tRNA-aminoacylering
tRNA-aminoacyling, eller tRNA-syrebaseret aminosyreesterifikation, er en biokemisk reaktion, hvor en specifik aminosyre kovalent forbindes med sit tilhørende transfer RNA (tRNA) molekyle. Denne proces katalyseres af enzymer kaldet aminoacyl-tRNAsynthetaser og spiller en essentiel rolle i den centrale dogme for molekylærbiologi, idet den forbinder genetisk information fra DNA og RNA med de relevante aminosyrer under proteinsyntesen. Hvert tRNA-molekyle har et specifikt anticodon, der kan parre sig med en komplementært kodon på mRNA, hvilket sikrer at den korrekte aminosyre bliver indlemmet i det voksende peptidkæde under proteinsyntesen.
RNA, transfer
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA-molekyler som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl bär en specifik aminosyra, och under proteinsyntesen matchas varje tRNA med en komplementär mRNA-sekvens (ett kodon) i ribosomen för att korrekt infoga den rätta aminosyran i den nya peptidkedjan som byggs upp.
Aminoacylering
Aminoacylation är en biokemisk process där en aminosyra kovalent binds till ett transfer RNA (tRNA) molekyl med hjälp av en aminoacyl-tRNA syntetas. Detta steg är viktigt för den translationella maskineriet, som är ansvarig för att tolka genetisk information och producera proteiner i cellen. Varje tRNA molekyl har en specifik anticodon-sekvens som matchar en komplementär kodon-sekvens på mRNA. När aminoacyleringen sker korrekt säkerställs att rätt aminosyra kopplas till rätt tRNA, och därmed rätt plats i det protein som byggs upp.
Aminoacyl-tRNA-syntetaser
Antikodon
RNA, Transfer, Amino Acyl
RNA, transfer, Cys
Transfer RNA (tRNA) Cys refererar till ett specifikt transfer RNA-molekyl som transporterar den aminosyra som kodas för av kodonet UGU eller UGC i mRNA under processen av proteintranslering. Denna tRNA är belastad med aminosyran cystein (Cys).
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
RNA, transfer, Ala
Transfer RNA (tRNA) Ala refererar till en speciell typ av tRNA-molekyl som transporterar den aminosyran alanin till ribosomen under processen att bygga upp proteiner i cellen, enligt genetisk information kodad i mRNA.
RNA, transfer, Leu
Transfer RNA leucine (tRNA-Leu) är ett specifikt ämne inom biokemi och molekylärbiologi som är en del av den genetiska koden och proteinsyntesen i celler. Transfer RNA (tRNA) är en typ av RNA-molekyler som transporterar aminosyror till ribosomen under processen att bygga upp proteiner enligt den genetiska koden specificerad i mRNA (messenger RNA).
Fenylalanin-tRNA-ligas
Ett enzym som aktiverar fenylalanin med specifikt tRNA. EC 6.1.1.20.
RNA, bakteriellt
Valin-tRNA-ligas
Valin-tRNA-ligase är ett enzym som katalyserar den sista steget i syntesen av valyl-tRNA, en molekyl som spelar en central roll i den genetiska koden och proteintranslationsprocessen. Valin-tRNA-ligas associerar aminosyran valin med sin specifika transfer-RNA (tRNA) genom att koppla ihop dem med en peptidbindning, vilket möjliggör korrekt tolkning och översättning av genetisk information till proteiner.
RNA, transfer, Val
Transfer RNA (tRNA) med valin som sin specifika aminosyra är ett små molekyler av RNA som transporterar specifika aminosyror till ribosomer under processen av proteintranslering. Varje typ av tRNA har en unik tre nukleotider lång sekvens, känd som anticodon, som komplementärt parar sig med mRNAs komplementära codon för att korrekt införa valinaminosyran i den syntetiserade peptidkedjan.
RNA, transfer, Asp
Transfer RNA (tRNA) Asp refers to a specific type of transfer RNA molecule that is involved in the process of protein synthesis and carries the amino acid aspartic acid (Asp). Transfer RNA molecules are responsible for translating the genetic code contained within messenger RNA (mRNA) into the corresponding amino acids, which are then linked together to form proteins. Each type of tRNA has a unique anticodon sequence that allows it to recognize and bind to a specific codon on the mRNA, and it also has a binding site for its corresponding amino acid. In the case of tRNA Asp, its anticodon recognizes and binds to one or more of the mRNA codons that specify aspartic acid (GAC, GAT), and it carries an aspartic acid molecule in its binding site.
