DNA, intergent
Allt DNA som befinner sig mellan genkodande DNA, inklusive otolkade regioner, 5'- och 3'-omgivande regioner, introner, icke-funktionella pseudogener och icke-funktionella, repetitiva sekvenser. Detta DNA antingen kan eller kan inte koda för reglerfunktioner.
Ribosomseparations-DNA
Bassekvens
Molekylsekvensdata
RNA, ribosomalt, 23S
"23S rRNA (ribosomal RNA) refers to a type of RNA molecule that is a component of the large subunit of prokaryotic ribosomes, which are cellular structures involved in protein synthesis. The 23S rRNA plays a crucial role in the decoding and translation of genetic information contained within messenger RNA (mRNA) into proteins."
DNA-sekvensanalys
Bakterie-DNA
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
RNA, Untranslated
"RNA, Untranslated" refers to the regions of an mRNA (messenger RNA) molecule that do not contain information for protein synthesis. These untranslated regions (UTRs) are located at the 5' end (5' UTR) and 3' end (3' UTR) of the mRNA, flanking the coding sequence (CDS). The UTRs play a role in regulating the stability, translation efficiency, and localization of the mRNA. Despite not encoding proteins directly, untranslated regions can have significant impacts on gene expression and regulation.
Ribosom-DNA
DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Polymeraskedjereaktion
En polymerase chain reaction (PCR) är en laboratorieteknik som verkar genom att kopiera en specifik DNA-sekvens i ett exponentiellt tempo, vilket möjliggör detaljerad analys av mycket små mängder av ursprungligt DNA. PCR utförs genom att upprepade gånger höja temperaturen och sänka den igen, vilket låter enzymet polymeras skapa kopior av DNA-sekvensen med hjälp av två specifika primers. Detta möjliggör identifiering och analys av specifika DNA-sekvenser i forskning, diagnostik och forensiska tillämpningar.
RNA, ribosomalt, 16S
16S RNA er en typ av ribosomalt RNA (rRNA) som finnes i prokaryote ribosomer og har en viktig rolle i translasjonen av genetisk informasjon til proteinsyntese. 16S rRNA-molekylen er en del av den lille ribosomale subuniten og inneholder konserverte sekvensregioner som kan brukes til identifisering og klassifisering av forskjellige arter av bakterier og archaea.
Introner
Sekvenshomologi, nukleinsyra
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
Multigenfamilj
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Upprepade sekvenser, nukleinsyra
'Upprepade sekvenser, nukleinsyra' refererar till en del av DNA- eller RNA-molekyler som innehåller en upprepad sekvens av nucleotider som upprepas minst två gånger i rad. Dessa upprepningar kan vara identiska eller något varierande, och de kan variera i längd från några få baspar upp till tusentals baspar. Upprepade sekvenser kan förekomma på flera olika sätt, inklusive direkt upprepning (till exempel 'AAAA'), inverterad upprepning ('ATAT' följt av 'ATAT') och komplext upprepande ('AGGA' följt av 'CTTC'). Upprepade sekvenser kan spela en viktig roll i genetisk styrning, evolution och sjukdom.
Open Reading Frames
I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Artsspecificitet
"Artsspecificitet" refererer til de unikke aspekter, karakteristika og kontekster, der er forbundet med kunstformer som teater, musik, maleri, litteratur osv. Det understreger, at hver kunstform har sine egne regler, historie, teoretiske perspektiver, teknikker og udtryksformer, som bør respekteres og forstås for at opnå en dybere forståelse af det pågældende værk eller frembringelse.
RNA, Long Noncoding
Long non-coding RNA (lncRNA) refers to a class of RNA molecules that are longer than 200 nucleotides and do not encode proteins. They were once considered transcriptional "noise," but recent studies have shown that they play crucial roles in various biological processes, such as regulation of gene expression, chromatin modification, and cellular development. Dysregulation of lncRNAs has been linked to numerous human diseases, including cancers, making them attractive targets for diagnostic markers and therapeutic interventions.
DNA-fingeravtryck
Förfarande för framställning av flerbandade mönster av ett DNA-prov genom spjälkning av DNA med restriktionsenzymer och med efterföljande elektrofores och visualisering genom hybridisering med sökfragment, specifika för repetitiva sekvenser. Inom rättsmedicin är de sökfragment som används grundsträngar som är specifika för enkla tandemupprepningar (minisatellitupprepningar; VNTR). De flerbandade mönstren, vilka kallas DNA-fingeravtryck, jämförs med en persons DNA.
