Metabolic Flux Analysis
Metabolic Flux Analysis (MFA) är en matematisk modellering och beräkningsmetod som används för att bestämma flödet av metaboliter genom ett cellulos eller mikroorganismerts metaboliska nätverk. MFA ger information om hastigheten för olika biokemiska reaktioner under specifika tillväxtförhållanden och kan användas för att undersöka hur celler reglerar sina metaboliska processer i respons på förändringar i tillgängliga näringsämnen, genetiska modifieringar eller andra störningar. Genom att kombinera MFA med data från genomik, transkriptomik och proteomik kan forskare få en mer omfattande förståelse för cellers metabolism och hur den kan påverkas av olika faktorer.
Pentosfosfatbana
I en enkel medicinsk definition, är pentosfosfatbanan (PP-pathway) en biochemisk väg som innebär en serie enzymkatalyserade reaktioner inom cellen. Denna väg spelar en central roll i cellens energihushållning, särskilt under cellandningen (oxidativ metabolism), och är också involverad i syntesen av vissa biologiskt viktiga molekyler som ribose-5-fosfat, som används för att bygga upp DNA och RNA. PP-pathway hjälper också till att reglera nivåerna av oxidativ stress inom cellen genom att producera NADPH, en molekyl som deltar i antioxidativt försvar.
Metabola nätverk och banor
Kol
Citronsyracykel
En rad reaktioner som omfattar oxidation av en acetylgrupp med två kol till koldioxid och vatten i samband med bildande av högenergifosfatbindningar, med hjälp av trikarbonsyraintermediärer.
Kolisotoper
Stabila kolatomer med samma atomnummer som grundämnet kol, men med annan atomvikt. C-13 är en stabil kolisotop.
Isotopmärkning
Biomassa
I vid bemärkelse den totala massan av allt levande; i mer specifik mening massan (i färskvikt eller torrvikt) av en viss organism eller växt inom ett bestämt geografiskt område eller avsedd för ett be stämt ändamål. Ett exempel på biomassa är s k energiskog, som odlas för energiändamål.
Corynebacterium glutamicum
Metabolism
Pyrodruvsyra
Pyruvic acid, also known as 2-oxopropanoic acid, is a key intermediate in several metabolic pathways, including glycolysis and the citric acid cycle. It is a carboxylic acid with an alpha-keto group and has the chemical formula CH3COCOOH. Pyruvic acid plays a crucial role in energy production and can be converted into various other molecules, such as lactic acid or acetyl-CoA, depending on cellular needs and conditions.
Modeller, biologiska
Glykolys
Den process i vilken glukos kataboliseras till två pyrodruvsyramolekyler med bildande av ATP.
Glukos
Glutamin
Masskromatografi-Masspektrometri
Algoritmer
Datorsimulering
Kolibakterie
Carbon Cycle
The carbon cycle is a biogeochemical process describing the circulation of carbon throughout the Earth's systems, including the atmosphere, biosphere, hydrosphere, and geosphere. It involves the exchange of carbon between these reservoirs through various natural processes such as photosynthesis, respiration, decomposition, combustion, and weathering. This cycle is essential for maintaining the global carbon balance and supporting life on Earth.
Odlingsmedia
Varje flytande eller fast preparat som är specifikt avsett för odling, lagring eller transport av mikroorganismer eller andra sorters celler. Olika typer av media, såsom differentierande substrat, selektiva substrat, testsubstrat och definierade substrat, tillåter odling av bestämda mikroorganismer och celltyper. Fasta medier erhålls genom tillsats av agar eller gelatin till flytande substrat.
Reglering av genuttryck, bakterier
Oxaloacetic Acid
Oxaloacetic acid is a key molecule in the Krebs cycle, also known as the citric acid cycle, which is a central metabolic pathway that generates energy through the oxidation of acetyl-CoA derived from carbohydrates, fats, and proteins. Oxaloacetic acid plays a crucial role as both a starting point and an intermediate in this cyclical process, where it helps to convert acetyl-CoA into carbon dioxide and high-energy molecules like ATP, NADH, and FADH2. Additionally, oxaloacetic acid serves as a critical component in the gluconeogenesis pathway, contributing to the synthesis of glucose in the liver during periods of fasting or low carbohydrate intake.
