Periplasmiska proteiner
Periplasma
I en enkel medicinsk definition, är periplasma den kompartment inom en grampositiv eller gramnegativ bakteriens cellvägg som innehåller ett geléartat material och cytoplasmatisk membran. Det utgör den yttre delen av cellmembranet och innesluter periplasmiska vesiklar, enzymer och andra proteiner som är involverade i olika cellyta, såsom näringsupptag, sekretion och detoxifiering. Periplasman är också platsen för enzymer som hjälper till att bryta ned antimikrobiella peptider och andra skadliga molekyler som kan tränga igenom cellväggen.
Periplasmiska bindande proteiner
Kolibakterie
Maltose-Binding Proteins
Maltose-binding proteins (MBPs) are a type of protein that are capable of binding specifically to the disaccharide maltose, which consists of two glucose molecules. These proteins play a crucial role in the metabolism of maltose and maltodextrins, which are polymers of glucose, in various organisms, including bacteria and plants.
Proteindisulfidisomeraser
Proteindisulfidisomeraser (PDI) är en grupp enzymer som hjälper till att folda proteiner korrekt genom att katalysera oxidationen av sulfhydrylgrupper (-SH) till disulfidbindningar (-S-S-) mellan två cysteinrestaur i samma protein. Denna process är viktig för stabiliseringen av proteinstrukturen och funktionen hos många proteiner, särskilt inom det endoplasmatiska retiklet (ER). PDI-enzymet kan även agera reduktivt och bryta ned disulfidbindningar när det behövs för korrekt proteinfoldning.
Molekylsekvensdata
Membrantransportproteiner
Aminosyrasekvens
Alkaliskt fosfatas
Reglering av genuttryck, bakterier
Membranproteiner
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
Sfäroplast
I en enkel mening kan 'sfäroplast' definieras som en konstgjord kompartment eller kapsel skapad genom att omge celler eller biomolekyler med ett lager av lipider eller polymerer, formad till en sfärisk struktur. Denna metod används ofta inom molekylärbiologi och nanoteknik för att studera cellulära processer under kontrollerade förhållanden eller för att leverera läkemedel till specifika mål i kroppen.
Proteinsortering
Protein sorting refers to the process by which cells direct specific proteins to their correct destinations within the cell or to the cell surface. This intracellular protein trafficking is crucial for maintaining proper cellular function, as proteins must be delivered to the right locations to carry out their designated roles in various cellular processes, such as signaling, transport, and catalysis.
Mutation
Isomeraser
Biologisk transport
Förflyttning av ämnen, inkl. biokemiska substanser och läkemedel, genom cellmembran och epitellager, vanligen med passiv diffusion.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Bassekvens
Kloning, molekylär
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Brucella suis
"Brucella suis" är en bakterie som orsakar sjukdomen brucellos hos grisar och kan överföras till människor, vilket orsakar en allvarlig infektion som kallas undulant feber. Sjukdomen karaktäriseras av systemiska symptom som feber, trötthet, svårigheter att andas, muskelvärk och ibland hudutslag. Infektionen kan även leda till komplikationer i lederna, levern, mjälten och centrala nervsystemet. "Brucella suis" kan spridas till människor genom kontakt med infekterade djur eller deras livsmedel, särskilt om den inte tillagas ordentligt. Inom medicinen behandlas brucellos vanligen med antibiotika under en längre tidsperiod för att undvika rekurerande infektioner.
ABC-bärare
En familj membrantransportproteiner som kräver ATP-hydrolys för transport av ämnen genom membran. Proteinfamiljen har fått sin benämning från den ATP-bindande domänen på proteinet.
Disulfider
Poriner
I en enkel medicinsk definition är poriner strukturer som spänner över cellmembran och tillåter vissa molekyler och joner att diffundera genom dem. De är speciellt viktiga för cellers förmåga att transportera näringsämnen, avfall och andra substanser in och ur sig. Poriner är exempel på proteinkanaler som bildar naturliga passagevägar genom celldelarna i bakteriers yttre membran.
