Metyltransferaser: En undergrupp enzymer av transferasklassen som katalyserar överföringen av en metylgrupp från en förening till en annan. EC 2.1.1.DNA-(cytosin-5-)-metyltransferas: Ett enzym som katalyserar överföringen av en metylgrupp ur S-adenosylmetionin till position 5 i cytosin eller position 6 i adenin i DNA hos däggdjur. EC 2.1.1.37.ProteinmetyltransferasertRNA-metyltransferaserDNA-Cytosine MethylasesHiston-lysin-N-metyltransferas: Ett enzym som katalyserar metyleringen av epsilonaminogruppen i proteiners lysinrester till att ge epsilonmono-, -di-, och -trimetyllysin. EC 2.1.1.43.Metylering: Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.S-adenosylmetioninProtein-Arginine N-MethyltransferasesDNA-modifieringsmetylaser: Enzymer som ingår i restriktions-modifieringssystemen. De ligger bakom ett artspecifikt metyleringsmönster, med verkan på antingen adenin- eller cytosinrester i en kort, specifik bassekvens i värdcellens eget DNA. Denna metylerade sekvens förekommer ofta i värdcellens DNA och förblir intakt under cellens livstid. Varje form av artfrämmande DNA som kommer in i en levande cell och saknar det typiska metyleringsmönstret känns igen av restriktionsendonukleaser med motsvarande specificitet och förstörs genom klyvning. De flesta har studerats i bakteriesystem, men några få har påträffats i eukaryota organismer. EC 2.1.1.113. Syn. DNA-metyltransferas.DNA-metylering: Fogning av metylgrupper till DNA. DNA-metyltransferaser (DNA-metylaser) katalyserar denna reaktion med S-adenosylmetionin som givare av metylgrupper.Lägesspecifik DNA-metyltransferas (Adeninspecifik)S-adenosylcysteinHistoner: Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.Epigenes, genetiskMolekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Cytosin: En pyrimidinbas som utgör en av de grundläggande enheterna i nukleinsyror.Lysin: En essentiell aminosyra. Den tillsätts ofta djurfoder.SubstratspecificitetAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Homocystein-S-metyltransferasCpG-öar: Förtätade områden i dinukleotidsekvensen cytosin-fosfatdiester-guanin. De bildar dna-sträckor som är flera hundra till flera tusen baspar i längd. Hos människor finns det ca 45 000 CpG-öar, huvudsakligen vid genernas 5´-ändor. De är ometylerade, med undantag för dem på den inaktiva X-kromosomen och några som hör samman med präglade gener.DNA-restriktions-/modifieringsenzymer: System bestående av två enzymer, ett modifieringsmetylas och ett restriktionsendonukleas. De är samhöriga i fråga om specificitet och skyddar en given bakteriearts DNA. Metylaset fogar metylgrupper till adenin- eller cytosinrester inom samma målsekvens som utgör bindningsställe för restriktionsenzymet. Metyleringen gör målområdet oangripbart för restriktion och skyddar därmed DNA't mot spjälkning. EC 3.1.21.-.Azacytidin: En pyrimidinanalog som hämmar DNA-metyltransferas och därmed hindrar metylering av DNA. 5-metylcytosinMethanosarcina barkeri: En art icke-rörliga, halofila arkéer. Deras livsmiljöer utgörs av sötvatten- och havssediment, laguner med spillning och vommen hos klövdjur.Genavstängning: Avbrytande eller undertryckande av en gens uttrycksfunktion på transkriptions- eller translationsnivå.Pyrococcus abyssiSekvenshomologi, aminosyraProtein O-metyltransferasBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Methanosarcina: Ett släkte anaeroba, oregelbundet klotformade Methanosarcinales med orörliga medlemmar. De bildar inte endosporer. Dessa arkéer får sin energi genom att bilda metan från acetat, metanol, mono-, di- och trimetylamin, och möjligen kolmonoxid. De påträffas i sötvatten och havsmiljöer.Moraxella (Moraxella) bovis: En art gramnegativa, aeroba bakterier som oftast påvisas i ögonen hos kreatur i fall av infektiös keratokonjunktivit, men som även förekommer i icke-infekterade ögon och näshålan hos kreatur.EpigenomicsSekvensinpassningEnzyme AssaysProteinstruktur, tertiärKorrinoider: Cykliska tetrapyrroler som är uppbyggda på korrinskelettet.Histone DemethylasesKromatin: Den substans som kromosomerna består av. Den utgörs av DNA, histoner och icke-histonproteiner, vilka återfinns i cellkärnan.Myeloid-Lymphoid Leukemia ProteinModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).RepressorproteinerKatalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Kolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Heterokromatin: Den del av kromosommaterialet som förblir komprimerad och inte ingår i transkriptionsaktiviteten under interfasen.Bindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Promotorregioner, genetikCytidin: En pyrimidinnukleosid som består av basen cytosin, kopplad till D-ribos, ett socker med fem koldelar.Bevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.ProteinbindningRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Kloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.Guanidinacetat-N-metyltransferasKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Deoxiribonukleaser, typ II-lägesspecifika: Enzymsystem med en enda underenhet och som endast