RNA, bakteriellt
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Bevarad sekvens
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
Reglering av genuttryck, bakterier
De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.
Bakteriegener
Den genetiska massan hos bakterier.
Operon
Genkartläggning
Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.
Bakterietypningstekniker
Metoder för bestämning av olika typer och stammar av bakterier. De mest använda typningssytemen är bakteriofagtypning och serotypning jämte bakteriocintypning och biotypning.
RNA, ribosomalt
Ribosomalt RNA (rRNA) är den typ av RNA som utgör en viktig komponent i ribosomer, de cellulära organeller där proteinsyntesen sker i levande celler. rRNA-molekyler fungerar som strukturella stommar och katalytiska center för ribosomen, underlättar bindningen av aminosyror och bildandet av peptidbindningar under proteinsyntesen.
Kloroplast-DNA
RNA, transfer, Ala
Transfer RNA (tRNA) Ala refererar till en speciell typ av tRNA-molekyl som transporterar den aminosyran alanin till ribosomen under processen att bygga upp proteiner i cellen, enligt genetisk information kodad i mRNA.
DNA-primrar
Transcription Initiation Site
Transcription Initiation Site (TIS) refererar till den specifika positionen på DNA:t där transkriptionen av ett gener avses att starta. Det är platsen där RNA-polymeras binds till DNA-strecket och börjar syntetisera en mRNA-molekyl under genuttryck. I eukaryota celler kan TIS också benämnas cap site, eftersom den första nukleotiden i den transkriberade RNA-strängen ofta har en modifiering som kallas en 5'-kap.
Polymorfism, restriktionsfragmentlängd
Restriktionsfragmentlängdpolymorfism (RFLP) är en teknik inom genetiken där individers DNA-sekvenser jämförs genom att skära sönder den med hjälp av restriktionsenzymer, vilka ger upphov till unika fragmentmönster beroende på var restriktionsenzymens specifika nukleotidsekvens finns i individernas DNA.
UTRs
Kloning, molekylär
Aminosyrasekvens
rRNA-operon
An RNA operon, specifically an rRNA operon, refers to a genetic unit that contains multiple genes responsible for the production of ribosomal RNA (rRNA). These operons are found in prokaryotic organisms such as bacteria and archaea. In an rRNA operon, the genes encoding different rRNA components (16S, 23S, and 5S rRNAs) are arranged in a specific order and transcribed together into a single large RNA molecule called a polycistronic transcript. This primary transcript is then processed to produce individual rRNA components, which play crucial roles in protein synthesis by forming the core structure of ribosomes along with ribosomal proteins. The presence of an rRNA operon allows for coordinated regulation and efficient production of essential rRNA components during gene expression in prokaryotes.
Dicistroviridae
Dicistroviridae är en familj av små, icke-segmenterade, enkelsträngade RNA-virus som infekterar leddjur och fiskar. Virusen inom denna familj har två icke-överskurna öppna läsa ramar (ORF) i sitt genomblandning, därav namnet dicistroviridae, med en icke-traditionell intergenisk region som separerar dem. Dicistrovirusfamiljen inkluderar flera viktiga patogener såsom Rhopalosiphum padi virus (RPV), Aphid lethal paralysis virus (ALPV) och Cripavirus.
Rekombination, genetisk
"Genetisk rekombination är ett naturligt fenomen där gener kombineras och omordnas på något sätt för att bilda ny DNA-sekvens. Detta kan ske genom olika mekanismer, till exempel crossing over under meios eller via specifika enzymer som kan klippa och klistra ihop DNA-strängar på nya sätt. Genetisk rekombination är viktig för genetisk variation och evolution."
Modeller, genetiska
Pseudogener
I en enkel medicinsk definition, kan 'Pseudogen' definieras som ett icke-funktionellt DNA-segment som liknar en gen, men saknar förmågan att producera ett funktionellt protein på grund av förlust eller ändringar av kodande sekvenser eller regulatoriska element. Dessa segmenter uppstår ofta genom gen duplikation eller retrotransposition, men de har sedan förlorat sin funktion under evolutionärt tryck.
