NukleinsyrakonfigurationProteinkonfigurationPeptidnukleinsyrorMolekylkonfiguration: Den typiska tredimensionella formen av en molekyl.NukleinsyratesterDNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.NukleinsyrediagnostikNukleinsyradenaturationAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.NukleinsyrahybridiseringRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.RNABindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Cirkulär dikroism: En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.Proteinstruktur, sekundärProteinbindningMagnetisk resonansspektroskopi: Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).TermodynamikProteinstruktur, tertiärKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Vätebindning: En lågenergidragningskraft mellan väte och annat grundämne. Den spelar stor roll för bestämning av egenskaperna hos vatten, proteiner och andra föreningar.OligonukleotiderLösningarStruktur-aktivitet-relationProteinveckningNukleär magnetisk resonans, biomolekularKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Mutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.TemperaturFluorescensspektrometri: Mätning av intensitet och kvalitet hos fluorescerande ljus.Modeller, kemiska: Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Molekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.Ligander: Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.PeptiderPolymeraskedjereaktionMolecular Dynamics SimulationPolymorfism, enkelsträngad konformationellOligodeoxiribonukleotiderProteinerRNA, viraltVätejonkoncentration: Ett mått på en lösnings surhetsgrad.Basparsbildning: Hopparning av purin- och pyrimidinbaser med vätebindningar i dubbelsträngat DNA eller RNA.UltraviolettspektrofotometriSelf-Sustained Sequence ReplicationDNA, enkelsträngat: En enkel kedja av deoxiribonukleinsyra som förekommer i vissa bakterier och virus. Den uppträder vanligtvis som en ring med kovalent slutning.PolydeoxiribonukleotiderProteinstruktur, kvartärDatorsimulering: Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.RöntgendiffraktionVirus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.Dimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.Kolhydratkonfiguration: Den typiska, tredimensionella formen hos kolhydrater.Rekombinanta proteinerNukleotiderProteindenaturationKatalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Nucleic Acid HeteroduplexesMutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.ElectrostaticsAptamerer, nukleotidRNA, bakterielltFluorescerande färgämnen: Färgämnen som avger ljus vid bestrålning. Våglängden hos det utsända ljuset är vanligtvis längre än hos det infallande. Fluorokromer är färgämnen som tillsätts andra ämnen för att få dessa att fluorescera, och används som markörer inom biokemi och immunologi.Kristallografi: Den vetenskapsgren som ägnar sig åt den geometriska beskrivningen av kristaller och deras inre struktur.SubstratspecificitetG-kvadruplerBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.VattenGuanin: Organisk bas, 6-oxi-2-aminopurin (C5H5N5O). Det ingår i guaninnukleotider.Sensitivitet och specificitetBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.DNA-sonder: Art- eller underartspecifikt DNA (inkl. komplementärt DNA, bevarade gener, hela kromosomer eller hela genom), vilket används i hybridiseringsstudier för att identifiera mikroorganismer, mäta DNA-DNA-homologier, gruppera underarter osv. DNA-sonden hybridiseras med specifikt mRNA, om sådant finns. Konventionella metoder för påvisande av hybridiseringsprodukten omfattar dot blot-test, Southern blot-test och DNA:RNA-hybridspecifika antikroppstest. Konventionell märkning av DNA-sonden sker med radioisotoperna 32P och 125I, eller med den kemiska markören biotin. DNA-sondtekniken utgör ett specifikt, känsligt, snabbt och billigt alternativ till cellodlingsmetoder för diagnostisering av infektionssjukdomar.CellinjeAminosyrasubstitution: Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.Sekvenshomologi, aminosyraPeptidfragmentKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.SekvensinpassningSpektralanalys, RamanNötkreatur: Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.LösningsmedelDNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Protein