Disulfider
Sulfhydrylföreningar
Sulfhydrylgrupper, eller mer korrekt sulfhidrylgrupper, är en funktionell grupp inom kemi och biokemi som består av en svavelatom (S) bindd till ett väteatom (H) med en covalent enkelbindning. Den vanligaste förekomsten av denna grupp i levande system är när den är bunden till en kolatom i en organisk molekyl, och skrivs därför ofta som -SH. Sulfhydrylgrupper finns naturligt i vissa aminosyror, såsom cystein, och har betydelse för proteiners struktur och funktion genom att bilda disulfidbroar (-S-S-) med varandra eller binda till andra svavelhaltiga molekyler som koenzym A.
Glutaredoxiner
Glutaredoxin (Grx) är ett enzym som tillhör den familj av proteiner som kallas thioredoxin-liknande antioxidanter. Grx är involverat i cellens reduktiva processer och hjälper till att reglera cellers oxidativ stress genom att reducera disulfidbryggor i proteinerna och på så sätt återställa deras funktion. Det gör detta med hjälp av glutation, ett tripeptid som består av cystein, glycin och glutaminsyra, som en kofaktor. Grx är viktigt för cellens homeostas och har visat sig vara involverade i flera cellulära processer såsom signaltransduktion, DNA-reparation och proteinsyntes.
Glutationdisulfid
Cystein
En tiolhaltig, icke-essentiell aminosyra som vid oxidation bildar cystin.
Ditiotreitol
Proteindisulfidisomeraser
Proteindisulfidisomeraser (PDI) är en grupp enzymer som hjälper till att folda proteiner korrekt genom att katalysera oxidationen av sulfhydrylgrupper (-SH) till disulfidbindningar (-S-S-) mellan två cysteinrestaur i samma protein. Denna process är viktig för stabiliseringen av proteinstrukturen och funktionen hos många proteiner, särskilt inom det endoplasmatiska retiklet (ER). PDI-enzymet kan även agera reduktivt och bryta ned disulfidbindningar när det behövs för korrekt proteinfoldning.
Cystamin
Oxidation-reduktion
Cystin
Glutation
Tioredoxiner
Tioredoxiner är en familj av låtmolekulära protein som har antioxidativ funktion och bidrar till att reducera och oxidera andra molekyler i cellen. De består av två huvudsakliga former: tioredoxinreduktas och tioredoxinperoxidas. Tioredoxiner hjälper till att reglera cellers oxidativa status och är involverade i en rad cellulära processer, inklusive celldelning, signalering och apoptos (programmerad celldöd). De kan också ha en skyddande effekt mot skada från fria radikaler och andra reaktiva syremolekyler.
Ditionitrobensoesyra
Ett standardreagenspreparat för bestämning av reaktiva sulfhydrylgrupper med absorbansmätning. Det används ffa för bestämning av sulfhydryl- och disulfidgrupper i proteiner. Den färg som framträder beror på bildandet av en tioanjon, 3-karboxyl-4-nitrotiofenolat.
Malatdehydrogenas (NADP+)
Proteinveckning
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
Diamid
Ett sulfhydrylreagens som oxiderar sulhydrylgrupper till disulfidform. Det är ett ämne med strålningsretande effekt på bakterie- och däggdjursceller.
Oxidoreduktaser
Heterocykliska föreningar med ringbryggor
Oxidoreductases Acting on Sulfur Group Donors
'Oxidoreductases acting on sulfur group donors' är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som katalyserar oxidationsreaktioner där svavelgruppen i en molekyl agerar som elektrondonator. Dessa enzymer delas in i underklasser baserat på vilka specifika svavelgrupper de agerar på, till exempel sulfid-, tiol- eller disulfidgrupper. Deras huvudsakliga funktion är att hjälpa till med cellens energiproduktion och detoxifiering av främmande ämnen genom att oxidera svavelgruppen i en molekyl, vilket ofta innebär att en svavelatom byts ut mot en syreatom.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Ditioerytritol
En förening som, tillsammans med sin isomer ditiotreitol (Clelands reagens), används för att skydda sulfhydrylgrupper från att oxideras till disulfider och för reduktion av disulfider till sulfhydrylgrupper.