Omflyttningsbara DNA-segment
Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
Genuppsättning
En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNA
Ambystomatidae
RNA-sekvensanalys
RAPD-PCR
RAPD-PCR, eller Random Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction, är en molekylärbiologisk teknik som används för att undersöka genetisk variation mellan individuer eller populationer genom att amplifiera (kopiera) slumpmässigt valda, korta och upprepade DNA-sekvenser. Denna metod ger en fingeravtrycksliknande profil av DNA-fragment som kan jämföras mellan olika individer för att fastställa släktskap eller skillnader på genetisk nivå. RAPD-PCR är en enkel, kostnadseffektiv och snabb metod som ofta används inom forskning och klinisk diagnostik.
Regulatoriska sekvenser, nukleinsyra
Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
Restriktionskartläggning
Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.
Genom, mitokondriellt
"Genom relaterar sig till det totala kompletta arvsmassan hos en organism, inkluderande allt DNA som innehåller genetisk information. Mitokondriellt DNA (mtDNA) är ett särskilt slags DNA som finns i mitokondrier, de cellulära organellerna som producerar energi. Mitochondriellt DNA utgör en liten del av det totala genomet och innehåller information kodande för proteiner involverade i cellens energiproduktion."
RNA, Small Untranslated
rRNA-gener
Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.
Transkriptionsfaktorer
Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.
Klusteranalys
En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.
Konsensussekvens
En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.
Kolibakterie
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Regulatoriska element, transkriptionella
"Transcriptional regulatory elements are DNA sequences that bind to proteins or protein complexes known as transcription factors, which control the initiation, rate, and termination of gene transcription into messenger RNA (mRNA). These elements include promoters, enhancers, silencers, and insulators, and they play a crucial role in determining the spatial and temporal expression patterns of genes during development and homeostasis."
Mutation
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Genetic Loci
"Genetic locus" (plural: "loci") refererar till en specifik position på ett kromosom där ett bestämt gen eller en genetisk markör finns. Det kan jämföras med en adress på en karta, som pekar ut var en viss plats är lokaliserad. Genetiska loci kan variera mellan individer, och skillnader i dessa loci kan leda till genetisk variation och individuella differenser.
Förstärkare, genetiska
RNA, transfer
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA-molekyler som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl bär en specifik aminosyra, och under proteinsyntesen matchas varje tRNA med en komplementär mRNA-sekvens (ett kodon) i ribosomen för att korrekt infoga den rätta aminosyran i den nya peptidkedjan som byggs upp.
Genom, humant
Den kompletta arvsmassan i en människas kromosomuppsättning, antingen den haploida (från en förälder) eller diploida (från båda föräldrar). Den haploida uppsättningen innehåller 50 000 till 100 000 gener och ungefär 3 miljarder baspar.
RNA, transfer, Ile
Ribotypning
"Ribotyping is a laboratory technique used in molecular biology for identifying and analyzing subtypes of bacteria based on the specific pattern of ribosomal RNA (rRNA) genes, which are highly conserved among different bacterial species."
Kassettmutagenes
Mutagenes framkallad av införande av främmande DNA-sekvenser i en gen. Detta kan ske spontant in vivo eller experimentellt in vivo eller in vitro. Proviralt DNA kan sättas in i eller läggas intill en cellulär onkogen. Infogning av proviruset kan orsaka mutationer genom störning av kodningssekvenser eller reglerelement, eller ge upphov till oreglerat uttryck av protoonkogenen, med tumörbildning som följd.
Nukleinsyrahybridisering
Nukleinsyrahybridisering är en laboratorieteknik där två komplementära enheter av DNA eller RNA kombineras genom att deras komplementära baspar bildar vätebindningar med varandra, vilket resulterar i en dubbelhelix. Denna metod används ofta för att identifiera och undersöka specifika sekvenser av nukleinsyror, såsom genetisk material från organismer, virus eller muterade gener.
Bioinformatik
Sequence Inversion
I en genetisk kontext, refererer "sequence inversion" til en form for genetisk variation hvor en del af eller en hel DNA-sekvens er orienteret i modsat retning i forhold til den oprindelige sekvens. Dette resulterer i at sekvensen stadig læses korrekt under transkription og translation, men de nukleotider der indgår i inversionen er i modsat rækkefølge. Sequence inversion kan have variationel, neutral eller patogen potential afhængigt af hvor sekvensen findes og hvilken funktion den har.
Sekvensdeletion
En sekvensdeleción innebär en form av genetisk mutation där en eller flera nukleotidsekvenser i DNA-molekylen fattas ut, vilket orsakar en skiftning i den genetiska koden och kan potentiellt leda till förändrade eller avslagna proteiner med möjliga konsekvenser för individens fenotyp och hälsostatus.
