Archaea
Um dos três domínios de vida (os outros são BACTÉRIAS e EUCARIOTOS), anteriormente chamado Archaebacteria no táxon Bactéria, mas atualmente considerado separadamente e distinto. São caracterizados por: 1) presença de RNA de transferência e RNA ribossômicos característicos; 2) ausência de paredes celulares de peptidoglicanas; 3) presença de lipídeos com ligações éter, construídos de subunidades de cadeias ramificadas e 4) sua ocorrência em habitats pouco usuais. Enquanto as Archaea se parecem com as bactérias na organização genômica e morfológica, assemelham-se aos eucariontes em seu método de replicação genômica. O domínio contém ao menos quatro reinos: CRENARCHAEOTA, EURYARCHAEOTA, NANOARCHAEOTA e KORARCHAEOTA.
DNA Arqueal
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de Archaea.
RNA Arqueal
Ácido ribonucleico na archaea, que tem papéis regulatórios e catalíticos tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Genoma Arqueal
Complemento genético de um organismo arqueal (ARCHAEA) como representado em seu DNA.
Crenarchaeota
Reino do domínio ARCHAEA que compreende organismos termoacidofílicos e que dependem de enxofre. As duas ordens são SULFOLOBALES e THERMOPROTEALES.
Regulação da Expressão Gênica em Archaea
Qualquer processo pelo qual fatores citoplasmáticos ou intercelulares influeciam o controle diferencial da ação gênica em Archaea.
Haloferax volcanii
Espécie de archaea halofílica encontrada no Mar Morto.
Metano
Mathanococcus
Bactérias
Um dos três domínios da vida, também denominado Eubacterias (os outros são Eukarya e ARCHAEA). São micro-organismos procarióticos, unicelulares, com parede celular geralmente rígida. Multiplicam-se por divisão celular e apresentam três formas principais: redonda (cocos), bastonete (bacilos) e espiral (espiroquetas). Podem ser classificadas pela resposta ao OXIGÊNIO (aeróbicas, anaeróbicas, ou anaeróbicas facultativas), pelo modo de obter energia: quimiotróficas (via reação química) ou PROCESSOS FOTOTRÓFICOS (via reação com luz), quimiotróficas, pela fonte de energia química. As quimiolitotróficas (a partir de compostos inorgânicos) ou CRESCIMENTO QUIMIOAUTOTRÓFICO (a partir de compostos orgânicos), e pela fonte de CARBONO, NITROGÊNIO, etc. PROCESSOS HETEROTRÓFICOS (a partir de fontes orgânicas) e PROCESSOS AUTOTRÓFICOS (a partir de DIÓXIDO DE CARBONO). Podem também ser classificadas por serem coradas ou não (com base na estrutura da PAREDE CELULAR) pelo CRISTAL VIOLETA: Gram-positivas ou Gram-negativas.
Sulfolobus
Gênero de ARCHAEA cocoides, quimiolitotróficos e aeróbios, cujos organismos são termoacidofílicos. Suas células são de forma altamente irregular, frequentemente lobares, embora ocasionalmente esféricas. Possui distribuição ampla no mundo, com organismos isolados de solos ácidos quentes e da água. O enxofre é utilizado como fonte de energia.
Methanobacteriaceae
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Euryarchaeota
Filo de ARCHAEA que compreende pelo menos sete classes: Methanobacteria, Methanococci, Halobacteria (halófilos extremos), Archaeoglobi (espécies redutoras de sulfato), Methanopyri, e as termófilas Thermoplasmata e Thermococci.
Methanosarcina
Gênero de METHANOSARCINALES anaeróbios, de forma esférica irregular, cujos organismos não possuem motilidade. Não há formação de endosporos. Estes archaea derivam energia via produção de metano a partir de acetato, metanol, mono-, di- e trimetilamina e, possivelmente, monóxido de carbono. Os organismos são isolados de ambientes de marinhos e de água doce.
Nitrificação
Processo facilitado por bactérias especializadas que envolve a oxidação do amônio para nitrito e nitrato.
Methanobacterium
Gênero de METHANOBACTERIACEAE, anaeróbicos e corpo em forma de bastonete. Os organismos não possuem motilidade e usam amônia como única fonte de nitrogênio. Estes metanógenos são encontrados em sedimentos aquáticos, solo, esgotos e no trato gastrointestinal de animais.
