SerinSerinendopeptidaserSerine ProteasesSerinproteinashämmareAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Fosforylering: Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Serin-C-palmitoyltransferasFosfoserin: Fosforsyraestern av serin.Serin-O-acetyltransferasGlycinhydroximetyltransferas: Ett pyridoxalfosfatenzym som katalyserar reaktionen mellan glycin och 5,10-metylentetrahydrofolat till serin. Det katalyserar även reaktionen mellan glycin och acetaldehyd till L-treonin. EC 2.1.2.1.Protein-serin-treoninkinaserTreoninSubstratspecificitetBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Mutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Sekvenshomologi, aminosyraBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.CellinjeMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Rekombinanta proteinerKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.MASP-proteaser: Serumserinproteaser som medverkar vid komplementaktivering. De aktiveras vid komplexbildning med mannosbindande lektin och benämns därför "Mannose-binding protein-Associated Serine Proteases" (MASP-proteaser). De klyver komplement C4 och komplement C2 till C4b2a, den klassiska aktiveringsvägens C3-konvertas (EC 3.4.21.43). EC 3.4.21.104.SerpinerKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.Enzymaktivering: Omvandling av en inaktiv enzymform till en med metabolisk aktivitet, vilket inkluderar: 1) jonaktivering (aktivatorverkan); 2) kofaktor-/koenzymaktivering; 3) omvandling av enzymprekursor (proenzym eller zymogen) till aktivt enzym.ProteinbindningProteinkinaserSignalomvandlingAminosyror: Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.L-serindehydratasProteinstruktur, tertiärIsoflurofat: En irreversibel kolinesterashämmare med verkningsmekanismer liknande dem hos ekotiofat. Det är ett kraftfullt miotikum som huvudsakligen används för behandling av glaukom. Fosfoproteinfosfataser: En grupp enzymer som avskiljer serin- eller treoninbundna fosfatgrupper från ett stort antal fosfoproteiner. Till gruppen hör även ett antal enzymer som fosforylerats genom verkan av ett kinas. EC 3.1.3.16.ProteashämmarePeptidkartläggningFenylmetylsulfonylfluoridTrypsinCathepsin GAminosyrasubstitution: Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.Glycin: En icke-essentiell aminosyra som främst påträffas i gelatin och sidenfibroin och som används terapeutiskt som näringstillskott. Den fungerar även som en snabb, blockerande nervsignalsubstans.Endopeptidaser: En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.SekvensinpassningProteinmodifiering, posttranslationellPolyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.Cystein: En tiolhaltig, icke-essentiell aminosyra som vid oxidation bildar cystin.Racemaser och epimeraserTransfektionFosfotreonin: Fosforsyraestern av treonin. Den används som indikator vis analys av peptider, proteiner och enzymer.Kymotrypsin: Ett serinendopeptidas som utsöndras av bukspottkörteln i form av zymogenet kymotrypsinogen och som med bukspottkörtelvätskan förs till tolvfingertarmen där det aktiveras av trypsin. Det klyver selekti vt aromatiska aminosyror på karboxylsidan. EC 3.4.21.1.FosfoglyceratdehydrogenasModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.FosfopeptiderAlanin: En icke-essentiell aminosyra, alfaaminopropansyra, som finns i proteiner. Kan förekomma fritt i höga halter i plasma. FosfoproteinerKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Celler, odlade: Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.Struktur-aktivitet-relationFosfoaminosyror: Aminosyror med fosfor som en del av molekylstrukturen.EnzymhämmareOkadasyraProteinfosfatas 2Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.DNA, komplementärt: Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.PeptidfragmentProteinkonfigurationRekombinanta fusionsproteinerKaseinkinas II: Ett allmänt utbrett kaseinkinas (CKII) med två distinkta katalytiska enheter och en dimerisk reglerenhet. CKII har visat sig fosforylera ett stort antal ämnen, av vilka många är proteiner som ingår i regleringen av det genetiska uttrycket. EC 