Pyrococcus abyssi
'Pyrococcus abyssi' is a species of archaea that is thermophilic and piezophilic, meaning it thrives in high-temperature and high-pressure environments. It was first isolated from hydrothermal vent deposits in the deep sea. This microorganism's genome has been sequenced and it is known to play a role in biogeochemical cycles due to its ability to metabolize carbohydrates and proteins under extreme conditions.
Pyrococcus
Pyrococcus är ett släkte av archaea, som tillhör den termofila gruppen hypertermofila arkéer. Dessa encelliga organismer trivs i extrema höga temperaturer, upp till 105 °C, och förekommer naturligt i marina hydrotermiska ventilationssystem (MHVS) på oceanens botten. Pyrococcus-arterna är kemoorganotrofa och får sin energi genom att oxidera organiska ämnen under anoxisk respiration eller genom fermentation av sockerarter. Släktet Pyrococcus innehåller flera arter, däribland P. furiosus, P. abyssi och P. woesei, som alla är viktiga modellorganismer inom forskningen om arkéers extremofila livsvillkor och deras användning i bioteknologin.
Pyrococcus furiosus
'Pyrococcus furiosus' är en extremofil archaeabakterie som lever under höga temperaturer (100°C eller högre) och har potential att producera industriellt användbar termostabilt enzym. Denna mikroorganism hittas vanligtvis i marina hydrotermiska ventar och utgör ett viktigt forskningsobjekt inom områdena bioenergi, extremofil biologi och evolution.
Pyrococcus horikoshii
*Pyrococcus horikoshii* är en extremofil archaea som lever under mycket höga temperaturer (upp till 105°C) och har därför fått sitt namn ifrån grekiskans *pyr* (eld) och latinets *coccus* (kula). Den är en obligat anaerob, vilket betyder att den inte kan leva i närvaro av syre. Dess genetiska information har varit värdefullt för forskare då det bland annat har lett till upptäckten av nya enzymer och proteiner som fungerar under extrema förhållanden.
Thermococcales
Thermococcales är en ordning av arkéer inom klassen Thermococci, som tillhör riket Euryarchaeota. Dessa encelliga organismer förekommer främst i extrema miljöer med höga temperaturer, såsom hydrotermiska ventilationssystem (hydrothermal vents) och heta källor. De är hypertermofila, vilket betyder att de trivs vid mycket höga temperaturer upp till 100°C eller högre. Thermococcales-arter har en unik metabolism där de använder sig av sulfid som elektrondonator i deras energiproducerande process, reduktionen av svavel till svaveldioxid. De är också kända för sin förmåga att bryta ned proteiner och kolhydrater som en del av sin näringsupptagning.
Arke-RNA
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
Inteiner
De inre fragmenten hos proteinförelöpare (INternal proTEINS), vilka avlägsnas genom autokatalys vid proteinsplitsning. De flankerande fragmenten (exteiner) binds och bildar mogna proteiner. De nukleinsyrasekvenser som kodar för inteiner anses vara rörliga genelement. Inteiner består av självsplitsande domäner och en endonukleasdomän som har betydelse för spridningen av inteinets genomsekvens. Miniinteiner består bara av de självsplitsande domänerna.
Proteinsplitsning
Protein splitsning, eller proteinproteolys, är ett biologiskt fenomen där proteiner delas upp i mindre peptidfragment av enzymatiska proteaser. Denna process är involverad i många cellulära funktioner som celldelning, signaltransduktion och cellsdöd. Proteinsplitsning kan också vara en nödvändig steg i aktiveringen eller deaktiveringen av vissa proteiner genom att exponera eller dölja viktiga funktionella domäner.
Arkevirus
"Arkeavirus" är ett samlingsnamn för en grupp av virus som upptäcktes år 2014. Dessa virus har en unik dubbelmembranstruktur och en stor DNA-genom, vilket skiljer dem från andra kända virus. Arkeaviruset infekterar endast arkéer, en grupp enkelt byggda mikroorganismer som lever i extrema miljöer, till exempel mycket heta eller sura förhållanden. Det är fortfarande lite känt om arkeaviruset och dess potentiala inflytande på ekosystemen där arkéerna lever.
Arkekromosomer
Arkeer
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
tRNA-metyltransferaser
RNA, smått nukleolärt
Molekylsekvensdata
Aminosyrasekvens
Moritella
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.