Cellmembran
Cytoplasma
Operon
Ett operon är ett genkluster i prokaryota celler, som består av en grupp reglerade strukturgener och ett operatörregion som kontrolleras av ett gemensamt promotorområde, vilket tillåter koordinerad transkription av flera gener under kontroll av samma regulatorprotein.
Proteinveckning
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
Kassettmutagenes
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Salmonella tymphimurium
Salmonella Typhimurium är en specifik stam av bakterien Salmonella enterica, som orsakar sjukdom hos människor och djur. Denna bakteriestam är vanlig förekommande i naturen och kan påträffas hos djur och i miljön. Sjukdomen som orsakas av Salmonella Typhimurium kallas ofta för salmonellos eller matförgiftning, och de vanligaste symptomen inkluderar diarré, magkramper, feber och illamående. Bakterien sprids främst via kontaminereda livsmedel och vatten, men kan även överföras från djur till människor.
Modeller, molekylära
Monosackaridtransportproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Cellavdelning
Molekylära chaperoner
En familj cellproteiner som förmedlar korrekt sammansättning och sönderdelning av andra polypeptider, och i vissa fall byggande av oligomera strukturer, men som själva inte ingår i de slutgiltiga strukturerna. Man antar att chaperonproteiner medverkar till polypeptiders självkonstruktion genom att hindra alternativa sammansättningsförlopp som skulle producera icke-funktionella strukturer. Några klasser av molekylära chaperoner är nukleoplasminer, chaperoniner, HSP70-stressproteiner och HSP90-stressproteiner.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Proteinprekursorer
Protein precursors, also known as proproteins or preproproteins, are inactive forms of proteins that undergo post-translational modification to become active. These precursors contain additional sequences of amino acids, called signal peptides, which direct the protein to specific cellular compartments for processing. During processing, enzymes remove the signal peptide and may cleave the protein into smaller functional units. The resulting mature protein can then perform its intended function in the body.
Oxidoreduktaser
Polyakrylamidgelelektrofores
Test för genetisk komplementering
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Lipoproteiner
Lipid-proteinkomplex som ingår i transport och omsättning av fettämnen i kroppen. De är runda partiklar, bestående av en hydrofob kärna av triglycerider och kolesterolestrar som är omgiven av ett lager hydrofilt, fritt kolesterol, fosfolipider och apolipoproteiner. Lipoproteiner definieras utifrån sin varierande densitet och storlek. De stora lipoproteinerna, som kylomikroner och VLDL, transporterar triglycerider, och de små lipoproteinerna, som LDL och HDL, transporterar kolesterol.
Cytokrom c
Proteinstruktur, tertiär
Molekylvikt
Oxidation-reduktion
Järn
Ett i jordskorpan allmänt utbrett metalliskt grundämne. Kemiskt tecken är Fe, atomnummer 26 och atomvikt 55,85. Järn är en väsentlig beståndsdel i hemoglobin, cytokrom och andra komponenter i respiratoriska enzymsystem. Dess främsta funktioner är att transportera syre till vävnader (hemoglobin) och att ingå i cellulära oxidationsförlopp. Uttömning av järnförråden kan leda till järnbristanemi. Järn används för att återuppbygga blodet vid anemi.
Koppar
Metalliskt grundämne, och tillika spårämne, med kemiskt tecken Cu, atomnummer 29 och atomvikt 63,55. Koppar ingår i hemocyanin, som är syrebärare hos de flesta leddjur.
Pseudomonas aeruginosa
Nitratreduktas
En nitratreduktas är ett enzym som katalyserar reduktionen av nitrat (NO3-) till nitrit (NO2-). Detta enzym förekommer hos både prokaryota och eukaryota organismer och spelar en viktig roll i olika metaboliska processer, såsom näringsupptag och avfallsbortskaffning. I vissa mikroorganismer kan nitratreduktasen även vara involverad i den anaeroba energiproduktionen genom den särskilda processen som kallas denitrifiering.
Campylobacter jejuni
Serinendopeptidaser
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Osmolaritet
Osmolaritet är ett mått på koncentrationen av osmotiskt aktiva partiklar, vanligtvis lösta joner och molekyler, per liter i en lösning. Det specificerar den totala mängden små partiklar som bidrar till osmosen, ett fenomen där vatten diffunderar över en semipermeabel membran från en region med lägre salthalt till en region med högre salthalt för att nå jämvikt. Osmolaritet uttrycks vanligtvis i osmol/L (osmoler per liter).