Desulfurococcaceae
Família de archaea (ordem DESULFUROCOCCALES) composta por cocos anaeróbicos que utilizam peptídeos, proteínas ou carboidratos facultativamente, por respiração sulfurosa ou fermentação. Há oito gêneros: AEROPYRUM, Desulfurococcus, Ignicoccus, Staphylothermus, Stetteria, Sulfophoboccus, Thermodiscus e Thermosphaera. (Tradução livre do original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed).
Methanosarcinales
Ordem de micro-organismos (reino EURYARCHAEOTA) metanógenos anaeróbicos. Há duas famílias: METHANOSARCINACEAE e Methanosaetaceae.
Halobacteriales
Ordem de archae extremamente halofílicos, do reino EURYARCHAEOTA. Ocorrem frequentemente em ambientes naturais em que a concentração salina é alta, e são organismos quimiorganotróficos, usando aminoácidos ou carboidratos como fonte de carbono.
Haloferax
Gênero de HALOBACTERIACEAE extremamente halofílicas que são quimioeterotróficas e estritamente aeróbias. São encontradas em ambientes salinos neutros como lagos salgados (especialmente o Mar Morto) e salinas marinhas.
Pyrococcus
Gênero de archaea ultratermofílicas, estritamente anaeróbias, da família THERMOCOCCACEAE, que ocorrem em águas marinhas aquecidas. Apresentam crescimento heterotrófico em temperatura ótima de 100 graus C.
Sulfolobus acidocaldarius
RNA Ribossômico 16S
Methanosarcinaceae
Família de METHANOSARCINALES anaeróbias cujas células são mesofílicas ou termofílicas, e apresentam-se como corpos esféricos irregulares ou como bacilos encobertos. Estes metanógenos são encontrados em qualquer ambiente anaeróbio, incluindo sedimentos aquáticos, digestores anaeróbios de esgotos e tratos gastrointestinais. Há quatro gêneros: METHANOSARCINA, Methanolobus, Methanothrix e Methanococcoides.
Pyrococcus abyssi
Espécie de ARCHAEA Gram-negativa hipertermofílica, encontrada em aberturas hidrotermais oceânicas profundas. É anaeróbico obrigatório e quimiorganotrófico.
Cromossomos de Archaea
Sulfolobus solfataricus
Espécie ARCHAEA termoacidófila (família Sulfolobaceae) encontrada em áreas vulcânicas onde a temperatura é cerca de 80 graus C e há a presença do ENXOFRE.
Sedimentos Geológicos
Massa de material sólido fragmentado, orgânico ou inorgânico, ou o próprio fragmento sólido, que vem do desgaste das rochas, sendo transportado, suspenso ou aprisionado pelo ar, água ou gelo. Refere-se também a uma massa acumulada por qualquer outro agente natural e que se deposita em camadas na superfície terrestre, como areia, pedregulhos, lodo, lama, terra ou argila.
Methanococcales
Ordem de metanógenos anaeróbios do reino EURYARCHAEOTA. São em forma de pseudossarcina, cocoide ou em bastonete envolto em bainha, e catabolizam grupos metil. A parede celular é composta de proteína. A ordem inclui uma família, METHANOCOCCACEAE.
Archaeoglobus fulgidus
Pyrococcus furiosus
Espécie de archaea hipertermofílica, estritamente anaeróbia, que vive em sedimentos marinhos geotermicamente aquecidos. Exibem crescimento heterotrófico por fermentação ou por respiração sulfurosa.
Evolução Molecular
Thermococcus
Gênero de archaea heterotróficas extremamente termofílicas da família THERMOCOCCACEAE que ocorrem em correntes marinhas quentes. São sulfidogênicos quimiorganotróficos anaeróbios.
Células Eucarióticas
Methanosarcina barkeri
Espécie de archaea halofílica cujos organismos não possuem motilidade. Seus habitats incluem lodo marinho e de água doce, lagoas com resíduos animais e os rumes de ungulados.
Halobacteriaceae
Família de archaea, de membros extremamente halofílicos, encontrados em ambientes com elevada concentração salina (como lagos salgados, salinas evaporadas ou peixes salgados). Halobacteriaceae são aeróbios obrigatórios ou anaeróbios facultativos, sendo divididos em pelo menos vinte e seis gêneros, incluindo-se: HALOARCULA, HALOBACTERIUM, HALOCOCCUS, HALOFERAX, HALORUBRUM, NATRONOBACTERIUM e NATRONOCOCCUS.
