Zíper de Leucina
Motivos de ligação a DNA formados a partir de duas alfa-hélices que se entrelaçam por cerca de oito voltas em um enovelado helicoidal e então se bifurcam formando estruturas em forma de Y. As leucinas que ocorrem em repetições de héptades terminam nos mesmos lados das hélices e são adjacentes entre si na haste do Y (a região do "zíper"). Os resíduos de ligação a DNA estão localizados na região bifurcada do Y.
Fatores de Transcrição de Zíper de Leucina Básica
Superfamília grande de fatores de transcrição contendo uma região rica em resíduos de AMINOÁCIDOS BÁSICOS seguidos por um domínio ZÍPER DE LEUCINA.
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Sequência de Aminoácidos
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Fatores de Ligação G-Box
Família de fatores de transcrição, encontrados principalmente em PLANTAS, os quais se ligam a sequência CACGTG de DNA G-box ou a uma sequência consenso CANNTG.
Proteínas de Ligação a DNA
Fatores de Transcrição
Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.
Sequência de Bases
Fatores de Transcrição de Zíper de Leucina e Hélice-Alça-Hélix Básicos
Família de fatores de transcrição contendo regiões ricas em resíduos básicos, domínios de ZíPER DE LEUCINA e SEQUÊNCIAS HÉLICE-ALÇA-HÉLICE.
Dimerização
Proteínas Proto-Oncogênicas c-jun
Proteínas celulares ligadoras de DNA encodificadas pelo gene c-jun (GENES, JUN). Estão envolvidos no controle transcripcional relacionado ao crescimento. Parecem possuir três distintas funções: dimerização (com a c-fos), ligação de DNA e ativação transcrpcional. A transformação oncogênica pode surgir devido à expressão constitutiva de c-jun.
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
Proteínas Recombinantes de Fusão
Sequências Hélice-Alça-Hélice
Estruturas supersecundárias recorrentes caracterizadas por 20 aminoácidos que se dobram em duas alfa hélices conectadas por um segmento de "alça" não espiral. São encontradas em muitas sequências específicas de PROTEINAS DE LIGAÇÃO A DNA e em PROTEINAS DE LIGAÇÃO DO CÁLCIO.
Proteína Oncogênica p65(gag-jun)
Proteína transformadora codificada por oncogenes jun (GENES JUN). Esta é uma proteína de fusão gag-onc com cerca de 65kDa derivada do vírus sarcoma aviário. V-jun não possui um domínio regulador negativo que regula a transcrição em c-jun.
Ligação Proteica
Sítios de Ligação
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Transcrição Genética
DNA
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Leucil Aminopeptidase
Enzima que contém zinco, da classe das hidrolases, que catalisa a remoção de aminoácido N-terminal da maioria dos L-peptídeos, particularmente aqueles com resíduos de leucina N-terminal, mas não aqueles com resíduos N-terminais de lisina ou arginina. Isso ocorre no citosol celular dos tecidos, com atividade elevada no duodeno, fígado e rim. A atividade desta enzima é comumente medida usando-se um substrato cromogênico de leucina arilamida, como leucina beta-naftilamida.
Mutação
Ativação Transcricional
Processos que estimulam a TRANSCRIÇÃO GENÉTICA de um gene ou conjunto de genes.
Clonagem Molecular
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Proteínas Nucleares
Proteínas encontradas no núcleo de uma célula. Não se deve confundir com NUCLEOPROTEÍNAS, que são proteínas conjugadas com ácidos nucleicos, que não estão necessariamente no núcleo.
Linhagem Celular
Proteínas Estimuladoras de Ligação a CCAAT
Classe de proteínas que foram originariamente identificadas por sua habilidade em ligar-se à sequência de CCAAT do DNA. A proteína intensificadora de ligação a CCAAT típica forma dímeros e consiste de um domínio de ativação, uma região básica de ligação a DNA, e um domínio de dimerização rico em leucina (ZÍPER DE LEUCINA). FATOR DE LIGAÇÃO A CCAAT é estruturalmente um tipo distinto de proteína intensificadora de ligação a CCAAT que consiste de um trímero de três diferentes subunidades.
