Bakteriella integrationsfaktorer: Bakterieproteiner som utnyttjas av bakteriofager för att införliva sitt DNA i värdbakteriens DNA. De är DNA-bindande proteiner som spelar en roll både för genetisk rekombination och i regleringen av transkription och translation.Värd-patogenförhållandenVärdfaktor 1-protein: En upptagningsvärdfaktor som ursprungligen identifierades som ett bakterieprotein, nödvändigt för integrering av bakteriofag Q beta (Allolevivirus). Proteins cellulära funktion kan vara att reglera mRNA-stabilitet och mRNA-processen genom att binda hårt till poly(A)-RNA och störa ribosombindningen.Host-Derived Cellular FactorsBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.VirusförökningMolekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Kolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Host SpecificityVärd-parasitförhållanden: Samverkan mellan två organismer, av vilka den ena lever på den andras bekostnad.Bakteriofag lambda: En tempererad, inducerbar bakteriofag som utgör typarten av släktet lambdaliknande fager i familjen Siphoviridae. Dess naturliga värd är E. coli K12. Viruspartikeln innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA med undantag för 12 komplementbaser vid 5´-änden av polynukleotidkedjorna. Vid infektion sluter sig DNA i cirkel.VirusproteinerDNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Reglering av genuttryck, bakterier: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.Bakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.PlasmiderCellinjeSjukdomsalstrande förmågaRNA, viraltEscherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Bakteriofag mu: En oplacerad temperad colifag tillhörande familjen Myoviridae med en linjär, dubbelsträngad DNA-molekyl som slumpmässigt kan tränga in vid vilken punkt som helst på värdkromosomen. Den ger ofta upphov till mutationer genom att störa bakteriens operon vid angreppspunkten.Q-beta-replikasAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.VirulensfaktorerPromotorregioner, genetikVirus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.HIV-1: Typarten för Lentivirus och orsaken till immunbristsyndromet AIDS. Virusets kännetecken är dess cytopatiska effekt och affinitet för T4-lymfocyter.ProteinbindningMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Bindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.VirusinternaliseringIntegraser: Rekombinaser som infogar exogent DNA i värdgenom. Exempel är proteiner som kodas av polgenen hos Retroviridae och även latenta bakteriofager, varav bakteriofag lambda är mest känd.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.Transkription, genetiskBindningsställen (Mikrobiologi): Särskilda platser på såväl bakterie- som bakteriofag-DNA-molekyler, vid vilka fag-DNA genom rekombination integreras med bakterie-DNA.Immunity, NaturalRNA-replikasRNA Polymerase Sigma 54Hela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.Rekombination, genetiskReglering av genuttryck, virus: De processer genom vilka cytoplasmatiska faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos virus.Hepacivirus: Ett släkte inom Flaviviridae som ger upphov till parenteral smitta med hepatit C genom transfusioner eller drogmissbruk. Hepatit C-virus är typarten och dessutom den enda medlemmen i släktet.Kolifager: Virus med Escherichia coli som värdorganism.ArtsspecificitetRNA-interferensReplikonAllolevivirus: Ett släkte UV-ljuskänsliga bakteriofager av familjen Leviviridae.DNA-nukleotidyltransferaser: Enzymer som katalyserar infogandet av deoxiribonukleotider i en DNA-kedja. EC 2.7.7.-.Virus ReleaseTransposaserRNA-fagerPseudomonas putidaGenom, viralt: Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.Omflyttningsbara DNA-segment: Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.RNA-virusVirala icke-strukturella proteinerHepadnaviridae: En familj DNA-virus med dubbelsträngade genom som främst angriper levern. Virusen orsakar hepatit hos människor och djur. Det finns två släkten, Avihepadnavirus och orthohepadnavirus. Hepadnavirus omfattar hepatit B-virus, ankhepatit B-virus, hägerhepatit B-virus, jordekorrehepatitvirus och murmeldjurshepatit B-virus.