuns de alinhamento múltiplo de seqüência (MUSCLE, ClustalW, MAFFT, probcons, etc). (wikipedia.org)
  • leitura
  • Em genética, chama-se fase de leitura aberta (em inglês open reading frame) a cada uma das sequências de ADN compreendidas entre um codão de início (ATG) da tradução e um codão de terminação, descontando as sequências que correspondem aos intrões no caso de os haver. (wikipedia.org)
  • A leitura destas sequências é feita por intermédio do código genético, que especifica a sequência linear dos aminoácidos das proteínas. (wikipedia.org)
  • Este alinhamento permite acesso de leitura e escrita com latência mínima. (wikipedia.org)
  • estruturas
  • O alinhamento múltiplo de sequências utiliza-se para avaliar a conservação dos domínios proteicos, as estruturas terciárias e secundárias, e também aminoácidos ou nucleótidos individuais. (wikipedia.org)
  • Estes são modos especiais do T-Coffee tornando possível combinar seqüências e estruturas em um alinhamento. (wikipedia.org)
  • encontra
  • Entre as diversas aplicações da DTW, encontra-se o reconhecimento de fala e de assinatura, bem como o alinhamento de gravações musicais com suas respectivas partituras. (wikipedia.org)
  • modo
  • A regulação de um gene requer que uma proteína ligue-se a sítios específicos na sequência de DNA associada a sequência codificadora deste mesmo gene, de modo que sua transcrição seja ativada ou inibida. (evolucionismo.org)
  • BLOSUM
  • A matriz BLOSUM (BLOcks of Amino Acid SUbstitution Matrix) é uma matriz de substituição usada para o alinhamento de sequências de proteínas. (wikipedia.org)
  • Escores dentro de uma BLOSUM são pontuações do logaritmo das razões de chance que medem, em um alinhamento, o logaritmo para a razão entre a probabilidade de dois aminoácidos aparecendo com um sentido biológico e a probabilidade dos mesmos aminoácidos aparecendo por acaso. (wikipedia.org)