RNA Editing
RNA editing refererer til den proces, hvor der foretages ændringer i det posttranskriptionelle RNA, før det oversættes til protein. Dette kan involvere indsættelse, deletyion eller substitution af nukleotider, der resulterer i en forandring af aminosyresekvensen i det endelige protein. Den mest almindelige form for RNA editing hos pattedyr er den reversible konvertering af adenosin (A) til inosin (I), katalyseret af enzymerne ADAR (Adenosine Deaminases Acting on RNA). Inosin kan derefter behandles som guanosin under oversættelsesprocessen, hvilket resulterer i en aminosyreforandring i det endelige protein.
RNA, Transfer, Amino Acid-Specific
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA som spelar en central roll i den genetiska koden och proteintranslationsprocessen. Varje tRNA molekyl innehåller en specifik aminosyra bunden till dess 3'-slut. Denna aminosyra är specificerad av en tresnurra, även kallad anticodon, som finns på den motsatta änden av tRNA:t (5'-slut). Anticodonen matchar komplementärt med mRNAs specifika kodon för att korrekt positionera aminosyran i den växande peptidkedjan under translationsprocessen. Sålunda är "tRNA, aminosyra-specifik" en term som refererar till den specifika aminosyran som är kopplad till varje tRNA-molekyl genom dess tresnurra.
Kolibakterie
Serin-tRNA-ligas
Serin-tRNA-ligase, även känt som Seryl-tRNAsynthetas, är ett enzym som katalyserar den sista steget i syntesen av serin-tRNA, vilket är en nödvändig komponent i den genetiska koden för proteintranslering. Detta enzym katalyserar kopplingen av aminosyran serin till dess specifika transfer-RNA (tRNA) via en esterbindning. Denna reaktion är viktig för att säkerställa korrekt dekodning och syntes av proteiner i cellen.
RNA, transfer, Ile
Bassekvens
RNA, viralt
"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.
RNA, transfer, Ser
Transfer RNA serine (tRNASer) är ett specifikt transfer RNA-molekyl som transporterar aminosyran serin till ribosomen during protein synthesis. Det finns två former av tRNASer, som skiljer sig åt beroende på vilken variant av serin de binder till: den ena binder till den L-formen av serin och den andra binder till den D-formen av serin. Transfer RNA är en sorts RNA-molekyl som hjälper till att översätta genetisk kod från DNA till proteiner under processen med protein syntes.
RNA, transfer, Phe
"RNA, transfer, Phe" refers to a specific type of RNA molecule called phenylalanine transfer RNA (tRNA-Phe). In molecular biology, tRNAs are adapter molecules that play a crucial role in protein synthesis. They translate the genetic code present in messenger RNA (mRNA) into the corresponding amino acids to build proteins.
Tyrosin-tRNA ligas
Tyrosyl-tRNA synthetase (Tyr-tRNA ligase) is an enzyme that catalyzes the attachment of tyrosine to its corresponding transfer RNA (tRNA) molecule during protein biosynthesis, ensuring the fidelity of the genetic code.
RNA, Small Interfering
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
RNA, transfer, His
Transfer RNA (tRNA) med specifikt aminosyraresel ("His" står för histidin) är en typ av RNA-molekyler som spelar en central roll i processen som kallas proteintranslering. Varje tRNA-molekyl har en specifik sekvens av nukleotider, kallad anticodon, som kan binda till motsvarande komplementära kodon (tre nukleotider) på mRNA (messenger RNA). När tRNA-molekylen binder till mRNA via detta komplementära parning av baser, transporteras en specifik aminosyra till ribosomen där proteinsyntesen sker. I fallet med tRNA His transporterar den aminosyran histidin till ribosomen för att ingå i den pågående proteinbildningen.
RNA, transfer, Gly
Transfer RNA (tRNA) med koden "Gly" refererar till ett specifikt molekyltarmsband av RNA som är involverat i den genetiska kodenöversättningen vid proteintranslationsprocessen. Specifikt transporterar detta tRNA-molekyl aminosyran glycin (Gly) från aminosyra poolen till ribosomen, där proteinsyntesen sker. Denna process möjliggör byggandet av den korrekta peptidkedjan enligt mRNAs sekvens.
RNA, transfer, Trp
Transfer RNA (tRNA) for tryptophan (Trp) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran tryptofan från den genetiska koden i mRNA till ribosomen under processen av proteintranslering.
RNA, transfer, Pro
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA-molekyler som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl har en specifik sekvens av nukleotider, kallad antikodon, som kan binda till motsvarande komplementära kodon (tre nukleotider) på en mRNA-molekyl under translationen.
RNA, transfer, Met
Transfer RNA (tRNA) molekyler är en typ av RNA som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl innehåller en specifik sekvens av nukleotider, kallad antikodon, som kan binda till motsvarande komplementära kodon (en eller flera tre nucleotid långa sekvenser) på en mRNA-molekyl under processen med proteinsyntes.