Transativadores
Regiões Promotoras Genéticas
DNA Complementar
DNA complementar de fita única sintetizado a partir de um molde de RNA pela ação da DNA polimerase dependente de RNA. O DNAc (DNA complementar, não DNA circular, não C-DNA) é utilizado numa variedade de experimentos de clonagem molecular assim como servem como uma sonda de hibridização específica.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Proteínas Proto-Oncogênicas c-fos
Proteínas celulares ligadoras de DNA encodificadas pelo gene c-fos (GENES, FOS). Estão envolvidas no controle transcripcional relacionado ao crescimento. A c-fos juntamente com a cjun (PROTEÍNAS PROTO-ONCOGÊNICAS C-JUN) forma um heterodímero c-fos/-jun (FATOR DE TRANSCRIÇÃO AP-1) que se liga ao TRE (elemento responsivo ao TPA) em promotores de certos genes.
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae
Fatores Ativadores da Transcrição
Fatores ativadores de transcrição foram originalmente identificados como PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO A DNA que interagem com os promotores precoces de ADENOVÍRUS. São uma família de fatores de transcrição de zíper de leucina básica que se ligam ao sítio de consenso TGACGTCA do elemento de resposta ao APM cíclico, e estão intimamente relacionados com a PROTEÍNA DE LIGAÇÃO AO ELEMENTO DE RESPOSTA AO AMP CÍCLICO.
Mutagênese Sítio-Dirigida
MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.
Proteínas de Plantas
Fator 4 Ativador da Transcrição
Fator ativador da transcrição que regula a expressão de uma variedade de GENES envolvidos no metabolismo e transporte de aminoácidos. Interage também com a proteína transativadora de HTLV-I.
Cetoácidos
Substâncias Macromoleculares
Compostos e complexos moleculares que consistem de grandes quantidades de átomos e possuem geralmente tamanho superior a 500 kDa. Em sistemas biológicos, substâncias macromoleculares geralmente podem ser visualizadas através de MICROSCOPIA ELETRÔNICA e são diferenciadas de ORGANELAS pela ausência de uma estrutura de membrana.
Proteínas Repressoras
Proteínas que mantêm a dormência transcricional de GENES ou ÓPERONS específicos. As proteínas repressoras clássicas são as proteínas ligantes de DNA que estão normalmente ligadas à REGIÃO OPERADORA de um óperon, ou os ELEMENTOS FACILITADORES de um gene até que ocorra algum sinal que ocasione seu desprendimento.
Proteína de Ligação ao Elemento de Resposta ao AMP Cíclico
Proteína que tem demonstrado atuar como um fator de transcrição regulado pelo cálcio, assim como um substrato para as PROTEÍNAS QUINASES DEPENDENTES DE CÁLCIO-CALMODULINA ativadas pela despolarização. Esta proteína integra os sinais do cálcio e do AMP cíclico.
Aminoácidos
Compostos orgânicos compostos que geralmente contêm um grupo amina (-NH2) e um carboxil (-COOH). Vinte aminoácidos diferentes são as subunidades que ao serem polimerizadas formam as proteínas.
Fatores Estimuladores Upstream
Isoleucina
Estrutura Secundária de Proteína
Nível da estrutura proteica em que, ao longo de uma sequência peptídica, há interações por pontes de hidrogênio; [estas interações se sucedem] regularmente [e envolvem] segmentos contíguos dando origem a alfa hélices, filamentos beta (que se alinham [lado a lado] formando folhas [pregueadas] beta), ou outros tipos de espirais. Este é o primeiro nível de dobramento [da cadeia peptídica que ocorre] na conformação proteica.
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
Primeiras técnicas de blindagem desenvolvidas em leveduras para identificar genes que codificam proteínas de interação. As variações são usadas para avaliar interações entre proteínas e outras moléculas. Técnicas de dois híbridos referem-se à análise de interações de proteína-proteína, e as de um e três híbridos, referem-se à análise de interações DNA-proteína e RNA-proteína (ou interações baseadas em ligantes), respectivamente. Técnicas reversas de n híbridos referem-se à análise de mutações ou outras moléculas pequenas que dissociam interações conhecidas.
Conformação Proteica
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Motivos de Aminoácidos
Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.
Proteínas Proto-Oncogênicas c-maf
A proteína proto-oncogênica maf é o principal homólogo celular da PROTEÍNA ONCOGÊNICA V-MAF. Foi o primeiro dos FATORES DE TRANSCRIÇÃO MAF a ser identificado em mamíferos, é induzido em LINFÓCITOS T ativados e regula a TRANSCRIÇÃO GÊNICA de INTERLEUCINA-4. A c-maf frequentemente é translocada para um locus da imunoglobulina no MIELOMA MÚLTIPLO.