2.7.1.37.COS-celler: Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.SubtilisinerKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Molekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.Proteinkinas CTrypsinhämmareBlotting, Western: Blot-metod för identifiering av proteiner eller peptider som separerats med elektrofores och överförts till nitrocellulosastrimlor och sedan påvisas med hjälp av radioistopmärkta antikroppar.TyrosinHydrolys: Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.PeptidhydrolaserPankreatisk elastasSubtilisinLeukocytelastas: Ett enzym som katalyserar hydrolys av proteiner, inklusive elastin. Det klyver företrädesvis bindningarna på karboxylsidan av Ala och Val, med större specificitet för Ala. EC 3.4.21.37.DNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Kallikreiner: Proteolytiska enzymer i serinendopeptidasfamiljen som finns i normalt blod och urin. Kallikreiner har specifikt kraftfull kärlvidgande och blodtryckssänkande effekt, och de ökar kärlgenomsläppligheten och påverkar glatt muskulatur. Hos män är de fruktsamhetshämmande. Det finns tre kända former: plasmakallikrein (EC 3.4.21.34), vävnadskallikrein (EC 3.4.21.35) och prostataspecifikt antigen (EC 3.4.21.77).PeptiderEnzymprekursorer: Fysiologiskt inaktiva ämnen som kan omvandlas till aktiva enzymer.Hela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.RNA, transfer, SerPrecipitintesterCykliskt AMP-beroende proteinkinaser: En grupp enzymer som är beroende av cykliskt AMP (cAMP) och som katalyserar fosforyleringen av serin- och treoninrester på proteiner. EC 2.7.10.-.Proteinase Inhibitory Proteins, SecretoryRNA, budbärar14-3-3-proteinerBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Bärarproteiner: Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.DNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Membranproteiner: Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.ProtonkogenproteinerEsteraser: Enzymer (hydrolaser) som spaltar estrar. EC 3.1.Vätejonkoncentration: Ett mått på en lösnings surhetsgrad.Protonkogenproteiner c-aktNötkreatur: Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.Aprotinin: En enkelkedjad polypeptid från bovin vävnad och bestående av 58 aminosyrarester. Den hämmar proteolytiska enzym som kymotrypsin, kallikrein, plasmin och trypsin, och används för behanding av blödninga r förenade med höga plasminhalter. Substansen används också vid risk för stora blodförluster i samband med öppen hjärtkirurgi.Transkription, genetiskCa(2+)-kalmodulinberoende proteinkinas: Ett kalmodulinberoende enzym som katalyserar fosforylering av proteiner. Enzymet är ibland också kalciumberoende. Ett stort antal proteiner verkar som mottagare, däribland vimentin, synapsin, glykogen syntas, myosinets lätta kedjor och mikrotubulusassocierade proteiner.Tumörceller, odladeProteinerCellmembran: Det fett- och proteinhaltiga, och selektivt genomsläppliga, membran som omger cytoplasman i prokaryota och eukaryota celler. Hos de flesta typer av mikrobiella celler gränsar den utåt till cellväggen.Aminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.Cricetinae: Allmän benämning på medlemmarna av en underfamilj av Muridae. Fyra vanliga släkten är Cricetus, Cricetulus, Mesocricetus och Phodopus.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Katepsiner: En grupp lysomala proteinaser eller endopeptidaser som finns i vattenbaserade extrakt i en rad djurvävnader. De har bäst verkan vid surt pH.Immunoblot: Immunologisk metod för påvisande eller kvantifiering av immunreaktiva ämnen. PunktmutationProtonkogenproteiner c-rafEnzymstabilitet: Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.Reglering av genuttryck, enzymer: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i samband med enzymsyntes.Serin-tRNA-ligasKaseinkinaser: En grupp protein-serin-treoninkinaser som ursprungligen påvisades vara ansvariga för fosforyleringen av kaseiner. De är allmänt utbredda enzymer med förkärlek för sura proteiner. Kaseinkinaser spelar en roll i signalöverföring genom att fosforylera ett antal olika reglerproteiner i cytoplasman och cellkärnorna. EC 2.7.1.37.Cellkärna: En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.PlasmiderIsoenzymer: Strukturellt likartade enzymer med samma katalytiska mekanism, men med olika kemiska, fysikaliska eller immunologiska egenskaper.CellkärneproteinerHögtrycksvätskekromatografi: Vätskekromatografimetoder som har högt ingångstryck, hög känslighet och hög hastighet.Asparaginsyra: L-formen av en av de icke-essentiella aminosyrorna. Den finns i djur och växter, särskilt sockerrör och sockerbetor. Den kan verka som neurotransmittor.Protonkogenproteiner c-pim-1Karboxipeptidaser: Enzymer som verkar på polypeptiders fria C-ände genom att frigöra en enkel aminosyrarest. Beroende på sin katalytiska mekanism delas de vidare in i karboxipeptidaser av serintyp (EC 3.4.16), metalloka rboxipeptidaser (EC 3.4.17) och karboxipeptidaser av cysteintyp (EC 3.4.18). EC 3.4.-.Etanolamin: En seg, hygroskopisk aminalkohol med ammoniakdoft. Den är utbredd i biologisk vävnad och utgör en del av lecitin. Etanolamin används som ytaktivt medel, fluorometriskt reaktionsmedel och för att avlägsna CO2 och H2S från naturgas och andra gaser.TransferaserBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.Glykogensyntaskinas 3: Ett glykogensyntaskinas som beskrivits som ett nyckelenzym i glykogenmetabolismen. Det reglerar ett skiftande antal funktioner, som t ex celldelning, mikrotubulifunktioner och apoptos (programmerad celldöd). EC 2.7.1.37.Proteinfosfatas 1Gelkromatografi: Kromatografimetod på icke-joniska geler utan hänsyn till det sätt på vilket preparatet urskiljs.ProteintransportMasspektrometri: En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.Fosfospecifika antikropparCercopithecus aethiops: En art av Cercopithecus med tre underarter: C. tantalus, C. pygerythrus och C. sabeus. De lever i skogs- och savannområden i Afrika. Den afrikanska grönapan, C. pygerythrus, är den naturliga värden fö r SIV och används i AIDS-forskningen.Tosyllysine Chloromethyl KetoneModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurImmunprecipitation: Hopklumpning av lösliga antigen och antikroppar, ensamma eller med antikroppsbindningsfaktorer som anti-antikroppar eller stafylokockprotein A, till komplex som är stora nog att fällas ut ur lösning.TumörcellinjeProlinRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Mutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.Cathepsin COxazolerApoptos: En av de två formerna av celldöd. Till skillnad från den patologiska processen nekros är apoptos en biologiskt programmerad process, ansvarig för en fysiologisk likvidering av celler. Denna typ av cel ldöd tjänar som en motvikt mot mitos och utgör ett led i regleringen av vävnaders tillväxt och storlek.TrombinProtease Nexins3T3-celler: En cellinje som härstammar från fibroblaster från särade embryon av schweiziska möss. Linjen är ett värdefullt in vitro-värdsystem förtransformationsstudier av onkogena virus, eftersom 3T3-celler besi tter hög känslighet för kontaktinhibition.Granzymerp21-Activated KinasesTidsfaktorerGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.OligopeptiderAlfa 1-antitrypsinCytoplasma: Den del av cellen som innehåller cytosolen och andra strukturer än cellkärnan, mitokondrierna och större vakuoler.CHO-celler: Cellinje från äggstockar på kinesisk hamster, Cricetulus griseus. Arten är omtyckt för cellgenetiska studier eftersom den har ett litet antal kromosomer. Cellinjen har kunnat användas till modellsyste m för studier av genetiska förändringar i odlade däggdjursceller.Mitogenaktiverade proteinkinaser: En överordnad familj av protein-serin-treoninkinaser som aktiveras av olika stimuli via proteinkinaskaskader. De utgör slutprodukterna i kaskaderna, som utlöses av fosforylering genom mitogenaktiverade proteinkinaskinaser, vilka i sin tur aktiveras av mitogenaktiverade proteinkinaskinaskinaser. EC 2.7.11.24.Jonbytarkromatografi: Separationsteknik, där den fasta fasen består av jonbytarhartser. Hartserna innehåller små, löst bundna joner som lätt byter plats med andra små joner med motsvarande laddning i de lösningar som passe rar över den fasta