RNA, ribosomalt
Ribosomalt RNA (rRNA) är den typ av RNA som utgör en viktig komponent i ribosomer, de cellulära organeller där proteinsyntesen sker i levande celler. rRNA-molekyler fungerar som strukturella stommar och katalytiska center för ribosomen, underlättar bindningen av aminosyror och bildandet av peptidbindningar under proteinsyntesen.
tRNA-metyltransferaser
tRNA-metyltransferaser är en typ av enzym som metylerar, det vill säga överför en metylgrupp till, specifika baser i transfer RNA (tRNA)-molekyler. Dessa modifieringar hjälper till att stabilisera tRNAs tredimensionella struktur och är viktiga för korrekt proteintranslering.
RNA, transfer, Thr
Transfer RNA (tRNA) Thr refererar till en specifik typ av tRNA-molekyl som transporterar en aminosyra, den specifika är threonin, till ribosomen under proteinsyntesen i cellen. Tillsammans med mRNA och rRNA utgör tRNA de viktigaste komponenterna av det molekylära maskineriet som bygger proteiner enligt genetisk information kodad i DNA:t. Varje typ av tRNA har en unik sekvens av nukleotider, en anticodon-sekvens, som matchar en specifik kodonsekvens på mRNA, och en aminosyra som den binder till via en esterbindning. På det sättet hjälper tRNAThr till att översätta genetisk information från DNA till en proteinsekvens med aminosyror under processen som kallas translation.
RNA, transfer, Asn
Transfer RNA (tRNA) för asparagin (Asn) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran asparagin till ribosomen under processen av proteintranslering. Tillsammans med andra tRNA-molekyler och ribosomerna hjälper asparagins tRNA till att bygga upp en peptidkedja genom att koppla asparagin till rätt sekvens av baser i mRNA, vilket är den molekyl som leder proteinet som ska syntetiseras.
Tryptofan-tRNA-ligas
RNA, transfer, Tyr
RNA, transfer, Glu
Transfer RNA (tRNA) med koden "Glu" är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran glutaminsyra till ribosomen during protein synthesis. Tillsammans med mRNA och rRNA, utgör tRNA en väsentlig komponent i den genetiska koden och proteinkapslningens processer.
Genetisk kod
Betydelsen av bassekvensen i förhållande till hur den översätts till aminosyrasekvens. Början, slutet och ordningsföljden av aminosyrorna i ett protein bestäms av en följd av nukleotidtripletter, benämnda kodoner.
Fenylalanin
RNA-splitsning
RNA-splitsning, eller RNA-splicing, är ett posttranskriptionellt process där intronsekvenser (icke-kodande sekvenser) exciseras och exonsekvenser (kodande sekvenser) sammanfogas i en RNA-molekyl, vilket resulterar i ett mognare, funktionellt RNA-transkript som kan antingen vara ett messenger RNA (mRNA) för proteintranslering eller ett icke-kodande RNA med viktiga regulatoriska funktioner.
Treonin-tRNA-ligas
Treonin-tRNA-ligase (TRS) er ein enzym som katalyserer reaksjonen der treonin blir knyttet til sin specifiske transfer RNA (tRNA), deretter overføres treoninet til ribosomen under translasjonsprosessen for å syntetiserast peptidbindningene i proteiner. Dette enzymet spiller dermed en viktig rolle i den genetiske koden og proteinsyntesen hos levende organismer.
Nukleosid Q
Nucleoside Q, också känt som "Nuc" eller "Q Nucleoside," är ett experimentellt antiviralt läkemedel som är under utveckling för behandling av HIV-infektioner. Det består av en modifierad form av nucleosid, som är en byggsten i DNA och RNA.
RNA, svamp
RNA (Ribonucleic acid) är ett nukleinsyremedel som spelar en central roll i den genetiska informationens flöde och proteinsyntes inom celler hos levande organismer, inklusive svampar. RNA består av en lång kedja av nukleotider som innehåller fyra olika baser: adenin (A), uracil (U), cytosin (C) och guanin (G). I svampar, liksom i andra eukaryota organismer, finns det tre huvudsakliga typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa olika RNA-typer har specifika funktioner i cellen, exempelvis att transportera genetisk information från DNA till ribosomen där proteinsyntesen sker eller att utgöra en del av ribosomerna där proteiner syntetiseras.
RNA, transfer, Gln
Transfer RNA (tRNA) för glutamin (Gln) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran glutamin till ribosomen under processen av proteintranslering. Detta sker genom att tRNAMolekylen kopplas till glutamin via en speciell bindning, känd som peptidbindning, i enlighet med den genetiska koden specificerad i mRNA (messenger RNA).
