Enzimas de Conjugação de Ubiquitina
Classe de enzimas que forma uma ligação tioester para a UBIQUITINA com a ajuda das ENZIMAS ATIVADORAS DE UBIQUITINA. Transferem a ubiquitina para a LISINA de um substrato proteico com a ajuda das UBIQUITINA-PROTEÍNA-LIGASES.
Ligases
Ubiquitinas
Família de proteínas estruturalmente relacionadas com a ubiquitina. As ubiquitinas e as proteínas semelhantes à ubiquitina participam de várias funções celulares, como a degradação de proteínas e a RESPOSTA A CHOQUE TÉRMICO, conjugando-se a outras proteínas.
Ubiquitina-Proteína Ligases
Classe diversa de enzimas que interagem com as ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA e substratos proteicos específicos da ubiquitinação. Cada membro deste grupo de enzimas tem sua própria especificidade distinta para um substrato e enzima de conjugação de ubiquitina. As ubiquitina-proteína-ligases existem como proteínas monoméricas e como complexos multiproteicos.
Ubiquitina
Peptídeo altamente conservado composto por 76 aminoácidos universalmente encontrado nas células de eucariotos que atua como marcador no TRANSPORTE PROTEICO intracelular e na degradação proteica. A ubiquitina torna-se ativada após várias etapas complexas e forma uma ligação isopeptídica com os resíduos de lisina de proteínas específicas na célula. Estas proteínas "ubiquitinadas" podem ser reconhecidas e degradadas por proteossomos ou serem transportadas para compartimentos específicos na célula.
Complexos Ubiquitina-Proteína Ligase
Complexos enzimáticos que catalisam a ligação covalente da UBIQUITINA a outras proteínas formando uma ligação peptídica entre a GLICINA C-terminal da UBIQUITINA e os grupos alfa-amino dos resíduos de LISINA na proteína. Os complexos desempenham um papel importante na mediação da degradação seletiva das proteínas anormais e de vida curta. O complexo enzimático pode ser quebrado em três componentes que envolvem a ativação da ubiquitina (ENZIMAS ATIVADORAS DE UBIQUITINA), conjugação da ubiquitina ao complexo ligase (ENZIMAS DE CONJUGAÇÃO DE UBIQUITINA) e ligação da ubiquitina ao substrato proteico (UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES).
Ciclossomo-Complexo Promotor de Anáfase
Ubiquitina E3 ligase envolvida inicialmente na regulação da transição da metáfase para anáfase durante a MITOSE por meio da ubiquitinação de PROTEÍNAS DO CICLO CELULAR específicas. A atividade da enzima é fortemente regulada por subunidades e cofatores, que modulam a ativação, a inibição e a especificidade do substrato. O complexo promotor de anáfase, ou o APC-C, também está envolvido na diferenciação dos tecidos na PLACENTA, CRISTALINO e MÚSCULO ESQUELÉTICO, além da regulação pós-mitótica da PLASTICIDADE NEURONAL e da excitabilidade.
Poliubiquitina
Oligômero formado pela sequência de ligação isopeptídica da glicina C-terminal de uma molécula de UBIQUITINA ao resíduo lisina de outra molécula de ubiquitina. É estruturalmente distinto da UBIQUITINA C, que é uma proteína simples contendo uma sequência de peptídeos da ubiquitina arranjados um atrás do outro.
Ubiquitinação
Ato de ligação de UBIQUITINAS a PROTEÍNAS formando complexos ubiquitina-proteína ligase, que marcam as proteínas que deverão ser transportadas para o COMPLEXO ENDOPEPTIDASE PROTEASSOMA, onde ocorre proteólise.
Enzimas Ativadoras de Ubiquitina
Classe de enzimas que cataliza a formação dependente de ATP de uma ligação tioester entre si mesma e a UBIQUITINA. Transfere então, a ubiquitina ativada para uma das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Complexo de Endopeptidases do Proteassoma
Grande complexo de múltiplas subunidades que desempenha um papel importante na degradação da maioria das proteínas nucleares e citosólicas das células eucarióticas. Contém um subcomplexo catalítico de 700 KDa e dois subcomplexos regulatórios de 700 kDa. O complexo digere as proteínas ubiquitinadas e as ativadas via antienzima ornitina descarboxilase.
