RNA-polymeras IRNA-polymeras IIPol1 Transcription Initiation Complex ProteinsDNA-polymeras I: Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i prokaryoter och som möjligen förekommer hos högre organismer. Det uppvisar såväl 3'-5'- som 5'-3'-exonukleasaktivitet, men kan inte använda naturligt förekommande dubbelsträngat DNA som mönsterprimer. Det hämmas inte av sulfhydrylföreningar och är verksamt i både DNA-syntes och -reparation. EC 2.7.7.7.DNA-styrt RNA-polymeraser: En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.Transkription, genetiskRNA, ribosomaltRNA-polymeras IIIRibosom-DNA: DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.Cellnukleol: I de flesta typer av eukaryota cellkärnor utgör nukleolen en membranlös, avgränsad del, inom vilken några arter av rRNA (ribosomal RNA) syntetiseras och sätts samman till ribonukleoproteinenheter av r ibosomer. I nukleolen transkriberas rRNA från en nukleolär styrenhet, dvs en grupp (NOR - nucleolar organizer region) parvis upprepade kromosomgener som kodar för rRNA och som transkriberas av RNA-pol ymeras I.Genetiska mallar: Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.RNAPromotorregioner, genetikAmanitiner: Cykliska peptider utvunna ur karpoforer av olika svamparter. De är kraftfulla RNA-polymerashämmare i de flesta eukaryoter och blockerar mRNA-produktion och proteinsyntes. Peptiderna är viktiga i trans kriptionsstudier. Alfaamanitin är det viktigaste giftet i Amanita phalloides (lömsk flugsvamp).TranskriptionsfaktorerDNA-styrt DNA-polymeras: DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.RNA, viraltKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Saccharomyces cerevisiaeTerminator Regions, GeneticAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.PolymeraskedjereaktionTATA-boxbindande proteinMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Transcriptional Elongation FactorsCellkärna: En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).RNA, Small InterferingNucleolus Organizer RegionDNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.RNA-replikasPlasmiderRNA, budbärarProteinbindningHela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.Saccharomyces cerevisiae ProteinsKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.RNA, bakterielltRNA, svampRNA-splitsningNukleinsyrakonfigurationKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.DNA-polymeras II: Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Den egna molekylaktiviteten uppgår till endast 5% av motsvarande aktivitet i DNA-polymeras I. Enzymet har 3'-5'-exonukleasaktivitet, kan ha som mall endast DNA med gap eller enkelsträngade ändsekvenser med färre än 100 nukleotider, och hämmas av sulfhydrylföreningar. EC 2.7.7.7.Makromolekylära substanser: Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.RNA-prekursorerBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Svamp-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos svampar.SigmafaktorRNA Processing, Post-TranscriptionalCellinjeTranskriptionsfaktorer, TFIIKromatin: Den substans som kromosomerna består av. Den utgörs av DNA, histoner och icke-histonproteiner, vilka återfinns i cellkärnan.RNA EditingProtein-underenheterDaktinomycin: Ett antibiotikum med anticancereffekt från Streptomyces parvullus. Det binder till DNA och hämmar RNA-syntes (transkription), där förlängning av kedjan är känsligare än början, slut eller frisläppande. Till följd av nedsatt mRNA-produktion avtar också proteinsyntesen efter dactinomycinbehandling.RestriktionskartläggningDNA-polymeras III: Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Namnet används även för den mer komplexa varianten DNA-polymeras III* (pol III*), som har 15 gånger högre biologisk aktivitet än DNA-polymeras I vid DNA-syntes. Enzymet har både 3'-5'- och 5'-3'-exonukleasaktivitet, hämmas av sulfhydrylföreningar och har samma mönsterprimerberoende som DNA-polymeras II. EC 2.7.7.7.DNA-replikation: Mångfaldigande av en DNA-molekyl.RNA-interferensSvampgener: Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.Bakteriofag T7: Virulent bakteriofag och typarten för släktet T7-liknande fager, inom familjen Podoviridae, som infekterar E. coli. Den består av linjärt, dubbelsträngat DNA, med terminal redundans och icke permutera t.RNA-virusCellkärneproteinerCellfritt system: Fraktionerat cellextrakt med bibehållen biologisk funktion. Först sedan