Polymorfism, enkelnukleotid
Enkel nucleotid polymorfism (SNP, Single Nucleotide Polymorphism) är den vanligaste formen av genetisk variation hos människor. Det handlar om en permanent och spontan substitution av ett enskilt nukleotid (bas) i DNA-sekvensen, vilket kan resultera i två eller flera olika varianter (alleler) av samma gen. SNPs förekommer ungefär en gång per 1000-3000 nukleotider och täcker ungefär 0,1% av det mänskliga genomet. De flesta SNPs har ingen påverkan på individens fenotyp eller hälsostatus, men vissa kan vara kopplade till sårbarhet för vissa sjukdomar, respons på läkemedel och andra individuella variationer i medicinska egenskaper.
Tetraodontiformes
Tetraodontiformes är en ordning av strålfeniga fiskar som innehåller familjer såsom koffertfiskar, blåsfiskar, paddfiskar och kubbfiskar. Karaktäristiskt för denna ordning är deras komprimerade kroppsform, täta fjäll och ofta giftiga inälvor. Många arter inom Tetraodontiformes har också en speciell muskulatur som möjliggör för dem att svälja föda större än deras egen mun, genom att de kan expandera sin mag. Flera arter är även kända för sin förmåga att blåsa upp sig själva till en stor, klotrund form som en försvarsmekanism mot predatorer.
Gener, hoppande
Kopior av omflyttningsbara (transponerbara) element, spridda i genomet, av vilka några fortfarande är aktiva och ofta kallas hoppande gener. Det finns två klasser av sådana komponenter. Klass 1-element (retroelement, som t ex retrotransposoner, retrovirus, långa och korta spridda nukleotidsegment) ändrar läge genom omvänd transkription av en RNA-intermediär. Klass II-element (omflyttningsbara DNA-segment, som t ex transposoner, Tn-element, infogningssekvenssegment och rörliga genpaket av bakterieintegroner) byter plats direkt från ett läge i DNA till ett annat.
Terminator Regions, Genetic
"Terminator regions in genetics refer to specific DNA sequences that regulate gene expression by controlling transcription termination. These sequences signal the end of transcription, after which the resulting mRNA molecule can be translated into protein or degraded."
RNA, viralt
"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.
Bindningsplatser
Gener
Reglering av genuttryck
Ormbunkar
Geminiviridae
Bartonella
Ett släkte gramnegativa bakterier som typiskt uppträder som kedjor av segmenterade celler. Den förekommer endast i Anderna i Sydamerika, där den påträffas hos människor och insektvektorer och ger upph ov till bartonellos. Bartonella och Rochalimaea bildar ett gemensamt släkte.
Histoner
Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.
Mitokondrie-DNA
Dubbelsträngat DNA i mitokondrier. Hos eukaryoter är mitokondriegenomet cirkelformat och kodar för ribosom-RNA, transfer-RNA och ca 10 proteiner.
Reglergener
Genom, plastid
Genuttrycksmönster
Bestämning av det mönster av gener som uttrycks vid den genetiska transkriptionen, såväl under specifika förhållanden som i en specifik cell.
Kromatin
myb-gener
Retrovirusassocierade DNA-sekvenser (v-myb) som ursprungligen isolerades från fågelmyoblastos- och E26-leukemivirus. Protoonkogenen c-myb kodar för ett kärnprotein som deltar i transkriptionsreglering och tycks vara väsentligt för hematopoetisk celltillväxt. Hos människa är mybgenen belägen vid 6q22-23 på den korta armen på kromosom 6. Detta är brottpunkten vid translokeringar i akut, lymfatisk T-cellsleukemi och vid vissa former av äggstockscancer och melanom.
5`otolkade områden
RNA, ribosomalt, 5S
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Fosfoglyceratdehydrogenas
Fosfoglyceratdehydrogenas (PGDH) är ett enzym som katalyserar oxidationen av 3-fosfoglycerat till 2-fosfoglycerat i glykolys och glukoneogenes processer. Detta steg inkluderar också reduktionen av NAD+ till NADH som en del av reaktionen. PGDH spelar därför en viktig roll i cellers energiproduktion och ämnesomsättning.
Regulatoriska sekvenser, ribonukleinsyra
Regulatoriska sekvenser i RNA (Ribonukleinsyra) refererar till specifika delar av RNA-molekyler som kontrollerar och påverkar genuttrycket genom att påverka transkription, splicing, stabilitet eller translations effektivitet. Dessa sekvenser inkluderar exempelvis intron-exonsstrukturen, 5'- och 3'-UTR (oförgrenade regioner), poly(A)-svansen, uppslitningsställen, bindningsplatser för miRNA och andra regulatoriska RNA-molekyler.