kräver magnesium för endonukleolytisk verkan. Motsvarande modifieringsmetylaser är separate enzymer. Systemen känner igen specifika, korta DNA-sekvenser och klyver inom, eller på ett kort, specifikt avstånd från, den igenkända sekvensen, vilket ger specifika, dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatändar. Enzymer från olika mikroorganismer med samma specificitet kallas isoschizomerer. EC 3.1.21.4.Katalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Chromatin Assembly and DisassemblyMycobacteriaceaeProteinmodifiering, posttranslationellOcimum basilicum: En kryddört (basilika) av släktet Ocimum och familjen Lamiaceae. Bladen används färska eller torkade. Syn. basilika.Adenin: En viktig purinbas. I djur- och växtceller förekommer det vanligen kondenserat med ribos eller deoxyribos i nukleosiderna adenosin och deoxyadenosin. Det är således en komponent i nukleinsyror, vissa nukleotider och många koenzymer. Det finns i bukspottkörteln och mjälten.Transkription, genetiskHistonkod: De specifika mönstren för proteinmodifikation hos histoner efter translation, t ex histonacetylering, metylering, fosforylering och ubikvitinering på specifika aminosyrarester, som ingår i sammansättning, upprätthållande och modifiering av olika kromatinstrukturfaser, såsom eukromatin och heterokromatin.Fylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.Kromosomala proteiner av icke-histontyp: Nukleoproteiner som i motsats till histoner är syralösliga. De spelar en roll i kromosomernas funktioner; de binder, t ex, selektivt till DNA, stimulerar transkription, vilket leder till vävnadsspecif ik RNA-syntes, och genomgår specifika förändringar som svar på olika hormoner eller växtmitogener.Arkeproteiner: Proteiner från någon arkeart.Protein-D-aspartat-L-isoaspartatmetyltransferasArginin: En essentiell aminosyra som är fysiologiskt aktiv i L-formen. Den har haft diagnostisk användning som indikering på hypofysfunktion.Mutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Guanin: Organisk bas, 6-oxi-2-aminopurin (C5H5N5O). Det ingår i guaninnukleotider.Histondeacetylaser: Deacetylaser som avlägsnar N-acetylgrupper från sidokedjorna till aminosyror i histoner. Några av dessa tillhör proteinfamiljen sirtuiner.Jumonji Domain-Containing Histone DemethylasesDNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Guanosin: En purinnukleosid bestående av guanin bundet via sitt N9-kväve till C1-kolet i ribos. Guanosin ingår i RNA, och dess nukleotider har stor betydelse i ämnesomsättningen.Polycomb Repressive Complex 2Deaminering: Avlägsnande av en aminogrupp (NH2) från en kemisk förening.CellkärneproteinerTranskriptionsfaktorerRNA, transferArabidopsis: Ett släkte blommande växter i den norra tempererade zonen. Arten A. thaliana används för växtgenetiska studier.RNA CapsAminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.DesulfitobacteriumDinukleosidfosfater: En grupp föreningar bestående av en nukleotidmolekyl, till vilken kopplats ytterligare en nukleosid genom fosfatmolekylen eller -molekylerna. Nukleotiden kan innehålla ett antal fosfater.Kromatinimmunprecipitation: En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.OligodeoxiribonukleotiderCellinjeO(6)-metylguanin-DNA-metyltransferasAcetylering: Bildande av acetylderivat.BiokatalysGenetisk prägling: Det varierande fenotyputtrycket hos en gen, beroende på om den är av faders- eller modersursprung, vilket är en funktion av DNA-metyleringsmönstret. Präglade områden har visat sig ha en högre grad av metylering och mindre transkriptionsbenägenhet.MykolsyrorEmbryonala stamcellerDeoxiribonukleas HpaII: Ett typ II-lägesspecifikt deoxiribonukleas. Det känner igen och klyver sekvenserna CCGG och GGCC mellan C och C. HpaII finns hos Haemophilus parainfluenzae. Flera isoschizomerer har identifierats. Syn. typ II-restriktionsenzym. EC 3.1.21.4.Saccharomyces cerevisiae ProteinsEnzymhämmareDäggdjur: Varmblodiga ryggradsdjur hemmahörande i klassen Mammalia, omfattande alla med hårväxt och som diar. Tre stora grupper ingår, placentadäggdjur (med moderkaka) och pungdjur, vilka föder levande avkomma, och kloakdjur, vilka är äggläggande.Saccharomyces cerevisiaeMultigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.Struktur-aktivitet-relationDNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.PlasmiderModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurEvolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.Reglering av genuttryck, enzymer: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i samband med enzymsyntes.TumörcellinjeBakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.MetylaminerAminoglykosider: En grupp bredspektrumantibiotika som framställs ur strålsvampar.Rekombinanta proteinerReglering av genuttryck, utveckling: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under en organisms utvecklingsstadier.Click ChemistryMoraxella: Ett släkte gramnegativa, aeroba bakterier som är i antingen stavform (undersläktet Moraxella) eller klotform (undersläktet Branhamella). Bakterierna parasiterar på