en subcellulär fraktion isolerats genom ultracentrifugering eller annan separationsteknik kan ett förlopp utan inverkan av alla komplexa reaktioner i en cell studeras. Cellfria system har utbredd användning inom cellbiologin.Bakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.T-fagerNukleotiderTATA-boxVirusproteinerSekvenshomologi, aminosyraGener: Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.Molekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.Virus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.RNA Polymerase Sigma 54RNA, dubbelsträngatAcanthamoeba: En amöbaart som lever fritt i jorden och inte har något flagellatstadium. Organismerna är humanpatogener som ger ett flertal infektioner och har påvisats i ögon, skelett, hjärna och luftvägar.RNA, protozoisktRNA-nukleotidyltransferaserProteinstruktur, tertiärRNA, smått nukleärtSvampproteiner: Alla proteiner som förekommer i svampar.OperonReglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.Polyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.RNA, transferRNA-bindande proteinerHistoner: Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.Trypanosoma brucei bruceiBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.DNA-nukleotidyltransferaser: Enzymer som katalyserar infogandet av deoxiribonukleotider i en DNA-kedja. EC 2.7.7.-.Transkriptionsfaktor TFIIDHMG-proteiner: En familj icke-histonproteiner med låg molekylvikt som finns i kromatin.TemperaturPolynukleotidadenylyltransferasTATA-Binding Protein Associated FactorsKromosomala proteiner av icke-histontyp: Nukleoproteiner som i motsats till histoner är syralösliga. De spelar en roll i kromosomernas funktioner; de binder, t ex, selektivt till DNA, stimulerar transkription, vilket leder till vävnadsspecif ik RNA-syntes, och genomgår specifika förändringar som svar på olika hormoner eller växtmitogener.NukleinsyrahybridiseringTranskriptionsfaktorer, allmännaDeoxiribonukleotider: Purin- eller pyrimidinbaser bundna till deoxiribos, med bindning till en fosfatgrupp.Reglering av genuttryck, svampar: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos svampar.Rekombinanta proteinerDNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Xenopus laevisModeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Exonukleaser: Enzymer som katalyserar frisättande av mononukleotider genom hydrolys av ändbindningarna på deoxiribonukleotid- eller ribonukleotidkedjor. EC 3.1.-.UridintrifosfatRNA, ribosomalt, 5SDNA-polymeras-beta: Ett DNA-reparationsenzym som katalyserar syntes av DNA vid basexcisionsreparation av DNA. EC 2.7.7.7.RNA-Directed DNA PolymeraseSekvenshomologi, nukleinsyraArtsspecificitetRekombinanta fusionsproteinerSekvensinpassningEscherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Mutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.Upprepade sekvenser, nukleinsyraLevertumörer, experimentella: Experimentellt framkallade tumörer i levern.Deoxiadeninnukleotider: Adeninnukleotider som har deoxiribos som sin sockerdel.Ehrlichtumör: En transplanterbar, svagt differentierad, elakartad tumör som ursprungligen uppkom som ett spontant bröstkarcinom hos en mus. Den kan uppträda i såväl fast som ascitisk form.DNA-helicaser: Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.RNA, katalytisktJonbytarkromatografi: Separationsteknik, där den fasta fasen består av jonbytarhartser. Hartserna innehåller små, löst bundna joner som lätt byter plats med andra små joner med motsvarande laddning i de lösningar som passe rar över den fasta fasen. Syn. jonbyteskromatografi.Bevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.VirusförökningRNA CapsTranskriptionsfaktor TFIIBRibonukleoproteinerFosforylering: Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.SekvensdeletionReglering av genuttryck, bakterier: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.DNA-restriktionsenzymer: Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.Lök: Ett släkte liljeartade örtväxter omfattande lök (Allium cepa), vitlök (A. sativum), gräslök (A. schoenoprasum), purjolök (A. porrum), prydnadsväxten jättelök (A. giganteum) m fl. Många arter producera r skarpt smakande, både bakteriostatiska och fysiologiskt aktiva ämnen. De används i matlagning och inom den traditionella medicinen.Kaliumpermanganat: Ett kaliumsalt av permangansyra (HMnO4). Det är en kraftigt oxiderande, vattenlöslig, lilafärgad, kristallin