fasen. Syn. jonbyteskromatografi.Reglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.Etrar, cykliska: Föreningar med generell formel R-O-R med ring- eller kronstruktur.TransaminaserInsulin Receptor Substrate ProteinsHistidin: En essentiell aminosyra som är nödvändig för produktion av histamin.Saccharomyces cerevisiaeTranskriptionsfaktorerTosylphenylalanyl Chloromethyl KetoneLever: Stort organ i bukhålan med flera viktiga ämnesomsättningsfunktioner.Kymaser: En familj neutrala serinproteaser med kymotrypsinliknande verkan. Kymaser finns främst i mastcellernas sekretoriska korn och frigörs under mastcellernas degranulering. EC 3.4.21.39.Periplasmiska proteinerKarboxylesterhydrolaser: Enzymer som katalyserar hydrolys av estrar av karboxylsyra under bildande av alkohol och en karboxylsyraanjon.TransaktivatorerProteinstruktur, sekundärKolhydratdehydrogenaser: Enzymer som reversibelt katalyserar oxidationen av kolhydraters hydroxylgrupper till ketosockerarter, aldehyd eller lakton. Alla acceptorer utom molekylärt syre är tillåtna. EC 1.1.1.; EC 1.1.2.; EC 1.1.99.Glykosylering: Kemisk eller biokemisk koppling av kolväte- eller glykosylgrupper till andra ämnen, särskilt peptider eller proteiner. Glykosyltransferaser förmedlar denna biokemiska reaktion.Kaniner: Djurarten Oryctolagus cuniculus, av familjen Leporidae och ordningen Lagomorpha. Kaniner föds i hålor, utan päls, och med slutna ögon och öron. Kaniner har 22 kromosompar, medan harar har 24.Komplement 1s: Den aktiverade formen av komplement 1, som uppvisar hydrolasaktivitet. I den klassiska komplementprocessen spjälkar den först C4 och sedan C2 till aktiva komponenter, varvid bildas ett nytt enzym, som benämns EAC142 eller C42 eller C3-konvertas.Sekvenshomologi, nukleinsyraFibrinolysinGlutationtransferas: Ett enzym som katalyserar tillägg av alifatiska, aromatiska eller heterocykliska radikaler, liksom även epoxider och arenoxider, till glutation. Bindningen sker vid svavelatomen. Det katalyserar även reduktion av polyolnitrat genom glutation till polyol och nitrit. EC 2.5.1.18.Trans-Activation (Genetics)HEK293 CellsTetradekanoylforbolacetatAntipain: En oligopeptid från olika bakterier som verkar som en proteashämmare.Fosfotyrosin: En aminosyra som förekommer i endogena proteiner. Fosforylering och defosforylering av tyrosin har betydelse för cellulär signalöverföring och möjligen för kontroll av celltillväxt och tumöruppkomst.Cellcykelproteiner: Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.Serpin E2Fibroblaster: Bindvävsceller som utsöndrar en extracellulär massa rik på kollagen och andra makromolekyler.Metionin: En svavelhaltig, essentiell aminosyra av betydelse för många kroppsfunktioner. Den bildar tungmetallkelat.Phosphatidylinositol 3-KinasesCysteinsyntas: Enzym som i mikroorganismer och växter katalyserar biosyntesen av cystein från O-acetyl-L-serin och vätesulfid. EC 4.2.99.8.Dos-responskurva, läkemedel: Förhållandet mellan läkemedelsdos och kroppens/organismens gensvar på medlet.Intracellulära signalpeptider och -proteiner: Proteiner och peptider som deltar i signalöverföringen inuti cellen. Dessa omfattar peptider och proteiner som reglerar transkriptionsfaktorernas verksamhet och cellulära förlopp till följd av svar på signaler från cellytereceptorer. De intracellulära signalpeptiderna och -proteinerna kan utgöra en del av en enzymatisk signalkaskad, eller verka genom att binda till och modifiera verkan av andra signalfaktorer.Affinitetskromatografi: En kromatografisk teknik som utnyttjar biologiska molekylers förmåga att binda till vissa ligander, specifikt och reversibelt. Tekniken används i proteinkemi.TemperaturRestriktionskartläggningKomplement 1r: Delkomponent av komplement 1 som, när den aktiverats av C1q, i sin tur genom proteolytisk klyvning aktiverar delkomponent C1s.Lysin: En essentiell aminosyra. Den tillsätts ofta djurfoder.Cytosol: Den vätska (vattenlösning) som fyller ut utrymmet mellan organellerna och andra cellorgan i cytoplasman.TetrahydrofolaterAcyltransferaser: Enzymer i transferasklassen som katalyserar överföringen av en acylgrupp från en kemisk förening (givare) till en annan (acceptor). EC 2.3.