EMSA: En elektroforesteknik avsedd för undersökning av bindning av en förening till en annan. Det vanliga är att en förening märks för att dess vandring skall kunna följas under elektroforesen. Om den märkta föreningen binds av en annan kommer förflyttningen genom elektroforesmediet att bromsas ned.Promotorregioner, genetikBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.DNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.TranskriptionsfaktorerTranskription, genetiskBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Sp1-transkriptionsfaktorProteinbindningNF-kappa BDNA-fotavtryck: En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.Reglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Trans-Activation (Genetics)ResponselementRapportörgener: Gener som uttrycker sig på ett lätt påvisbart sätt och därför används för att studera promotoraktivitet på många platser i ett målgenom. Inom rekombinant DNA-teknik kan dessa gener kopplas till ett promotorområde av intresse.TransfektionCellkärneproteinerTranskriptionsfaktor AP-1RNA, budbärarLuciferaser: Enzym som oxiderar vissa luminiscerande ämnen så att de avger ljus (fysisk luminiscens). Luciferaser från olika organismer har utvecklats olika under evolutionen. EC 1.13.12 (?).CellinjeTransaktivatorerSp3-transkriptionsfaktorCellkärna: En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.Regulatoriska sekvenser, nukleinsyraElektrofores: En elektrokemisk process, där makromolekyler eller kolloidala partiklar med en elektrisk nettoladdning vandrar i en lösning, som leder en elektrisk ström.Celler, odlade: Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.Förstärkare, genetiska: Cis-verkande DNA-sekvenser med förmåga att öka geners transkriptionskapacitet. Förstärkarna verkar vanligtvis både uppströms och nedströms och på olika avstånd från en promoter.RepressorproteinerKonsensussekvens: En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.Reglering av genuttryck, enzymer: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i samband med enzymsyntes.5' Flanking RegionTumörceller, odladeDNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Reglering av genuttryck, bakterier: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.OligodeoxiribonukleotiderKloramfenikol-O-acetyltransferas: Ett enzym som katalyserar acetyleringen av kloramfenikol till kloramfenikol-3-acetat. Då kloramfenikol-3-acetat inte binder till bakterieribosomer och inte hämmar peptidyltransferas, är enzymet ansvar igt för naturligt förekommande kloramfenikolresistens hos bakterier. Enzymet, som har varianter, påträffas hos både gramnegativa och grampositiva bakterier. EC 2.3.1.28.USF-transkriptionsfaktorerMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Deoxiribonukleas I: Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.C-EBP: En klass av proteiner som ursprungligen påvisades för sin förmåga att binda till DNA-sekvensen CCAAT. Det typiska CCAAT-förstärkarebindande proteinet bildar dimerer och består av en aktiveringsdomän, en DNA-bindande grundregion och en leucinrik dimeriseringsdomän (leucinzipper). CCAAT-bindande faktor är en strukturellt distinkt typ av CCAAT-förstärkarebindande protein (C/EBP), bestående av en trim er av tre olika underenheter.Mutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Hela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.PlasmiderAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Blotting, Western: Blot-metod för identifiering av proteiner eller peptider som separerats med elektrofores och överförts till nitrocellulosastrimlor och sedan påvisas med hjälp av radioistopmärkta antikroppar.Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Kromatinimmunprecipitation: En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.I-kappa B-proteinerNF-kappa B p50 underenhetOligonukleotiderCCAAT-bindande faktor: Ett heterotrimeriskt DNA-bindande protein som binder till CCAAT-funktionssekvenser i promoterdelarna av eukaryota gener. Det består av tre underenheter: A, B och C.Polyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.Rekombinanta fusionsproteinerSignalomvandlingTranskriptionsfaktor ReIAOmvänt transkriptaspolymeraskedjereaktionSekvensdeletionProtonkogenproteiner c-junOct-1-transcriptionsfaktorHomeodomänproteiner: Proteiner som kodas av homeoboxgener och som uppvisar strukturella likheter med vissa prokaryota och eukaryota DNA-bindande proteiner. Homeodomänproteiner medverkar i regleringen av genuttryck i samband med morfogenes och utveckling.cAMP-responsivt elementbindande protein: Ett protein som visat sig verka såväl som en kalciumstyrd transkriptionsfaktor som substrat för depolariseringsaktiverade kalciumkalmodulinberoende proteinkinaser I och II. Proteinet integrerar både kalcium- och cAMP-signaler.Kloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.TumörcellinjeUppregleringTranskriptionsfaktor AP-2Rekombinanta proteinerProtonkogenproteiner c-etsSekvenshomologi, nukleinsyraBidning, kompetitivTranscription Initiation SiteEGR1-transkriptionsfaktorGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.TiokarbamaterFosforylering: Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.OligonukleotidsonderTumörnekrosfaktor-alfaProtonkogenproteiner c-ets-1Nedreglering: En negativ regleringseffekt på de fysiologiska processerna på molekylär, cell- eller systemnivå. På molekylär nivå utgörs de viktigare reglerplatserna av membranreceptorer, gener (genuttrycksreglering), mRNA (budbärar-RNA) och proteiner.Blotting, Northern: Påvisande av RNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon.Dimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.ZinkfingrarHost Cell Factor C1Blotting, SouthwesternArtificiell genfusion: Sammanfogning av strukturella gener för analys av proteinbeteende, eller sammanfogning av reglersekvenser med strukturella gener för att fastställa reglermekanismer.NF1-transkriptionsfaktorerGendeletion: Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.YYY1-transkriptionsfaktorProtonkogenproteinerE-Box Elements3T3-celler: En cellinje som härstammar från fibroblaster från särade embryon av schweiziska möss. Linjen är ett värdefullt in vitro-värdsystem förtransformationsstudier av onkogena virus, eftersom 3T3-celler besi tter hög känslighet för kontaktinhibition.Kärnreceptorer: Proteiner i cytoplasman eller cellkärnan som specifikt binder signalmolekyler och utlöser förändringar som påverkar hur celler beter sig. De största grupperna är steroidhormonreceptorerna, som normalt finns i cytoplasman, och sköldkörtelhormonreceptorerna, som normalt finns i cellkärnan. Receptorer, till skillnad från enzym, katalyserar vanligtvis inte kemiska förändringar i sina ligander.Erythroid-Specific DNA-Binding FactorsReglering av genuttryck, virus: De processer genom vilka cytoplasmatiska faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos virus.IE-proteiner: Proteiner som kodas av IE-gener, då de novo-proteinsyntes inte föreligger. Termen användes ursprungligen för reglerproteiner som syntetiserades hos virus omedelbart efter virusupptagning i värdcellen. Begreppet används även för cellulära proteiner som syntetiseras omedelbart efter att en vilande cell stimulerats av extracellulära signaler.HMG-proteiner: En familj icke-histonproteiner med låg molekylvikt som finns i kromatin.TATA-boxGA-bindingproteinInterleukin-1: En löslig faktor som produceras av monocyter, makrofager och andra celler, och som aktiverar T-lymfocyter och förstärker deras svar på mitogener eller antigener. IL-1 består av två distinkta former, IL-1 alfa och IL-1 beta, som har samma funktioner, men utgör distinkta proteiner. De biologiska effekterna av IL-1 omfattar förmågan att ersätta makrofagbehovet för aktivering av T-celler. Faktorn skiljer sig från interleukin-2.Protonkogenproteiner c-fosRegulonReglering av genuttryck, tumörer: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten i tumörvävnad.DNA-mutationsanalys: Biokemisk identifiering av mutationsförändringar i en nukleotidsekvens.RNA-bindande proteinerC-EBP beta: Ett CCAAT-förstärkarebindande protein (CCAAT-enhancer-binding