• mediante
  • Resolver la verdadera estructura de una proteína es un proceso increíblemente costoso y que requiere mucho tiempo, promoviendo la necesidad de sistemas que puedan predecir con precisión la estructura de una proteína mediante el análisis directo de la secuencia de aminoácidos. (wikipedia.org)
  • Las secuencias se compararon mediante blastp, a continuación, los empareja y agrupa, utilizando un árbol taxonómico construido a partir de la similitud de secuencias, donde los organismos más estrechamente relacionados se emparejan primero, y luego los siguientes son añadidos al árbol. (wikipedia.org)
  • ​ Los métodos para reducir el espacio de búsqueda efectuando inicialmente alineamientos de pares mediante programación dinámica sobre cada par de secuencias en el conjunto problema, y buscando sólo el espacio solución cerca de estos resultados (encontrando de forma efectiva la intersección entre trayectorias locales en los alrededores inmediatos de cada solución óptima de alineamiento por pares) representan la técnica de programación dinámica más eficiente. (wikipedia.org)
  • A finales de los 80 lo que centra la atención de los desarrolladores es la posibilidad de establecer concordancias bilingües entre textos, a diferentes niveles (palabras, expresiones, secuencias de caracteres, formato, etc.) mediante la alineación de textos paralelos, lo que continúa también durante los 90. (wikipedia.org)
  • datos
  • Herramientas de minería de datos tales como análisis de grupos, alineación de secuencias y búsqueda de patrones. (wikipedia.org)
  • La interfaz preseleccionada por Mathematica tiene extensas características y capacidades gráficas, ofreciendo analogías a un cuaderno de trabajo: la entrada de datos por parte del usuario y los resultados enviados por el núcleo (incluyendo gráficas y sonidos), son colocados en forma de celdas jerárquicas (igual que Maple), lo cual permite seguir con facilidad la secuencia de las manipulaciones algebraicas o cálculos que se están desarrollando en una sesión. (wikipedia.org)
  • Almacena y constantemente actualiza la información referente a secuencias genómicas en GenBank , un índice de artículos científicos referentes a biomedicina , biotecnología , bioquímica , genética y genómica en PubMed , una recopilación de enfermedades genéticas humanas en OMIM , además de otros datos biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos. (wikipedia.org)
  • Si bien los datos de la secuencia genómica han sido históricamente escasos debido a la dificultad técnica para secuenciar un fragmento de ADN, el número de secuencias disponibles está creciendo exponencialmente. (wikipedia.org)
  • BioJava es compatible con una amplia gama de datos, a partir de ADN y secuencias de proteínas a nivel de las estructuras 3D de proteínas. (wikipedia.org)
  • Estas incluyen: Acceso a los datos de nucleótidos y a la secuencia de péptido de bases de datos locales y remotas. (wikipedia.org)
  • Se aplican gran variedad de algoritmos computacionales al problema de alineamiento de secuencias, como métodos lentos, pero de optimización, como la programación dinámica, y métodos heurísticos o probabilísticos eficientes, pero no exhautivos, diseñados para búsqueda a gran escala en bases de datos. (wikipedia.org)
  • entrada
  • En general, se asume que el conjunto de secuencias de consulta que se ingresa como entrada (conjunto problema) tienen una relación evolutiva por la cual comparten un linaje y descienden de un ancestro común. (wikipedia.org)
  • longitud
  • La mayor parte de los programas de alineamiento múltiple de secuencias usan métodos heurísticos en lugar de optimización global, porque identificar el alineamiento óptimo entre más de unas pocas secuencias de longitud moderada es prohibitivamente costoso computacionalmente. (wikipedia.org)
  • De esta forma, el espacio de búsqueda se incrementa exponencialmente conforme se incrementa n, dependiendo también fuertemente de la longitud de la secuencia. (wikipedia.org)
  • genes
  • Se sospecha que una gran parte de las diferencias fenotípicas y de comportamiento entre las especies se deben más a factores reguladores de los genes que a la secuencia exacta de estos. (wikipedia.org)
  • Por lo tanto, existe una necesidad creciente de desarrollar sistemas de aprendizaje automático que puedan determinar automáticamente la ubicación de los genes que codifican proteínas dentro de una secuencia de ADN dada. (wikipedia.org)
  • Por lo tanto, se necesita una búsqueda intrínseca cuando un programa de predicción de genes intenta identificar los genes restantes de la secuencia de ADN sola. (wikipedia.org)
  • pueden ser
  • Basado en sus propiedades bioquímicas (pH óptimo, mecanismos catalíticos, especificidad de la hidrólisis) y alineación de la secuencia de aminoácidos, las fitasas pueden ser categorizadas en dos clases principales: a) fitasas ácidas histidinas, HAP (EC 3.1.3.2) y b) fitasas alcalinas. (wikipedia.org)
  • Para una persona que no esté familiarizada con una buena alineación durante el movimiento le pueden ser de gran ayuda. (rodrigoguadian.com)
  • varias
  • La PCR Múltiple consta de varios conjuntos de cebadores dentro de una única mezcla de PCR para producir amplicones de tamaños que son específicos para varias secuencias de ADN diferentes. (wikipedia.org)
  • estructura
  • Las secuencias alineadas se escriben con las letras (representando aminoácidos o nucleótidos) en filas de una matriz en las que, si es necesario, se insertan espacios para que las zonas con idéntica o similar estructura se alineen. (wikipedia.org)
  • formato
  • También suele representarse la secuencia consenso en un formato gráfico bajo un logo de secuencias, en el que el tamaño de la letra de cada nucleótido o aminoácido es proporcional a su grado de conservación. (wikipedia.org)
  • alta
  • Los métodos de programación dinámica sólo se usan ahora cuando se necesita un alineamiento de muy alta calidad entre un pequeño número de secuencias, así como benchmark estándar en la evaluación de nuevas o mejoradas técnicas heurísticas. (wikipedia.org)
  • La idea es hacer las secuencias a la más alta intensidad que nos sea posible. (rodrigoguadian.com)
  • varios
  • El método denominado "suma de pares" se ha implementado en el software MSA, pero no es todavía práctico para la mayoría de aplicaciones de alineamiento múltiple de secuencias que requieren el alineamiento simultáneo de docenas (y aún de varios centenares) de secuencias. (wikipedia.org)
  • lenguaje
  • ​ BioJava es un conjunto de bibliotecas escritas en el lenguaje de programación Java para manipular secuencias, estructuras de proteínas, conversores de archivos (file parsers), la interoperabilidad CORBA, el DAS, el acceso a AceDB, programación dinámica y rutinas estadísticas simples. (wikipedia.org)
  • global
  • Las secuencias se emparejan utilizando un algoritmo heurístico para maximizar la puntuación global en una coincidencia bipartita (véase grafo bipartito completo), más que a nivel local. (wikipedia.org)
  • Las aproximaciones computacionales al alineamiento de secuencias se dividen en dos categorías: alineamiento global y alineamiento local. (wikipedia.org)