Aminosyrareceptorer
Aminosyreceptorer är en typ av receptor som binder specifika aminosyror och aktiveras av dem. Dessa receptorer spelar en viktig roll inom signalsubstansernas överföring i nervsystemet, där de fungerar som sensoriska receptorer för neurotransmittor som är aminosyrader, såsom glutamat och GABA (gamma-aminobutyric acid). Aminosyrereceptorerna kan också hittas på cellytan hos andra celltyper än nervceller, där de reglerar olika cellulära processer som tillväxt, differentiering och apoptos.
Merkaptoetanol
Merkaptoetanol, även känt som beta-merkaptoetanol, är ett reducerande agens med den kemiska formeln HOCH2CH2SH. Det innehåller en thiolgrupp (-SH) och används ofta inom biokemi för att bryta disulfidbindningar mellan cysteiner i proteiners tresdimensionella struktur, vilket gör det lättare att behandla och studera dem.
Aminosyrasekvens
Isomeraser
Sulfider
I en enkel medicinsk definition, är "sulfider" kemiska föreningar som innehåller svavelatomer (S) i sin molekylstruktur, vanligtvis bundna till kol (C) i organiska sulfider eller till metaller i metalloorganiska sulfider. Organiska sulfider kan också benämnas "tioeter" och förekommer naturligt i vissa livsmedel som exempelvis vitlök och lök. Vissa sulfider kan ha farmakologisk aktivitet och användas inom medicinen, medan andra kan vara skadliga eller toxiska i högre koncentrationer.
Tioredoxin-disulfidreduktas
Tioredoxin-disulfidreduktas är ett enzym som hjälper till att reducera, eller sänka, nivåerna av oxiderad tioredoxin i celler. Tioredoxin spelar en viktig roll i celldefenssystemet genom att hjälpa till att reglera cellers oxidativa status och underlätta neutraliseringen av skadliga fria radikaler. Tioredoxin-disulfidreduktas är ett väsentligt enzym för att hålla tioredoxinsystemet i balans, och störningar i dess funktion har visats vara relaterade till olika sjukdomstillstånd, inklusive cancer och neurodegenerativa sjukdomar.
Sulfhydrylreagens
Ett sulfhydrylreagens är en kemisk substans som reagerar specifikt med sulfhydrylgrupper (-SH), även kända som tioler, i proteiner eller andra biomolekyler. Dessa reagens används ofta inom biokemi och medicin för att undersöka struktur och funktion hos proteinmolekyler, blockera deras aktivitet eller för att modifiera deras egenskaper. Exempel på sulfhydrylreagens inkluderar arseniktrioxid, p-kloromercuribenzoat och N-ethylmaleimid.
Jodacetater
Joderade derivat av ättiksyra. Jodacetater används vanligen som alkylerande sulfhydrylreagensmedel och enzymhämmare i biokemisk forskning.
Molekylsekvensdata
Jodättiksyra
Samlingsterm för jodättiksyra och dess salter och derivat. Syran reagerar med cystein(-SH)-grupper och bildar ett karboximetylerat protein, och används som enzymhämmare i biokemisk forskning.
Merkaptoetylaminer
Merkaptoetylaminers är en grupp organiska sulfurhaltiga föreningar som innehåller en thiolgrupp (-SH) och en primär aminogrupp (-NH2). De är kända för deras förmåga att agera som reduktanter, vilket betyder att de kan ge ifrån sig elektroner och hjälpa till att bryta ned disulfidbinder i proteiner. Merkaptoetylaminers har potentialen att användas inom områden såsom medicin, kosmetik och livsmedelsindustri.