MultimerizationHydrolys: Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.PolynukleotiderFluorescensresonansenergiöverföring: Ett slags fluorescensspektroskopi, där man utnyttjar två fluorescensfärger med överlappande emissions- och absorptionsspektra, vilket används för att ange märkta molekylers proximitet. Tekniken är användbar vid undersökning av molekylsamverkan och proteinveckning.NukleosiderDNA, B-FormInterkalatorerMagnesium: Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.Kristallisering: Bildande av kristallina ämnen ur lösningar eller smältor.TryptofanKemiAdenosintrifosfat: Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.PlasmiderMakromolekylära substanser: Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.StereoisomerismModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.Hydrophobic and Hydrophilic InteractionsOligoribonukleotiderKemiska fenomenMolekylära sonder: En samling atomer eller molekyler som fästs vid andra molekyler eller cellstrukturer för att undersöka deras egenskaper. Radioaktiva DNA- eller RNA-sekvenser används inom molekylär genetik för att påvisa förekomst av komplementära sekvenser med hjälp av nukleinsyrahybridisering.PolyribonukleotiderRibonukleaserMjukvara: Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.Scattering, Small AngleFTIROligonukleotidsonderAminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.Alloster reglering: En aktivators eller hämmares inverkan på t ex ett enzyms aktivitet genom att binda till annan plats på enzymet än dess aktiva centrum.Kloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.Polyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.Escherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Modeller, strukturella: Modeller, oftast i liten skala, som visar struktur, konstruktion eller utseende hos något.Adenin: En viktig purinbas. I djur- och växtceller förekommer det vanligen kondenserat med ribos eller deoxyribos i nukleosiderna adenosin och deoxyadenosin. Det är således en komponent i nukleinsyror, vissa nukleotider och många koenzymer. Det finns i bukspottkörteln och mjälten.DNA, katalytiskt: DNA-molekyler med enzymatisk verkan.PunktmutationDisulfider: Kemiska grupper med de kovalenta disulfidbindningarna -S-S-. Svavelatomerna kan binda till såväl oorganiska som organiska molekyldelar.UridinKemi, fysikaliskAminosyror: Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.VirusDNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Varm temperatur: En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.Fenomen inom fysikalisk kemiAntisens-oligonukleotiderPurinerVirusproteinerGuanosin: En purinnukleosid bestående av guanin bundet via sitt N9-kväve till C1-kolet i ribos. Guanosin ingår i RNA, och dess nukleotider har stor betydelse i ämnesomsättningen.ProtonerBiofysikKorsbindningsreagens: Föreningar med två reaktiva grupper, oftast i motsatta ändar av molekylen, som förmår reagera med och bilda bryggor mellan aminosyrasidokedjor i proteiner. Därmed kan lägena för naturligt förekommande reaktiva områden i proteiner identifieras. Korsbindinde ämnen kan även användas för andra makromolekyler, som t ex glykoproteiner, nukleinsyror osv.Sekvenshomologi, nukleinsyraModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurDNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Cystein: En tiolhaltig, icke-essentiell aminosyra som vid oxidation bildar cystin.DNA, A-formCytosin: En pyrimidinbas som utgör en av de grundläggande enheterna i nukleinsyror.Kalorimetri: Mätning av värmeenergimängden i olika processer, som t ex kemiska reaktioner, tillståndsövergångar, när lösningar bildas, och vid bestämning av ämnens värmekapacitet. Måtenheter är joule (J) eller kalori (cal; 4,184 J).RibosFluorescens: Egenskapen hos ett ämne att lysa under bestrålning. Den avgivna strålningen är vanligtvis av längre våglängd än den infallande (eller absorberade), t ex kan ett ämne som bestrålas med osynligt ljus avge synligt ljus. Röntgenfluorescens används för diagnostiska ändamål.Elektronmikroskopi: Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.Molekylära sondtekniker: Utnyttjande av apparater som använder detektormolekyler för att spåra, undersöka eller analysera andra molekyler, makromolekyler, molekylaggregat eller organismer.NukleinsyrarenaturationTranskription, genetiskMolekylära chaperoner: En familj cellproteiner som förmedlar