En protozooinfektion hos djur är en infektionssjukdom orsakad av encelliga eukaryota mikroorganismer, protozoer, som lever parasitiskt i eller på djurs celler eller vävnader. Dessa små encelliga organismer kan orsaka en bred skala av sjukdomar hos olika djurarter, inklusive sådana som är viktiga för människan som boskapsdjur och sällskapsdjur. Protozoer kan överföras direkt från djur till djur eller via en vektor, ofta en insekt, och kan vara mycket smittsamma under vissa förhållanden. Behandling av protozooinfektioner hos djur innebär vanligen användning av specifika läkemedel som är verksamma mot dessa parasiter, tillsammans med stödjande vård för att lindra symptomen och underlätta återhämtningen
Protozoer tillhörande klassen Phytomastigophorea. De lever i havsvatten och förflyttar sig på ett roterande sätt genom vattnet med hjälp av såväl tvärställda som längsgående flageller.