Etylmaleimid
Ett sulfhydrylreagens med utbredd användning i experimentella, biologiska studier.
Sulfinsyror
Sulfinsyror är organiska sulfurföreningar som innehåller en funktionell grupp med strukturen R-S(O)H, där R är en organisk rest och S(O)H är en sulfin syrefunktion. De kan betraktas som delvis oxiderade derivat av tioler (även kända som svaveletsyror), med en syrareaktivitet jämförbar med alkoholer.
Högtrycksvätskekromatografi
Fosfiner
Pankreatisk ribonukleas
Modeller, molekylära
Pantetein
Pantothenat, även känt som vitamin B5, är ett vattenlösligt vitamin som spelar en central roll i cellernas metabolism. Det är en essentiell komponent i koenzym A (CoA), som är involverad i flera metabolsra processer såsom syntesen av fettsyror, kolesterol och neurotransmittorer, samt nedbrytningen av kolhydrater och fetter till energibärande molekyler. Pantothenat förekommer naturligt i många livsmedel som kött, fisk, grönsaker, frukt och spannmål.
Sukralfat
Sukralfat är ett medel som används vid behandling av sårbarhet, smärta och ulceration i mag-tarmkanalen, genom att skydda slemhinnan och stimulera läkning. Det är en basiskt joniskt komplex polymer av sockerarten sukros, som bildar ett skyddande skikt över slemhinnan och neutraliserar den sura miljön i mag-tarmkanalen.
Kobraneurotoxiner
Toxiner i kobraormars (Naja) gift som blockerar kolinerga receptorer. Två specifika proteiner har beskrivits, ett litet (kort, typ I) och ett stort (långt, typ II). Dessa finns också i giftet hos andr a elapidarter.
Reduktanter
I medicinen, refererer ‘reduktanter’ til en klasse af enzymer som hjælper med at katalyse kemiske reaktioner, der involverer nedbrydning (reduktion) af substrater gennem at fjerne en eller flere hydrogenatomer og/eller at tilføje en ilt-atom. Disse enzymer er vigtige for mange biologiske processer, herunder cellemetabolisme og nedbrydning af xenobiotiske stoffer i leveren.
Spermiemognad
"Spermiogenese" refererer til den biologiske proces, hvor spermatider (ofølende, umodne spermaceller) undergår morfologiske ændringer for at blive modne spermatozoïder (spermaceller). Denne proces involverer kondensation af kromosomer, udskilles af cytoplasma, dannelse af en akrosom (en membranstruktur indeholdende enzymer), og formation af en flagel (et hale-lignende struktur) til at bevæge sig. Spermiogenesen er en vigtig del af spermacecelledannelse, der finder sted i testiklerne som en del af reproduktionssystemet hos manden.
Protein engineering
Protein engineering är ett samlingsbegrepp för de metoder och tekniker som används för att skapa, utveckla och justera proteiner med önskade egenskaper genom direkt manipulation av deras aminosyrasekvens och/eller tertiärstruktur. Detta kan uppnås genom användning av molekylärbiologiska tekniker, såsom mutagenes, rekombinant DNA-teknik och strukturbaserad design, för att skapa gener med önskade modifieringar som sedan exprimeras som proteiner med nya eller förbättrade funktioner.