Amônia
Sequência de Aminoácidos
Vírus de Archaea
Vírus cujos hospedeiros estão no domínio ARCHAEA.
Éteres de Glicerila
Eucariotos
Um dos três domínios da vida (os outros são BACTÉRIAS e ARCHAEA), também chamado de Eukarya. Constituem os organismos cujas células são envolvidas por membranas e possuem um núcleo. Compreendem quase todos os organismos pluricelulares e muitos dos unicelulares, e são tradicionalmente divididos em grupos (algumas vezes chamados reinos) que incluem ANIMAIS, PLANTAS, FUNGOS, várias algas e outros taxa que foram previamente parte do antigo reino Protista.
Thermoplasma
Gênero de archaea heterotróficas, facultativamente anaeróbias, da ordem THERMOPLASMALES, que são isoladas de pilhas residuais de carvão para aquecimento, e de fontes de água quente. São termofílicas e podem crescer com ou sem enxofre.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Análise de Sequência de DNA
DNA Ribossômico
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Processos Autotróficos
Processos pelos quais os organismos utilizam substâncias inorgânicas simples, como dióxido de carbono dissolvido ou gasoso e nitrogênio inorgânico como fontes de nutrientes. Diferem dos processos heterotróficos que utilizam materiais orgânicos como fonte para o suprimento nutricional. Os autótrofos podem ser quimioautótrofos (ou quimiolitótrofos), grande parte das ARCHAEA e BACTÉRIAS, que também utilizam substâncias simples inorgânicas para suas necessidades energéticas do metabolismo, ou fotoautótrofos (ou fotolitótrofos), como as PLANTAS e CIANOBACTÉRIAS, que obtêm sua energia da luz. Dependendo das condições ambientais, alguns organismos podem alternar entre os diferentes tipos de nutrição (autotrofia, heterotrofia, quimiotrofia ou fototrofia) para utilizar as diferentes fontes para suprir suas necessidades nutricionais e energéticas.
Haloferax mediterranei
Espécie de archaea halofílica encontrada no Mar Mediterrâneo. Produz bacteriocinas ativas contra várias outras halobactérias.
Células Procarióticas
Thermoproteaceae
Família das THERMOPROTEALES composta por bacilos rígidos de comprimento variável e sem septo. Crescem tanto quimolitoautotroficamente ou como por respiração sulfurosa. Os quatro gêneros são: PYROBACULUM, THERMOPROTEUS, Caldivirga e Thermocladium. (Tradução livre do original: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2d ed)
Halobacterium salinarum
Biodiversidade
A variedade de todos os órgãos vivos autóctones e suas diversas formas e inter-relações. (MeSH, 2010) Conteúdo vivo da Terra em seu conjunto, tudo quanto vive nos oceanos, nas montanhas e nos bosques. Encontramo-la em todos os níveis, desde a molécula de DNA até os ecossistemas e a biosfera. Todos os sistemas e entidades biológicas estão interconectadas e são interdependentes. A importância da biodiversidade fundamenta-se no fato de nos facilitar serviços essenciais: protege e mantém os solos, regula o clima e torna possível a biossíntese, proporcionando-nos assim o oxigênio que respiramos e a matéria básica para nossos alimentos, vestuário, medicamentos e habitações. (Tradução livre do original: Material IV - Glosario de Protección Civil, OPS, 1992)
Sequência de Bases
Thermoplasmales
Ordem de archaea termofílicas aeróbias, do reino EURYARCHAEOTA, que são caracterizadas pela ausência de parede celular. Dois gêneros foram descritos: THERMOPLASMA e Picrophilus.
Transferência Genética Horizontal
Transmissão de informação genética que ocorre naturalmente entre organismos, aparentados ou sem parentesco, burlando a transmissão de descendência dos pais. A tranferência gênica horizontal pode ocorrer através de uma variedade de processos que ocorrem naturalmente, como CONJUGAÇÃO GENÉTICA, TRADUÇÃO GENÉTICA e TRANSFECÇÃO. Essa transmissão pode resultar em uma troca da composição genética do organismo receptor (TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA).
Methanobrevibacter
Gênero de ARCHAEA, Gram-positivo, anaeróbico, em forma de cocos a bacilos curtos (família METHANOBACTERIACEAE, ordem METHANOBACTERIALES) encontrados no TRATO GASTROINTESTINAL ou em outros ambientes anóxicos.