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.TombusvirusVirusintegrationNukleinsyrakonfigurationFylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.VäxtsjukdomarDNA-fotavtryck: En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.DNA-styrt RNA-polymeraser: En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.Antivirala medel: Medel för förebyggande eller behandling av virussjukdomar. De kan ha olika verkningsmekanismer. Vissa hindrar virusreplikation genom att hämma DNA-polymeras; andra binder till specifika cellyterecepto rer och hindrar penetration eller höljeförlust; ytterligare andra hindrar viral proteinsyntes eller blockerar virussammansättningen.Makrofager: Förhållandevis långlivade fagocytiska däggdjursceller som härrör från blodmonocyter. Huvudtyperna utgörs av peritoneala makrofager, alveolarmakrofager, histiocyter, leverns Kupfferceller och osteoklaster. Vid kroniska inflammatoriska förändringar kan de differentiera vidare till epitelioida celler eller smälta ihop till främmande jätteceller eller Langhans-jätteceller.Bärarproteiner: Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.Möss, inavlade C57BLSjukdomsmottaglighet: Förhållanden i kroppen som får kroppsvävnaderna att reagera på speciella sätt på vissa yttre stimuli, och sålunda gör individen ovanligt benägen för vissa sjukdomar.OperonLysogeni: Fenomenet att en fag tar plats i värdbakteriens DNA och etablerar ett slags symbios mellan profagen och bakterien, vilket resulterar i att profagen förevigas i kommande bakterieceller. Vid aktivering av viruset genom olika utlösande faktorer, som t ex ultraviolett strålning, frigörs fagen, blir virulent och löser upp bakterien.Immune EvasionViral Regulatory and Accessory ProteinsPoliovirus: En art av Enterovirus som orsakar poliomyelit hos människor. Det finns tre serotyper (stammar). TobakFaktor för inversionsstimulering: Ett rikligt förekommande DNA-bindande protein, som särskilt kommer till uttryck i samband med bakteriers tillväxtfas. Proteinet spelar roll för reglering av DNA-topologin och aktivering av den ribosomala RNA-transkriptionen. Det påvisades ursprungligen som en nödvändig faktor för inversionsstimulering genom Hin-rekombinas hos Salmonella och Gin-lägesspecifikt rekombinas hos bakteriofag Mu.Möss, inavlade BALB CTranskriptionsfaktorerRNA-nukleotidyltransferaserKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.SymbiosModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurMykobakteriofagerVariation (Genetics)Viral TropismVirusgener: Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.VirionDNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.RNA, Small InterferingGenotyp: Den genetiska sammansättningen och beskrivningen av denna hos en enskild individ.SigmafaktorDeoxiribonukleas I: Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.HIV-infektioner: Det spektrum av HIV-infektioner som sträcker sig från asymtomatiska seropositiva tillstånd över AIDS-relaterade komplex (ARC) till AIDS.Bakteriofager: Virus som infekterar bakterieceller.DNA-replikation: Mångfaldigande av en DNA-molekyl.Celler, odlade: Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.Sekvenshomologi, aminosyraRNA-bindande proteinerRekombinanta fusionsproteinerFenotyp: Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.PolymeraskedjereaktionHIV-proteinerSalmonella tymphimuriumBakteriell vidhäftning: Adhesionsförmåga är en kemisk egenskap hos bakterier såväl med som utan fimbrier ("cellhår") att kunna fästa vid andra celler, vävnader eller icke-levande ytor. Denna egenskap är av betydelse för kolo nibildning och sjukdomsalstrande förmåga.Mutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.VirussammansättningPlant Viral Movement ProteinsKassettmutagenes: Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.RNA, bakterielltVirusreceptorerRestriktionskartläggningBakterier: Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.Kartläggning av proteininteraktionTidsfaktorerInfluensa A-virus: Typarten av släktet Influenzavirus A som ger upphov till influensa och andra sjukdomar hos människor och djur. Antigenvariationer förekommer