Kolibakterie
Proteinstruktur, sekundär
Katalys
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Proteindenaturation
Protein denaturering refererar till processen där ett protein förlorar sin naturliga, biologiskt funktionella konformation och tredimensionell struktur som resulterar från att den korrekta sekvensordningen av aminosyror i polypeptidkedjan störs. Detta kan orsakas av faktorer såsom förändringar i pH, temperatur, koncentrationen av salt eller organiska lösningsmedel, mekanisk påverkan eller exponering för kemiska substanser som t.ex. detergenter eller lösningsmedel. När ett protein denatureras kan det bli mer benäget att aggregera och bilda insolubila klumpar, vilket kan leda till förlust av dess funktionella kapacitet. Det är värt att notera att proteiner ofta kan delvis eller fullständigt återfå sin ursprungliga konformation och funktion om de exponeras för normala villkor igen, men i vissa fall kan denaturering vara permanent och leda till
Masspektrometri
Neurofysiner
Neurofysiner är proteiner som påträffas i nervceller (neuron) och har en viktig roll vid transporten av signalsubstanser, neurotransmittorer, inom cellen. De hjälper till att transportera neurotransmittorerna från kroppen av neuronen till dess synapser, det vill säga de platser där nervcellen kommunicerar med andra celler. Neurofysinerna bidrar också till att reglera frisättningen av signalsubstanser i synapsen.
Rhodium
I den medicinska kontexten refererar "Rhodium" vanligtvis till ett sällsynt ädelmetall som används inom medicinen, specifikt inom den interventionskardiologiska behandlingen av hjärtkranskärlssjukdom. Rhodium-belagda stents är en typ av koronarstent (ett rörliknande stöd) som placeras inuti ett kärl för att hålla det öppet och återställa blodflödet.
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
S-nitrosotioler
S-nitrosotioler är organiska föreningar som innehåller en funktionell grupp där ett kväveatom i en nitrosogrupp (–NO) är kovalent bundet till en svavelatom i en tiolgrupp (–SH). Detta fenomen, känt som S-nitrosation, kan ha betydelse för cellsignalering och skydd mot oxidativ skada, men kan också vara associerat med negativa effekter såsom celldöd och sjukdom.
Proteiner
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Proteinstruktur, tertiär
Natriumhydroxid
Natriumhydroxid, även känt som kaustisk soda, är ett starkt basiskt ämne som används inom flera olika industrier, bland annat för att producera pappersmassor och tvättmedel. Det har den kemiska formeln NaOH och reagerar starkt med syror. Natriumhydroxid är en vit, fast substans som löser sig mycket väl i vatten och kan orsaka allvarliga brännskador på hud och slemhinnor vid kontakt.
Mutagenes, riktad
Makromolekylära substanser
Molekylstruktur
Nötkreatur
Peptidkartläggning
Peptidkartläggning, även kallat peptidmappning, är en biokemisk metod som används för att bestämma aminosyrasequensen hos ett okänt peptidmolekyul genom att successivt bryta ned det i kortare fragment med hjälp av proteaser och sedan bestämma sekvensen av varje fragment genom till exempel Edman degradering eller masspektrometri.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Glutationreduktas
Ett enzym som katalyserar reaktionen 2 glutation + NADP+ = glutationdisulfid + NADPH + H+. EC 1.8.1.7.
Aprotinin
En enkelkedjad polypeptid från bovin vävnad och bestående av 58 aminosyrarester. Den hämmar proteolytiska enzym som kymotrypsin, kallikrein, plasmin och trypsin, och används för behanding av blödninga r förenade med höga plasminhalter. Substansen används också vid risk för stora blodförluster i samband med öppen hjärtkirurgi.
Bindningsplatser
Trypsinhämmare
En trypsinhibitor, eller Trypsinhämmare, är ett protein som binds till och nedsätter aktiviteten hos enzymet trypsin, som är involverat i protein- och peptidnedbrytning i kroppen.
Peptidfragment
Ett peptidfragment är en kort sekvens av aminosyror som har beeneds klippt isär från ett större peptid eller protein.