protein beta) i lever, tarmar, lungor och fettvävnad. Det är en viktig förmedlare av interleukin-6-signalering.5`otolkade områden: Den sekvens vid 5´-änden av budbärar-RNA som inte kodar för något. Sekvensen innehåller ribosomens bindningsställe samt andra transkriptions- och translationsreglerande sekvenser.Aktiverande transkriptionsfaktor 1DNA, komplementärt: Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.SteroidreceptorerSekvensinpassningProteinstruktur, tertiärUpprepade sekvenser, nukleinsyraBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.PlicamycinDos-responskurva, läkemedel: Förhållandet mellan läkemedelsdos och kroppens/organismens gensvar på medlet.DNA-sonder: Art- eller underartspecifikt DNA (inkl. komplementärt DNA, bevarade gener, hela kromosomer eller hela genom), vilket används i hybridiseringsstudier för att identifiera mikroorganismer, mäta DNA-DNA-homologier, gruppera underarter osv. DNA-sonden hybridiseras med specifikt mRNA, om sådant finns. Konventionella metoder för påvisande av hybridiseringsprodukten omfattar dot blot-test, Southern blot-test och DNA:RNA-hybridspecifika antikroppstest. Konventionell märkning av DNA-sonden sker med radioisotoperna 32P och 125I, eller med den kemiska markören biotin. DNA-sondtekniken utgör ett specifikt, känsligt, snabbt och billigt alternativ till cellodlingsmetoder för diagnostisering av infektionssjukdomar.Mutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.TetradekanoylforbolacetatNukleinsyrakonfigurationHepatocyte Nuclear Factor 4Kolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Råttor, Sprague-DawleyKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.RNACOUP-transkriptionsfaktorerRetinoid X-receptorerBHLHLZ-transkriptionsfaktorerOperonReglergener: Gener som reglerar eller begränsar andra geners aktivitet, i synnerhet gener som kodar för proteiner (repressor- och aktivatorproteiner), vilka styr den genetiska transkriptionen av strukturella eller reglerande gener.Receptors, Retinoic AcidLipopolysackarider: Fettbärande polysackarider som är endotoxiner och viktiga gruppspecifika antigen. De kommer ofta från cellväggen på gramnegativa bakterier och framkallar utsöndring av immunglobuliner. Lipopolysackaridmolekylen består av tre delar: lipid A, kärnpolysackarid och O-specifika kedjor (O-antigen). Lipopolysackarider från Escherichia coli används ofta som polyklonala B-cedllsmitogen i laboratorieimmunologi.EnzymhämmareTidsfaktorerVirusproteinerLever: Stort organ i bukhålan med flera viktiga ämnesomsättningsfunktioner.SköldkörtelhormonreceptorerPyrrolidinerPolymeraskedjereaktionSTAT1-transkriptionsfaktorPodofyllinFosfoproteinerIRF-1-transkriptionsfaktorBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.RNA, Small InterferingHNF-3beta-proteinFibroblaster: Bindvävsceller som utsöndrar en extracellulär massa rik på kollagen och andra makromolekyler.EnzyminduktionSTAT3-transkriptionsfaktorInterleukin-8: Ett cytokin som aktiverar neutrofiler och attraherar neutrofiler och T-lymfocyter. Det frisätts av flera olika celltyper, bl a monocyter, makrofager, T-lymfocyter, fibroblaster, endotelceller, samt keratinocyter genom inflammatorisk stimulering. IL-8 är en medlem av superfamiljen beta-tromboglobuliner och strukturellt besläktad med trombocytfaktor 4.Nötkreatur: Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.Operator Regions, GeneticY-Box-Binding Protein 1Gångsvårigheter: Besvär med att gå från plats till plats.bZIP-proteinerSekvenshomologi, aminosyraImmunoblot: Immunologisk metod för påvisande eller kvantifiering av immunreaktiva ämnen. Modeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.NFATC-transkriptionsfaktorerPrecipitintesterCelldifferentiering: Fortskridande begränsning av utvecklingsförmågan och tilltagande specialisering av funktioner som sker under embryots utveckling och som leder till bildandet av specialiserade celler, vävnader och org an.Bärarproteiner: Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.Mitogenaktiverade proteinkinaser: En överordnad familj