RNA-polymeras IIIRNA-polymeras IIDNA-polymeras III: Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Namnet används även för den mer komplexa varianten DNA-polymeras III* (pol III*), som har 15 gånger högre biologisk aktivitet än DNA-polymeras I vid DNA-syntes. Enzymet har både 3'-5'- och 5'-3'-exonukleasaktivitet, hämmas av sulfhydrylföreningar och har samma mönsterprimerberoende som DNA-polymeras II. EC 2.7.7.7.DNA-styrt RNA-polymeraser: En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.Transkriptionsfaktor TFIIBTranskription, genetiskTranskriptionsfaktorer, TFIIIRNA-polymeras IBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.RNAGenetiska mallar: Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.RNA, smått nukleärtPromotorregioner, genetikAmanitiner: Cykliska peptider utvunna ur karpoforer av olika svamparter. De är kraftfulla RNA-polymerashämmare i de flesta eukaryoter och blockerar mRNA-produktion och proteinsyntes. Peptiderna är viktiga i trans kriptionsstudier. Alfaamanitin är det viktigaste giftet i Amanita phalloides (lömsk flugsvamp).RNA, ribosomalt, 5SRNA, transferTranskriptionsfaktorerDNA-styrt DNA-polymeras: DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.RNA, viraltSaccharomyces cerevisiaeKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.TATA-boxbindande proteinHela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.RNA, ribosomaltTATA-boxTerminator Regions, GeneticAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.PolymeraskedjereaktionMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.RNA, Small InterferingRNA, svampSaccharomyces cerevisiae ProteinsDNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).PlasmiderTranscription Termination, GeneticNukleinsyrakonfigurationRNA, transfer, TyrKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.RNA, budbärarTATA-Binding Protein Associated FactorsRibonukleoproteinerRNA-replikasMakromolekylära substanser: Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.ProteinbindningRibonukleotider, små cytoplasmiskaKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.DNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Adenovirus E2-proteiner: Proteiner som transkriberas från E2-regionen hos adenovirus. Flera av dessa behövs för virusets DNA-replikation.Bindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.RNA Processing, Post-TranscriptionalProtein-underenheterGener: Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.Cellkärna: En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.DNA-replikation: Mångfaldigande av en DNA-molekyl.Transkriptionsfaktor TFIIIARNA, bakterielltDNA-polymeras I: Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i prokaryoter och som möjligen förekommer hos högre organismer. Det uppvisar såväl 3'-5'- som 5'-3'-exonukleasaktivitet, men kan inte använda naturligt förekommande dubbelsträngat DNA som mönsterprimer. Det hämmas inte av sulfhydrylföreningar och är verksamt i både DNA-syntes och -reparation. EC 2.7.7.7.RNA-splitsningSvampgener: Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.Svamp-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos svampar.DNA-polymeras II: Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Den egna molekylaktiviteten uppgår till endast 5% av motsvarande aktivitet i DNA-polymeras I. Enzymet har 3'-5'-exonukleasaktivitet, kan ha som mall endast DNA med gap eller enkelsträngade ändsekvenser med färre än 100 nukleotider, och hämmas av sulfhydrylföreningar. EC 2.7.7.7.AlfaamanitinReglering av genuttryck, svampar: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos svampar.CellinjeRNA-interferensSigmafaktorTranscriptional Elongation FactorsRNA EditingHoloenzymer: Katalytiskt verksamma enzymer som bildas genom hopkoppling av ett apoenzym och dess tillhörande kofaktorer och prostetiska grupper (organiska, icke-proteinmolekyler).Sekvenshomologi, aminosyraUpprepade sekvenser, nukleinsyraTranskriptionsfaktor TFIIBBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Virus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.Short Interspersed Nucleotide ElementsKromatin: Den substans som kromosomerna består av. Den utgörs av DNA, histoner och icke-histonproteiner, vilka återfinns i cellkärnan.DNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.RNA-prekursorerRNA, katalytisktRestriktionskartläggningCellextrakt: Preparat framställda av cellers beståndsdelar eller produkter.Cellfritt system: Fraktionerat cellextrakt med bibehållen biologisk funktion. Först sedan en subcellulär fraktion isolerats genom ultracentrifugering eller annan separationsteknik kan ett förlopp utan inverkan av alla komplexa reaktioner i en cell studeras. Cellfria system har utbredd användning inom cellbiologin.Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Sekvenshomologi, nukleinsyraDNA-fotavtryck: En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.Transkriptionsfaktor TFIIDRNA, Small CytoplasmicMolekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.NukleinsyrahybridiseringRibonukleoproteiner, små nukleära U4-U6Adenovirus, humant: Arter av släktet Mastadenovirus som orskar en rad sjukdomar hos människa. Infektionerna är mestadels symtomfria, men kan kopplas till sjukdomar i luftvägarna, ögonen och matsmältningssystemet.RNA-virusRNA, transfer, SerVirusproteinerSuppression, genetiskRNA, Transfer, Amino AcylRekombinanta proteinerBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.RNA, UntranslatedOligodeoxiribonukleotiderEscherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Bakteriofag T7: Virulent bakteriofag och typarten för släktet T7-liknande fager, inom familjen Podoviridae, som infekterar E. coli. Den består av linjärt, dubbelsträngat DNA, med terminal