NADH, NADPH-oxidoreduktaser
NAD(P)H-oxidoreduktaser är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som katalyserar oxidationen av NADH (reducerad nicotinamidadenindinukleotid) eller NADPH (reducerad nicotinamidadenindinukleotidfosfat) till NAD+ (oxiderad nicotinamidadenindinukleotid) eller NADP+ (oxiderad nicotinamidadenindinukleotidfosfat), samtidigt som de reducerar ett elektronacceptor. Denna katalytiska process är central för cellens metabolism och energiproduktion, särskilt inom cellandning (oxidativ fosforylering) där NADH och NADPH fungerar som elektrondonatorer i den elektrontransportkedja som genererar ATP (adenosintrifosfat). NAD(P)H-oxidoreduktaserna kan också spela en viktig roll i det redoxbalansen
Peptider
Polyakrylamidgelelektrofores
Korsbindningsreagens
Föreningar med två reaktiva grupper, oftast i motsatta ändar av molekylen, som förmår reagera med och bilda bryggor mellan aminosyrasidokedjor i proteiner. Därmed kan lägena för naturligt förekommande reaktiva områden i proteiner identifieras. Korsbindinde ämnen kan även användas för andra makromolekyler, som t ex glykoproteiner, nukleinsyror osv.
Väteperoxid
Trypsin
Molekylära chaperoner
En familj cellproteiner som förmedlar korrekt sammansättning och sönderdelning av andra polypeptider, och i vissa fall byggande av oligomera strukturer, men som själva inte ingår i de slutgiltiga strukturerna. Man antar att chaperonproteiner medverkar till polypeptiders självkonstruktion genom att hindra alternativa sammansättningsförlopp som skulle producera icke-funktionella strukturer. Några klasser av molekylära chaperoner är nukleoplasminer, chaperoniner, HSP70-stressproteiner och HSP90-stressproteiner.
Modeller, kemiska
Saltsyra
Isomeri
Peroxiredoxiner
Guanidin
Ett kraftigt basisk, organiskt ämne, främst i form av guanidiumjoner vid fysiologiskt pH. Det återfinns i urin som en normal metabolit av protein. Guanidinhydroklorid används i laboratoriearbete för proteindenaturering. Det används även för behandling av myasteni och som fluorescerande sond vid HPLC.
Endoplasmatiskt nätverk
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Aminosyrasubstitution
Molekylvikt
NADP
NADP, eller mer formellt NADP+ (nicotinamidadenindinukleotidfosfat), är ett viktigt koenzym i celler och spelar en central roll i cellers energihushållning och metabolism. Det är ett vattenlösligt koenzym som deltar i redoxreaktioner, det vill säga reaktioner där elektroner överförs mellan molekyler. NADP+ kan acceptera två elektroner och en proton (H+), vilket resulterar i att den reduceras till NADPH.
Cirkulär dikroism
Malatdehydrogenas
Muramidas
I en enkel mening kan muramider definieras som en typ av karbohydratmolekyler som är en viktig bestanddel i cellväggarna hos gram-positiva bakterier. Muramider katalyserar celldelningen under bakteriers tillväxt och reproduktion, och de utgör därför ett intressant mål för flera antibiotika som vancomycin och penicillin. Dessa läkemedel fungerar genom att hämma förmågan hos muramiderna att bygga upp cellväggen korrekt, vilket leder till celldöd hos bakterierna.
Modeller, strukturella
Cellmembran
Mutation
Oxidativ stress
"Oxidativ stress definieras som ett tillstånd av obalance mellan produktionen av fria radikaler och andra reaktiva syre-species (ROS) och förmågan till cellulär neutralisering genom antioxidativa försvarsmekanismer. Denna obalance kan leda till skada på cellulära strukturer, såsom proteiner, lipider och DNA, vilket i sin tur kan bidra till åldrande och utveckling av flera sjukdomar."
Syrgas
"Syrgas" er en sammentrekning av ordene "syre" og "luft", og refererer til den atmosfæriske luften som vi normalt inhalerer, som består av omkring 21% syre (O2), 78% kv nitrogen (N2) og små mengder av andre gasser som argon, kultilkristaller og spor av kullilkristaller. I denne enkelte meningen kan syrgas definieres som den atmosfæriske luft som inneholder 21% syre (O2) som er livsviktig for mennesker og andre levende vesen for å oksidere (forbranne) næringsstoffer for å produsere energi i cellene.