Antisens-RNA
"Antisense RNA" refererer til en type RNA-molekyle som er komplementært til et bestemt stykke messenger RNA (mRNA). Denne form for RNA produceres naturligt i cellen og fungerer ved at binde seg til dets complementære mRNA-sekvens, hvilket forhindrer oversættelsen af mRNA til protein. Dette gør at antisense RNA kan regulere genudtryk og proteinexpression i cellen.
Polymorfism, genetisk
Genetisk polymorfism är ett begrepp inom genetiken som refererar till att en specifik position (nucleotid) i DNA:t kan ha mer än en bas (A, T, C eller G), vilket resulterar i olika varianter (alleler) av samma gen. Dessa variationer är vanliga och förekommer naturligt hos många individer inom en population. Genetisk polymorfism bidrar till den genetiska mångfalden hos arter, inklusive människan. Det bör dock poängteras att alla varianter inte har samma frekvens i populationen och vissa kan associeras med ökat eller minskat risk för vissa sjukdomar.
Virusgener
Trans-splitsning
Repressorproteiner
Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.
DNA-fotavtryck
En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.
DNA-metylering
Fogning av metylgrupper till DNA. DNA-metyltransferaser (DNA-metylaser) katalyserar denna reaktion med S-adenosylmetionin som givare av metylgrupper.
Artificiell genfusion
Bakteriekromosomer, artificiella
DNA-konstruktioner som består av, åtminstone, ett replikationscentrum, för replikation, förökning och fortlevnad, i form av en extra kromosom i bakterier. De kan dessutom innehålla stora mängder (ca 200 kb) andra sekvenser för många olika bioteknologiska ändamål.
Exoner
De delar av en genetisk kopia som återstår sedan intronerna avlägsnats och som sammanflätas till budbärare eller strukturellt RNA.
Borrelia
Ett släkte gramnegativa, anaeroba, spiralformade bakterier med flera arter som kan framkalla återkommande feber hos människor och djur.
Maize streak virus
Typarten för släktet Mastrevirus i familjen Geminiviridae.
Retroelement
"Ett retroelement är en typ av transponibel genetisk element som primärt replikerar sig genom att producera komplementärt RNA, som sedan revers transcribs till DNA och integrerar därefter tillbaka in i värddjurets genome. Retroelementen utgör en stor del av eukaryota genomer, med flertalet exempel som retrotransposoner och retrovirus."
DNA-mikromatrisanalys
Replikationsorigin
I molekylærbiologi, refererer "replikationsorigin" specifikt til den position på en delt genetisk materiale (såsom en DNA-molekyle) hvor replikationen begynder under celledelingen. Det er typisk et kort sekvensområde, der indeholder nøglesequencer, som rekrutterer og aktiverer enzymer, der udfører processen med at skabe to identiske kopier af originalmaterialet. Replikationsoriginen er essentiel for cellens evne til at fordoble sit genetiske materiale korrekt og sikre arvemassens overførsel fra modercellen til dattercellerne under celldelingen.
Kodon
En uppsättning av tre nukleotider i en proteinkodningssekvens som anger de enskilda aminosyrorna eller en termineringssignal (terminatorkodon). De flesta kodon är universella, men vissa organismer producerar inte transfer-RNA, som utgör komplement till alla kodon. Sådana kodon kallas obestämda (nonsenskodon).
Bakteriekromosomer
Strukturer i bakteriecellers kärna, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.
Mykologiska typningstekniker
High-Throughput Nucleotide Sequencing
"High-throughput nucleotide sequencing," also known as next-generation sequencing (NGS), refers to a massively parallel sequencing technology that allows for the rapid determination of nucleotide sequences of large numbers of DNA molecules in a single run. This technology has revolutionized genomics and molecular biology research by enabling the cost-effective, efficient, and accurate sequencing of entire genomes, transcriptomes, and epigenomes. High-throughput sequencing has numerous applications, including genetic variation analysis, gene expression profiling, DNA-protein interactions, and methylation patterns, among others. Overall, it is a powerful tool for understanding complex biological systems at the molecular level.
RNA Processing, Post-Transcriptional
Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.
