Endo-1,4-beta-xylanaser
Endo-1,4-beta-xylanase är ett enzym som bryter ned xilan, en hemicellulosa bestående av β(1→4)-länkade xosorideringar, genom att hydrolysera β(1→4)-glykosidbindningarna mellan xoseresenheterna. Detta enzym förekommer naturligt i många mikroorganismer och används kommersiellt inom bland annat pappers- och massaindustrin för att förbättra sakcharifieringen av växtmaterial.
Xylosidaser
Xylella
Xylella är ett släkte av bakterier som orsakar sjukdomar hos växter, särskilt i medelhavsområdet. Den mest kända arten är Xylella fastidiosa, som kan leda till dödlig skador på en rad olika värdväxter, inklusive olivträd, citrusfrukter och druvor.
Xylaner
Chaetomium
Ett släkte askomycetsvampar tillhörande familjen Chaetomiaceae, av ordningen Sordiriales. Många medlemmar bryter ned cellulosa, och vissa är mykotoxiska. De förekommer naturligt på papper och bomullst extilier.
Cellulomonas
Cellulomonas är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba, stavformade bakterier som förekommer i naturen och kan bryta ned cellulosa. De kan orsaka infektioner hos människor, oftast i immunförsvagna individers sår eller andningsvägar.
Interleukin-1beta
Interleukin-1β (IL-1β) är en typ av cytokin, ett signalsubstans som utsöndras av kroppens vita blodkroppar (leukocyter) för att aktivera immunförsvaret och påverka inflammationen i kroppen. IL-1β är involverad i den akuta inflammatoriska svarskedjan och kan orsaka feber, smärta, rödhet och svullnad vid en infektion eller skada.
Paenibacillus
*Paenibacillus* är ett släkte av grampositiva, aerotoleranta stavformade bakterier som tillhör familjen *Paenibacillaceae*. Dessa bakterier förekommer vanligen i jordmån och vattenmiljöer, men kan även påträffas i associering med djur och växter. Släktet innehåller över 180 arter, varav flera har potential att producera industriellt användbara enzymer och metaboliter. Några arter av *Paenibacillus* kan också orsaka infektioner hos människor, särskilt hos immunosupprimierade individer, men de är relativt sällsynta och vanligen svårbehandlade på grund av deras resistens mot antibiotika.
Molekylsekvensdata
Cellulosomer
Cellulosomer refererer til et kompleks af enzymer og strukturelle proteiner som findes hos visse cellulose-spisende mikroorganismer, herunder arter af bakterier fra slægten Clostridium. Cellulosomet er ansvarlig for at dekonstruere celulose, dvs. at nedbryde cellulosemolekyler til simple sukkerstoffer, som mikroorganismen kan absorbere og bruge som energikilde.
Glukan 1,4-betaglukosidas
Ett exocellulas med specificitet för hydrolys av 1,4-betaglukosidbindningar hos 1,4-beta-D-glukaner, vilket leder till fortlöpande avlägsnande av glukosenheter. EC 3.2.1.74.
Enzymstabilitet
Cellulas
Ett enzym som kan isoleras från svampar och bakterier. Det katalyserar endohydrolys av 1,4-beta-glukosidbindningar i cellulosa, lichenin och beta-glukaner i spannmålsväxter. EC 3.2.1.4.
Beta 2-mikroglobulin
Beta 2-mikroglobulin (β2M) är ett litet protein som förekommer naturligt i kroppen och är en komponent i MHC klasse I-molekyler, vilka spelar en viktig roll i immunförsvaret. Det uttrycks också av tumörceller och kan på så sätt användas som markör för aktiv tumörväxt. Höga nivåer av β2M kan hittas vid monoklonala gammopatier, såsom multipel myelom och B-cells lymfom.
Cellulosa
En polysackarid med glukosenheter, bundna som i cellobios. Den utgör huvudbeståndsdelen i växtfibrer; bomull är den renaste naturligt förekommande formen av cellulosa.
Grampositiva icke-sporbildande stavar
Trichoderma
Trichoderma är ett släkte av svampar som främst förekommer i marken och på rotting vegetabiliskt material. De är saprofyter, vilket betyder att de lever av döda organiska substance. Trichoderma-svamparna är välkända för sin förmåga att producera en mängd olika enzymer och metaboliter som kan bryta ned andra svampars cellväggar, vilket gör dem till effektiva biologiska kontrollmedel mot växtsjukdomar. Vissa arter av Trichoderma kan även etablera mutualistiska associationer med växter och bidra till deras tillväxt och hälsa genom att underlätta näringsupptaget och skydda mot patogena svampar.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Xylos
Xylos är ett kolhydrat som är en pentos, en monosackarid med fem kolatomer, och består av en pentosestruktur som innehåller en hydroxylgrupp (-OH) i position 5 istället för en Aldehydgrupp (-CHO), vilket gör att det är en sockeralkohol (en polyol). Xylos förekommer naturligt i vissa vegetabiliska material, såsom trä, spannmål och frukt. Det används också kommersiellt inom livsmedelsindustrin som en sockerersättning och som en råvara för framställning av andra kemikalier.
Aminosyrasekvens
Cellulaser
I en enkel mening kan cellulas eller cellulasen definieras som ett enzymkomplex med kapacitet att bryta ned cellulosaredoxidaser, som är ett viktigt beståndsdel av cellulosamembran hos växter och mikroorganismer. Cellulaser spelar en central roll i celldelning och tillväxt hos dessa organismer, samt har potential att användas inom bioteknik och för produktion av bioenergi. Det är viktigt att notera att termen 'cellulas' kan ha olika betydelser beroende på kontexten, men i detta fallet avses den medicinska/biologiska definitionen.