Regulação da Expressão Gênica
Transfecção
Captação de DNA simples ou purificado por CÉLULAS, geralmente representativo do processo da forma como ocorre nas células eucarióticas. É análogo à TRANSFORMAÇÃO BACTERIANA e ambos são rotineiramente usados em TÉCNICAS DE TRANSFERÊNCIA DE GENES.
Fator de Transcrição Associado à Microftalmia
Fator de transcrição de zíper de leucina e hélice-alça-hélix básico que regula a DIFERENCIAÇÃO CELULAR e o desenvolvimento de uma variedade de tipos celulares, incluindo os MELANÓCITOS, OSTEOCLASTOS e EPITÉLIO PIGMENTADO DA RETINA. Mutações na proteína MITF estão associadas com OSTEOPETROSE e SÍNDROME DE WAARDENBURG.
Proteína alfa Estimuladora de Ligação a CCAAT
Proteína estimuladora de ligação a CCAAT encontrada no FÍGADO, TECIDO ADIPOSO, INTESTINOS, PULMÃO, GLÂNDULAS SUPRARRENAIS, PLACENTA, OVÁRIO e células mononucleares do sangue periférico (LEUCÓCITOS MONONUCLEARES). Experimentos com camundongos knockout têm demonstrado que a proteína alfa estimuladora de ligação a CCAAT é essencial para o funcionamento e diferenciação de HEPATÓCITOS e ADIPÓCITOS.
Primers do DNA
Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.
Proteínas Recombinantes
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Fator 2 Ativador da Transcrição
Fator ativador de transcrição que regula a expressão de uma variedade de GENES, entre eles os Genes C-jun, CICLINA A, CICLINA D1 e o FATOR 3 ATIVADOR DA TRANSCRIÇÃO.
Relação Estrutura-Atividade
Fator 3 Ativador da Transcrição
Modelos Moleculares
RNA Mensageiro
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Valina
Leucina Desidrogenase
Enzima octamérica que pertence a superfamília das aminoácidos desidrogenases. A leucina desidrogenase cataliza a desaminação oxidativa reversível da L-LEUCINA a 4-metil-2-oxopentanoato (2-cetoisocaproato) e AMÔNIA, com a correspondente redução do co-fator NAD+.
Proteínas de Transporte
Proteínas Proto-Oncogênicas c-myc
Proteínas celulares ligadoras de DN encodificadas pelos genes c-myc. Estão normalmente envolvidas no metabolismo de ácidos nucleicos e na mediação de resposta celular a fatores de crescimento. A expressão elevada e desregulada (constitutiva) de proteínas c-myc pode causar tumorigênese.
MAP Quinase Quinase Quinases
Proteínas quinase quinase quinases ativadas por mitógeno (MAPKKKs) são proteínas serina/treonina quinases que iniciam as cascatas de sinal da proteína quinase. Fosforilam as PROTEÍNAS QUINASE QUINASES ATIVADAS POR MITÓGENO (MAPKKs) que, por sua vez, fosforilam as PROTEÍNAS QUINASES ATIVADAS POR MITÓGENOS (MAPKs).
Plasmídeos
Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.
Proteínas Quinases
Células COS
Linhagens de células derivadas da linhagem CV-1 por transformação com um VÍRUS SV40 mutante de replicação incompleta que codifica vários antígenos T grandes (ANTÍGENOS TRANSFORMADORES DE POLIOMAVÍRUS) para o tipo selvagem. São usadas para transfecção e clonagem. (A linhagem CV-1 foi derivada do rim de um macaco verde africado macho adulto (CERCOPITHECUS AETHIOPS)).
Regulação da Expressão Gênica de Plantas
Dicroísmo Circular
Núcleo Celular
Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.
Multimerização Proteica
O arranjo da ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA das proteínas multiméricas (COMPLEXOS MULTIPROTEICOS) a partir de seus componentes, as SUBUNIDADES PROTEICAS.
Proteína A de Ligação a Elemento de Resposta do AMP Cíclico
Fator de transcrição de zíper de leucina, altamente homólogo ao FATOR 2 ATIVADOR DE TRANSCRIÇÃO. Liga-se ao sítio de consenso TGACGTCA de elemento de resposta do AMP cíclico em conjunto com outras PROTEÍNAS PROTO-ONCOGÊNICAS C-JUN ou o fator 2 ativador de transcrição.