Växlingsgener
RNA, transfer, Thr
Transfer RNA (tRNA) Thr refererar till en specifik typ av tRNA-molekyl som transporterar en aminosyra, den specifika är threonin, till ribosomen under proteinsyntesen i cellen. Tillsammans med mRNA och rRNA utgör tRNA de viktigaste komponenterna av det molekylära maskineriet som bygger proteiner enligt genetisk information kodad i DNA:t. Varje typ av tRNA har en unik sekvens av nukleotider, en anticodon-sekvens, som matchar en specifik kodonsekvens på mRNA, och en aminosyra som den binder till via en esterbindning. På det sättet hjälper tRNAThr till att översätta genetisk information från DNA till en proteinsekvens med aminosyror under processen som kallas translation.
Trikosporon
Trikosporon är ett släkte svampar som kan orsaka opportunistiska infektioner, framförallt hos immunsupprimerade individer. Infektioner med Trikosporon kan drabba hud, slemhinnor och djupare vävnader i kroppen. Den mest vanliga art som orsakar sjukdom hos människan är Trikosporon behragei. Infektioner med Trikosporon kan vara svåra att behandla på grund av dess resistens mot många vanliga antimykotiska läkemedel.
Bromoviridae
Mushepatitvirus
RNA, ribosomalt, 5.8S
"5.8S" er en type RNA-molekyl som er en del av det ribosomale RNA (rRNA) komplekset i eukaryote celler. Det 5.8S rRNA-et er en del av de store ribosomalt RNA-molekyler som er nødvendige for proteinsyntesen i cellen. Sammen med andre rRNA-typer og ribosomale proteiner, utgjør 5.8S rRNA en viktig del av de strukturer som leser genetisk informasjon fra mRNA og overfører denne informasjonen til aminosyresekvenser under proteinsyntesen.
Tenericutes
Tenericutes är ett fylum (eller en högre taxonomisk rang) inom domänen Bacteria, som huvudsakligen består av parasitiska arter som saknar cellväggar. Det mest välkända släktet inom Tenericutes är Mycoplasma, vilka ofta orsakar respiratoriska eller urogenitala infektioner hos djur och människor.
Bartonellainfektioner
Bartonella kockobacillinfektioner. Bartonella bacilliformis kan orsaka akut blodbrist med hög feber, kallad Oroyafeber, och godartat hudutslag, verruga peruana. Bartonella quintana orsakar skyttegravs feber, Bartonella henselae är orsaken till bacillär angiomatos och är också en av orsakerna till kattklössjuka hos immunkompetenta patienter.
Rapportörgener
Gener som uttrycker sig på ett lätt påvisbart sätt och därför används för att studera promotoraktivitet på många platser i ett målgenom. Inom rekombinant DNA-teknik kan dessa gener kopplas till ett promotorområde av intresse.
Kromatinimmunprecipitation
En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.
Genome-Wide Association Study
En Genome-wide association study (GWAS) är en metod inom genetisk forskning som används för att undersöka samband mellan genetiska varianter och specifika sjukdomar eller egenskaper hos en individ. Studien jämför helgenomet, alltså alla kromosomer, hos en grupp med individer som har en viss sjukdom eller egenskap med en kontrollgrupp som saknar denna sjukdom eller egenskap. Genomstudien letar efter små skillnader, så kallade enkelnukleotidpolymorfier (SNP), mellan individerna i de två grupperna. Genom att undersöka stora populationer och jämföra hela genomet kan man hitta små ökningar av risk för sjukdom eller skillnader i egenskaper som är statistiskt signifikanta. Resultaten från en GWAS ger ofta information om områden på kromosomen där det kan finnas gener som har betydelse för sjukdomen eller egenskap
Gendeletion
Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.
Sekvenshomologi
"Sekvenshomologi" refererar till den grad av likhet mellan två eller flera DNA-, RNA- eller proteinsekvenser som indikerar ett evolutionärt relaterat ursprung. Högre sekvenshomologi antyder närmare evolutionär släktskap mellan de jämförda biomolekylerna.
Biological Evolution
"Biological evolution" refers to the gradual change and diversification of species over time through processes such as mutation, selection, gene flow, and genetic drift. This results in the development of new characteristics and traits in populations, leading to the emergence of new species and the extinction of others. It is a fundamental concept in biology that explains the diversity of life on Earth.