ofta bland stammarna, vilket möjliggör klassificering i undertyper och varianter. Bakteriella yttermembranproteiner: Proteiner förekommande i det yttre membranet hos bakterier.Genuttrycksmönster: Bestämning av det mönster av gener som uttrycks vid den genetiska transkriptionen, såväl under specifika förhållanden som i en specifik cell.Genavstängning: Avbrytande eller undertryckande av en gens uttrycksfunktion på transkriptions- eller translationsnivå.Sjukdomsmodeller, djur: Djursjukdommar vars kliniska mekanismer är tillräckligt lika dem hos annan sjukdom hos människor för att de skall kunna tjäna som modell. Sjukdomen hos djuret kan antingen vara framkallad eller naturlig.ProteinbiosyntesCercopithecus aethiops: En art av Cercopithecus med tre underarter: C. tantalus, C. pygerythrus och C. sabeus. De lever i skogs- och savannområden i Afrika. Den afrikanska grönapan, C. pygerythrus, är den naturliga värden fö r SIV och används i AIDS-forskningen.RNA, budbärarShigella flexneriKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Two-Hybrid System TechniquesGendeletion: Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.SekvensinpassningCytokiner: Proteiner utan antikroppsfunktion som utsöndras av inflammatoriska leukocyter och vissa icke-leukocytiska celler och som verkar som intercellulära mediatorer. De skiljer sig från vanliga hormoner genom att de produceras av ett flertal vävnads- eller celltyper snarare än av specialiserade körtlar. Vanligtvis har de lokal parakrin eller autokrin funktion istället för endokrin.Superhelix-DNA: Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.TobaksmosaikvirusViral Core ProteinsKonjugation, genetisk: En parasexuell mekanism hos bakterier, alger, svampar och flimmerhårförsedda protozoer för överföring av kromosommaterial vid sammansmältning av två celler. Hos bakterier är överföringen enkelriktad, hos protozoer är utbytet dubbelriktat. Hos alger och svampar utgör utbytet av genetiskt material en form av fortplantning, genom att han- och honceller förenas.Regulatoriska sekvenser, nukleinsyraReglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.Cytidindeaminas: Ett enzym som katalyserar deaminering av cytidin, varvid bildas uridin. EC 3.5.4.5.TransaktivatorerVirusbelastningRekombinanta proteinerVero-cellerDEAD-box RNA HelicasesCD4-positiva T-lymfocyter: En kritisk subpopulation av regulator-T-celler, delaktiga i igångsättandet av de flesta immunologiska funktioner. HIV-viruset har selektiv tropism för den T4-cell som uttrycker CD4-fenotypmarkören, en HIV-receptor. Det är just utslagningen av denna subpopulation, innehållande såväl T-hjälparceller som T-suppressorceller, som är den främsta orsaken till den omfattande immunsuppression som ses vid H IV-infektion.High-Throughput Screening AssaysHIV-överlevande: Personer som levt med HIV-infektion under lång tid. Hit räknas alla stadier av infektion, från obehandlad, långvarig och asymtomatisk infektion till långvarig, behandlad AIDS.Hepatit C: En typ av hepatit liknande transfusionshepatit typ B, men som orsakas av ett virus som serologiskt skiljer sig från dem som ger hepatit A, B och E, och som kan finnas i blodet hos kroniska, asymtomatiska bärare. Hepatit C överförs parenteralt och i samband med transfusioner och drogmissbruk.SignalomvandlingPoly UAntigens, CD81Fagosomer: Membranbundna cytoplasmablåsor som bildas genom inbuktning kring fagocyterat material. De smälter samman med lysosomer och bildar fagolysosomer, i vilka lysosomens hydrolytiska anzymer förtär det fagocyterade ämnet.Cykliskt AMP-receptorprotein: En transkriptionsregulator hos prokaryoter som verkar vid flera promotorer, sedan den aktiverats genom bindning till cykliskt AMP (cAMP). Detta receptorprotein identifierades ursprungligen som ett katabolismgenaktiveringsprotein. Det har senare visat sig reglera flera funktioner ej förknippade med katabolism, samt att fungera som såväl negativ som positiv transkriptionsregulator. Hit räknas inte cellytereceptorer för cyklist AMP (cykliskt AMP-receptorer) eller eukaryota cytoplasmatiska cAMP-receptorproteiner, vilka utgör regulatorenheterna hos cAMP-beroende