Haloarcula marismortui
Espécie de archaea halofílica que se distingue pela produção de ácido a partir do açúcar. Esta espécie havia sido previamente chamada de Halobacterium marismortui.
Genes de RNAr
Genes encontrados tanto nos procariotos como nos eucariotos, que são transcritos para produzir o RNA que é incorporado nos RIBOSSOMOS. Os genes dos RNAr procarióticos geralmente são encontrados em óperon dispersados no GENOMA, enquanto os genes dos RNAr eucarióticos são unidades transcritivas multicistrônicas agrupadas.
Sulfolobales
Ordem de CRENARCHAEOTA que compreende cocos quimiolitotróficos, aeróbios ou aeróbios facultativos, que são termoacidófilos extremos. Não possuem peptidoglicanas em suas paredes celulares.
Oxirredutases
Classe de todas as enzimas que catalisam reações de oxidorredução. O substrato que é oxidado é considerado doador de hidrogênio. O nome sistemático é baseado na oxidorredutase doador:receptor. O nome recomendado é desidrogenase, onde for possível. Como alternativa, redutase pode ser usado. O termo oxidase é usado apenas nos casos em que o O2 é o receptor.
Modelos Moleculares
Microbiologia da Água
Presença de bactérias, vírus e fungos na água. A expressão não se restringe [apenas] aos organismos patogênicos.
Methanomicrobiaceae
Família METHANOMICROBIALES anaeróbica, cujas células variam de forma cocoide a bastonetes retos ou ligeiramente curvos. Há seis gêneros.
Ecossistema
1) Sistema funcional que inclui os organismos de uma comunidade natural junto a seu ambiente. (MeSH/NLM)(Tradução livre do original: McGraw Hill Dictionary of Scientific and Technical Terms, 4th ed) 2)Sistema aberto integrado pelos organismos vivos (inclusive o homem) e os elementos não vivos de um setor ambiental definido no tempo e no espaço, cujas propriedades globais de funcionamento e autorregulação derivam da interação entre seus componentes, tanto pertencentes aos sistemas naturais como aqueles modificados ou organizados pelo próprio homem. 3) Complexo constituído pelo biótopo e pela biocenose (Material III - Ministério da Ação Social, Brasília, 1992)
Archaeoglobus
Anaerobiose
RNA de Transferência
Pequenas moléculas de RNA com 73-80 nucleotídeos que atuam durante a TRADUÇÃO GENÉTICA para alinhar os AMINOÁCIDOS nos RIBOSSOMOS em uma sequência determinada pelo RNA MENSAGEIRO. Há cerca de 30 RNAs de transferência diferentes. Cada um reconhece um grupo específico de CÓDON no RNAm através de seu ANTICÓDON e como RNA transportadores de aminoacil (RNA DE TRANSFERÊNCIA DE AMINOACIL), cada um transporta um aminoácido específico para o ribossomo para adicionar às cadeias peptídicas que estão se formando.
Sequência Conservada
Salinidade
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Microbiologia do Solo
Presença de bactérias, vírus, e fungos no solo. A expressão não se restringe a organismos patogênicos.
Plâncton
Comunidade de PLANTAS e ANIMAIS aquáticos muito pequenos e BACTÉRIAS fotossintetizantes que são flutuantes ou suspendidas na água, com pequeno ou nenhum poder de locomoção. São divididos em FITOPLÂNCTON e ZÔOPLANCTON.
Oxirredução
Reação química em que um elétron é transferido de uma molécula para outra. A molécula doadora do elétron é o agente de redução ou redutor; a molécula aceitadora do elétron é o agente de oxidação ou oxidante. Os agentes redutores e oxidantes funcionam como pares conjugados de oxidação-redução ou pares redox (tradução livre do original: Lehninger, Principles of Biochemistry, 1982, p471).
RNA Bacteriano
Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Subunidades Ribossômicas Maiores de Arqueas
Subunidade maior do ribossomo 70S de Archaea. É composta pelo RNA RIBOSSÔMICO 23S, RNA RIBOSSÔMICO 5S e aproximadamente 40 PROTEÍNAS RIBOSSÔMICAS diferentes.
Sulfolobaceae
Família de SULFOLOBALES que compreende cocos quimiolitotróficos aeróbios ou facultativamente anaeróbios que geralmente ocorrem individualmente. Seu crescimento ótimo é em pH por volta de 2.