av protein-serin-treoninkinaser som aktiveras av olika stimuli via proteinkinaskaskader. De utgör slutprodukterna i kaskaderna, som utlöses av fosforylering genom mitogenaktiverade proteinkinaskinaser, vilka i sin tur aktiveras av mitogenaktiverade proteinkinaskinaskinaser. EC 2.7.11.24.GATA2-transkriptionsfaktorIsoenzymer: Strukturellt likartade enzymer med samma katalytiska mekanism, men med olika kemiska, fysikaliska eller immunologiska egenskaper.Apoptos: En av de två formerna av celldöd. Till skillnad från den patologiska processen nekros är apoptos en biologiskt programmerad process, ansvarig för en fysiologisk likvidering av celler. Denna typ av cel ldöd tjänar som en motvikt mot mitos och utgör ett led i regleringen av vävnaders tillväxt och storlek.Introner: Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.Epitelceller: Celler som täcker kroppens inre och yttre ytor.Kväveoxidsyntas typ II: En kalciumberoende undertyp av kväveoxidsyntas som möjligen spelar en roll i immunsystemet. Det är ett tillfälligt enzym, som kommer till uttryck genom transkriptiv reglering från olika cytokiner. EC 1.14.13.39.Virus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.Kärlendotel: Ett enkelt, täckande lager av celler som bekläder de inre ytorna av hela kärlsystemet och reglerar transporten av makromolekyler och blodkomponenter från vävnad till lumen. Denna funktion har kunnat studeras i detalj i kapillärkärl.COS-celler: Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.Aktiverande transkriptionsfaktor 2Cyklooxygenas 2Kruppelproteinliknande transkriptionsfaktorer: En familj zinkfinger-transkriptionsfaktorer som delar homologi med Kruppelprotein hos Drosophila. De innehåller en väl bevarad mellansekvens av sju aminosyror mellan zinkfingrarna.Nukleär respiratorisk faktor 1HNF1-alfa-proteinInterleukin-6: En faktor som stimulerar tillväxt och differentiering av mänskliga B-celler och som även verkar som tillväxtfaktor för hybridom och plasmacytom. Interleukin-6 produceras av många olika celler, som t ex T-celler, monocyter och fibroblaster.Two-Hybrid System TechniquesProteinbiosyntesNukleära respiratoriska faktorerjun-gener: Retrovirus-associerade DNA-sekvenser (jun) som ursprungligen isolerades från fågelsarkomvirus 17 (ASV 17). Protoonkogenen jun (c-jun) kodar för ett kärnprotein som ingår i tillväxtrelaterad transkriptionskontroll. Tillförsel av c-jun till ASV 17 eller naturligt uttryckande av c-junproteinet framkallar cancerogenicitet. Hos människa är c-jungenen belägen vid 1p31-32 på den korta armen på kromosom 1.BetagalaktosidasProtonkogenproteiner c-mybFushi tarazu-transkriptionsfaktorerMolekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.Enzymaktivering: Omvandling av en inaktiv enzymform till en med metabolisk aktivitet, vilket inkluderar: 1) jonaktivering (aktivatorverkan); 2) kofaktor-/koenzymaktivering; 3) omvandling av enzymprekursor (proenzym eller zymogen) till aktivt enzym.ProteinerMembranproteiner: Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.Steroidogenic Factor 1Helix-ögla-helixmotiv: Upprepade supersekundära strukturer med 20 aminosyror, hopveckade till två alfaspiraler som sammanbinds med ett ovridet öglesegment. De återfinns i många sekvensspecifika DNA-bindande proteiner och kalciumbindande proteiner.POU-domänfaktorerCellinje, transformerad: Eukaryotisk cellinje framtagen under en stabil fas, som vid odling övergår i en fas av ohämmad tillväxt, påminnande om en in vitro-tumör. Förändringen sker spontant eller genom inverkan av virus, onko gener, strålning eller kemiska substanser.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.ProteinisoformerRestriktionskartläggningTumörproteinerJurkatceller: En cellinje som härrör från human T-cell-leukemi och som används för att bestämma mekanismen för differentierad känslighet för cancermedel och strålning.3` otolkade områden: Sekvensen vid 3´-änden av budbärar-RNA som inte kodar för något. Detta område innehåller transkriptions- och translationsreglerande sekvenser.GATA4-transkriptionsfaktor