Industriell mikrobiologi
Glyoxylater
Glyoxylate är ett derivat av oxalacetat, som är en tvåcarboxylsyra. Det är en intermediär metabolit i levern hos däggdjur och spelar en roll i leverns metabolism av glykolysintermediärer och aminosyror.
Metabolomik
Metabolomik är ett forskningsområde inom systembiologi som fokuserar på att studera det komplexa nätverket av metabola processer och den kemiska makeupen hos små molekyler, kallade metaboliter, i biologiska system, såsom celler, vävnader eller organismar. Metabolomiken strävar efter att kvantifiera och identifiera alla metaboliter i ett system för att ge en omfattande och detaljerad bild av dess aktuella tillstånd och funktion. Denna globala analys av metabolitprofilen ger information om interaktioner mellan gener, enzymer, metabola vägar och miljöfaktorer, vilket kan användas för att diagnosticera sjukdomar, utveckla personligad medicin och förstå biologiska system på ett djupare plan.
Acetyl-CoA
Jäsning
Energiomsättning
Energiomsättning (energy expenditure) refererar till den totala mängden energi som används av kroppen för att underhålla livsviktiga funktioner, aktivitet och termoreglering. Det inkluderar basal metabolism (energi som behövs för att underhålla organ och celler i vila), aktivitetsenergiomsättning (energi som används under fysisk aktivitet) och termogenes (energi som används för digestion och assimilation av näringsämnen).
Systembiologi
"Systembiologi är ett multidisciplinärt forskningsfält som kombinerar systemteknik, datavetenskap och biologi för att studera och förstå komplexa biologiska system som celler, vävnader och organismer på en systemnivå. Det innebär att man ser på interaktionerna mellan olika delar av ett system, såsom gener, proteiner och metaboliter, för att få en helhetlig förståelse av systemets funktion och beteende."
Pichia
'Pichia' är ett släkte av jästsvampar som tillhör divisionen Ascomycota. Dessa encelliga eller koloniformade svampar förekommer naturligt i olika miljöer, inklusive mark, frukt, grönsaker och däggdjurskroppar. Några arter av Pichia kan vara opportunistiska patogener hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer.
Magnetisk resonansspektroskopi
Glukonater
Glukonogenesis är en metabolisk process där kroppen producerar glukos (en enkel sockerart) från icke-sockermolekyler, ofta aminosyror eller fettsyror. Glukonater är intermediära produkter i denna process och består av en lång kedja av kol, syre och vattenmolekyler som bildas när ett ämne bryts ned och omvandlas till glukos. Detta sker vanligtvis under fastande tillstånd eller när kroppen behöver mer energi än vad den får från kolhydratrik matintag.
Mjukvara
Oxidation-reduktion
Metabolom
Metabolom är det globala profilen av små molekyler, kända som metaboliter, som finns i ett biologiskt system, såsom en cell, vävnad eller organism. Metaboliterna utgör de slutliga produkterna av genetisk expressión, miljöfaktorer och interaktioner mellan dem. Metabolomet ger därför en direkt representation av den fysiologiska tillståndet hos ett system och är därför av intresse inom forskning kring sjukdomar, farmakologisk behandling och personlig medicin.
Metabolic Engineering
Metabolic engineering är ett forskningsområde där man använder tekniker inom molekylärbiologi, genetik och bioinformatik för att systematiskt modifiera metaboliska vägar i celler, med syfte att optimera produktionen av specifika metaboliter eller förändra cellens fenotyp på ett önskvärt sätt. Detta kan exempelvis innebära att introducera nya enzymer eller regulatoriska element i cellen, för att styrka eller försvaga vissa metaboliska reaktioner, eller att blockera oönskade biverkningar. Metabolic engineering används inom flera områden, till exempel för att producera biobränslen, farmaceutiska preparat och industriella kemikalier i celler.