förening med sötaktig smak.Kolifager: Virus med Escherichia coli som värdorganism.Poly dA-dTDNA, rekombinant: Biologiskt aktivt DNA som sammansatts in vitro av DNA-segment från olika källor. Det innehåller sammanfogningspunkten för en heteroduplexregion, där två olika DNA-molekyler är förenade.NukleinsyrasynteshämmareThermusGenavstängning: Avbrytande eller undertryckande av en gens uttrycksfunktion på transkriptions- eller translationsnivå.Mangan: Metalliskt grundämne med kemiskt tecken Mn, atomnummer 25 och atomvikt 54,94. Det är anrikat i cellmitokondrier, främst i hypofysen, levern, bukspottkörteln, njurarna och skelettvävnaden. Det påverkar syntesen av mukopolysackarider, stimulerar produktionen av kolesterol och fettsyror i levern, och utgör en kofaktor för många enzymer, bl a arginas och alkalinfosfatas i levern.RibosomerTransfektionAntisens-RNABacillus subtilis: I jord och vatten vanligt förekommande saprofytisk, grampositiv bakterie.ProteinkonfigurationTranskriptionsfaktor TFIIBDNA-topoisomeraser, typ I: DNA-topoisomeraser som katalyserar ATP-beroende klyvning av den ena av de två DNA-strängarna, genomföring av den obrutna strängen genom brottpunkten och återförening av den kluvna strängen. Typ 1-DNA-topoisomeraser minskar belastningen på DNA-strukturen genom att relaxera superhelixvindlingarna och knutringarna i DNA-spiralen. EC 5.99.1.2.RNA-helikaserChromatin Assembly and DisassemblyFörstärkare, genetiska: Cis-verkande DNA-sekvenser med förmåga att öka geners transkriptionskapacitet. Förstärkarna verkar vanligtvis både uppströms och nedströms och på olika avstånd från en promoter.Kromatinimmunprecipitation: En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.RNA-stabilitetSubstratspecificitetExodeoxiribonukleaser: En familj av enzymer som katalyserar den exonukleolytiska klyvningen av DNA. Den inkluderar medlemmar av klassen EC 3.1.11 som ger 5'-fosfomonoestrar som spjälkningsprodukter. EC 3.1.-.Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktionRNA FoldingPolynukleotiderBakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.Mutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.UracilnukleotiderDNA, enkelsträngat: En enkel kedja av deoxiribonukleinsyra som förekommer i vissa bakterier och virus. Den uppträder vanligtvis som en ring med kovalent slutning.OligonukleotiderAffinitetskromatografi: En kromatografisk teknik som utnyttjar biologiska molekylers förmåga att binda till vissa ligander, specifikt och reversibelt. Tekniken används i proteinkemi.DNA-reparation: Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.Struktur-aktivitet-relationDNA-fotavtryck: En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.JästsvamparRNA, UntranslatedProteinbiosyntesDeoxiribonukleas I: Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.Transcription Elongation, GeneticSchizosaccharomycesGendeletion: Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.Gradientcentrifugering: Separation av partiklar efter täthet genom gradientsortering. Vid jämvikt avsätts varje partikel vid gradienten motsvarande dess densitet.RNA, ribosomalt, 18SRifampinMyosin typ IrRNA-gener: Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.Trans-Activation (Genetics)OligoribonukleotiderMagnesium: Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.TyminnukleotiderModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurTranskriptionsfaktorer, TFIIILever: Stort organ i bukhålan med flera viktiga ämnesomsättningsfunktioner.Holoenzymer: Katalytiskt verksamma enzymer som bildas genom hopkoppling av ett apoenzym och dess tillhörande kofaktorer och prostetiska grupper (organiska, icke-proteinmolekyler).Transcription Initiation, GeneticVariant Surface Glycoproteins, TrypanosomaOligodeoxiribonukleotiderPoly AGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.Diklororibofuranosylbensimidazol: En hämmare av RNA-polymeras II-transkription. Föreningen avbryter transkriptionen i förtid genom selektiv hämning av RNA-syntesen. Den används inom forskningen för studier av cellregleringsmekanismer.Ultraviolett strålningCykloheximid: Antibiotikum som isolerats från streptomycinproducerande stammar av Streptomyces griseus. Det verkar genom att hämma elongering under proteinsyntesen.NIH.3T3-cellerExodeoxiribonukleas VPrecipitintesterTest för genetisk komplementering: Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.