Mutagenes, riktad
Tvådimensionell gelelektrofores
Proteintransport
Proteintransport refererer til den proces, hvor proteiner bliver transporteret gennem cellemembraner for at nå deres destination indenfor eller udenfor cellen. Dette sker ved hjælp af specielle transportproteiner, som kender vej og kan genkende de forskellige typer proteiner. Proteintransport er en nødvendig proces for at sikre, at cellen fungerer korrekt og at proteinerne kan udføre deres biologiske funktioner på det rigtige sted i organismen.
Nitratreduktaser
Betalaktamaser
Betalaktamer är en grupp antibiotika som har en betalaktamring som del av sin kemiska struktur, vilket gör dem effektiva mot bakterier genom att störa deras förmåga att bilda cellväggar. Exempel på betalaktamaser inkluderar penicilliner, cefalosporiner, monobaktamer och carbapenemer.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
DNA-sekvensanalys
Transkription, genetisk
Artsspecificitet
"Artsspecificitet" refererer til de unikke aspekter, karakteristika og kontekster, der er forbundet med kunstformer som teater, musik, maleri, litteratur osv. Det understreger, at hver kunstform har sine egne regler, historie, teoretiske perspektiver, teknikker og udtryksformer, som bør respekteres og forstås for at opnå en dybere forståelse af det pågældende værk eller frembringelse.
Peptidylprolylisomeras
Spirochaeta
Spirochaeta är ett släkte av spiralformade, gramnegativa bakterier som vanligtvis förekommer i sötvatten- och brackvattensmiljöer. Dessa bakterier är kända för sin långa, smala form och sin rörliga, snurrande rörelse, som orsakas av en unik flagell som sträcker sig över hela längden av deras yttre cellmembran. Spirochaeter är ofta svåra att kultivera i laboratoriemiljö och kan vara svåra att identifiera med traditionella bakteriologiska tekniker. Släktet innehåller ett fåtal arter, av vilka några har potential att orsaka sjukdomar hos människor och djur, till exempel Leptospira-arter som kan orsaka leptospiros eller Borrelia burgdorferi, orsaken till Lyme-borreliosen.
Brachyspira hyodysenteriae
"Brachyspira hyodysenteriae" är en bakterie som orsakar grisars tjocktarmstularartförgåvor, även känd som dysenteri. Detta leder till att djuret får diarré, blodig avföring och minskad viktgain. Bakterien lever och förökar sig i tjocktarmen och sprids vanligtvis via direkt kontakt mellan djuren eller via förorenat vatten eller mat.
Flagell
Ett trådliknande, rörligt bihang på ytceller. Prokaryota flageller består av ett protein som kallas flagellin. På bakterier kan det finnas en enda flagell, en tofs av flageller i ena änden eller flageller över hela ytan. Hos eukaryoter utgörs flagellerna av protoplasmautskott som driver fram flagellater eller spermier. Flageller liknar cilier till strukturen, men är förhållandevis längre och mycket färre till antalet.
Proteinstruktur, sekundär
Paracoccus
Paracoccus definieras vanligtvis som ett släkte av gramnegativa, aeroba, encelliga bakterier som tillhör familjen Rhodobacteraceae inom proteobakteriesläktet. Dessa bakterier är kemoorganotrofa och kan oxidera en rad olika organiska substrat för sin växteenergi. De flesta arterna av Paracoccus är också fototrofa, vilket betyder att de kan använda ljus som energikälla genom fotosyntes. Släktet innehåller ett antal arter, varav den mest välkända är Paracoccus denitrificans, som är en modellorganism för studier av denitrifikation och cellulär respiration.
Hydrogenas
Glukaner
Endopeptidas K
Ett enzym som katalyserar hydrolys av keratin och andra proteiner med subtilisinliknande specificitet. Det hydrolyserar peptidamider. Endopeptidas K kommer från mögelarten Tritirachium album Limber. EC 3.4.21.64.