Penicillium
Penicillium är ett släkte svampar som tillhör divisionen Ascomycota. De är vanligen flervägsformade med en filamentös växtsätt, vilket betyder att de bildar ett nätverk av trådliknande strukturer som kallas mycel. Många arter av Penicillium producerar ämnen som är användbara inom medicinen, till exempel penicillin, ett antibiotikum som har haft en stor betydelse för behandlingen av bakteriella infektioner.
Betaglukosidas
beta-adrenerga receptorer
Beta-adrenergiska receptorer är en typ av G-proteinkopplade receptor som aktiveras av katekolaminer, såsom adrenalin och noradrenalin. När ett katekolamin binder till en beta-adrenergg receptor utlöses en signaltransduktionsväg som leder till cellulära svar som exempelvis ökad hjärtfrekvens, bronkiodilation och glukosutilisering. Det finns tre huvudsakliga undertyper av beta-adrenerga receptorer: beta-1, beta-2 och beta-3, vilka varierar i distributionsmönster och funktion i kroppen.
Bassekvens
Beta3-integrin
En beta-integrinunderenhet med en storlek av ca 85 kD som identifierats i heterodimerer innehållande alfaIIB-integrin och alfaV-integrin. Beta3-integrin uppträder i tre olika splitsade isoformer, vilka benämns beta3A-C.
Kloning, molekylär
Mannosyl-glykoprotein-endo-beta-N-acetylglukosaminidas
Prevotella
Prevotella är ett släkte av gramnegativa, anaeroba bakterier som förekommer naturligt i människans mun, tarm och vagina. Prevotella-bakterier kan också påträffas i slemhinnor i andningsvägar och i huden. Vissa arter av Prevotella kan orsaka infektioner när de överväxer normalt förekommande bakterier eller när de tränger in i kroppens vävnader genom skador eller operationer. Infektioner som orsakas av Prevotella kan vara odontogen (tandrelaterade), luftvägsinfektioner, blodförgiftning och infektioner i kvinnans underliv.
Bacillus
Isoptera
Hypocrea
Ett svampsläkte i familjen Hypocreales. Till anamorferna hör Trichoderma.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Clostridium
Modeller, molekylära
Sarcoplasmic Reticulum Calcium-Transporting ATPases
Triticum
'Triticum' är ett släkte inom gräsfamiljen (Poaceae) och omfattar flera arter som vanligtvis kallas vetefgräs eller vete. Det mest odlade arten av Triticum är vetesläktet, Triticum aestivum, som är en allopolyploid art med tre olika arter som förfäder. Vete är en av de äldsta och viktigaste grödorna i världen och används till att producera mjöl för bröd och andra bakverk, pasta, matförädling och djurfoder.
Streptomyces
Streptomyces är ett släkte av grampositiva, strikt aeroba bakterier som tillhör ordningen Actinomycetales. Dessa bakterier är kända för sin förmåga att producera en rad olika antibiotika och andra bioaktiva metaboliter, vilket gör dem viktiga inom biomedicinsk forskning. Streptomyces-arterna har en komplex livscykel som inkluderar sporbildande hyfer och vegetativa mycel. De förekommer naturligt i en rad olika miljöer, till exempel jord, vatten och på levande växter.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Transforming growth factor beta
Transforming Growth Factor Beta (TGF-β) är ett protein som fungerar som en cytokin och signalmolekyl involverad i cellväxth, celldelning, cellifferentiering, apoptos och extracellulär matrisproduktion. Det finns tre isoformer av TGF-β hos människor: TGF-β1, TGF-β2 och TGF-β3. Dessa proteiner binder till sina respektive receptorer på cellytan och aktiverar en signalkaskad som reglerar genuttrycket relaterat till cellcykeln och andra cellulära processer. TGF-β spelar också en viktig roll i embryonal utveckling, angiogenes, fibros och immunsuppression.
Pseudomonas fluorescens
"Pseudomonas fluorescens" är en grampositiv, aerob bakterie som naturligt förekommer i vatten och jordmån. Den är känd för sin förmåga att producera ett blått-grönt fluorescerande pigment under optimala tillväxtförhållanden, men detta är inte alltid synligt. Bakterien kan orsaka infektioner hos människor, framförallt hos immunosupprimierade individer, men den ses sällan som en patogen i kliniska sammanhang. Den kan också vara en förorenare inom livsmedelsindustrin och orsaka fördärv av produkter.
Disackarider
Oligosackarider
Oligosaccharides are complex carbohydrates consisting of a small number (typically 2-10) of simple sugars, or monosaccharides, linked together by glycosidic bonds. They occur naturally in a variety of foods and also serve important functions in the human body, such as acting as recognition sites for cell-cell communication and promoting the growth of beneficial gut bacteria.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Bindningsplatser
Glykosider
Varje förening innehållande ett socker, i vilket den hydroxylgrupp som är kopplad till det första kolet ersatts med en alkohol-, fenol- eller annan grupp. De benämns utifrån det socker de innehåller, som t ex glukosid (glukos), pentosid (pentos), fruktosid (fruktos) osv. Vid hydrolys bildas en sockerdel och en icke-sockerdel (aglykon).