BioJava[1]​ es un proyecto de código abierto dedicado a proveer herramientas Java para el procesamiento de datos biológicos.[2]​[3]​ BioJava es un conjunto de bibliotecas escritas en el lenguaje de programación Java para manipular secuencias, estructuras de proteínas, conversores de archivos (file parsers), la interoperabilidad CORBA, el DAS, el acceso a AceDB, programación dinámica y rutinas estadísticas simples. BioJava es compatible con una amplia gama de datos, a partir de ADN y secuencias de proteínas a nivel de las estructuras 3D de proteínas. Las bibliotecas BioJava son útiles para la automatización de muchas tareas cotidianas y mundanas de la bioinformática como para analizar un archivo PDB , interactuando con Jmol y muchos más. Esta interfaz de programación de aplicaciones ofrece diversos programas de análisis de archivos, modelos de datos y algoritmos para facilitar el trabajo con los formatos de datos estándar y permite el desarrollo rápido de aplicaciones y ...
El algoritmo de Smith-Waterman es una reconocida estrategia para realizar alineamiento local de secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas); es decir que determina regiones similares entre un par de secuencias. El algoritmo SW fue propuesto por Temple Smith y Michael Waterman en 1981.[1]​ Está basado en el uso de algoritmos de programación dinámica, de tal forma que tiene la deseable propiedad de garantizar que el alineamiento local encontrado es óptimo con respecto a un determinado sistema de puntajes que se use (tales como matrices de substitución). Las alternativas básicas para realizar el alineamiento de un par de secuencias son: el alineamiento local y el alineamiento global. Los alineamientos globales pretenden alinear cada símbolo (o residuo) en cada secuencia. Esta estrategia es especialmente útil cuando las secuencias a alinear son altamente similares y aproximadamente del mismo tamaño. En contraste, los alineamientos locales son más útiles cuando las secuencias a ...