Bakterier
Fykocyanin
Synteni
I en genetisk kontext, refererar "synteni" till det fenomen då två eller flera gener eller loci (positioner på ett kromosom) bevaras på samma kromosom i olika arter eller populationer. Detta innebär att de är lokaliserade på samma position relativt till varandra, även om avståndet mellan dem kan variera. Synteni anses ofta vara ett resultat av gemensam evolutionär historia och är därför vanligt bland nära släktingar, men det kan också förekomma mellan mer avlägsna arter som har delat en gemensam förfader för länge sedan. Synteni används ofta i jämförande genetik och genomforskning för att undersöka evolutionära relationer och identifiera konservade genordningar mellan olika arter eller populationer.
Genom, kloroplast
RNA, protozoiskt
"Protozoan RNA" refers to the ribonucleic acid molecules found in protozoa, which are single-celled eukaryotic organisms. Protozoan RNA can include various types such as messenger RNA (mRNA), ribosomal RNA (rRNA), and transfer RNA (tRNA) that play crucial roles in protein synthesis and other cellular processes within protozoa.
Alleler
Enskilda former av gener i ett genpar, lokaliserade till samma plats på homologa kromosomer, och som styr samma biokemiska processer.
Blotting, Southern
Metod för påvisande av DNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon. Metoden utvecklades av E.M. Southern.
Virusproteiner
"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.
Saccharomyces cerevisiae
Molecular Sequence Annotation
"Molecular sequence annotation" refers to the process of identifying and labeling functional elements in a DNA, RNA, or protein sequence at the molecular level. This process involves comparing the query sequence to reference sequences and using various bioinformatics tools and algorithms to infer the locations and types of genes, regulatory regions, and other functional elements within the sequence. The annotation provides valuable information for understanding the function and regulation of the molecule, and it is essential for the interpretation and analysis of genomic data in molecular biology and genomics research.
Nucleotide Motifs
A "nucleotide motif" in molecular biology refers to a specific pattern or sequence of nucleotides (the building blocks of DNA and RNA) that has biological significance. These motifs can be as short as two nucleotides long, such as the "AT" motif, or longer, such as the "CG-rich" motif. Nucleotide motifs can play crucial roles in various biological processes, including gene regulation, DNA replication, and repair, as well as in the recognition of specific sequences by proteins, such as transcription factors and enzymes.
Genavstängning
Arabidopsis
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Svampgener
Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.
DNA-restriktionsenzymer
Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.
Selection, Genetic
"Genetic selection" refererar till processen där individers genetiska makeup används för att välja ut de som är mest lämpade för ett visst ändamål, ofta inom avel och reproduktion. Det innebär att man aktivt väljer att föda fram individer med specifika genetiska egenskaper, medan man undviker att föda upp individer med mindre önskvärda eller skadliga gener. Genetic selection kan användas för att öka populationens resistance mot sjukdomar, förbättra produktionsresultat inom jordbruk och djurhållning, eller för att minska risken för ärftliga sjukdomar hos människor.
Haplotyper
En individs genbestånd vad gäller den ena delen av ett allelpar, eller uppsättningar av gener som är nära förbundna på en kromosom och ofta överförs i grupp, som t ex generna i histokompatibilitetskomplexet.
Drosophila melanogaster
Bradyrhizobium
Ett släkte gramnegativa, aeroba, stavformade bakterier som vanligtvis innehåller korn av polybetahydroxibutyrat. De invaderar rothåren på baljväxter där de lever i intracellulär symbios.
Pan troglodytes
'Pan troglodytes' är den vetenskapliga beteckningen för en primatart som kallas västlig schimpanse. Det är en av de två arter som tillhör släktet *Pan*, med den andra art being *P. verus* (östra schimpansen). Västlig schimpans är mycket nära besläktad med människan och delar ungefär 98% av sitt DNA med oss. De lever i regnskogar och savanner i västra och centrala Afrika, och är hotade av habitatförlust och jakt. Västlig schimpans kännetecknas bland annat av en svart pälsfärg hos vuxna individer (utom på ansiktet och händer/fötter som är mörkbruna till svarta), en skillnad från östra schimpansen som har ljusare, gråbrun päls.
Blotting, Northern
Påvisande av RNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon.
CpG-öar
Förtätade områden i dinukleotidsekvensen cytosin-fosfatdiester-guanin. De bildar dna-sträckor som är flera hundra till flera tusen baspar i längd. Hos människor finns det ca 45 000 CpG-öar, huvudsakligen vid genernas 5´-ändor. De är ometylerade, med undantag för dem på den inaktiva X-kromosomen och några som hör samman med präglade gener.