redundans och icke permutera t.Proteinstruktur, tertiärTranscription Initiation, GeneticXenopusAutoantigener: Antigener som, trots att de utgörs av beståndsdelar av normal kroppsvävnad, blir måltavla för ett humoralt eller cellförmedlat immunsvar.Transkriptionsfaktorer, TFIISvampproteiner: Alla proteiner som förekommer i svampar.SekvensinpassningPolyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.RNA-stabilitetReglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.OligoribonukleotiderRNA Polymerase Sigma 54RNA-bindande proteinerModeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.RNA, transfer, ValRNA, dubbelsträngatUridinmonofosfatMutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.Deoxiribonukleas I: Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.Ribosom-DNA: DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.RNA, Transfer, Amino Acid-SpecificRNA, transfer, ThrDNA, rekombinant: Biologiskt aktivt DNA som sammansatts in vitro av DNA-segment från olika källor. Det innehåller sammanfogningspunkten för en heteroduplexregion, där två olika DNA-molekyler är förenade.DikarboxylsyrorVirusgener: Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.Histoner: Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.HMGN-proteiner: En familj HMG-proteiner som binder till nukleosomer.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.RNA-nukleotidyltransferaserMutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Xenopus laevisAlu-element: Alu-sekvensfamiljen (så benämnd efter restriktionsenzymet Alu 1) är ett höggradigt konserverat och det mest upprepade spridda repetitionselementet i människan (mer än en miljon kopior). Den härrör frå n 7SL-RNA-komponenten i den signaligenkännande partikeln och innehåller en RNA-polymeras III-promotor. Transposition av detta element i genernas kodnings- eller regulatorregioner ligger bakom många är ftliga sjukdomar.DNA-polymeras-beta: Ett DNA-reparationsenzym som katalyserar syntes av DNA vid basexcisionsreparation av DNA. EC 2.7.7.7.Transkriptionsfaktorer, allmännaRekombinanta fusionsproteinerTemperaturCellkärneproteinerDNA-restriktionsenzymer: Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.OperonDNA, enkelsträngat: En enkel kedja av deoxiribonukleinsyra som förekommer i vissa bakterier och virus. Den uppträder vanligtvis som en ring med kovalent slutning.BombyxCellnukleol: I de flesta typer av eukaryota cellkärnor utgör nukleolen en membranlös, avgränsad del, inom vilken några arter av rRNA (ribosomal RNA) syntetiseras och sätts samman till ribonukleoproteinenheter av r ibosomer. I nukleolen transkriberas rRNA från en nukleolär styrenhet, dvs en grupp (NOR - nucleolar organizer region) parvis upprepade kromosomgener som kodar för rRNA och som transkriberas av RNA-pol ymeras I.Bakteriofag phi X 174: Typarten för släktet Microvirus. Den är en prototyp av små, virulenta DNA-colifager med en enda spiralsträng av cirkulärt DNA som i samband med infektion konverteras till en dubbelsträngad, replikerba r form genom enzymverkan i värdcellen.Pol1 Transcription Initiation Complex ProteinsN-Terminal Acetyltransferase CUridintrifosfatArtsspecificitetBacillus subtilis: I jord och vatten vanligt förekommande saprofytisk, grampositiv bakterie.Antisens-RNAOocyterT-fagerSekvensdeletionHereditary Central Nervous System Demyelinating DiseasesPrecipitintesterRepressorproteinerProteinkonfigurationNukleosomerReglering av genuttryck, bakterier: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.VirusförökningProteinbiosyntesPoly ARNA, transfer, AlaRNA, tumörRegulatoriska sekvenser, nukleinsyraGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.RNA CapsKromatinimmunprecipitation: En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.NukleotiderModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurTransfektionSubstratspecificitetTrans-Activation (Genetics)SchizosaccharomycesKaliumpermanganat: Ett kaliumsalt av permangansyra (HMnO4). Det är en kraftigt oxiderande, vattenlöslig, lilafärgad, kristallin förening med sötaktig smak.Jonbytarkromatografi: Separationsteknik, där den fasta fasen består av jonbytarhartser. Hartserna innehåller små, löst bundna joner som lätt byter plats med andra små joner med motsvarande laddning i de lösningar som passe rar över den fasta fasen. Syn. jonbyteskromatografi.RetroelementPoly dA-dTStruktur-aktivitet-relationKaseinkinas II: Ett allmänt utbrett kaseinkinas (CKII) med två distinkta katalytiska enheter och en dimerisk reglerenhet. CKII har visat sig fosforylera ett stort antal ämnen, av vilka många är proteiner som ingår i regleringen av det genetiska uttrycket. EC 2.7.1.37.Blotting, Northern: Påvisande av RNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon.RNA-helikaserReglering av genuttryck, virus: De processer genom vilka cytoplasmatiska faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos virus.Genom, svamp: Den fullständiga arvsmassan i kromosomuppsättningen hos svamp.Exonukleaser: Enzymer som katalyserar frisättande av mononukleotider genom hydrolys av ändbindningarna på deoxiribonukleotid- eller ribonukleotidkedjor. EC 3.1.-.Konsensussekvens: En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.RNA FoldingEndoribonukleaser: En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.Fosforylering: Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.Deoxiadeninnukleotider: Adeninnukleotider som har deoxiribos som sin sockerdel.Genavstängning: Avbrytande eller undertryckande av en gens uttrycksfunktion på transkriptions- eller translationsnivå.Ribonukleas T1DNA, komplementärt: Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktionKolifager: Virus med Escherichia coli som värdorganism.Simianvirus 40Jästsvampar