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Biblioteca Gênica
Grande coleção de fragmentos de DNA clonados (CLONAGEM MOLECULAR) a partir de um determinado organismo, tecido, órgão ou tipo celular. Pode conter sequências genômicas completas (BIBLIOTECA GENÔMICA) ou sequências complementares de DNA, sendo estas formadas a partir do RNA mensageiro e sem sequências de íntrons.
Elementos de Resposta
Sequências de nucleotídeos, geralmente no início da cadeia, que são reconhecidas por fatores de transcrição reguladores específicos e que promovem resposta gênica a vários agentes reguladores. Estes elementos podem ser encontrados tanto nas regiões promotoras como nas facilitadoras.
Fator 1 Nuclear Respiratório
Fator de transcrição que controla a expressão de uma variedade de proteínas, incluindo CITOCROMO C e 5-AMINOLEVULINATO SINTETASE. Desempenha um papel importante na manutenção da CADEIA RESPIRATÓRIA na MITOCÔNDRIA.
Fatores Nucleares Respiratórios
Família de fatores de transcrição que controla a expressão de uma variedade de GENES nucleares que codificam proteínas atuantes na CADEIA RESPIRATÓRIA da MITOCÔNDRIA.
Arabidopsis
Gênero de plantas (família BRASSICACEAE) contendo PROTEÍNAS DE ARABIDOPSIS e PROTEÍNAS DE DOMÍNIO MADS. A espécie 'A. thaliana' é utilizada em experimentos em genética vegetal clássica, bem como em estudos de genética molecular em fisiologia, bioquímica e desenvolvimento de plantas.
Fator 2 Relacionado a NF-E2
Fator de Transcrição MafK
Proteína maf pequena envolvida na diferenciação das CÉLULAS ERITROIDES. A MafK foi originalmente descrita como uma subunidade pequena do fator de transcrição NF-E2, porém outras proteínas MAF pequenas também atuam como subunidades NF-E2.
Peptídeos
Membros da classe de compostos constituídos por AMINOÁCIDOS ligados entre si por ligações peptídicas, formando estruturas lineares, ramificadas ou cíclicas. Os OLIGOPEPTÍDEOS são compostos aproximadamente de 2 a 12 aminoácidos. Os polipeptídeos são compostos aproximadamente de 13 ou mais aminoácidos. As PROTEÍNAS são polipeptídeos lineares geralmente sintetizados nos RIBOSSOMOS.
Células HeLa
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Proteínas
Polipeptídeos lineares sintetizados nos RIBISSOMOS e posteriormente podem ser modificados, entrecruzados, clivados ou agrupados em proteínas complexas com várias subunidades. A sequência específica de AMINOÁCIDOS determina a forma que tomará o polipeptídeo, durante o DOBRAMENTO DE PROTEÍNA e a função da proteína.
Sequência Conservada
Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.
Proteínas Oncogênicas v-fos
Proteínas transformadoras codificadas por oncogenes fos. Estas proteínas têm sido encontradas nos vírus do sarcoma murino Finkel-Biskis-Jinkins (FBJ-MSV) e Finkel-Biskis-Reilly (FBR-MSV), os quais induzem sarcomas osteogênicos em camundongos. O gene FBJ-MSV v-fos codifica uma proteína p55-kDa e o gene FBR-MSV codifica uma proteína de fusão p75-kDa.
Genes jun
Sequências de DNA (jun) associadas ao retrovirus originalmente isolado a partir do vírus do sarcoma de aves 17 (ASV 17: abrev. de avian sarcoma virus 17). O proto-oncogene jun (c-jun) codifica uma proteina nuclear que está envolvida no controle transcricional relacionado com o crescimento. A inserção da c-jun na ASV-17 ou a expressão constitutiva da proteina c-jun produz tumorigenicidade. O gene c-jun humano está localizado na região 1p31-32, no braço curto do cromossomo 1.
Proteínas de Arabidopsis
Proteínas que se originam de espécies de plantas do gênero ARABIDOPSIS. A espécie de Arabidopsis mais intensamente estudada é a Arabidopsis thaliana, comumente utilizada como modelo experimental.
Mapeamento por Restrição
Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.
Proteínas do Olho
Proteínas do olho referem-se a proteínas específicas localizadas no olho, desempenhando diversos papéis importantes, como manutenção da estrutura ocular, proteção contra radicais livres e participação em processos de sinalização celular.