Endonukleaser specifika för enkelsträngat DNA och RNA
Enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av enkelsträngat DNA eller RNA, utan att beröra dubbelsträngade områden. De är särskilt användbara i laboratoriet för framställning av "avhuggna" DNA-molekyler från DNA med enkelsträngade ändar och för känsliga gentekniker för påvisande av enkelsträngat DNA och RNA. EC 3.1.30.
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Transcriptome
Transcriptom är det samlade mängden RNA-molekyler som produceras från allt aktivt genuttryck i en viss celltyp, vävnad eller organism vid en given tidpunkt. Det inkluderar både protein kodande RNA (mRNA) och icke-kodande RNA, såsom rRNA, tRNA och snRNA. Transkriptomet ger information om vilka gener som är aktiva, hur aktiva de är och på vilket sätt deras uttryck förändras under olika förhållanden eller vid sjukdomar. Studier av transkriptom kan hjälpa forskare att förstå biologiska processer och identifiera potentiala terapeutiska mål.
RNA-virus
Fenotyp
Reglering av genuttryck, svampar
Gener, mitokondriella
"Mitokondriellt DNA (mtDNA) är arvsmassa som finns i mitokondrier, de cellulära organellerna som producerar energi i form av ATP genom celldygnets gång. MtDNA kodar för viktiga proteiner och RNA-molekyler som behövs för den oxidativa fosforyleringsprocessen."
RNA, växt
Genetisk prägling
Genom, insekt
"Genom" refererer til det totale sæt af genetisk materiale, der er inkluderet i en organismes celler. Det består af DNA-molekyler, der indeholder alle de gener, som koder for proteiner og andre molekyler, der er nødvendige for at regulere cellernes funktioner og livscyklus.
Pulsfältgelelektrofores
En elektroforesteknik där riktningen på det elektriska fältet ändras periodiskt. Tekniken liknar andra elektroforesmetoder för separering av dubbelsträngat DNA med molekylstorlekar upp till tiotusentals baspar. Men genom att alternera riktningen på det elektriska fältet kan DNA-molekyler med flera miljoner baspar separeras.
Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktion
En omvänd transkriptaspolymerasekedjereaktion (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera komplementär DNA (cDNA) från ett given RNA-molekyl, vilket möjliggör dess detektering och analys.
Globiner
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Genes, Overlapping
Gener vars nukleotidsekvenser i viss mån överlappar. Sådana sekvenser kan omfatta antingen strukturella gener eller reglergener hos eukaryota eller prokaryota celler.
Deoxiribonukleas I
Ett enzym med förmåga att hydrolysera starkt polymeriserat DNA genom att bryta fosfodiesterbindningar, företrädesvis vid en pyrimidinnukleotid. Sålunda katalyseras endonukleolytisk klyvning av DNA, vilket ger 5'-fosfodi- och oligonukleotidslutprodukter. Enzymet verkar främst på dubbelsträngat DNA. EC 3.1.21.1.
Växtsjukdomar
"Växtsjukdomar" är en samlingsbeteckning för sjukdomar som drabbar växter och orsakas av diverse patogener, inklusive bakterier, svampar, virus och viroider, samt abiotiska faktorer som klimatförhållanden, näringsbrist och toxiner. Dessa sjukdomar kan påverka växternas tillväxt, utveckling och produktivitet, och i vissa fall leda till död av plantan.
Oryza sativa
'Oryza sativa' är den botaniska termen för den vanligaste arten av ris, som odlas och används globalt som en viktig livsmedelskälla. Det är ettåriga gräs med upprätta stjälkar och långsträckta, smala blad. Risets frön, som är de ätliga delarna av växten, varierar i färg från vit till brun eller svart beroende på sorterna och används i en mängd olika maträtter över hela världen.
RNA, transfer, Pro
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA-molekyler som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl har en specifik sekvens av nukleotider, kallad antikodon, som kan binda till motsvarande komplementära kodon (tre nukleotider) på en mRNA-molekyl under translationen.
Fysisk genkartläggning
En fysisk genkartläggning är en systematisk undersökning och dokumentation av en persons fysiska hälsa och funktion, inklusive vitala tecken, sensoriska och motoriska förmågor, kognitiv förmåga och psykosocial status.
Omfördelning av gener
Basparsbildning
Genbibliotek
En omfattande samling DNA-fragment som klonats från en viss organism, vävnad, visst organ eller viss celltyp. Biblioteket kan innehålla fullständiga genomsekvenser eller sekvenser av komplementärt DNA; de senare är bildade av mRNA och saknar intronsekvenser.
Reglering av genuttryck, virus
Arkegenom
Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.