Cytophagocytosis är ett fenomen där en fagocytoserande cell, som vanligtvis tillhör det immunförsvaret, inte bara fagocyterar (tar upp) en patogen (en smittskäddjurs cell), utan också börjar bryta ner och förtära den patogena cells cytoplasma och organeller. Det innebär att cellen till stor del behåller den infångade cellens integritet under processen, istället för att bara ta upp och omge den med en vesikel som sedan smälter samman med lysosomen för nedbrytning. Cytophagocytosis är en viktig del av det immunförsvarets förmåga att bekämpa infektioner, särskilt när patogenen har en robust cellvägg som gör den svårare att bryta ner genom vanlig fagocytose.