proteinkinaser.DNA-helicaser: Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.Interferoner: Proteiner som utsöndras av celler hos ryggradsdjur som svar på en rad olika stimulerande ämnen. De förmedlar resistens mot många olika virusarter, hämmar förökning av normala och maligna celler, hämmar förökning av intracellulära parasiter, förstärker fagocytos genom makrofager och granulocyter, förstärker NK-cellers verkan och uppvisar ett flertal immunmodulerande funktioner.Staphylococcus aureusF-faktorReplikationsoriginT-lymfocyterEvolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.BetagalaktosidasOmvänd transkriptionGenprodukter, gag: Proteiner kodade av gag-genen hos retrovirus. Produkterna syntetiseras som regel som proteinprekursormolekyler eller polyproteiner, som sedan klyvs av virusproteaser till de slutliga proteinprodukterna. Många av dessa hör samman med viruspartikelns proteinkärna. gag är förkortning av gruppspecifikt antigen.RepressorproteinerTest för genetisk komplementering: Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.vif Gene Products, Human Immunodeficiency VirusLeverfläck: En avgränsad, stabil förändring i huden eller, ibland, i munslemhinnan, som inte beror på yttre orsaker och därför anses vara av ärftligt ursprung.ParasiterBakteriella antigenerOrthomyxoviridaegag Gene Products, Human Immunodeficiency Virus1-fosfatidylinositol-4-kinas: Ett enzym som katalyserar omvandlingen av fosfatidylinositol till fosfatidylinositol-4-fosfat, det första steget i biosyntesen av fosfatidylinositol-4,5-bifosfat. EC 2.7.1.67.Getingar: Flygande, stickande insekter av familjen Vespidae (superfamiljen Vespoidea), omfattande såväl sociala (samhällsbildande) som solitära arter.Lunga: Någotdera organ av det organpar som finns i brösthålan och vars uppgift är att syresätta blodet.HIV: Detta immundefektvirus hos människa är en art av Lentivirus och undersläktet primatlentivirus och benämndes tidigare HTLV-III/LAV. Viruset ger upphov till de akuta infektionssymtom, neurologiska störningar och immunologiska defekter som ingår i det förvärvade immunbristsyndromet AIDS.Fagocytos: Fagocyters upptag och nedbrytning av mikroorganismer, andra celler och främmande partiklar.HEK293 CellsOpen Reading FramesRibonukleoproteinerImmunsupprimerad värd: Människa eller djur vars immunförsvar är bristfälligt pga immundefektsjukdom eller annan sjukdom, eller pga medicinering med immunsupprimerande läkemedel eller strålbehandling.Proteinstruktur, tertiärVirusMöss, knockout: Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.PotexvirusGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.Kolibakterieinfektioner: Infektionssjukdomar orsakade av bakteriearten Escherichia coli (E. coli).Mikroorganismer, antal: Räkning av antalet livsdugliga, isolerade bakterier, arkeceller eller svampceller eller -sporer på ett fast odlingsmedium. Varje koloni (dvs kolonibildande enhet) representerar avkomman av en enda inympad cell. Metoden används rutinmässigt av miljömikrobiologer för att bestämma antalet organismer i luft, föda och vatten, av kliniker för att mäta den mikrobiella belastningen på patienter, och vid antibiotikatestning.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktionVirussjukdomarModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.Epitelceller: Celler som täcker kroppens inre och yttre ytor.Cricetinae: Allmän benämning på medlemmarna av en underfamilj av Muridae. Fyra vanliga släkten är Cricetus, Cricetulus, Mesocricetus och Phodopus.Ebolavirus: Ett släkte inom familjen Filoviridae med flera distinkta arter av Ebolavirus, var och en med separata stammar. Dessa virus orsakar utbrott av smittsamma blödarsjukdomar (Hemorragisk feber, Ebola) hos människor, oftast med hög dödlighet.VakuolerSindbis-virusKapsidproteiner: Proteiner som bildar viruskapsider.Möss, inavlade C3HVäxtbladCytoplasma: Den del av cellen som innehåller cytosolen och andra strukturer än cellkärnan, mitokondrierna och större vakuoler.SekvensdeletionGeminiviridae: En familj växtvirus vars virioner har den ovanliga morfologiska egenskapen att bestå av ett par isometriska partiklar. Operator Regions, Genetic