korrekt sammansättning och sönderdelning av andra polypeptider, och i vissa fall byggande av oligomera strukturer, men som själva inte ingår i de slutgiltiga strukturerna. Man antar att chaperonproteiner medverkar till polypeptiders självkonstruktion genom att hindra alternativa sammansättningsförlopp som skulle producera icke-funktionella strukturer. Några klasser av molekylära chaperoner är nukleoplasminer, chaperoniner, HSP70-stressproteiner och HSP90-stressproteiner.Molekylära diagnostiska tekniker: Molekylärbiologiska metoder som används för diagnos av sjukdomar. Hit hör tekniker som "in situ-hybridisering" av kromosomer för cytogenetisk analys, DNA-mikromatrisanalys av genuttrycksmönster vid sjukdomstillstånd, identifiering av patogena organismer genom analys av artspecifika DNA-sekvenser, samt påvisande av mutationer med polymeraskedjereaktion (PCR).ProteinstabilitetAlgoritmer: En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.PolymererMolekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.RNA, katalytisktBiofysiska fenomenLäkemedelsdesign: Den molekylära utformningen av läkemedel för specifika ändamål (såsom DNA-bindning, enzymhämning, verkan mot tumörer osv), baserad på kännedom om molekylära egenskaper, som t ex funktionella gruppers aktivitet, molekylgeometri, elektronstruktur och information om analoga molekyler. Läkemedelsdesign bygger på datorstödd molekylär modelleringsteknik och omfattar inte farmakokinetik, dosanalys eller analys av läkemedelsadministrering.TrifluoretanolInfrarödspektrofotometri: Spektrofotometri i det infraröda området, oftast för kemisk analys genom mätning av absorptionsspektra baserade på molekylers rotations- eller vibrationsenerginivåer.SalterRNA, transferStructural Homology, ProteinImmobilized Nucleic AcidsRNA-bindande proteinerHIV-1: Typarten för Lentivirus och orsaken till immunbristsyndromet AIDS. Virusets kännetecken är dess cytopatiska effekt och affinitet för T4-lymfocyter.Poly dA-dTUracilTidsfaktorerProflavinDatabaser, nukleinsyror: Specialdatabaser med information om nukleinsyror, såsom bassekvenser, SNPS (nukleotidpolymorfism), nukleinsyrakonformation och andra egenskaper. Information om DNA-fragment i gen- eller genombibliotek samlas oftast i DNA-databaser.RNA, budbärarFluorescenspolarisation: Polarisationsmätning av fluorescerande ljus från lösningar eller mikroskopprov. Metoden används för att erhålla uppgifter om molekylstorlek, molekylform och konformation, anisotropi, elektroniskt energiflöde, molekylär interaktion, inkl. bindning av färg och koenzymer, samt antigen-antikroppreaktion.Kolisotoper: Stabila kolatomer med samma atomnummer som grundämnet kol, men med annan atomvikt. C-13 är en stabil kolisotop.Cricetinae: Allmän benämning på medlemmarna av en underfamilj av Muridae. Fyra vanliga släkten är Cricetus, Cricetulus, Mesocricetus och Phodopus.Deoxiribonukleaser: Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.Katjoner: Positivt laddade atomer, radikaler eller atomgrupper som vandrar mot katoden eller den negativa polen vid elektrolys.Bevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.Bidning, kompetitivTyminMutantproteinerOligopeptiderTrypsinPrionerSpektralanalysSELEX-teknikAllosterplats: En specific plats, annan än substratbindningsplatsen, på ett enzym eller annat protein, som, när den binds till någon effektor, ger upphov till konformationsförändringar och ändrade katalytiska eller bindningsegenskaper hos proteinet.Lipidlager, dubbla: Lipidlager med en tjocklek av två molekyler. Dubbellagersystem används ofta som modeller för biologiska membran.YtegenskaperBassammansättning: Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.SpektrofotometriIndikatorer och reagenserMutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.YtplasmonresonansProlinIsomeri: Förekomsten av strukturella skillnader hos vissa kemiska föreningar, fast föreningarna har samma elementära sammansättning.Cellmembran: Det fett- och proteinhaltiga, och selektivt genomsläppliga, membran som omger cytoplasman i prokaryota och eukaryota celler. Hos de flesta typer av mikrobiella celler gränsar den utåt till cellväggen.Oxidation-reduktionMatematik: Vetenskap inriktad på problemlösning i abstrakt och allmängiltig form.VirologiRNA-sonderRekombinanta fusionsproteinerPoly GLäkemedelshållbarhet