RNA, transfer, Arg
Transfer RNA (tRNA) med arginin (Arg) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran arginin till ribosomen under processen av proteintranslering.
Genöverföringstekniker
Införande av funktionella (vanligen klonade) gener i celler. Olika sorters teknik och naturliga processer används för genöverföringen, som t ex cellhybridisering, liposomer eller mikrocellförmedlad genöverföring, elektroporering, kromosomförmedlad överföring, transfektion och genetisk transduktion. Genöverföring kan leda till såväl ombildade celler som organismer.
Proteinbiosyntes
Proteinbiosyntese refererer til den proces, hvor celler syntetiserer proteiner baseret på informationen i DNA-molekylet. Denne proces foregår i to etaper: transkription og translation. Under transkriptionen konverteres DNA-sekvensen til en komplementær mRNA-sekvens, der derefter transporteres ud af cellkernen. I den efterfølgende translation skaber ribosomerne forbindelsen mellem aminosyrerne i overensstemmelse med sekvensen af nukleotider i mRNA-molekylet, hvilket resulterer i dannelse af et protein. Proteinbiosyntesen er en essentiel livsfunktion for alle levende organismer.
Ribosomer
Ett ribosom är en komplex struktur i cellen som syntetiserar proteiner genom att translatera information från RNA till aminosyror, vilket resulterar i bildandet av en peptidkedja. Ribosomen består av två subenheter, en större och en mindre, som innehåller ribosomalt RNA (rRNA) och proteiner. De två subenheterna interagerar med varandra samt med mRNA (budbärar-RNA) och tRNA (transfer-RNA), för att bygga upp en proteinmolekyl korrekt enligt genetisk information. Ribosomer finns i både cytoplasma och mitokondrier, och spelar därför en central roll i cellens proteinsyntes.
DNA-styrt RNA-polymeraser
En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.
RNA, transfer, Lys
Transfer RNA (tRNA) Lys refererar till ett specifikt transfer RNA-molekyl som transporterar den aminosyran lysin (K) till ribosomen under processen av proteintranslering i celler.
Saccharomyces cerevisiae
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Mutation
Uridin
Uridin är ett nucleosid som består av en pyrimidinbas (uracil) kovalent bundet till en femtoribos (ribose) via en beta-N1-glykosidbindning. Det förekommer naturligt i RNA och har en central roll i cellers proteinsyntes som en del av transfer-RNA (tRNA).
RNA Processing, Post-Transcriptional
Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.
Modeller, molekylära
Oligoribonukleotider
Oligoribonukleotider (ORNs) är korta en- eller flerfaldigt polymeriserade molekyler av ribonukleotider, som utgör byggstenarna i RNA. ORNs kan variera i längd från några få upp till hundratals nukleotider och har en rad olika funktioner inom cellen, till exempel som delar i regleringen av genuttryck och proteinsyntes. De kan även ha en roll i celldefens och sjukdomsprocesser, såsom virusinfektioner och neurologiska störningar.
RNA, katalytiskt
En medicinsk definition av "RNA, katalytisk" är "Ribonukleinsyra med förmåga att fungera som en biokemisk katalysator, underlättande och accelererande specifika kemiska reaktioner inom cellen." Katalytiskt RNA, även känt som ribozym, är en typ av RNA-molekyl som kan binda till specifika substrat och utöva enzymatisk aktivitet, det vill säga att underlätta och accelerera kemiska reaktioner. Detta upptäcktes på 1980-talet och var en banbrytande upptäckt inom molekylärbiologin eftersom det ifrånsakade den länge gällande uppfattningen att endast proteiner kunde fungera som enzymer.
Bindningsplatser
Aminosyrasekvens
Arke-RNA
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
Aminosyror
Tiouridin
Tiouridin är ett derivat av pyrimidin, som är en grundläggande byggsten i nukleotider och därmed också i nukleinsyraer som DNA och RNA. Tiouridin förekommer naturligt i vissa RNA-molekyler, där det vanligen ersätter en uracilgrupp. Det har visat sig spela en viktig roll i olika cellulära processer, såsom RNA-modifiering och proteinsyntes.
Thermus thermophilus
'Thermus thermophilus' är en gram-negativ, aerob bakterie som trivs vid höga temperaturer (upp till 85°C) och har därför kallats "hettkärleksbakterie". Den förekommer naturligt i varma källor med hög pH och saltkoncentration. Dess genetiska material är extremt stabilt vid höga temperaturer, vilket gör den användbar inom molekylärbiologi för att producera termostabila enzymer som används i PCR-teknik och andra biotekniska tillämpningar.