Reatores Biológicos
Ferramentas ou dispositivos para gerar produtos utilizando a capacidade de conversão sintética ou química de um sistema biológico. Eles podem ser fermentadores clássicos, sistemas de perfusão em cultura de células ou enzimas biorreatoras. Para produção de proteínas ou enzimas, geralmente são escolhidos micro-organismos recombinantes tais como bactérias, células de mamíferos ou insetos ou células de plantas.
Fontes Hidrotermais
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Proteobactérias
Filo composto por bactérias púrpura e seus parentes, que constitui um ramo da árvore eubacteriana. Este grupo de bactérias predominantemente Gram-negativas é classificado com base na homologia de sequências nucleotídicas equivalentes de RNA ribossômico 16S, ou pela hibridização de RNA ou DNA ribossômico com 16S e RNA ribossômico com 23S.
DNA Bacteriano
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.
Oceano Pacífico
Deltaproteobacteria
Grupo de PROTEOBACTÉRIAS representado por sulfetógenos anaeróbicos, morfologicamente diferentes entre si. Alguns membros deste grupo são considerados predadores bacterianos, apresentando propriedades bacteriolíticas.
Biota
Enxofre
Haloarcula
Gênero de HALOBACTERIACEAE que se distingue de outros gêneros da família pela presença de derivados específicos de lipídeos polares TGD-2. Haloarcula são encontradas em ambientes salinos neutros como lagos salgados, salinas marinhas e solos salinos.
Consórcios Microbianos
Fontes Termais
Habitat de água naturalmente quente por processos geológicos subjacentes. As águas termais superficiais têm sido usadas na BALNEOLOGIA. As águas subterrâneas termais são chamadas FONTES HIDROTERMAIS.
Fenômenos Fisiológicos Bacterianos
Processos e propriedades fisiológicas de BACTÉRIAS.
Bactérias Redutoras de Enxofre
Temperatura Ambiente
Clonagem Molecular
Estuários
Nanoarchaeota
Reino de ARCHAEA hipertermofílica encontrado em vários ambientes.
Pyrococcus horikoshii
Espécie de ARCHAEA anaeróbico, hipertermofílico, isolado de amostras de líquidos hidrotermais. É obrigatoriamente heterotrófico com células cocoides que requerem TRIPTOFANO para crescer.
Methanomicrobiales
Ordem de metanógenos anaeróbicos, altamente especializados, do reino EURYARCHAEOTA. Os organismos podem ou não possuir motilidade e as células formam corpos cocoides, pseudossarcinas ou bacilos. Entre as famílias estão METHANOMICROBIACEAE, Methanocorpusculaceae e Methanospirillaceae.
Pyrobaculum
Gênero de ARCHAEA com forma bacilar quase retangular (família THERMOPROTEACEAE). Os organismos são aeróbicos facultativos ou estritamente anaeróbicos, crescem em vários substratos orgânicos e são encontrados em sulfataras continentais.
Lagos
Cristalografia por Raios X
Thermoproteus
Gênero de organismos (reino ARCHAEA, família THERMOPROTEACEAE) obrigatoriamente anaeróbios, encontrados em fontes termais ácidas e poços d'água.
Aeropyrum
Gênero do reino ARCHAEA (família DESULFUROCOCCACEAE), cocoides, anaeróbios, quimiolitotrópicos que vivem em ambientes marinhos.
Especificidade da Espécie
Restrição de um comportamento característico, estrutura anatômica ou sistema físico, como resposta imunológica, resposta metabólica ou gene ou variante gênico dos membros de uma espécie. Refere-se às propriedades que diferenciam uma espécie de outra, mas também se usa para níveis filogenéticos superiores ou inferiores ao nível de espécie.
Conformação de Ácido Nucleico
Processos Heterotróficos
Processos pelos quais os organismos utilizam substâncias orgânicas como fonte de nutrientes. Diferem dos PROCESSOS AUTOTRÓFICOS que utilizam substâncias inorgânicas simples como fonte nutricional, os heterótrofos podem ser quimio-heterótrofos (ou quimiorganotróficos), que também necessitam de substâncias orgânicas, como a glucose, para suas necessidades energéticas metabólicas primárias, ou foto-heterotróficos (ou fotorganotróficos) que obtêm suas necessidades energéticas primárias da luz. Dependendo das condições ambientais, alguns organismos podem alternar entre os diferentes tipos de nutrição (autotrofia, heterotrofia, quimiotrofia ou fototrofia) para utilizar as diferentes fontes para suprir suas necessidades nutricionais e energéticas.