Sequência de Aminoácidos
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae
Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Saccharomyces cerevisiae
Proteínas Culina
Família de proteínas estruturalmente relacionadas que foram descobertas originalmente pelo seu papel na regulação do ciclo celular em CAENORHABDITIS ELEGANS. Desempenham papéis importantes na regulação do CICLO CELULAR e como componentes das UBIQUITINA-PROTEÍNA LIGASES.
Cisteína Endopeptidases
ENDOPEPTIDASES que têm uma cisteína envolvida no processo catalítico. Este grupo de enzimas é inativado por INIBIDORES DE CISTEÍNO PROTEINASE tais como as CISTATINAS e os REAGENTES DE SULFIDRILA.
Complexos Multienzimáticos
Sistemas de enzimas que funcionam sequencialmente catalisando reações consecutivas ligadas por intermediários metabólicos comuns. Podem envolver simplesmente uma transferência de átomos de hidrogênio ou moléculas de água e podem estar associados com grandes estruturas supramoleculares, como as MITOCÔNDRIAS ou os RIBOSSOMOS.
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
Primeiras técnicas de blindagem desenvolvidas em leveduras para identificar genes que codificam proteínas de interação. As variações são usadas para avaliar interações entre proteínas e outras moléculas. Técnicas de dois híbridos referem-se à análise de interações de proteína-proteína, e as de um e três híbridos, referem-se à análise de interações DNA-proteína e RNA-proteína (ou interações baseadas em ligantes), respectivamente. Técnicas reversas de n híbridos referem-se à análise de mutações ou outras moléculas pequenas que dissociam interações conhecidas.
Proteínas Ligases SKP Culina F-Box
Subgrupo de ubiquitina proteína ligase formadas pela associação de uma proteína com domínio SKP, uma proteína com domínio CULINA e uma proteína com domínio F-BOX.
Ligação Proteica
Domínios RING Finger
Domínio de ligação com zinco definido pela sequência Cisteína-X2-Cisteína-X(9-39)-Cisteína-X(l-3)-His-X(2-3)-Cisteína-X2-Cisteína -X(4-48)-Cisteína-X2-Cisteína, onde X é qualquer aminoácido. O motivo 'RING finger' liga-se a dois átomos de zinco, em que cada átomo de zinco está ligado em forma tetraédrica a quatro cisteínas ou três cisteínas e uma histidina. O motivo também forma uma estrutura unitária com um cruzamento central, presente em muitas proteínas envolvidas em interações proteína-proteína. O acrônimo RING vem de 'Really Interesting New Gene'(Novo Gene Realmente Interessante).
Proteína SUMO-1
Pequena proteína modificadora de 1,5 kDa relacionada com a ubiquitina que pode se ligar covalentemente por meio de uma ligação isopeptídica a várias proteínas celulares. Pode desempenhar um papel no transporte de proteína intracelular e vários outros processos celulares.
Clonagem Molecular
Complexos Endossomais de Distribuição Requeridos para Transporte
Conjunto de subcomplexos proteicos envolvidos no direcionamento de PROTEÍNAS UBIQUITINADAS para as vesículas intraluminais dos CORPOS MULTIVESICULARES e na cisão da membrana durante a formação de vesículas intraluminais, durante a fase final da CITOCINESE e durante o brotamento de vírus envelopados. A maquinaria ESCRT é composta dos produtos proteicos dos genes da classe E de distribuição de proteínas do vacúolo.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
DNA Complementar
DNA complementar de fita única sintetizado a partir de um molde de RNA pela ação da DNA polimerase dependente de RNA. O DNAc (DNA complementar, não DNA circular, não C-DNA) é utilizado numa variedade de experimentos de clonagem molecular assim como servem como uma sonda de hibridização específica.
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Sequência de Bases
Mutação
Proteínas F-Box
Família de proteínas que compartilha os MOTIVOS F-BOX e estão envolvidas com as interações proteína-proteína. Desempenham um importante papel nos processos de ubiquitinação proteica por associação com diversos substratos que, por sua vez, vão resultar em complexos de SCF UBIQUITINA LIGASE. Estas proteínas são mantidas no complexo ubiquitina-ligase via ligação às proteínas com domínio SKP.
Proteínas Inibidoras de Quinase Dependente de Ciclina
Grupo de proteínas do ciclo celular que regulam negativamente a atividade dos complexos CICLINAS/QUINASES CICLINAS-DEPENDENTES. Inibem a evolução do CICLO CELULAR e auxiliam no controle da PROLIFERAÇÃO CELULAR após um estresse genotóxico assim como durante a DIFERENCIAÇÃO CELULAR.