slemhinnor hos människor och andra varmblodiga djur.HCT116-celler: En cellinje vars ursprung är humant kolorektalt karcinom.Hela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.Open Reading FramesReglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.Gene Knockdown TechniquesSulfiterDNA-restriktionsenzymer: Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.Chlorella: Orörliga, encelliga grönalger, som kan vara en värdefull protein- och B-vitaminkälla.Arkegenom: Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.Gendeletion: Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.Histokompatibilitetsantigener: En grupp antigener som omfattar såväl MHC-antigener som "minor histocompatibility"-antigener. De förra bestäms genetiskt av MHC. De avgör vävnadstypöverensstämmelse och orsakar avstötningsreaktioner vid transplantationer. De senare är alloantigener som ger en svagare avstötningsreaktion.Rekombinanta fusionsproteinerBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Genuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.ArabidopsisproteinerPolycomb-Group ProteinsTyminMutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Molekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktionEscherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Metyl-CpG-bindande protein 2: Ett DNA-bindande protein som interagerar med metylerade cpg-öar. Det har betydelse för undertryckande av genetisk transkription och är ofta i muterad form i Retts syndrom.Isoenzymer: Strukturellt likartade enzymer med samma katalytiska mekanism, men med olika kemiska, fysikaliska eller immunologiska egenskaper.NukleinsyrakonfigurationRNA, ribosomalt, 23SReglering av genuttryck, tumörer: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i tumörvävnad.KoenzymerRamnosGenuppsättning: En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNAProteinkonfigurationHigh-Throughput Screening AssaysTumörsuppressorgener: Gener som blockerar uttryck av den cancerogena fenotypen. Deras normala uppgift är att hämma celltillväxt. När dessa suppressorgener inaktiveras eller saknas, faller en barriär för normal celltillväxt bort, och ohämmad tillväxt blir möjlig.UridinHaemophilus: Ett släkte av Pasteurellaceae med många arter som förekommer hos djur och människor. Organismerna är gramnegativa, fakultativt anaeroba, kul- eller stavformade, och utan rörelseförmåga.Oxidoreduktaser, N-demetyleringKönsceller: Fortplantningscellerna hos flercelliga organismer.Vitamin B12RNA, budbärarAdenosin: En nukleosid bestående av adenin och d-ribos. Adenosin och dess derivat spelar många viktiga biologiska roller, förutom att ingå i DNA och RNA. Adenosin är en neurotransmittor.Test för genetisk komplementering: Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.Drosophilaproteiner: Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.ZinkfingrarRNA-interferensGene Knockout TechniquesNukleosomerAdenosylhomocysteinasCellkärna: En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.Masspektrometri: En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.DNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.StreptomycesRNA, ribosomaltEukaryota celler: Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.VäxtproteinerModeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Mutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.Proteinstruktur, sekundärRestriktionskartläggningMetioninadenosyltransferas: Ett enzym som katalyserar syntesen av S-adenosylmetionin ur metionin och ATP. EC 2.5.1.6.HEK293 CellsTumörerReglering av genuttryck, växter: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos växter.SalicylaterLäkemedelsutvecklingSpectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-IonizationAlkylering: Ersättning av en aktiv vätejon med en alkylgrupp i en organisk förening.Genuttrycksmönster: Bestämning av det mönster av gener som uttrycks vid den genetiska transkriptionen, såväl under specifika förhållanden som i en specifik cell.RNA, bakterielltOligonukleotiderVäxt-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos växter.EukaryotaMetionin: En svavelhaltig, essentiell aminosyra av betydelse för många kroppsfunktioner. Den bildar tungmetallkelat.UracilTumör-DNA: DNA som finns i tumörvävnad.Histone Deacetylase InhibitorsBacillus subtilis: I jord och vatten vanligt förekommande saprofytisk, grampositiv bakterie.Sekvenshomologi, nukleinsyraHomocystein: En tiolbärande aminosyra som bildas genom demetylering av metionin.DNA, komplementärt: Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.Glutationtransferas: Ett enzym som katalyserar tillägg av alifatiska, aromatiska eller heterocykliska radikaler, liksom även epoxider och arenoxider, till glutation. Bindningen sker vid svavelatomen. Det katalyserar även reduktion av polyolnitrat genom glutation till polyol och nitrit. EC 2.5.1.18.MutantproteinerRNABakteriofager: Virus som infekterar bakterieceller.Bioinformatik: Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser. Genetic LociBakterier: Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.