Ciclo Celular
Série complexa de fenômenos que ocorre entre o fim de uma DIVISÃO CELULAR e o fim da divisão seguinte, através da qual o material celular é duplicado, e então, dividido entre as duas células filhas. O ciclo celular inclui a INTERFASE que inclui a FASE G0, FASE G1, FASE S e FASE G2 e a FASE DE DIVISÃO CELULAR.
Proteínas de Transporte
Receptores do Fator Autócrino de Motilidade
Receptores da superfície celular para o fator de mobilidade autócrino, que é a forma secretada da GLUCOSE-6-FOSFATO ISOMERASE. O receptor possui uma composição incomum porque compartilha algumas semelhanças com os RECEPTORES ACOPLADOS À PROTEÍNA G e funciona como uma proteína ubiquitina ligase quando é internalizado.
Especificidade por Substrato
Linhagem Celular
Biopolímeros
Proteínas Recombinantes de Fusão
Proteínas de Ligação a DNA
Processamento de Proteína Pós-Traducional
Qualquer das várias modificações pós-traducionais de PEPTÍDEOS ou PROTEÍNAS catalisadas enzimaticamente na célula de origem. Essas modificações incluem carboxilação, HIDROXILAÇÃO, ACETILAÇÃO, FOSFORILAÇÃO, METILAÇÃO, GLICOSILAÇÃO, ubiquitinação, oxidação, proteólise e a formação de ligações cruzadas e resultam em alterações no peso molecular e na motilidade eletroforética.
Ésteres
Proteínas Nucleares
Células HeLa
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Modelos Moleculares
Dedos de Zinco
Motivos em proteínas de ligação a DNA e RNA, cujos aminoácidos estão dobrados em uma única unidade estrutural em torno de um átomo de zinco. No dedo de zinco clássico, um átomo de zinco está ligado a duas cisteínas e duas histidinas. Entre as cisteínas e histidinas estão 12 resíduos que formam uma ponta de dedo que se liga ao DNA. Através de variações na composição das sequências na ponta do dedo e no número e espaçamento das repetições tandem dos motivos, os dedos de zinco podem formar um grande número de diferentes sítios de ligação específicos para sequências.
Sítios de Ligação
Proteínas de Schizosaccharomyces pombe
Mutagênese
Processo de gerar MUTAÇÃO genética. Pode ocorrer espontaneamente ou ser induzido por MUTÁGENOS.
Fator 6 Associado a Receptor de TNF
Peptídeo Hidrolases
Proteínas Modificadoras Pequenas Relacionadas à Ubiquitina
Classe de proteínas relacionadas estruturalmente de tamanho 12-20 kDa. Modificam covalentemente proteínas específicas de uma maneira análoga à UBIQUITINA.
Retículo Endoplasmático
Sistema de cisternas no CITOPLASMA de grande quantidade de células. Em alguns locais, o retículo endoplasmático é contíguo à membrana plasmática (MEMBRANA CELULAR) ou com a membrana externa do envelope nuclear. Se as superfícies externas das membranas do retículo endoplasmático se encontrarem recobertas por ribossomos, diz-se que o retículo endoplasmático apresenta superfície rugosa (RETÍCULO ENDOPLASMÁTICO RUGOSO); caso contrário, diz-se que sua superfície é lisa (RETÍCULO ENDOPLASMÁTICO LISO).
Reparo do DNA
Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.
Western Blotting
Sequência Conservada
Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.
Motivos de Aminoácidos
Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.
Fatores de Transcrição
Mitose
Mutagênese Sítio-Dirigida
Biblioteca Gênica
Grande coleção de fragmentos de DNA clonados (CLONAGEM MOLECULAR) a partir de um determinado organismo, tecido, órgão ou tipo celular. Pode conter sequências genômicas completas (BIBLIOTECA GENÔMICA) ou sequências complementares de DNA, sendo estas formadas a partir do RNA mensageiro e sem sequências de íntrons.
RNA Mensageiro
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Proteínas Proto-Oncogênicas c-cbl
Domínio Catalítico
Histonas
Pequenas proteínas cromossomais (aproximadamente 12-20 kD) que possuem uma estrutura aberta, não dobrada e ligada ao DNA no núcleo celular através de ligações iônicas. A classificação em vários tipos (histona I, histona II, etc.) baseia-se nas quantidades relativas de arginina e lisina de cada uma.